Nezadovoljavajući stupanj neovisnosti od zakonodavnih i izvršnih vlasti, neučinkoviti sudski procesi i otegnuta suđenja, zaostali predmeti i potreba za većim profesionalizmom sudaca i tužitelja neki su od izazova s kojima se suočava makedonsko pravosuđe, koje je nužno uskladiti sa standardima EU u sklopu nastojanja zemlje na akcesiji.
Yasama ve yürütmeden yeterince bağımsız hareket edilememesi, yargılama usullerinin yetersizliği, uzun süren mahkemeler, birikmiş davalar, hakim ve savcıların yeterince profesyonel bir tutum sergilememesi Makedon yargı sisteminin karşı karşıya olduğu sorunlardan bazıları ve bu sorunlar, ülkenin AB'ye katılma çabalarının bir parçası olarak AB standartları ile uyumlu hale getirilmek zorunda.