Protiv Gotovine, koji je zajedno s čelnicima bosanskih Srba iz razdoblja rata Radovanom Karadžićem i Ratkom Mladićem na vrhu popisa najtraženijih optuženika tribunala UN-а, podignuta je optužnica 2001. godine.
Gotovina, împreună cu liderii sârbo-bosniaci din timpul războiului Radovan Karadzic şi Ratko Mladic, se află printre principalii inculpaţi urmăriţi de tribunalul ONU şi a fost pus sub urmărire penală în iunie 2001.