Όπως και άλλα ιδρύματα της Β-Ε, το MPI θα έχει τριμερή ηγεσία με εκπροσώπους και από τις τρεις εθνικές ομάδες, οι οποίοι θα κατέχουν θέσεις εκ περιτροπής.
Ca şi alte instituţii din BiH, MPI va avea o preşedinţie tripartită, reprezentanţii fiecărui grup etnic deţinând poziţii rotative.