În 1998, când a izbucnit conflictul armat cu Serbia, Rugova a fost marginalizat de Armata rebelă de Eliberare a Kosovo, întrucât mulţi etnici albanezi îl considerau prea paşnic.
Kur filloi konfikti i armatosur me Serbinë në 1998, Rugova u mënjanua nga rebelët e Ushtrisë Çlirimtare të Kosovës, sepse shumë nga shqiptarët etnikë e quajtën qëndrimin e Rrugovës tepër pasiv.