Eu tenho uma sequência composta por sequências de três genes. Eu deveria determinar a direção de cada gene, mas dois desses genes estão interrompidos e não consigo determinar o códon inicial. Alguém sabe como posso determinar a direção dos genes?
Eu primeiro tentaria traduzi-lo e ver se há grandes regiões que saltam à sua vista e que não possuem códons de parada. Eu normalmente uso esta ferramenta para traduções rápidas e sujas, ela fornece todos os 6 quadros de leitura. Além disso, você pode tentar BLASTX em sua sequência se ela for curta o suficiente. BLASTX traduz seu DNA em todos os 6 quadros de leitura e pesquisará no banco de dados de proteínas proteínas correspondentes. Quase tudo terá um resultado e, se você obtiver um resultado, ele mostrará a sequência de DNA e o quadro de leitura que foi traduzido. Se sua sequência for muito grande, divida-a em pedaços menores até que o BLASTX funcione. Um de seus pedaços terá seu gene e receberá uma dose de proteína. Você também precisará separá-lo se tiver dois genes em um bloco, mas só obterá resultados para um deles porque é mais longo e dá melhores resultados.