U ljeto 2004. godine, ICTY je protiv Hadžića podigao optužnicu za zločine protiv čovječnosti i kršenja zakona i običaja ratovanja, zbog njegovog navodnog učešća u progonu, istrebljivanju, ubijanju, zarobljavanju, mučenju, nehumanom postupanju, surovom tretmanu, deportaciji, neselektivnom uništavanju i pljačkanju javne i privatne imovine.
U leto 2004. godine MKSJ je optužio Hadžića za zločine protiv čovečnosti i kršenje zakona i običaja ratovanja zbog svoje navodne umešanosti u progon, istrebljenje, ubistvo, zarobljavanje, mučenje, nehumane postupke, deportacije, nasumično uništavanje i pljačku javne ili privatne imovine.