U toj ulozi, on je vršio komandu i kontrolu i de fakto i de jure nad svim hrvatskim snagama raspoređenim u sklopu operacije Oluja na južnom dijelu regiona Krajina, naveli su tužioci UN-a u izmijenjenoj optužnici protiv Gotovine objavljenoj u martu 2004.
BM savcıları Mart 2004'te kamuoyuna açıkladıkları Gotovina aleyhindeki değiştirilmiş iddianamede, zanlının bu görevi süresince, Fırtına Operasyonu kapsamında Krajina bölgesinin güney bölgesinde konuşlandırılan Hırvat güçlerinin tümü üzerinde fiili ve kanuni komuta ve kontrole sahip olduğunu iddia ettiler.