Moćna i odlučno sekularistička vojska Turske, koja sumnjiči stranku islamističkih korijena AKP otkako je ona 2003. došla na vlast, porekla je bilo kakvu povezanost s Ergenekonom i sarađivala je u toj istrazi.
Türkiye'nin, İslamcı kökenli AKP'ye 2003 yılında iktidara gelmesinden bu yana şüpheyle yaklaşan güçlü ve laikliğe sadık ordusu Ergenekon ile herhangi bir şekilde bağlantısı olduğunu reddetti ve soruşturmada işbirliği gösterdi.