CEI sarađuje s međunarodnim organizacijama i institucijama, poput Organizacije za ekonomsku saradnju i razvoj, Vijeća Evrope, OSCE-a, Evropske banke za obnovu i razvoj i Svjetske banke, te s različitim regionalnim strukturama, poput Jadransko-jonske inicijative, Procesa dunavske saradnje i Pakta stabilnosti.
CEI Ekonomik İşbirliği ve Kalkınma Örgütü, Avrupa Konseyi, AGİT, Avrupa Yeniden Yapılanma ve Kalkınma Bankası ve Dünya Bankası gibi uluslararası örgüt ve kurumlar ve Adriyatik-İyon İnisiyatifi, Tuna İşbirliği Süreci ve İstikrar Paktı gibi farklı bölgesel yapılarla işbirliği yapıyor.