Mesićevi odnosi s hijerarhijom Katoličke crkve bili su pod stalnim tenzijama, jer je on kritizirao njihovo miješanje u politiku, a oni su kritizirali njega tvrdeći da on ne štiti nacionalne interese.
Mesiç’in Katolik Kilisesi ile olan ilişkileri sürekli gerilimliydi, çünkü Mesiç Kiliseyi siyasete karışmakla, Kilise ise Mesiç’i ulusal çıkarları korumamakla eleştiriyordu.