Lajcakov novi posao je najnoviji u nizu dužnosti koje ga dovode na Balkan. U periodu od 2001. do 2005, on je bio u Beogradu kao slovački ambasador za Federalnu Republiku Jugoslaviju (kasnije Srbiju i Crnu Goru), Albaniju i Makedoniju.
Lajcak’ın yeni görevi, kendisini Balkanlar’a getiren bir dizi görevin sonuncusu. 2001-2005 yılları arasında Slovakya’nın Federal Yugoslavya Cumhuriyeti (daha sonra Sırbistan ve Karadağ adını aldı), Arnavutluk ve Makedonya büyükelçisi olarak hizmet eden Lajcak, 1998-2001 döneminde Slovak Dışişleri Bakanı Eduard Kukan’ın özel kalem müdürü olarak çalıştı.