Cea mai mare problemă rămâne, totuşi, guvernarea, având în vedere că greco-ciprioţii doresc un stat unitar, iar turco-ciprioţii preferă o confederaţie binaţională.
Më e vështira çështje është qeverisja, me grekët qipriotë që duan një shtet të vetëm dhe turqit qipriotë që preferojnë një konfederatë me dy shtete.