Zawahiri je rođen u uglednoj obitelji više srednje klase u Kairu, gdje se obrazovao za očnog kirurga. Koncem sedamdesetih godina postao je jedan od utemeljitelja Egipatskog islamskog džihada (EIJ), organizacije koja se protivila sekularnom režimu te zemlje i trudila se srušiti ga nasilnim putem.
Zevahiri, üst-orta sınıftan tanınmış bir ailenin oğlu olarak Kahire'de dünyaya geldi ve burada göz cerrahisi üzerinde eğitim gördü. 1970'lerin sonunda, ülkedeki laik rejime karşı çıkan ve bunu şiddet yoluyla devirmeye çalışan Mısırlı İslami Cihad (MİC) örgütünün kurucularından birisi oldu.