Vođenje istrage o Ergenekonu, koje je uključilo pritvaranje osumnjičenih pred dostavljanje bilo kakvih jasnih dokaza i njihovo zatvaranje na duži rok prije suđenja, bilo je pod udarom širih kritika od strane sekularnih i nacionalističkih medija.
Sprovođenje istrage Ergenekona, koja je uključivala i pritvaranje osumnjičenih pre predstavljanja bilo kakvih jasnih dokaza i dugo držanje u zatvoru pre suđenja, naišla je na velike kritike sekularnih i nacionalističkih medija.