Anne 1620 isch d Universitet an d Jesuite ibergee woore. Si het sich in dr Johrhundert dernoo zuen eme Bollwärch vum katholisch Glaube entwicklet. Aafangs isch des no unter eme humanistische Geischt gstande, mit dr Zyt isch s aber zuen eme große Hindernis fir d Forschig un d Wisseschaft wore. Im glyche Johr 1620 isch vu dr medizinische Fakultet e Botanische Garte grindet wore, e Yyrichtig, wu bis hite wytergfiert wird, wänn au im Lauf vu dr Zyt an verschidene Standort. Im 18. Johrhundert het s an dr Universitet e dytligi Liberalisierig vor allem in Froge vum Glaube gee, vor allem dur d Ufnahm vu neje Studiefächer.