Anne 1549 isch s „Collegium S. Hieronymi“ as Folg vu dr Reforme vum Konzil vu Trient grindet wore dur dr Augschburger Bischof Kardinal Otto Truchsess von Waldburg am Sitz vu dr hochstiftische Regierig, wu vu Augschburg uf Dillenge verlageret woren isch. Im Johr 1551 isch s dur dr Papscht Julius III. zuen ere Universitet ghobe wore, wu vum Chaiser Karl V. 1553 bstetigt woren isch. In däne Grindigsjohr mit segs Lehrstiel hän zerscht d Dominikaner d Universitet bedribe unter dr Fierig vum wichtige Konzilstheolog vu Trient Pedro de Soto, em Bychtvater vum Chaiser Karl V. Näben em Pedro de Soto, wu vu Spanie chuu isch, het au no dr chaiserlig Hofkaplan un ehmolig Profässor z Paris, dr Spanier Martinus de Olave, an dr Universitet Dillenge glehrt. Dr erscht Räktor isch dr Petrus Endavianus gsi, wu us dr spanische Niderlande gstammt isch. Näbe drej Spanier hän drej Glehrti vu dr Universitet Löwen glehrt. E keine vu dr erschte Profässore isch us em Rych gstammt. Wu dr de Soto im März 1555 vum Reginald Pole uf Oxford gholt woren isch, het dr Kardinal Otto uf e Ibergab vu dr Universitet an d Jesuite zilt, wahrschyns beyyflusst dur syy Beroter, dr Jesuit Petrus Canisius. Di erschte Lehrstiel sin am 20. Oktober 1563 an di spanische Jesuiten Christoph Herrera, Hieronymus Torres gange, speter an dr Alfons Pisa gnännt Pisanus (1567–1570) un dr Gregor de Valencia (1573–1575). Erscht am 17. Augschte 1564 isch di formäll Ibergab vu dr Universitet an dr Jesuiteorde erfolgt.