După 2000 Djukanovic a început în mod deschis să susţină independenţa Muntenegrului. Campania a culminat cu referendum în mai 2006, în care o majoritate decisivă a optat să iasă din uniunea statală Serbia-Muntenegru.
Ishte pas vitit 2000 që Gjukanoviç filloi të mbronte haptazi pavarësinë e Malit të Zi. Kjo fushatë u kulmua me një referendum në maj 2006, në të cilin një shumicë vendimtare u prir të linte bashkimin shtetëror të Serbi-Malit të Zi.