Jugoistočna Europa također je bila lokacija u kojoj je al-Qaeda obavljala aktivnosti vojačenja, jer je skupina pokušavala iskoristiti vjerske podjele koje su potaknule balkanske sukobe devedesetih godina.
Güneydoğu Avrupa, 1990'larda yaşanan Balkan ihtilaflarını körükleyen dini bölünmeleri istismar etmek isteyen el Kaide'nin adam toplama faaliyetlerine de sahne oldu.