Provedba istrage Ergenekona, koja je uključivala i pritvaranje osumnjičenika prije predstavljanja bilo kakvih jasnih dokaza i dugo držanje u zatvoru prije suđenja, naišla je na velike kritike sekularnih i nacionalističkih medija.
Şüphelilerin hiçbir net kanıt sunulmadan gözaltına alınıp mahkemeden önce uzun süreyle hapis tutulduğu Ergenekon soruşturmasının yürütülüş şekli laik ve milliyetçi medyanın yaygın eleştirilerine hedef oldu.