A existat un conflict amplu legat de trimiterea lui Milosevic la tribunalul de la Haga, căreia Kostunica i s-a opus, alături de cooperarea cu tribunalul.
Kishte një konflikt të madh lidhur me dorëzimin e Millosheviçit në gjykatën e Hagës, me të cilin Koshtunica qe kundër, së bashku me bashkëpunimin me gjykatën.