Modul în care s-a derulat ancheta privitoare la Ergenekon, în cadrul căreia suspecţii au fost reţinuţi înaintea prezentării unor dovezi clare şi au fost închişi în închisoare cu mult timp înainte de proces, a fost puternic criticată de presa seculară şi naţionalistă.
Kryerja e hetimit të Ergenekon, që përfshiu paraburgimin e të dyshuarve para paraqitjes së ndonjë prove të qartë dhe burgosja e tyre e zgjatur përpara gjyqit, morën kritika të përhapura gjerësisht nga media sekulare e nacionaliste.