Milutinovic a fost acuzat impreuna cu Milosevic si alti trei fosti inalti oficiali sarbi ca fiind asociat la o actiune criminala menita a elimina o parte insemnata a populatiei albaneze din Kosovo, pentru a asigura controlul Serbiei asupra provinciei.
Milutinoviç është paditur së bashku me Millosheviç dhe tre ish-zyrtarë të tjerë të lartë serbë si një anëtar i një sipërmarrje kriminale të përbashkët për dëbimin e një pjese të konsiderushme të popullsisë shqiptare nga Kosova, për të siguruar kontrollin e vazhdueshëm serb mbi provincën.