U martu 1996, Tuđman, koji je u to vrijeme bio predsjednik Hrvatske, imenovao je Gotovinu za šefa inspektorata Hrvatske vojske Gotovinu je 29. septembra 2000. smijenio Mesić, koji je pobijedio na predsjedničkim izborima u Hrvatskoj u februaru te godine.
Mart 1996'da, zamanın Hırvatistan cumhurbaşkanı olan Tucman, Gotovina'yı Hırvat Ordusu Müfettişliği'nin başına atadı. Gotovina 29 Eylül 2000'de, aynı yılın Şubat ayında Hırvatistan cumhurbaşkanlığı seçimlerini kazanan Stipe Mesiç tarafından görevden alındı.