Lajčak je diplomirao pravo na Sveučilištu Commenius u Bratislavi. Studirao je međunarodne odnose na Državnom institutu za međunarodne odnose u Moskvi, a diplomirao je i na Europskom centru za sigurnosne studije Georgea C. Marshalla u Njemačkoj.
Bratislava’daki Commenius Üniversitesinin hukuk fakültesinden mezun olan Lajcak, daha sonra Moskova'daki Devlet Uluslararası İlişkiler Enstitüsünde uluslararası ilişkiler eğitimi aldı ve Almanya'daki George C. Marshall Avrupa Güvenlik Etütleri Merkezinden mezun oldu.