ποιός γένος υποτίθεται να χρησιμοποιήσω;
η πίτσα είναι (η αγαπημένη) ή (το αγαπημένο) φαγητό του.
η πίτσα είναι το αγαπημένο του φαγητό (το επίθετο ακολουθεί το γένος του ουσιαστικού "φαγητό").

:)
ευχαριστώ δημήτρη :)
ms. athena maria is absolutely right. the only way you can say (η αγαπημένη) is only you refer to the pizza and not the food category. 

for example: 
i baked your favorite (kind of) pizza.
σου έψησα την αγαπημένη σου πίτσα.

is exactly what athena said, that the adjective follows the grammatical gender of the noun, i just wanted to give you an example!