U optužnici od 11 tačaka objavljenoj u maju 2000, kojom je zamijenjena ona prvobitna podignuta u julu 1995, Karadžić se tereti za višestruke ratne zločine nad nesrbima, uključujući istrebljivanje, ubistvo, namjerno ubijanje, progon, deportaciju, nečovječno postupanje, teroriziranje i uzimanje talaca.
Temmuz 1995’teki ilk iddianamenin yerini alan Mayıs 2000 tarihli, 11 maddelik değiştirilmiş iddianamede Karadziç, Sırp olmayanları hedef alan ve aralarında imha, cinayet, kasten adam öldürme, işkence, sürgün, insanlık dışı hareketler, korkutma ve rehin alma gibi eylemlerin bulunduğu çok sayıda savaş suçu işlemekle suçlanıyor.