Moćna i sasvim sekularna vojska Turske, koja je bila sumnjičava prema islamističkim temeljima AKP-a od njihovog dolaska na vlast 2003., porekla je svaku povezanost s Ergenekonom i surađuje u istrazi.
Türkiye'nin, İslamcı kökenli AKP'ye 2003 yılında iktidara gelmesinden bu yana şüpheyle yaklaşan güçlü ve laikliğe sadık ordusu Ergenekon ile herhangi bir şekilde bağlantısı olduğunu reddetti ve soruşturmada işbirliği gösterdi.