Jugoistočna Evropa također je mjesto regrutacije za al-Kaidu, a grupa ide na to da iskoristi vjerske podjele koje su potpirile balkanske sukobe iz 1990-tih.
Güneydoğu Avrupa, 1990'larda yaşanan Balkan ihtilaflarını körükleyen dini bölünmeleri istismar etmek isteyen el Kaide'nin adam toplama faaliyetlerine de sahne oldu.