Mesićevi su odnosi s hijerarhijom katoličke crkve stalno su bili zategnuti, budući da je kritizirao njihovo uplitanje u politiku, a oni su njega kritizirali tvrdeći kako ne štiti nacionalne interese.
Relaţiile lui Mesic cu ierarhia Bisericii Catolice au fost permanent tensionate, acesta emiţând critici cu privire la implicarea bisericii în politică, iar aceasta criticându-l şi susţinând că nu apără interesele naţionale.