Za Zawahirija, za čiji se EIJ kaže da se s el-Kaidom udružio 1998, također se smatra da je jedan od glavnih planera samoubilačkog bombaškog napada na brod USS Cole u blizini obale Jemena 2000. godine, te "mozak" iza napada na Sjedinjene Države od 11. septembra.
Zavahiri, čiji se EIJ, kako se misli, spojio sa Al Kaidom 1998, takođe je, veruje se, jedan od glavnih planera samoubilačkog bombaškog napada na američki razarač US Kol kod obale Jemena 2000. godine i „mozak“ koji stoji iza napada 11. septembra u Sjedinjenim Državama.