U bijegu je od lipnja 2001. godine, ubrzo nakon što ga je Međunarodni kazneni tribunal za bivšu Jugoslaviju (ICTY) optužio za navodnu umiješanost u zločine počinjene nad krajinskim Srbima pred kraj sukoba u Hrvatskoj 1991-1995.
Gotovina s-a ascuns din iunie 2001, la scurt timp după ce Tribunalul Penal Internaţional pentru fosta Iugoslavie (TPII) l-a inculpat pentru presupusa sa implicare în atrocităţile comise împotriva sârbilor din Krajina la finalul conflictului din 1991-1995 din Croaţia.