Disputa asupra frontierei, care persistă din 1991, când cele două naţiuni şi-au proclamat independenţa faţă de fosta Iugoslavie, a afectat relaţiile dintre Zagreb şi Ljubljana.
Një konflikt i vazhduar për kufirin që kur të dyja shtetet shpallën pavarësinë nga ish-Jugosllavia në vitin 1991 ka ndikuar periodikisht lidhjet midis Zagrebit dhe Ljubljanës.