Gotovina a fost unul dintre principalii trei fugari urmăriţi pentru crime de război după conflictele din Balcani din anii 1990, alături de fostul lider sârb bosniac Radovan Karadzic şi comandantul său militar, Ratko Mladic.
Gotovina ishte një nga tre të fshehurit më të kërkuar nga konfliktet e Ballkanit në vitet 1990, së bashku me ish kreun serb boshnjak Radovan Karaxhiç dhe komandantin e tij ushtarak Ratko Mlladiç.