Fontenais ligt im Elsgau, wo uf französisch Ajoie heisst. Zum Gmeindspiet ghöred d Dörfer Fontenais, Villars-sur-Fontenais und Bressaucourt. Nochbergmeinde sind uf Schwizer Site Haute-Ajoie, Courtedoux, Pruntrut, Courgenay und Clos du Doubs. Über e Col de Montvoie, wo  höch isch, chunnt mer äne am schwiz-französische Zoll uf Montancy im Département Doubs und witer an Doubs abe.