Progresul reformelor politice şi economice a fost de asemenea încetinit de războiul din Kosovo din 1999, în timpul căruia Macedonia a acceptat sute de mii de refugiaţi albanezi kosovari.
Përparimi i reformave politike dhe ekonomike u ngadalësua gjithashtu nga lufta e Kosovës më 1999, gjatë të cilës Maqedonia pati qindra mijëra refugjatë shqiptarët të Kosovës.