S-a alăturat Gărzii Naţionale, în calitate de şef de operaţiuni şi ca instructor al Brigadei I. Din februarie până în aprilie 1992, Gotovina a fost comandant adjunct al Unităţii Speciale a Statului Major al Armatei Croate, după care a preluat o misiune de şase luni în cadrul Consiliului de Apărare Croat.
Ai u bashkua me trupat e Gardës Kombëtare si shefi i operacioneve dhe trainimit të brigadës së parë të saj. Nga shkurti në prill të 1992, Gotovina ishte nënkomandant i njësisë së posaçme të shtabit kryesor të ushtrisë kroate, duke marrë pas kësaj një detyrë gjashtë mujore në Këshillin Kroat të Mbrojtjes.