Protiv Gotovine, koji je zajedno s čelnicima bosanskih Srba iz razdoblja rata Radovanom Karadžićem i Ratkom Mladićem na vrhu popisa najtraženijih optuženika tribunala UN-а, podignuta je optužnica 2001. godine.
Savaş zamanı Bosnalı Sırp liderleri Radovan Karadziç ve Ratko Mladiç ile birlikte BM mahkemesinin arananlar listesinin başında yer alan Gotovina hakkındaki suçlama Haziran 2001'de yayınlandı.