Raskol je bio još više produbljen kada je NATO bombardovao bivšu Jugoslaviju zbog Miloševićeve politike na Kosovu. Nakon 2000 g. Đukanović je počeo otvoreno zagovarati nezavisnost Crne Gore.
Miloseviç’in Kosova'ya ilişkin olarak izlediği siyaset nedeniyle eski Yugoslavya'nın NATO kuvvetleri tarafından bombalanması, Sırbistan ile Karadağ arasındaki ilişkileri daha da zora soktu. 2000 yılından itibaren Djukanoviç, Karadağ’ın bağımsızlığı fikrini açıkça savunmaya başladı.