SPC ne priznaje Makedonsku pravoslavnu crkvu (MPC) koja je 1967. proglasila autokefalnost (neovisnost). SPC je 2003. godine odlučila obnoviti svoju autonomnu Ohridsku arhiepiskopiju i pozvala makedonske svećenike na povratak pod okrilje SPC-a.
Bu arada SPC de, 1967 yılında bağımsızlığını ilan eden Makedon Ortodoks Kilisesini (MPC) tanımıyor. 2003 yılında SPC, kendi özerk Ohri Başpiskoposluğunu yeniden kurmaya karar verdi ve Makedon papazlığını kanonik SPC kanadına dönmeye davet etti.