Puternica armată a Turciei, care are o poziţie ferm secularistă şi a avut suspiciuni legate de AKP, despre care se ştie că are rădăcini islamice, încă de la urcarea la putere a AKP în 2003, a negat orice legătură cu cazul Ergenekon şi a cooperat cu investigaţia.
Ushtria e fuqishme dhe e vendosur laike e Turqisë që ka qenë dyshuese ndaj AKP me rrënjë islamike që kur ajo erdhi në pushtet më 2003, ka mohuar çdo lidhje me Ergenekon dhe ka bashkëpunuar me hetimin.