Ministerele apărării din cele două entităţi vor păstra doar o structură ierarhică administrativă pentru recrutare şi scopuri logistice, fiind înfiinţată o structură ierarhică operaţională prin statul major comun şi comandamentul operaţional subordonat.
Ministritë e mbrojtjes të njësive do të mbeten vetëm një zinxhir administrativ i komandës për rekrutimin dhe qëllime logjistike, ndërsa do të ngrihet një zinxhir operacional i komandës nëpërmjet shtabit të përbashkët dhe komandës së varur operacionale.