În timpul celor două mandate ale lui Gligorov în funcţia de preşedinte, între 1991 şi 1999, Macedonia a devenit membră a ONU sub referinţa temporară de "fosta Republică Iugoslavă a Macedoniei", a acceptat Acordul Interimar din 1995 cu Grecia şi a trecut printr-o tranziţie economică controversată.
Gjatë dy mandateve të Gligorovit si president, mes 1991-shit dhe 1999-tës, Maqedonia u bë një anëtare e OKB-së nën referimin e përkohshëm "Republika ish-Jugosllave e Maqedonisë", pranoi Marrëveshjen e Përkohëshme më 1995 me Greqinë dhe kaloi përmes një tranzicioni ekonomik polemik.