Zawahiri, a cărui grupare, EIJ, se pare că a fuzionat cu al-Qaeda în 1998, este suspectat de asemenea că ar fi fost unul din organizatorii atacului sinucigaş asupra USS Cole în largul coastei Yemenului, în 2000, şi unul din "creierele" din spatele atacurilor din 11 septembrie asupra Statelor Unite.
Zavahiri, EIJ e të cilit thuhet se është shkrirë me al-Kaedën më 1998, besohet gjithashtu të ketë qenë një nga organizatorët e bombës vetë-vrasëse në USS Cole pranë brigjeve të Jemenit më 2000 dhe "truri" pas sulmeve të 11 shtatorit në Shtetet e Bashkuara.