Međunarodni krivični tribunal za bivšu Jugoslaviju (ICTY) optužio ga je u vezi sa sukobom u Bosni i Hercegovini (BiH) iz perioda 1992-1995, koji je, kako se procjenjuje, doveo do 200.000 poginulih i dva miliona izbjeglih lica.
Eski Yugoslavya Uluslararası Ceza Mahkemesi (ICTY) Karaciç'i yaklaşık 200 bin kişinin ölümü ve iki milyon kişinin iltica etmesiyle sonuçlanan Bosna-Hersek'teki (BH) 1992-1995 ihtilafıyla ilgili olarak suçladı.