U ljeto 2004. godine, ICTY je protiv Hadžića podigao optužnicu za zločine protiv čovječnosti i kršenja zakona i običaja ratovanja, zbog njegovog navodnog učešća u progonu, istrebljivanju, ubijanju, zarobljavanju, mučenju, nehumanom postupanju, surovom tretmanu, deportaciji, neselektivnom uništavanju i pljačkanju javne i privatne imovine.
U ljeto 2004. godine MKSJ je optužio Hadžića za zločine protiv čovječnosti te kršenje zakona i običaja ratovanja zbog navodne umiješanosti u progon, istrebljenje, ubojstva, zarobljavanja, mučenja, nehumane postupke, deportacije, uništavanje i pljačke javne i privatne imovine.