Al-Adab Al-Mufrad 721
It is reported by Salim bin Abdullah on the authority of his father (Abdullah bin Umar (ra)) that when the prophet (ﷺ) heard a thunder-clap or a thunder-bolt, he would make this supplication:
“O Allah, slay us not with your lightening and destroy us not with your punishment. But, preserve us before that.”
حَدَّثَنَا مُعَلَّى بْنُ أَسَدٍ، قَالَ‏:‏ حَدَّثَنَا عَبْدُ الْوَاحِدِ بْنُ زِيَادٍ، قَالَ‏:‏ حَدَّثَنَا الْحَجَّاجُ قَالَ‏:‏ حَدَّثَنِي أَبُو مَطَرٍ، أَنَّهُ سَمِعَ سَالِمَ بْنَ عَبْدِ اللهِ، عَنْ أَبِيهِ قَالَ‏:‏ كَانَ النَّبِيُّ صلى الله عليه وسلم إِذَا سَمِعَ الرَّعْدَ وَالصَّوَاعِقَ قَالَ‏:‏ اللَّهُمَّ لاَ تَقْتُلْنَا بِصَعْقِكَ، وَلاَ تُهْلِكْنَا بِعَذَابِكَ، وَعَافِنَا قَبْلَ ذَلِكَ‏.‏