Bio je optužen, zajedno s bivšim hrvatskim predsjednikom Franjom Tuđmanom, za planiranje pogubljenja i drugih akcija tijekom hrvatske vojne akcije pod nazivom operacija Oluja.
Gotovina, eski Hırvat Cumhurbaşkanı Franjo Tudjman'la birlikte Fırtına Operasyonu kod adlı Hırvat askeri operasyonu sırasında gerçekleştirilen katliamları ve diğer eylemleri yönetmekle suçlanıyordu.