Stjepan Mesić, koji je pobijedio na predsjedničkim izborima u Hrvatskoj u veljači 2000. godine razriješio ga je dužnosti u vojsci 28. rujna iste godine.
Şubat 2000'de Hırvatistan cumhurbaşkanlığı seçimlerini kazanan Stipe Mesic, aynı yılın 29 Eylül günü Gotovina'yı ordudan ihraç etti.