Thaci se va confrunta de asemenea cu alte două obstacole: actualele plângeri că alegerile din 12 decembrie şi repetarea parţială a alegerilor din ianuarie au fost afectate de fraudă şi acuzaţiile raportorului Consiliului Europei Dick Marty potrivit cărora premierul a fost implicat în presupusul trafic de organe comis de KLA după conflictul din 1998-1999.
Thaçi do të ndeshë gjithashtu dy pengesa të tjera: ankesat në vazhdim se zgjedhjet e 12 dhjetorit dhe një rivotim i pjesshëm i zhvilluar në janar u prishën nga mashtrimet dhe akuzat nga raportuesi i Këshillit të Europës Dik Marti se kryeministri ishte përfshirë në trafikimin e dyshuar të organeve nga UÇK pas konfliktit të 1998-1999.