y 2 tan 3x
y 2 tan 3x | studysoup
 week 4:    continuing on chapter 3:    microbes in the news ­ popping frozen poop pills can stave off dangerous bacterial  infections:  ● fecal transplants delivered by enema or tube down the digestive system.  ○ snake tube down the nose and into the stomach.  ○ patient can gag, vomit, risk of inhaling fecal matter.  ● alternative: frozen poop pills:  ○ shelf lif: 250 days.  ● preliminary study:  ○ popped 30 pills over a two day period.  ○ 19 to 20 patients with mild to moderate c. difficile infections fell from 5 to 1 stool  per day.  ○ after 2 days of pill popping­­14 cured.  ○ after 4 days, the rest cured.    lactic acid, co2, and ethanol are microbial fermentation byproducts used in fermenting foods.  ● milk products:  ○ cheese.  ○ yogurt.  ○ buttermilk.  ○ kefir.  ○ acidophilus milk.  ○ sour cream.  ● meats:  ○ bologna.  ○ salami.  ○ country­cured ham.  ○ sausage.  ● breads​:  ○ sourdough bread.  ○ numerous other breads and rolls.  ● miscellaneous products:  ○ sauerkraut.  ○ pickles.  ○ olives.  ○ vinegar.  ○ tofu.  ○ soy sauce.  ○ kimchi.  ● alcoholic beverages:  
 ○ beer.  ○ wine.  ○ saki.  ○ distilled spirits (brandy, whiskey, rum, vodka, gin).    dairyproducts​:  ● the fermentation of milk is an ancient practice.  ● over a thousand varieties of cheese exist globally.  ● cheeses vary in texture, taste, and aroma, due to:  ○ type of milk.  ○ length of incubation.  ○ type of bacteria in start culture.  ■ lactobacillu bulgaricusand streptococcus thermophilus are  commonly used in making yogurt.  ● health benefits have been attributed to consuming lactobacilli and other probiotics.    wine, beer, and other alcoholic beverages:  ● wine and other alcoholic beverages date to 6000 b.c.  ○ requires.cerevisiae and/or other yeasts to ferment sugars from fruit or grain,  producing ethanol and co2.  ● beer are products ​f.cerevisia​fermenting cereal grains, including barley, wheat,  and rice.  ● brandy, whiskey, rum, vodka, and gindistillespirit with higher alcohol content  than wine or beer.    louis pasteur and “sick wine” problem:  ● in the 1860s, the french wine industry was suffering from “sick wine”.  ● louis pasteur (chemist) was called in to help:  ○ observed bacteria in “sick wine,” but yeast in good.  ○ heated juice of grape to 50­60 degrees celsius, cooled and then added yeast  starter culture­­problem solved!  ○ this process opasteurizatio​ later applied to milk and dairy products.    harnessing microbes as research tools:  ● genetics and molecular biology, in particular, benefit from the use of microbes in the lab.  ○ microbes are easy and inexpensive to grow.  ○ microbes reproduce rapidly.  ○ microbes developed for genetic engineering techniques.  ● microbes were essential to sequencing human genome.  ● gene therapy depends upon use of microbes.        
 harnessing microbes in industry:  ● new or improved biotech products:  ○ novel and safer vaccines.  ○ novel antimicrobials.  ○ cheaper and safer medicinal agents:   ■ recombinant human growth hormone.  ■ recombinant human insulin.  ○ novel agricultural applications:  ■ bt, an environmentally friendly bioinsecticide.  ■ pseudomonas  ​syringae (ice­minus bacterium).    harnessing microbes for bioremediation:  ● bioremediation​: is the act of adding materials to the environment, such as fertilizers or  microorganisms, to increase the rate at which natural biodegradation occurs. we use  pseudomonas​  for bioremediation.  ● bioaugmentation​: biodegradation can be enhanced by spraying nutrients on beaches,  etc..to foster the growth of the indigenous microbes to accelerate degradation of  pollutants.    there are many advantages to using microbes in bioremediation:  ● microbes are inexpensive to grow.  ● microbes are self limiting (depend upon contaminants for growth).  ● microbes cause minimal disruption to the environment.  ○ break down oil to co2 and water.    sewage and wastewater treatment:  ● microbes are treating sewage and wastewater.  ● goal is to eliminate fecal pathogens before returning treated water to rivers and streams.  ● in the second stage of treatment, waste water passes over microbial communities of  bacteria, algae, and protozoa, which form on rocks as biofilms (organic matter and  pathogens are eliminated).    chapter 4 ­ bacteria:    cell shapes and patterns:  ● morphology​: bacteria are found in several common shapes (and arrangements), which  are useful in species identification.  ○ bacillus​(bacilli, pl): rod shaped.  ○ coccus​  (cocci, pl): spherical.  ○ curved or spiral (vibrio, curved; spirilla, rigid helix or wavy; spirochete flexible  helix).      
 naming​bacteria:  ● bacteria are named using linnae​sinomia classification system (having two  latinized names).  ○ genus​: name, capitalized (escherichia).  ○ species: name, not capitalized (coli).  ○ both names areitaliciz;escherichicol . ● bacteria names are frequently instructive.  ○ escherichi is named for theodor escherich.  ○ col indicates its habitat (large intestine).  ○ streptococcu indicates shape and arrangement.    * know the difference between a gram positive and gram negative cell for test.    envelope: is external to the cytoplasm.  ● plasma​membrane​ : selectively permeable.  ● cellwall(gram positive vs. gram negative):  ○ g+: thick layer of rigid polymer, peptidoglycan.  ○ g­: thin layer of peptidoglycan.  ○ prevents osmotic rupture of cell membrane.  ● outer ​embrane (in gram negatives only):  ○ contains fever inducing endotoxin.  ● capsule not integral to the cell.  ○ is a virulence factor, anti­phagocytic.    the gram stain is an important first step in the identification of bacteria pathogens.  ● choice of antibiotics is influenced by the gram stain reaction.  ○ broad spectrum antibiotics work agai​nd g­.  ○ narrow spectrum antibiotics work agai​s​g­. o ○ look at figure 4.03.    cytoplasm​: is all of a cell’s contents enclosed within the plasma membrane.  ● nucleoid: region of cytoplasm containing chromosomal dna.  ○ double stranded dna (dsdna).  ○ one or more circular and/or linear chromosomes.  ■ e coli, one circular.  ■ vibrio cholerae, two circular.  ■ borrelia spp, linear and circular.  ● plasmids: small, circular, independently replicating, dsdna.  ○ encode limited number of gene (few to many).  ○ expand genetic capability of host cell.  ■ may encode virulence genes.  ■ r factor: plasmids encoding antibiotic resistance genes.  ○ infectious natu, transmissible from donor to recipient.  
 ○ spores endospores,​ formed within the cell).  ■ viable for long periods (perhaps centuries or longer).  ■ resistant to heat,boiling, drying, radiation, and various chemical  compounds, including alcohol.  ■ important pathogens:  ● bacilluanthraci, anthrax, possible bioweapon.  ● clostridiu spp., tetanus, botulism, gas gangrene (all anaerobes).  ○ the spore cyclvegetativecells sporulate to produce spores, and spores  germinate into vegetative cells.    appendages:   ● flagell: used for motility.  ○ rotates like propeller.  ○ chemotaxis​  ■ move toward​ttractan​  ■ move away from repellan . ○ long, hollow filament made of subunflagelli . ■ many arrangements (single, polar, bipolar, dispersed, etc).    * know binary fission *    examination of the dynamics of growth reveals the presence of four major growth phases.  the four growth phases:  ● lag​: period of adaptation to new conditions. a few bacteria try and establish themselves  at site of infection.  ● exponential/logarithmic: the cell population doubles with each generation (2^3 = 2 x 2  x 2 = 8; the exponent 3 equals the number of generations). numbers of bacteria rising  exponentially, see first signs and symptoms for that infection.  ● stationary: rate of cell division is about equal to the rate of death (nutrients are depleted  and toxins accumulate). precipitated by success of host immune system, or success of  antibiotic treatment.  ● death​: the number of cells dying exceeds the rate of cell division. bacterial numbers  drop precipitously, due to effects of immune system or antibiotics.    culturing bacteria ­ diagnostics:  ● a clinical specime is obtained to grow in culture to identify the suspected cause of the  infection.  ○ throat swab, urine or blood culture, etc.  ■ inoculated into growth medium.  ■ streaked across agar plate to media to aid identification.  ● colonies may have identifiable morphology or properties.  ○ characteristics, texture, size, pigment, hemolysis, etc.  ● metabolic tests are used to identify bacterial pathogens.  
 ● rapid strep antigen tests.  ○ identification streptococcus pyogenes  ● a variety of media and diagnostic tests are available.  ○ type selected depends on source of the specimen.  ○ some bacteria can’t be grown, or they grow too slowly, requiring alternative  approaches.    determining which antibiotics a bacterial isolate is sensitive to is important.  ● antibiotic sensitivities are determined as follows:  ○ spread an isolate onto the surface of an agar plate.  ○ apply antibiotic­containing disks to plate surface.  ○ after incubationzone of inhibitio​ (no growth) form around any disks that  inhibit the bacterium’s growth.    rapid and cost­saving multi test procedures:  ● api­20e test contains twenty tests to differentiate bacteria belonging to the  enterobacteriaceae family (many cause urinary tract infections or diarrhea. 