Nalazio se u bijegu od lipnja 2001. godine, nestavši ubrzo nakon što je Međunarodni tribunal za bivšu Jugoslaviju (ICTY) podignuo optužnicu protiv njega zbog navodne odgovornosti za zločine počinjene nad krajinskim Srbima pred kraj sukoba u Hrvatskoj 1991-1995.
Haziran 2001'den beri kanundan kaçmakta olan Gotovina, Eski Yugoslavya Uluslararası Ceza Mahkemesi'nin (ICTY) kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru Krajinalı Sırplara karşı işlenen zulümlerde rol aldığı iddiasıyla suçlamasından kısa süre sonra ortadan kayboldu.