Među spornim pitanjima su naziv "Makedonija", zvijezda Vergine -- otkrivena u Grčkoj, ali se još uvijek koristi u modificiranom obliku na službenoj zastavi Makedonije -- i sporno postojanje "makedonske manjine" u sjevernoj Grčkoj.
Anlaşmazlık noktaları arasında "Makedonya" ismi, Yunanistan'da ortaya çıkarılmasına karşın değiştirilmiş biçimiyle Makedonya'nın resmi bayrağında hâlâ kullanılmakta olan Vergina yıldızı ve kuzey Yunanistan'da bir "Makedon azınlığın" tartışmalı varlığı yer alıyor.