あった上野台地に、伊賀の守護大名・仁木氏が築いた仁木氏館が起源。1585年、筒井順慶の養子で、郡山から伊賀に移封された筒井定次が改修。関ヶ原の戦いの際、一時西軍の新庄氏に奪われるがすぐ奪還する(上野城の戦い)。1608年、「筒井騒動」で定次は領地没収となり、藤堂高虎が城主となる。大坂への対抗のため、高虎は上野城の大改修を行い、本丸を西に拡張し、高さ約30メートルの高石垣を築く。新規に5層の天守を建設するが、これは1612年に倒壊する。のち高虎は津城を本城として上野城は支城となるが、一国一城令で存続が認められる。明治の廃城令で廃城処分とされ、構造物の多くが取り壊される。1935年、復興天守が建設される。1967年、国の史跡に指定される。公共交通機関によるアクセス伊賀鉄道上野市駅から徒歩10分。