Tužioci kažu da Ergenekon ima rasprostranjene ćelije, uključujući i medijske ličnosti i atentatore, ali da te ćelije nemaju međusobnog kontakta i da primaju instrukcije s vrha.
Savcılar, Ergenekon'un medyadan isimler ve kiralık katiller de dahil olmak üzere geniş bir alana dağılmış hücrelere sahip olduğu, ancak bu hücrelerin birbirleriyle teması olmdığı ve talimatları tepeden aldıklarını öne sürüyor.