Μαζί με τον Αντισυνταγματάρχη Ντράγκαν Ιόκιτς, ο Μπλαγκόιεβιτς αντιμετωπίζει κατηγορίες συνενοχής σε γενοκτονία, εγκλήματα κατά της ανθρωπότητας και παραβιάσεις των νόμων και θεσμών του πολέμου.
Împreună cu colonel locotenentul Dragan Jokic, Blagojevic este acuzat de complicitate la genocid, crime împotriva umanităţii şi încălcarea legilor şi principiilor de război.