Karadžić, koji je obnašao i službenu i faktičku nadležnost i nadzor nad snagama bosanskih Srba i svim službama SDS-a i vlade, također je optužen u svezi s ubojstvom oko 8.000 muškaraca i dječaka bosanskih Muslimana u srpnju 1995. godine, zarobljenih na nekoliko različitih lokacija u "zaštićenoj zoni" UN Srebrenici i njezinoj okolici.
Karadzic, care exercita atât o putere şi un control formal, cât şi de facto asupra forţelor sârbo-bosniace şi a întregului SDS, precum şi asupra autorităţilor guvernamentale, a fost de asemenea inculpat şi cu privire la uciderea în iulie 1995 a circa 18.000 de bărbaţi şi băieţi bosniaci musulmani, capturaţi din diferite locuri din sau din jurul „zonei sigure” desemnate de ONU la Srebrenica.