Gotovina je bio jedan od trojice najtraženijih odbjeglih optuženika za ratne zločine iz balkanskih sukoba devedesetih godine, zajedno s bivšim čelnikom bosanskih Srba Radovanom Karadžićem i njegovim vojnim zapovjednikom Ratkom Mladićem.
Gotovina, eski Bosnalı Sırp lider Radovan Karadziç ve ordu komutanı Ratko Mladiç ile birlikte 1990'lardaki Balkan ihtilaflarından kaynaklanan en azılı üç savaş suçu zanlısından biriydi.