Neki smatraju Ergenekon politički motiviranim slučajem koji AKP podupire u cilju slabljenja sekularista njihovim povezivanjem s ekstremizmom.
Unele voci consideră Ergenekon ca fiind un caz cu substrat politic, conceput de AKP pentru a slăbi seculariștii, asociindu-i cu mișcările extremiste.