Moćna i odlučno sekularistička vojska Turske, koja sumnjiči stranku islamističkih korijena AKP otkako je ona 2003. došla na vlast, porekla je bilo kakvu povezanost s Ergenekonom i sarađivala je u toj istrazi.
Moćna i izrazito sekularna turska vojska, koja ima rezerve prema islamistički nastrojenoj AKP od kako je preuzela vlast 2003, negira svaku vezu sa Ergenekonom i sarađuje u istrazi.