Egipatske vlasti uhitile su ga nakon ubojstva predsjednika Anwara Sadata od strane islamskih militanata 1981. godine.
Mısır makamları, 1981 yılında Cumhurbaşkanı Enver Sedat'ın islamcı militanlar tarafından öldürülmesi sonrasında El Zevahiri'yi tutukladılar.