Protiv Limaja je 2003. godine Međunarodni kazneni sud za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) podignuo optužnicu za ratne zločine vezane za navodna zlostavljanja u drugom zatočeničkom logoru OVK-a, u Lapušniku.
În 2003, Limaj a fost inculpat de Tribunalul Penal Internaţional pentru fosta Iugoslavie (TPII) pentru crime de război în legătură cu presupusele abuzuri de la alt lagăr de detenţie al KLA, din Lapushnik.