Državna je kontrola obezbjeđena kroz jedinstven komandni lanac koji polazi od Predsjedništva BiH, do Ministra odbrane, Glavnoe komande, te najzad do komandanata Operativnih i Logističkih komandi. Jedinstveni je državni proračun odbrane stupio na snagu 1. januara 2006. Do 1. jula 2007. biti će uspostavljen novi brigadni glavni štab, a do 31. decembra 2007. reorganizacija bi trebala biti dovršena.
BH Cumhurbaşkanlığı makamından Savunma Bakanlığına, oradan da Ortak Genel Kurmay Başkanlıkları ile Harekat ve Destek Komutanlıklarına uzanan tek bir komuta zinciri oluşturulmuş ve bu zincirde devlet kontrolü esas alınmıştır. 1 ocak 2006’da tek bir devlet savunma bütçesi yürürlüğe koyulmuştur. 1 Temmuz 2007’ye kadar yeni Tugay Karargahı kurulmuş, 31 Aralık 2007’ye kadar ise yeniden yapılanma tamamlanmış olacaktır.