Perubahan anatomi terjadi pada sel epidermis, jaringan mesofil dan jaringan pembuluh helaian on nyang terserang peunyaket bercak dan karat. Sayatan melintang helaian on jagong kontrol menunjukan tiga sistem jaringan nyang jelas, yaitu jaringan dermal (epidermis), jaringan dasar (mesofil) dan jaringan pembuluh (xilem dan floem). Helaian on nyang terserang peunyaket bercak juga masih memperlihatkan ketiga sistem jaringan nyang jelas namun pada helaian on jagong nyang terserang peunyaket karat sudah tidak dapat dibedakan lagi antara jaringan dasar (mesofil) dan jaringan pembuluh (xilem dan floem).