Razdor je dodatno naglašen nakon što je NATO bombardirao bivšu Jugoslaviju zbog Miloševićeve politike prema Kosovu. Đukanović je nakon 2000. počeo otvoreno zagovarati neovisnost Crne Gore.
Miloseviç’in Kosova'ya ilişkin olarak izlediği siyaset nedeniyle eski Yugoslavya'nın NATO kuvvetleri tarafından bombalanması, Sırbistan ile Karadağ arasındaki ilişkileri daha da zora soktu. 2000 yılından itibaren Djukanoviç, Karadağ’ın bağımsızlığı fikrini açıkça savunmaya başladı.