Od veljače do travnja 1992. godine, Gotovina je bio zamjenik zapovjednika Posebne postrojbe Glavnog stožera Hrvatske vojske, nakon čega je preuzeo šestomjesečnu dužnost u Hrvatskom vijeću obrane.
Gotovina, Hırvat Savunma Konseyi tarafından altı aylığına görevlendirildikten sonra Şubat-Nisan 1992 tarihlerinde Hırvat Ordusu Kurmay Ekibi Özel Birimi'nde komutan yardımcısı olarak görev yaptı.