Un alt domeniu în care au apărut dificultăţi în timpul procesului de evaluare este cel al armonizării regimului vamal al Croaţiei cu acquis-ul comunitar.
Një tjetër fushë ku kanë dalë tashmë vështirësitë gjatë procesit të shqyrtimit është ajo e harmonizimit të regjimit doganor të Kroacisë me acquis communitaire.