On je bio u bijegu od juna 2001, nestavši kratko vremena nakon što je Međunarodni krivični tribunal za bivšu Jugoslaviju (ICTY) protiv njega podigao optužnicu zbog njegovog navodnog učešća u strahotama počinjenim nad krajinskim Srbima pred kraj sukoba iz perioda 1991-1995. u Hrvatskoj.
Haziran 2001'den beri kanundan kaçmakta olan Gotovina, Eski Yugoslavya Uluslararası Ceza Mahkemesi'nin (ICTY) kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru Krajinalı Sırplara karşı işlenen zulümlerde rol aldığı iddiasıyla suçlamasından kısa süre sonra ortadan kayboldu.