Karadžić, koji je obnašao i službenu i faktičku nadležnost i nadzor nad snagama bosanskih Srba i svim službama SDS-a i vlade, također je optužen u svezi s ubojstvom oko 8.000 muškaraca i dječaka bosanskih Muslimana u srpnju 1995. godine, zarobljenih na nekoliko različitih lokacija u "zaštićenoj zoni" UN Srebrenici i njezinoj okolici.
Bosnalı Sırp güçleri ve bütün SDS ve hükümet yetkilerinin hem resmi hem de fiili olarak güç ve kontrolünü elinde tutan Karaciç, Temmuz 1995'te BM "güvenli bölgesi" Srebrenitsa içinde ve civarındaki çok sayıda farklı noktada yakalanmış 8 bin kadar Bosnalı Müslüman erkek ve oğlan çocuğunun katledilmesiyle ilgili olarak da suçlanıyor.