Moćna i sasvim sekularna vojska Turske, koja je bila sumnjičava prema islamističkim temeljima AKP-a od njihovog dolaska na vlast 2003., porekla je svaku povezanost s Ergenekonom i surađuje u istrazi.
Puternica armată a Turciei, care are o poziţie ferm secularistă şi a avut suspiciuni legate de AKP, despre care se ştie că are rădăcini islamice, încă de la urcarea la putere a AKP în 2003, a negat orice legătură cu cazul Ergenekon şi a cooperat cu investigaţia.