U optužnici se tvrdi kako je Ergenekon pokušao razviti kemijsko i biološko oružje, te stoji iza krijumčarenja narkotika u Turskoj.
İddianamede, Ergenekon'un kimyasal ve biyolojik savaş başlatmaya çalıştığı ve Türkiye'deki uyuşturucu kaçakçılığının arkasındaki varlık olduğu da iddia ediliyor.