Ca şi alte instituţii din BiH, MPI va avea o preşedinţie tripartită, reprezentanţii fiecărui grup etnic deţinând poziţii rotative.
Si të tjera institucione të BiH, MPI do të ketë një udhëheqje trepalëshe me përfaqësues nga cilido grup etnik që do të kryesojë me rradhë.