Na prvim poslijeratnim izborima 1996. godine izabran je za predstavnika muslimanske zajednice u prvom multietničkom tročlanom predsjedništvu te je postao njegov prvi predsjedatelj. Kao razlog navodeći zdravstvene probleme, 2000. godine napustio je funkciju i povukao se iz aktivne politike.
Ülkenin 1996 yılında savaş sonrası ilk seçimlerinde İzetbegoviç, ilk üç üyeli çok ırklı cumhurbaşkanlığında Müslüman toplumunu temsil etmek üzere seçilmiş ve bu makamın ilk başkanı olmuş, ancak sağlık sorunları nedeniyle 2000 yılında görevinden ayrılarak, aktif siyasete veda etmişti.