Gotovina se suočava s pet točaka optužnice za zločine protiv čovječnosti i tri točke za kršenje pravila i običaja rata, uključujući i progon, ubojstva, pljačku imovine, deportaciju, namjerno uništavanje gradova, mjesta ili sela i druga djela protiv čovječnosti koja su on i postrojbe pod njegovim zapovjedništvom i nadzorom navodno počinile tijekom operacije pod nazivom "Oluja".
Împotriva sa au fost prezentate cinci capete de acuzare pentru crime împotriva umanităţii şi trei capete de acuzare de încălcare a legilor şi principiilor de război pentru persecuţiile, uciderile, jefuirea proprietăţilor, deportările, distrugerea deliberată a oraşelor, localităţilor şi satelor şi alte acte inumane pe care el şi forţele aflate sub comanda şi controlul său le-au comis în timpul operaţiunii intitulate "Furtuna".