Državna je kontrola zajamčena kroz jedinstveni zapovjedni lanac koji polazi od Predsjedništva BiH, ka ministru obrane, združenom stožeru, te najzad do zapovjednika Operativnih i Logističkih zapovjedništava. Jedinstveni je državni proračun obrane stupio na snagu 1. siječnja 2006. Do 1. srpnja 2007. biti će ustanovljen novi brigadni stožer, a do 31. prosinca 2007. reorganizacija bi trebala biti dovršena.
BH Cumhurbaşkanlığı makamından Savunma Bakanlığına, oradan da Ortak Genel Kurmay Başkanlıkları ile Harekat ve Destek Komutanlıklarına uzanan tek bir komuta zinciri oluşturulmuş ve bu zincirde devlet kontrolü esas alınmıştır. 1 ocak 2006’da tek bir devlet savunma bütçesi yürürlüğe koyulmuştur. 1 Temmuz 2007’ye kadar yeni Tugay Karargahı kurulmuş, 31 Aralık 2007’ye kadar ise yeniden yapılanma tamamlanmış olacaktır.