コマンドを連続で処理すると、解析作業が効率的に進むときがあります。コマンドの出力結果をソートしたり、さらに絞り込みを行ったりするだけで、分り易い結果になることは良くあることかもしれません。そんなちょっとしたテクニックでは、パイプ(|)を使います。コマンドの結果出力(標準出力)を、次のコマンドへ直接渡すことができます。1つ1つのコマンドを使っても色々なことができますが、パイプを使って複数のコマンドを組み合わせることで、とても便利に使えるようになります。基本的な使い方こんなときはどうする?ファイル内に同じ行が何個あるかを調べるには?ファイル内でキーワードに合致した行の前後を調べて、更にログに記録するには?ファイル比較のためのsort・grep等の中間ファイルが面倒。基本的な使い方あるコマンドを実行し、その結果を次のコマンドで処理したいときにパイプを使います。コマンドの結果を、ソートしたり・絞り込みしたり・カウントしたり・置換や列の並び替えを行う機会は良くあります。複数のコマンドを組み合わせると色々なことが出来るようになります。...こんなときはどうする?ファイル内に同じ行が何個あるかを調べるには?ファイルをsortコマンドでソート後、uniqコマンドの-cオプションでカウントします。Cファイル内でキーワードに合致した行の前後を調べて、更にログに記録するには?ファイルの検索を行うにはgrepコマンドを使います。該当行の前後にも注目したいときは、-Aや-Bなどのオプションを使うと便利です。該当行の存在を目視しつつ、ファイルに保存したければteeコマンドがオススメです。log.txt91011ファイル比較のためのsort・grep等の中間ファイルが面倒。簡単にできない?ファイルの比較にはdiffコマンドを使います。同時に良く使われるのがgrepやsortコマンドです。これらをうまく活かすには一時ファイルを自ら準備する必要があります。このような場合に便利なのがプロセス置換です。パイプ機能と組合せて使うことが多いので、簡単な例を紹介します。プロセス置換とは、内部的な一時ファイルまたは名前付きパイプなどを利用し、それをコマンドの引数として渡す仕組みです。aaa.txtとbbb.txt、2つのファイルは「A」を含む行について、ソートして比較すれば同じ。実際に、ソートして、絞り込みを行ったファイルを比較します。今回は、プロセス置換<(...)を使うことで、中間ファイルを省略してみようと思います。書き方シェルスクリプトを書いているとき、計算式が使えると便利なことがあります。何かコマンドからの出力を簡単にファイルに残しておけるので、リダイレクトは良く使います。大事な既存ファイルに上書きしてしまって失敗することがあります。配列を理解すると、シェルスクリプトの応用の幅が広がります。bashのバージョン確認を行います。現在、最新版はバージョン4.4(2017年1月)です。・分割について、サンプルを交えながらまとめます。無駄な一時ファイルを作らないbashでは、複数のコマンドをパイプでつなぐことができます。入力をファイルからしか受け取らない一部のコマンドでは、わざわざ一時ファイルを準備する必要があって意外と面倒です。そんなときは、プロセス置換を活用しましょう。-プログラムの色んな実行方法-解析プログラムは長い時間を必要とするものもあります。プログラムの実行や管理方法を理解して、作業効率を効率的に行いましょう。ファイルのリネームやコピーをひと工夫bioinformaticsでは、たくさんのファイルを使うことが多いので、ファイル処理は効率的に行いたいですね。コマンドが役に立ちます。...bioinfo-dojo.net2021.06.22パス名からファイル名を取得する方法パス名からファイル名を抽出する場合は、basenameコマンドを使うと簡単です。ファイル名・ファイルサイズ・ファイル更新日時バイオインフォマティクスの解析では大きなファイルを扱うことが多いので、ストレージの管理には気を使います。Windowsエクスプローラーとシェルスクリプトバイオインフォマティクスでは、データファイルが大量になることがあります。いつも頭を悩ませるのがデータの管理です。ファイル名を一括で変更したいときがありますが、便利な方法があるので紹介したいと思います。引数の与え方とチェック方法シェルスクリプトに引数を与える場合、引数が少ない場合はエラーにするなどの対策が必要です。引数を10個以上うけとる場合、受け取り側で引数をずらしながら1つずつ取得する必要があります。ファイル存在チェック・空ファイルチェックbashでスクリプトを作成するときに、よく使うのがファイルの存在チェックです。if文と組合せると、ファイルの有無によって処理を分けることができます。エラー処理も記述できて使いやすいスクリプトになります。今回は、プログラムの基本構成となる「関数」を作ってみます。シェルで関数を作成すると、普段シェルを使って行っている作業を色々と自動化できて便利なことがあります。使えるようになると良いですね。スクリプトの書き方select文を使うと、簡単にメニューを作成することができます。リストでメニュー項目を準備します。select内の変数で、選ばれた項目や入力値を取得することができます。スクリプトの書き方シェルプログラミングをはじめましょう。使うシェルは「Bシェル」です。Bシェルは機能が少ないのですが、どんなUNIXシステムでも動作するという利点があります。グラフの描き方Rでグラフを描画する場合、位置やサイズを自動調整してくれるので大変便利です。カスタマイズしようと思えば、各種パラメータを調整する必要があります。綺麗なグラフに仕上げるために、軸ラベルや目盛り、余白の調整についてまとめます。ファイル形式Fastq・Fastaファイルともに、良く使うファイル形式です。1本の配列は4行構成で記述されます。1行目:「@」で始まる配列のID。グラフの描き方Rでグラフを描画する場合、位置やサイズを自動調整してくれるので大変便利です。カスタマイズしようと思えば、各種パラメータを調整する必要があります。綺麗なグラフに仕上げるために、軸ラベルや目盛り、余白の調整についてまとめます。繰り返し処理awkの繰り返し処理(for・while・do)についてまとめます。今回は、while・doについて。指定行awkは、テキスト処理に欠かせません。使う「行を指定した処理」に使える定型スクリプトをまとめました。簡単に書けるように、省略できる部分は極力省きました。コマンドの活用例バイオインフォマティクスでは、大きなファイルを扱う機会が多いです。小さなファイルに分割すれば、サーバーで分散処理して大幅な時間短縮を行うことが出来るかもしれません。いくつかのツールを組合せてFASTAファイルを小さく分割してみます。当ブログで掲載している画像の著作権・肖像権等は各権利所有者に帰属致します。権利を侵害する目的ではございません。直接メールでご連絡下さい。確認後、対応させて頂きます。当ブログのコンテンツ・情報につきまして、可能な限り正確な情報を掲載するよう努めておりますが、誤情報が入り込んだり、情報が古くなっていることもございます。当ブログからリンクやバナーなどによって他のサイトに移動された場合、移動先サイトで提供される情報、サービス等について一切の責任を負いません。閲覧者が当ブログの情報を直接または間接に利用したことで被ったいかなる損害についても当サイト運営者は一切の責任を負いません。解析ツールR言語グラフ理系のサバイバルプライバシーポリシーホーム検索トップタイトルとURLをコピーしました。