Grossaffoutere ligt am Weschtrand vom Rapperswiler Plateau im Bärner Seeland. Vor Gmeindsflächi si 61,6 % landwirtschaftlech gnutzte Bode, 26 % Waud, 11,8 % Sidligsflächi u 0,7 % süschtigi Flächi. De tiefst Punkt vor Gmeind ligt im Quartier Leen u isch 461 m, di högst Erhebig isch d Stärneriedhöchi mit  D Nachburgmeinde si Seederf, Liiss, Diessbe, Wängi, Rapperswiu u Schüpfe.