Milutinovic, impreuna cu alti patru fosti oficiali iugoslavi de varf, inclusiv Slobodan Milosevic, au fost acuzati pentru atrocitati presupuse a fi fost comise in perioada conflictului din 1998-1999 din Kosovo.
Milutinoviç, së bashku me katër ish-zyrtarë të tjerë të lartë jugosllavë, përfshirë Sllobodan Millosheviç, u padit për mizori që dyshohet se janë kryer gjatë konfliktit të viteve 1998-1999 në Kosovë.