Mesićevi odnosi s hijerarhijom Katoličke crkve bili su pod stalnim tenzijama, jer je on kritizirao njihovo miješanje u politiku, a oni su kritizirali njega tvrdeći da on ne štiti nacionalne interese.
Mesićevi odnosi sa velikodostojnicima Hrvatske katoličke crkve bili su konstantno napeti, pošto je kritikovao njihovo učešće u politici, a oni njemu zamerali da ne štiti nacionalne interese.