Jugoistočna Evropa također je mjesto regrutacije za al-Kaidu, a grupa ide na to da iskoristi vjerske podjele koje su potpirile balkanske sukobe iz 1990-tih.
Jugoistočna Evropa je takođe bila lokacija u kojoj je Al Kaida obavljala aktivnosti regrutovanja, jer je ta grupa pokušavala da iskoristi verske podele koje su podstakle balkanske sukobe devedesetih godina.