Gotovina je bio jedan od trojice najtraženijih bjegunaca za ratne zločine iz balkanskih sukoba iz perioda 1990-tih godina, zajedno s bivšim liderom bosanskih Srba Radovanom Karadžićem i njegovim vojnim komandantom Ratkom Mladićem.
Gotovina, eski Bosnalı Sırp lider Radovan Karadziç ve ordu komutanı Ratko Mladiç ile birlikte 1990'lardaki Balkan ihtilaflarından kaynaklanan en azılı üç savaş suçu zanlısından biriydi.