Holbrooke, koji je radio za sve predsjednike iz Demokratske stranke od 1960-ih, imenovan je pomoćnikom državnog tajnika za europska i kanadska pitanja 1994., u jeku sukoba koji su popratili raspad bivše Jugoslavije.
1960'ların sonundan itibaren tüm Demokrat başkanlarla çalışan Holbrooke, eski Yugoslavya'nın dağılmasıyla birlikte yaşanan çatışmaların en yoğun olduğu dönemde, 1994 yılında Avrupa ve Kanada ile ilişkilerden sorumlu dışişleri bakan yardımcılığına getirildi.