Napredak političkih i gospodarskih reformi također je usporen ratom na Kosovu 1999. godine, tijekom kojeg je Makedonija prihvatila stotine tisuća izbjeglih kosovskih Albanaca.
Progresul reformelor politice şi economice a fost de asemenea încetinit de războiul din Kosovo din 1999, în timpul căruia Macedonia a acceptat sute de mii de refugiaţi albanezi kosovari.