U bijegu je od lipnja 2001. godine, ubrzo nakon što ga je Međunarodni kazneni tribunal za bivšu Jugoslaviju (ICTY) optužio za navodnu umiješanost u zločine počinjene nad krajinskim Srbima pred kraj sukoba u Hrvatskoj 1991-1995.
Ante Gotovina, eski Yugoslavya ile ilgili Uluslararası Ceza Mahkemesi'nin (ICTY) kendisini 1991-1995 yılları arasında Hırvatistan'da yaşanan çatışmalar sırasında Krajinalı Sırplara yapılan zulümlere katılmakla suçlamasından hemen sonra 2001 yılının Temmuz ayında ortadan kaybolmuştu.