U optužnici se tvrdi da je Ergenekon pokušao razviti hemijsko i biološko naoružanje i da on stoji iza trgovine drogom u Turskoj.
İddianamede, Ergenekon'un kimyasal ve biyolojik savaş başlatmaya çalıştığı ve Türkiye'deki uyuşturucu kaçakçılığının arkasındaki varlık olduğu da iddia ediliyor.