Iako se suđenje za Ergenekon smatra mogućnošću za jačanje demokratije, njegovoj legitimnosti prijete "ozbiljne zabrinutosti" povodom postupanja u istragama, pravosudnim postupcima i krivičnim procedurama.
Mada se suđenje za Ergenekon posmatra kao prilika za učvršćivanje demokratije, „ozbiljne zabrinutosti“ oko sprovođenja istraga, sudskih procesa i krivičnih procedura prete njegovoj legitimnosti.