U optužnici ICTY-a navodi se da je Rajić zapovijedao operativnom skupinom Hrvatskog vijeća obrane (HVO), oružanih snaga samoproglašene Hrvatske zajednice Herceg-Bosne te da je 23. listopada 1993. godine postrojba pod njegovim zapovjedništvom napala i uništila selo Stupni Dol.
Documentul de acuzare emis de ICTY împotriva acestuia susţine că Rajic a comandat un grup operaţional al Consiliului Croat de Apărare (HVO) -- forţa armată a auto-proclamatei Comunităţi Croate Herceg-Bosna -- şi că în 23 octombrie 1993 unităţile aflate sub comanda sa au atacat şi distrus Stupni Dol.