On je bio među prvim vjerskim liderima koji su energično reagirali na septembarski papin govor u Regensburgu u Njemačkoja, u kojem je pontifik naveo riječi jednog bizantskog cara iz 14. stoljeća koji je okarakterizirao učenja proroka Muhammeda kao "zla i nehumana".
Bardakoğlu, Papa'nın Eylül ayında Almanya'nın Rosenburg kentinde yaptığı ve bir 14. yüzyıl Bizans imparatorunun Hz. Muhammed'in öğretilerini "kötü ve insanlık dışı" olarak nitelendiren sözlerini aktardığı konuşmasına şiddetli tepki veren ilk dini liderlerden biriydi.