Relaţiile lui Mesic cu ierarhia Bisericii Catolice au fost permanent tensionate, acesta emiţând critici cu privire la implicarea bisericii în politică, iar aceasta criticându-l şi susţinând că nu apără interesele naţionale.
Marrëdhëniet e Mesiç me hierarkinë e Kishës Katolike ishin nën tension të vazhdueshëm, pasi ai kritikoi përzjerjen e tyre në politikë dhe ata e kritikuan atë duke pretenduar se nuk po mbron interesat kombëtarë.