Am 6. Mai 1992 isch er as Bundesminischter fir Gsundhait in di vum Bundeschanzler Helmut Kohl gfiert Bundesregierig beruefe wore. Anne 1993 isch s zue Kritik am Sehofer wäg dr mangelhafte Informationsbolitik bim Brobläm vu HIV-versychte Bluetpreparat chuu. In däm Zämmehang het dr Seehofer 1993/1994 d Uflesig um Bundesgsundhaitsamt veraalosst. As Gsundhaitsminischter het dr Seehofer in syre Amtszyt gege dr Aastiig vu dr Cheschten im Gsundhaitswäse un s Defizit vu dr gsetzlige Chrankeversicherig gchämpft. S Gsundhaitsstrukturgsetz vu anne 1993 het s Gsundhaitswäse zuen eme rigide Sparkurs zwunge un het scho no aim Johr zue Cheschtesänkige vu umgrächnet rund 5,5 Milliarden Euro gfiert. S Bydragsentlaschtigsgsetz (1996) un d GKV-Neiornigsgsetz (1997) sin anderi Reforminitiative vum Seehofer gsii.