Tužitelji UN-a podignuli su 2001. godine optužnicu protiv njega tereteći ga za navodnu ulogu u zločinima počinjenim 1995. godine tijekom ofenzive Hrvatske vojske protiv srpskih separatista u području Krajine.
BM savcıları Gotovina'yı 2001 yılında, Hırvat Ordusunun 1995 yılında Krajina bölgesindeki ayrılıkçı Sırplara karşı düzenlediği saldırı sırasında işlenen zulümlerde rol aldığı iddiasıyla suçladılar.