Zajedno s potpukovnikom Draganom Jokićem, Blagojević se suočava s optužbama za sudionistvo u genocidu, zločine protiv čovječnosti i kršenje zakona i običaja rata.
Împreună cu colonel locotenentul Dragan Jokic, Blagojevic este acuzat de complicitate la genocid, crime împotriva umanităţii şi încălcarea legilor şi principiilor de război.