D Blüeteziit vom Chloschter het zu de Wendi vom 16. zum 17. Johrhundert ihre Aafang gnoh. De Abt Peter Schmid (1594-1633) isch für di positiv Entwicklig massgeblich gsi. Ab em 1595i hets verschidnigi grösseri Umbaute gä, teilwiis sin Gebäude vo Grund uf noi errichtet worde und zwüsche 1601 und 1604 het d Chloschterchile es nois Chorgschtühl übercho. Vom Wirke vom Abt Peter züged au die viele Wappe vo ihm, wo bis hüt an verschidnige Stelle im Chloschter z gseh sind. Au e philosophischi und e theologischi Schuel isch en dere Ziit iigrichtet worde. Im Johr 1652 sind Reliquie vom Marianus und em Getulius vo Rom uf Wettige überfüürt worde. Iischnidend für s Chloschter isch de Zwöit Villmerger-Chrieg gsi. De Konvent het müesse flüchte und d Zürcher Truppe hei's Chloschter besetzt. Nach de Kapitualtion vo de Stadt Bade und em Siig vo de Reformierte Ständ isch d Grafschaft Bade und dodermit au s Chloschter unter de Schirmherrschaft vo Züri, Bärn und Glaris gschtande. Unterm Abt Peter Kälin (1745-1762) isch d Chloschterchile noi usgschtattet worde. Au de Iigang vo de Chile, so wi er hüt gschtaltet isch, chunnt us dere Ziit.