Stanković, 36, prvotno je 1996. optužen, zajedno sa sedmoricom drugih osoba, za ratne zločine koje su navodno počinili protiv bosanskih muslimana i Hrvata koji su bili zatočeni nakon što su srpske snage zauzele Foču, u travnju 1992. Nakon uhićenja od postrojbi SFOR-a 9. srpnja 2002., Stanković je sljedećeg dana prebačen u Haag . 2003, tužitelji UN-a podignuli su odvojenu optužnicu protiv Stankovića, koja je kasnije izmijenjena.
36 yaşındaki Stankoviç ilk olarak 1996 yılında, Sırp güçlerinin Nisan 1992'de Foca'yı işgal etmesinin ardından gözaltına alınan Bosnalı Müslüman ve Hırvatlara yönelik işlediği iddia edilen savaş suçlarından dolayı yedi başka şahısla birlikte suçlandı. 9 Temmuz 2002'de SFOR askerleri tarafından tutuklanarak ertesi günü Lahey'e gönderildi. 2003 yılında, BM savcıları Stankoviç aleyhinde ayrı bir iddianame yayınladılar ve bu belge daha sonra değiştirildi.