Za Zawahirija, za čiji se EIJ kaže da se s el-Kaidom udružio 1998, također se smatra da je jedan od glavnih planera samoubilačkog bombaškog napada na brod USS Cole u blizini obale Jemena 2000. godine, te "mozak" iza napada na Sjedinjene Države od 11. septembra.
Zawahiri, čiji se EIJ navodno spojio s al-Qaedom 1998. godine, također je, kako se vjeruje, jedan od glavnih planera samoubilačkog bombaškog napada na američki razarač USS Cole kod obale Jemena 2000. godine i "mozak" iza napada 11. rujna na Sjedinjene Američke Države.