Tokom kosovske krize 1999, Makedonija je primila na svoj trošak preko 300.000 albanskih izbjeglica. 2001. godine je sukob s pobunjenim Albancima okončan potpisivanjem Ohridskog okvirnog sporazuma, kojim su uvedene velike promjene u ustav i naknadnu teritorijalnu reorganizaciju.
1999 yılındaki Kosova krizi sırasında, Makedonya 300 binden fazla Arnavut mülteciyi kendi imkanlarıyla barındırdı. 2001 yılında, isyancı Arnavutlarla yaşanan bir ihtilaf, önemli anayasa değişikliklerini ve buna müteakip toprak yeniden düzenlemesini dayatan Ohrid Çerçeve Anlaşması'nın imzalanmasıyla sona erdi.