Gotovina se suočava s pet točaka optužnice za zločine protiv čovječnosti i tri točke za kršenje pravila i običaja rata, uključujući i progon, ubojstva, pljačku imovine, deportaciju, namjerno uništavanje gradova, mjesta ili sela i druga djela protiv čovječnosti koja su on i postrojbe pod njegovim zapovjedništvom i nadzorom navodno počinile tijekom operacije pod nazivom "Oluja".
Gotovina, kendisi ile emir ve komutası altındaki kuvvetlerin "Fırtına" harekatı sırasında işlediği iddia edilen zulüm, cinayet, yağma, sınır dışı etme, il, ilçe ve kasabaların nedensizce yıkıma uğratılması ve diğer insanlık dışı eylemler nedeniyle beş adet insanlığa karşı suç ve üç adet savaş yasaları veya adetlerinin ihlaliyle itham ediliyor.