Gotovina a fost unul dintre cei mai căutaţi criminali de război, implicaţi în conflictele din Balcani din anii 1990, alături de fostul lider bosniaco-sârb Radovan Karadzic şi comandantul său militar, Ratko Mladic.
Gotovina ishte një nga tre më të kërkuarit të arratisur për krime lufte nga konfliktet e Ballkanit në vitet 1990, së bashku me ish kreun serb boshnjak Radovan Karaxhiç dhe komandantin e tij ushtarak Ratko Mlladiç.