ICTY je prvotnu optužnicu protiv Župljanina, 56, podignuo u prosincu 1999. godine, smatrajući tog bivšeg zapovjednika Regionalnog središta sigurnosne službe u Banja Luci odgovornim za ratne zločine čije su žrtve bili nesrbi, tijekom sukoba u BIH 1992-1995.
ICTY, Banja Luka'daki Bölgesel Güvenlik Teşkilatı Merkezinin 56 yaşındaki eski komutanı Zupljanin'i BH'deki 1992-1995 ihtilafı sırasında Sırp harici insanları mağdur eden savaş suçlarından sorumlu tutan ilk iddianamesini Aralık 1999'da yayınladı.