Mesićevi su odnosi s hijerarhijom katoličke crkve stalno su bili zategnuti, budući da je kritizirao njihovo uplitanje u politiku, a oni su njega kritizirali tvrdeći kako ne štiti nacionalne interese.
Mesiç’in Katolik Kilisesi ile olan ilişkileri sürekli gerilimliydi, çünkü Mesiç Kiliseyi siyasete karışmakla, Kilise ise Mesiç’i ulusal çıkarları korumamakla eleştiriyordu.