O tratamento das fissuras é altamente individualizado, dependendo da saúde geral da criança e da gravidade e localização das fissuras. Muitas vezes são necessárias múltiplas cirurgias e acompanhamento de longo prazo.
Como as fissuras podem interferir no desenvolvimento físico, de linguagem e psicológico, o tratamento é recomendado o mais cedo possível. A cirurgia para reparar uma fenda labial geralmente é realizada entre 10 e 12 semanas de idade.
A fenda palatina é reparada por meio de um procedimento chamado palatoplastia, que é feito entre 9 e 18 meses. Freqüentemente, cirurgias adicionais são necessárias para obter os melhores resultados. A criança também pode receber acompanhamento de membros da equipe multidisciplinar em questões de fala, audição, crescimento, desenvolvimento dentário e psicológico.