Procurorii l-au acuzat pe Beqaj că, în perioada iunie -octombrie 2004, a influenţat în şase ocazii un martor şi un potenţial martor, denumiţi B1 şi respectiv B2, în cazul intentat foştilor membri ai Armatei de Eliberare a Kosovo (KLA) Fatmir Limaj, Haradin Bala şi Isak Musliu.
Prokurorët dyshuan se në gjashtë raste midis qershorit dhe tetorit 2004, Beqaj ishte përzjerë me një dëshmitar dhe një dëshmitar potencial, që referrohen respektivisht B1 dhe B2, në rastin kundër ish anëtarëve të Ushtrisë Çlirimtare të Kosovës (UÇK), Fatmir Limaj, Haradin Bala dhe Isak Musliu.