U tom svojstvu imao je de facto i de jure zapovjedništvo i nadzor nad svim hrvatskim snagama raspoređenim u sklopu Operacije Oluja u južnom dijelu regije Krajine, naveli su tužitelji u izmijenjenoj optužnici protiv Gotovine koja je objavljena u ožujku 2004. godine.
BM savcıları Mart 2004'te kamuoyuna açıkladıkları Gotovina aleyhindeki değiştirilmiş iddianamede, zanlının bu görevi süresince, Fırtına Operasyonu kapsamında Krajina bölgesinin güney bölgesinde konuşlandırılan Hırvat güçlerinin tümü üzerinde fiili ve kanuni komuta ve kontrole sahip olduğunu iddia ettiler.