Napredak političkih i gospodarskih reformi također je usporen ratom na Kosovu 1999. godine, tijekom kojeg je Makedonija prihvatila stotine tisuća izbjeglih kosovskih Albanaca.
Siyasi ve ekonomik reformlardaki ilerleme, Makedonya'nın yüz binlerce Kosovalı Arnavut mülteciyi kabul ettiği 1999 Kosova savaşı yüzünden de yavaşladı.