Tijekom krize na Kosovu 1999. godine, Makedonija je o svojem trošku pružila utočište za više od 300.000 albanskih izbjeglica. Sukob sa pobunjenim Albancima u zemlji okončan je 2001. godine potpisivanjem Ohridskog okvirnog sporazuma, koji je nametnuo velike promjene u ustavu, a zatim i teritorijalni preustroj.
1999 yılındaki Kosova krizi sırasında, Makedonya 300 binden fazla Arnavut mülteciyi kendi imkanlarıyla barındırdı. 2001 yılında, isyancı Arnavutlarla yaşanan bir ihtilaf, önemli anayasa değişikliklerini ve buna müteakip toprak yeniden düzenlemesini dayatan Ohrid Çerçeve Anlaşması'nın imzalanmasıyla sona erdi.