Din această poziţie, Gotovina a exercitat un control de facto şi de jure asupra tuturor forţelor desfăşurate în cadrul Operaţiunii Furtuna în zona sudică a regiunii Krajina, stipulau procurorii ONU într-o acuzaţie amendată adusă lui Gotovina şi făcută publică în martie 2004.
Në këtë rol, ai ushtroi de facto dhe de jure komandën dhe kontrollin mbi të gjitha forcat kroate të vendosura si pjesë e Operacionit Storm në pjesën jugore të rajonit të Krajinës, pretenduan prokurorët e OKB në një padi të amenduar kundër Gotovinës bërë publike në mars 2004.