Župljanin je, tvrde tužioci UN-a, učestvovao u zajedničkom kriminalnom projektu, čiji je cilj bio "eliminacija i permanentno uklanjanje, silom ili drugim sredstvima, bosanskih Muslimana i bosanskih Hrvata sa teritorije" samoproglašene Autonomne oblasti Krajina.
BM savcılarının iddiasına göre Zupljanin, amacı "Bosnalı Müslümanlar ve Bosnalı Hırvatları ortadan kaldırmak veya zorla veya başka yollardan tek taraflı ilan edilmiş Özerk Krajina Bölgesinden kalıcı olarak uzaklaştırmak" olan bir suç iştirakinde yer aldı.