処理速度が遅い時にオプション等を見直すことで、処理速度を改善できます。今回は見直しをすることで効果があった部分を紹介します。本記事では下記の環境で動作確認を行っています。ついての説明は以下の記事に書かれています。書かれているアダプタートリミングツールである。アダプターの除去のみならず、リードの末端から一定数の塩基をトリムしたりする、簡単なクオリティフィルタリングも行える。シングルエンドリードのみならずペアエンドリードにも対応している。ファイルを展開せずに処理することができる。インストールする方法があります。オプションをつけることでログを出力できますが、筆者の環境では大幅に実行時間が増加することを確認しています。必要がなければ外すことで改善できるかもしれません。オプションでスレッド数を指定できます。スペックに合わせて最適なスレッド数を指定しましょう。インストールしている方は、バイナリーリリース版に置き換えることで改善できるかもしれません。筆者の環境では以下のような結果を確認しています。11分9秒バイナリーリリース版は以下からインストールできます。https://github.com/usadellab/Trimmomatic/releases/tag/v0.39インストール後、解凍するだけで使用できます。ネットワーク上のディレクトリに出力している場合は、ローカルに出力するネットワーク上のディレクトリを出力先にしている場合は、ローカルを出力先にすることで速度が改善するかもしれません。速度がボトルネックになり遅くなっていることがあるためです。ネットワーク上のディレクトリに出力する必要がない場合は、ローカルに出力することを推奨します。まとめ本記事では以下の改善方法を紹介しました。等の他のツールを使うのも有効な手段かもしれません。本記事が少しでも改善のお役に立てれば幸いです。それではまた!参考https://github.com/usadellab/TrimmomaticMakkyRyotaro49最近の趣味はフェスに行くこととダーツです。サイトを作ったりもしてます。