Kada je 1998.godine izbio oružani sukob sa Srbijom, Rugova je potisnut od strane pobunjenika iz Oslobodilačke vojske Kosova, dok su ga brojni etnički Albanci smatrali prepasivnim.
În 1998, când a izbucnit conflictul armat cu Serbia, Rugova a fost marginalizat de Armata rebelă de Eliberare a Kosovo, întrucât mulţi etnici albanezi îl considerau prea paşnic.