Tužitelji kažu da Ergenekon ima rasprostranjene ogranke, uključujući medijske osobe i plaćene ubojice, ali kako ogranci nemaju kontakt jedni s drugima i primaju instrukcije s vrha.
Savcılar, Ergenekon'un medyadan isimler ve kiralık katiller de dahil olmak üzere geniş bir alana dağılmış hücrelere sahip olduğu, ancak bu hücrelerin birbirleriyle teması olmdığı ve talimatları tepeden aldıklarını öne sürüyor.