Între februarie şi aprilie 1992, Gotovina a fost comandantul adjunct al Unităţii Speciale a Statului Major al Armatei Croate, fiind ulterior membru al Consiliului Croat de Apărare timp de şase luni.
Nga shkurti në prill të vitit 1992, Gotovina ishte nënkomandant i njësisë speciale të shtabit kryesor të ushtrisë kroate, pastaj mori për gjashtë muaj një emërim në Këshillin Kroat të Mbrojtjes.