Od veljače do travnja 1992. godine, Gotovina je bio zamjenik zapovjednika Posebne postrojbe Glavnog stožera Hrvatske vojske, nakon čega je preuzeo šestomjesečnu dužnost u Hrvatskom vijeću obrane.
Între februarie şi aprilie 1992, Gotovina a fost comandantul adjunct al Unităţii Speciale a Statului Major al Armatei Croate, fiind ulterior membru al Consiliului Croat de Apărare timp de şase luni.