CEI cooperează cu organizaţii şi instituţii internaţionale, precum Organizaţia pentru Cooperare şi Dezvoltare Economică, Consiliul Europei, OSCE, Banca Europeană pentru Reconstrucţie şi Dezvoltare şi Banca Mondială, şi cu diferite structuri regionale, precum Iniţiativa Adriatică-Ionică, Procesul de Cooperare Dunăreană şi Pactul de Stabilitate.
CEI bashkëpunon me organizata dhe institucione ndërkombëtare të tilla si Organizata për Bashkëpunimin Ekonomik dhe Zhvillimin, Këshilli i Evropës, OSBE, Banka Evropiane për Rindërtimin e Zhvillimin dhe Banka Botërore si dhe me struktura të ndryshme rajonale si Nisma Adriatiko-Ioniane, Procesi i Bashkëpunimit i Danubit dhe Pakti i Stabilitetit.