Od początku prac nad konstytucją zabierał w jej sprawie głos Kościół hierarchiczny. Episkopat ustalił, że nie będzie wskazywać wiernym, jak mają głosować. arcybiskup Józef Michalik oświadczył, że zagłosuje przeciw ustawie. przewinęła się dyskusja, czy to już była agitacja. jest nią rozdawanie przy kościołach ulotek wzywających do odrzucenia konstytucji. dziwi publiczne krytykowanie hierarchów Kościoła przez duchowieństwo. przykładem w tej dziedzinie staje się fenomen Radia Maryja. stwarzane jest wrażenie, że Kościół popiera prawicę. Nauczanie Kościoła stanowi, że wierni świeccy działają w polityce na własną odpowiedzialność. Doświadczenia ostatnich lat dowodzą, że zbytnie angażowanie się Kościoła hierarchicznego w kampanie polityczne szkodzi jemu samemu.
Prace nad konstytucją znacząca zaostrzają konflikty nie tylko między politykami a Kościołem, ale przede wszystkim wewnątrz Kościoła hierarchicznego. Episkopat uznał, że kapłani mają powstrzymać się od wskazywania wiernym jak głosować, ale duchowni publicznie krytykują ustawę.  Ugrupowania polityczne również próbują wykorzystywać autorytet Kościoła w rozgrywkach politycznych. Politycznej agitacji w Kościołach sprzeciwia się biskup Tadeusz Pieronek, sekretarz Episkopatu Polski,  i inni duchowni, za co są ostro krytykowany wewnątrz Kościoła. Episkopat dementuje istnienie paktu z władzą: konkordat za konstytucję.  Zaangażowanie Kościoła w wybory jest dla niego niekorzystne. Z drugiej jednak strony okazuje się, że duchowni otwarci na współczesny pluralistyczny świat bywają krytykowani wewnątrz Kościoła.