Provedba istrage Ergenekona, koja je uključivala i pritvaranje osumnjičenika prije predstavljanja bilo kakvih jasnih dokaza i dugo držanje u zatvoru prije suđenja, naišla je na velike kritike sekularnih i nacionalističkih medija.
Modul în care s-a derulat ancheta privitoare la Ergenekon, în cadrul căreia suspecţii au fost reţinuţi înaintea prezentării unor dovezi clare şi au fost închişi în închisoare cu mult timp înainte de proces, a fost puternic criticată de presa seculară şi naţionalistă.