U ljeto 2004. godine MKSJ je optužio Hadžića za zločine protiv čovječnosti te kršenje zakona i običaja ratovanja zbog navodne umiješanosti u progon, istrebljenje, ubojstva, zarobljavanja, mučenja, nehumane postupke, deportacije, uništavanje i pljačke javne i privatne imovine.
În vara anului 2004, TPII l-a inculpat pe Hadzic pentru crime împotriva umanităţii şi încălcarea legilor sau cutumelor de război pentru presupusa sa implicare în persecuţii, exterminare, crimă, închidere în închisoare, tortură, acte inumane, tratament crud, deportare, distrugere voită şi jefuirea proprietăţii publice sau private.