主人公キラは親友サイの婚約者フレイを寝取ってしまう。実はフレイは、敵軍に父親を殺された恨みを晴らすため、その復讐の道具として使うために彼に近づいたのであった。(味方サイドでガンダムを使えるのは主人公のみ)いったいどうなってしまうのか—フレイの望み通り、追ってくる敵を次々と撃破していくキラ。キラは自分が敵軍の兵士の命を奪っている事を自覚していき、さらにかつての親友、アスランまでもが敵として現れ、戦う事に嫌気がさしていく。フレイに「僕たち間違っていたんだ」と別れ話を持ちかける。返事を返せないフレイを後に出撃するキラ。その戦いで彼は生死不明になってしまうのだった。紆余曲折の果て、キラとフレイは戦場の真っ只中で再会するが、フレイの乗る脱出艇が敵のビームによって打ち抜かれ、爆沈してしまう。絶叫するキラの前にフレイの幻影が現れる。自分はキラを苦しめていたと詫び、本当はあなたの事が好きだった、と伝えて消えていく。