Od początku prac nad konstytucją zabierał głos Kościół. Spór co do granic politycznej aktywności Kościoła pojawił się w momencie przygotowań do referendum.Episkopat ustalił, że nie będzie wskazywać wiernym, jak mają głosować. Biskupi poczęli więc oceniać ustawę. arcybiskup Józef Michalik, skrytykował konstytucję. oświadczył, że zagłosuje przeciw. Politycznej agitacji w kościołach sprzeciwia się biskup Tadeusz Pieronek. za to, iż odpowiada, że biskupi nie będą narzucać wiernym rozstrzygnięć, jest krytykowany wewnątrz Kościoła.  istnieje druga strona medalu, czyli próby wykorzystywania autorytetu Kościoła przez ugrupowania polityczne. Biskup Pieronek przyznał, że próbuje się wciągnąć Kościół w grę polityczną. Doświadczenia dowodzą, że zbytnie angażowanie się Kościoła hierarchicznego w kampanie polityczne szkodzi jemu samemu.
Wśród samego duchowieństwa coraz bardziej widoczny jest brak zgodności co do granic politycznej aktywności Kościoła hierarchicznego. Sytuacja się zaostrza, ponieważ nałożyły się na siebie dwie kampanie – referendalna i parlamentarna. Nigdy wcześniej oficjalne stanowisko Episkopatu nie było też tak jawnie krytykowane przez niektórych duchownych. Wg nauczania Kościoła wierni świeccy działają w polityce na własną odpowiedzialność. Kościół ma dokonywać oceny moralnej zjawisk społecznych, ale nie powinien podejmować agitacji politycznej. Te same etyczne cele mogą być bowiem osiągane za pomocą różnych środków i różnych programów politycznych. Doświadczenia ostatnich lat pokazują, że nadmierne angażowanie się w politykę może Kościołowi tylko zaszkodzić.