Lajčakov je novi posao posljednja u nizu dužnosti koje je obnašao na Balkanu. Od 2001. do 2005. bio je na dužnosti u Beogradu kao veleposlanik Slovačke u Federalnoj Republici Jugoslaviji (kasnije Srbija i Crna Gora), Albaniji i Makedoniji.
Lajcak’ın yeni görevi, kendisini Balkanlar’a getiren bir dizi görevin sonuncusu. 2001-2005 yılları arasında Slovakya’nın Federal Yugoslavya Cumhuriyeti (daha sonra Sırbistan ve Karadağ adını aldı), Arnavutluk ve Makedonya büyükelçisi olarak hizmet eden Lajcak, 1998-2001 döneminde Slovak Dışişleri Bakanı Eduard Kukan’ın özel kalem müdürü olarak çalıştı.