Zawahiri, čiji se EIJ navodno spojio s al-Qaedom 1998. godine, također je, kako se vjeruje, jedan od glavnih planera samoubilačkog bombaškog napada na američki razarač USS Cole kod obale Jemena 2000. godine i "mozak" iza napada 11. rujna na Sjedinjene Američke Države.
Zawahiri, a cărui grupare, EIJ, se pare că a fuzionat cu al-Qaeda în 1998, este suspectat de asemenea că ar fi fost unul din organizatorii atacului sinucigaş asupra USS Cole în largul coastei Yemenului, în 2000, şi unul din "creierele" din spatele atacurilor din 11 septembrie asupra Statelor Unite.