Neki smatraju da bi taj protokol mogao tužioce BiH staviti u inferiornu poziciju, tako da oni faktički postanu ogranak srbijanskog tužilaštva.
Neki smatraju da bi protokol mogao da dovede Tužilaštvo BiH u inferioran položaj i, u stvari, napravi od njega ogranak srpskog tužilaštva.