Predala se Međunarodnom kaznenom sudu za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) u siječnju 2001. godine kako bi se sučelila s optužbama za genocid, istrebljenje, ubojstvo, progon, deportaciju i nehumano postupanje. Kada je postigla nagodbu s tužiteljima 2002. godine Plavšić se složila izjasniti se krivom po jednoj točki optužnice, za progon bosanskih Muslimana i Hrvata.
Eski lider Ocak 2001'de hakkındaki soykırım, zulüm, cinayet, sürme, sınırdışı etme ve insanlık dışı muamele suçlamalarıyla yüzleşmek üzere Eski Yugoslavya Uluslararası Ceza Mahkemesi'ne (ICTY) teslim oldu. 2002 yılında savcılarla bir anlaşma yapan Plavsiç, bir adet Bosnalı Müslüman ve Hırvatlara karşı zulüm suçunu kabul etti.