Gotovina, împreună cu liderii sârbo-bosniaci din timpul războiului Radovan Karadzic şi Ratko Mladic, se află printre principalii inculpaţi urmăriţi de tribunalul ONU şi a fost pus sub urmărire penală în iunie 2001.
Gotovina, i cili së bashku me krerët serbë boshnjakë të luftës, Radovan Karaxhiç dhe Ratko Mlladiç, kryeson listën e më të kërkuarve të gjykatës së OKB-së, u padit në qershor 2001.