Župljanin je, tvrde tužitelji UN-a, sudjelovao u zajedničkom kriminalnom pothvatu čiji je cilj bio "eliminiranje i trajno uklanjanje, silom ili drugim sredstvima, bosanskih Muslimana i bosanskih Hrvata s teritorija" samoproglašene Autonomne oblasti Bosanska Krajina.
BM savcılarının iddiasına göre Zupljanin, amacı "Bosnalı Müslümanlar ve Bosnalı Hırvatları ortadan kaldırmak veya zorla veya başka yollardan tek taraflı ilan edilmiş Özerk Krajina Bölgesinden kalıcı olarak uzaklaştırmak" olan bir suç iştirakinde yer aldı.