名門・天日(てんぴ)学園は、不思議な力を持つ“マケン”を使って授業を行う、一風変わった学園。「今年から共学化=女の子達の花園!」なんて安易な考えで入学した主人公・大山武(タケル)は、“マケン”を使って決闘する美少女たちの姿にたじたじに・・・さらに、なんだかんだで決まってしまった、幼馴染みの天谷春恋(あまやはるこ)、自称許嫁の櫛八イナホ、ミステリアスな姫神コダマら、3人の美少女たちとの同居生活も、タケルが期待していた「ムフフ」なことよりも、「イタタ」なことの方が山積みな日常。マケンキ』に入部することに。その力を自在に使役する姫巫女たちを人々は精霊使いと呼んだ。精霊使いとして訓練を積む姫巫女たちが集められたアレイシア精霊学院へとやってくる。それぞれの願いを胸に秘めた姫巫女たちと過去に抗う一人の少年の運命の物語が動き出す。水と緑の惑星アクアフォール。滅の危機が広がっていった。