Karadzic, care exercita atât o putere şi un control formal, cât şi de facto asupra forţelor sârbo-bosniace şi a întregului SDS, precum şi asupra autorităţilor guvernamentale, a fost de asemenea inculpat şi cu privire la uciderea în iulie 1995 a circa 18.000 de bărbaţi şi băieţi bosniaci musulmani, capturaţi din diferite locuri din sau din jurul „zonei sigure” desemnate de ONU la Srebrenica.
Karaxhiç i cili ushtroi si pushtetin dhe kontrollin zyrtar dhe atë de facto mbi forcat serbe boshnjake dhe të gjithë SDS dhe autoritetet qeverisëse, u padit gjithashtu në lidhje me vrasjet e korrikut 1995 të deri në 8,000 burrave e djemve muslimanë boshnjakë kapur në disa vende të ndryshme në dhe pranë "zonës së sigurtë" të Srebrenicës.