Prema zajedničkoj optužnici Mrkšić je bio zapovjednik 1. Gardijske motorizirane brigade JNA koja je snosila glavnu odgovornost za tromjesečnu opsadu Vukovara koja je dovela do konačnog pada grada u studenom 1991. godine.
Potrivit inculpării comune, Mrksic a fost comandantul Brigăzii a I-a Motorizate de Gardă a JNA, care poartă responsabilitatea principală pentru asediul de trei luni al oraşului Vukovar, asediu ce s-a soldat în cele din urmă cu căderea oraşului în noiembrie 1991.