Jugoistočna Europa također je bila lokacija u kojoj je al-Qaeda obavljala aktivnosti vojačenja, jer je skupina pokušavala iskoristiti vjerske podjele koje su potaknule balkanske sukobe devedesetih godina.
Europa de Sud-est a fost de asemenea un loc pentru activităţile de recrutare ale al-Qaeda, grupul încercând să exploateze disensiunile religioase care au alimentat conflictele balcanice din anii 1990.