Babacan je završio industrijski inženjering na Bliskoistočnom tehničkom fakultetu u Ankari, diplomiravši kao prvi u svojoj klasi.
Ankara'daki Orta Doğu Teknik Üniversitesi'nde endüstri mühendisliği okuyan Babacan okulundan birincilikle mezun oldu.