Unele voci consideră Ergenekon ca fiind un caz cu substrat politic, conceput de AKP pentru a slăbi seculariștii, asociindu-i cu mișcările extremiste.
Disa e shohin Ergenekon si një rast të motivuar politikisht të mbështetur nga AKP për të dobësuar laikët duke i lidhur ata me ekstremizmin.