Kritičari Ergenekona tvrde kako vojska nije planirala državni udar, a Ergenekon je samo urota izmišljena od strane AKP-a kako bi mogli izvršiti pritisak i ušutkati opoziciju.
Ergenekon sürecini eleştirenler ise, ordunun darbe hazırlığı içinde olmadığını ve Ergenekon'un, muhalefeti bastırıp sindirmek amacıyla AKP tarafından tasarlanan bir komplodan ibaret olduğunu öne sürüyor.