Protiv Kovačevića i još trojice časnika -- generala Jugoslavenske armije Pavla Strugara, umirovljenog viceadmirala Miodraga Jokića i mornaričkog viceadmirala Miodraga Zeca -- je podignuta optužnica 2001. godine zbog ubojstva civila i štete nanesene povijesnom gradu.
Kovaçeviç, diğer üç subay -- Yugoslav Ordu Generali Pavle Strugar, Emekli Koramiral Miodrag Jokiç ve Donanma Koramirali Milan Zec -- ile birlikte sivillerin öldürülmesi ve tarihi kentte meydana gelen yıkımla ilgili olarak 2001 yılında suçlanmıştı.