Milutinovic a fost pus sub acuzare pentru crime impotriva umanitatii si violarea legilor si cutumei de razboi, fapte indicate a fi fost savarsite in virtutea rolului pe care l-a jucat in conflictul din 1998-1999 din Kosovo.
Milutinoviç është paditur i akuzuar për krime kundër njerëzimit dhe shkelje të ligjeve ose zakoneve të luftës, që rrjedhin nga roli i tij në konfliktin e viteve 1998-1999 në Kosovë.