U tom svojstvu imao je de facto i de jure zapovjedništvo i nadzor nad svim hrvatskim snagama raspoređenim u sklopu Operacije Oluja u južnom dijelu regije Krajine, naveli su tužitelji u izmijenjenoj optužnici protiv Gotovine koja je objavljena u ožujku 2004. godine.
Din această poziţie, Gotovina a exercitat un control de facto şi de jure asupra tuturor forţelor desfăşurate în cadrul Operaţiunii Furtuna în zona sudică a regiunii Krajina, stipulau procurorii ONU într-o acuzaţie amendată adusă lui Gotovina şi făcută publică în martie 2004.