D Glasfenschter stamme us alle Bauperiode vum Minschter. Im romanische Querschiff sin bunti Glasfenschter us dere frieje Bauzitt z sehne (um 1220-60). Di gotische Fenschter im Langhuus sin zmaischt vu de Handwerkszimft gstiftet wore, d Symbol vu sällene wie Bretschle, Stifel usw. leen sich dodruf finde (um 1330). De Kaiser Maximilian het di sognännte Kaiserfenschter im Hochchor gstiftet. No de gotische Zitt sin e Raie vu de mittelalterlige Fenschter rusgnumme wore, wel me wie s in sällere Zitt gängig gsii isch meh Liecht in de Kilche het welle. Dodedur sin e Dail vu de wertvolle Glasmolereie fir immer verlore gange. Um 1900 het sich de Glaskinschtler Fritz Geiges um de Erhalt un d Reschtaurierig vu de Fenschter verdient gmacht, zum Dail awe mit eme us de hitige Sicht zwiifelhafte Ergebnis. Newe guete Kopie, wu hite dailwiis d Orginal ersetze, wu jetz im Museum sin, het er au Fenschter ergänzt oder het Dail in e neie Zämmehang brocht. De Geiges het au neji Fenschter im historisierende Stilvu siner Zitt gschaffe un het si mit ere kinschtlige Alterig versehne go verlore gangeni Fenschter noozahme. Us em 20. Johrhundert stamme unter anderem s Weschtfenschter in de Michaelskapelle un di sidlige Fenschterrosette vum Valentin Peter Feuerstein. De Friburger Kinschtler Hans-Günther van Look het am Aafang vum 21. Johrhundert e Fenschter gschaffe, wu d Edith Stein zaigt, un het im Rundfenschter vum sidlige Querschiff segs Medaillon mit „Hailige Fraue“ gstaltet, wu mit de Medaillon im „Fenschter vu de Barmherzigkait“ us em Mittelalter vis-a-vis korrespondiere.