On se pridružio Nacionalnom gardijskom korpusu kao šef operacija i obuke svoje 1. brigade. Od februara do aprila 1992, Gotovina je bio zamjenik komandanta Specijalne jedinice Glavnog štaba Hrvatske vojske, nakon toga preuzevši šestomjesečni zadatak u Hrvatskom vijeću odbrane.
Tugay operasyon ve eğitim şefi olarak Ulusal Muhafız Kolordusu'na katıldı. 1992'nin Şubat ayından Nisan ayına kadar Gotovina, Hırvat Ordusu Genel Kurmayı Özel Birimi komutan yardımcısı olarak görev yaparak, altı ay sonra da altı ay süreyle Hırvat Savunma Konseyi'nde görevlendirildi.