Stjepan Mesić, koji je pobijedio na predsjedničkim izborima u Hrvatskoj u veljači 2000. godine razriješio ga je dužnosti u vojsci 28. rujna iste godine.
Stipe Mesic, care a câştigat alegerile prezidenţiale în februarie 2000, l-a destituit pe Gotovina din armată în data de 29 septembrie a acelui an.