Bardakoglu je jedan prvih vjerskih čelnika koji su oštro reagirali na Papin rujanski govor u Regensburgu, u Njemačkoj, u kojem je pontifik citirao bizantskog vladara iz 14. stoljeća koji je učenja proroka Muhameda opisao kao "zla i nečovječna".
Bardakoğlu, Papa'nın Eylül ayında Almanya'nın Rosenburg kentinde yaptığı ve bir 14. yüzyıl Bizans imparatorunun Hz. Muhammed'in öğretilerini "kötü ve insanlık dışı" olarak nitelendiren sözlerini aktardığı konuşmasına şiddetli tepki veren ilk dini liderlerden biriydi.