Zawahiri, čiji se EIJ navodno spojio s al-Qaedom 1998. godine, također je, kako se vjeruje, jedan od glavnih planera samoubilačkog bombaškog napada na američki razarač USS Cole kod obale Jemena 2000. godine i "mozak" iza napada 11. rujna na Sjedinjene Američke Države.
Lideri olduğu MİC'nin 1998 yılında El Kaide ile birleştiği söylenen Zevahiri'nin, 2000 yılında Yemen kıyısı açıklarındaki USS Cole'a düzenlenen bombalı intihar saldırısının planlayıcısı ve ABD'de meydana gelen 11 Eylül saldırılarının ardındaki "beyin" olduğuna da inanılıyor.