明治11年(1878)、会津郡が北会津郡と南会津郡に分割され設置された。初めは、藩政時代の陣屋を庁舎に用いたが老朽化が甚だしかった。この時期は、外観だけが擬洋風の建築が多かったが、この南会津郡役所は本格的な洋風木造建築であり、この頃新改築された県内10余か所の郡役所のうちでは、北会津郡役所に次いで規模が大きかった。して南会津郡伸展の中心的役割を果たした。昭和45年(1960)、田島合同庁舎が新たに建設されその使命を終えた。もとは現在の田島合同庁舎の敷地内にあったが、昭和46年(1961)、現在地に引家され、原形どおりに復原された。現在、福島県の重要文化財となっている。