Međunarodni kazneni tribunal za bivšu Jugoslaviju (ICTY) podignuo je u studenom 2003. godine optužnicu protiv Babića za zločine protiv čovječnosti zbog progona na političkoj, rasnoj i vjerskoj osnovi, kao i još četiri točke koje ga terete za kršenje pravila i običaja rata, uključujući ubojstva, zlostavljanja, hotimično ili vojno neopravdano razaranje sela i uništavanje ili ostećivanje obrazovnih ili vjerskih institucija.
Babiç'e, Kasım 2003'te Eski Yugoslavya Hakkındaki Uluslararası Ceza Mahkemesi (ICTY) tarafından siyasi, ırksal ve dini sebeplerle zulmetmekten insanlığa karşı suçun yanı sıra aralarında cinayet, kötü muamele, köylerin nedensiz ve askeri açıdan gereksiz imhası ve eğitim amaçlı ve dini kurumlara hasar vermenin de yer aldığı dört adet savaş yasa ve geleneklerini ihlal iddiasıyla suçlamada bulunulmuştu.