Kao i njegov vojni zapovjednik iz razdoblja rata Ratko Mladić, Karadžić je nestao nekoliko mjeseci nakon što je 1995. godine Međunarodni kazneni sud za bivšu Jugoslaviju (ICTY) podignuo prve optužnice protiv njih.
Karadziç, savaş zamanındaki ordu komutanı Ratko Mladiç ile birlikte, Eski Yugoslavya Hakkındaki Uluslararası Ceza Mahkemesinin (ICTY) haklarındaki ilk suçlamaları 1995 yılında yayınlamasından birkaç ay sonra ortadan kayboldu.