学会ロゴベーチェット病の「B」、通名であるシルクロード病の「シルクロード」の交差する交易、HLAをはじめとする遺伝的素因より「遺伝子の二重らせん」、日本におけるベーチェット病研究である点を主張する「日の丸」、代表的な症状である眼病変を表す「眼球」。これらの要素を組み合わせたシンボルロゴ。シンボルロゴの二つの三角形がワードロゴと符合することでベーチェットの「B」を強調しながら、ワードロゴ単体でもロゴとしてアイデンティティを失いません。三角形の頂点が中央に向かって結集する形状は力の集結を喚起させ、学会の団結力を象徴します。三角形の組み合わせは、幾何学模様として世界的な形状認知を持ちながら、縄文時代から見られる日本の伝統的な幾何学文様です。先進的で未来的な印象と日本における伝統的形状を併せ持つ、シェイプと言えます。カラーリングは日本の伝統色である、浅葱色と真朱色を組み合わせ、日の丸の赤でありながら、炎症の赤と、学会における青年的印象をフレッシュで、医療的なブルー要素で表現しています。