その後は隠居生活を送っていました。制定されると昭和22年(1947年)5月には戦前にあった大審院は廃止され最高裁判所が設立されました。そこで誰を初代長官にするかが問題になり。当時の片山内閣は三淵忠彦を選びました。引退しているとはいえ現役時代の三淵忠彦の仕事ぶりが高く評価されたようです。昭和22年(1947年)8月。三淵忠彦は最高裁判所の初代長官になりました。当時、裁判官の報酬は低く。それだけでは満足に家族を養えない人もいました。そのため判事を止める人もいました。裁判官が闇米を拒否して餓死するという事件も起きています。三淵忠彦は裁判官の待遇改善に取り組み、国に報酬の増額を要求。裁判官の法律に関する法律制定のきっかけを作りました。忠彦は晩年は内臓腫瘍に侵され療養生活を送りました。8ヶ月間欠席して国会に問題になることもありましたが。その時は退任にはならず。一度復帰したもの、また倒れて入院。病床で定年を迎えました。昭和25年(1950年)6月。