Η CEI συνεργάζεται με διεθνείς οργανισμούς και ιδρύματα όπως ο Οργανισμός Οικονομικής Συνεργασίας και Ανάπτυξης, του Συμβουλίου της Ευρώπης, ο ΟΑΣΕ, η Ευρωπαϊκή Τράπεζα Ανασυγκρότησης και Ανάπτυξης και η Παγκόσμια Τράπεζα, καθώς επίσης διάφορες περιφερειακές δομές, όπως η Πρωτοβουλία Αδριατικής-Ιονίου, η Διαδικασία Συνεργασίας Δούναβη και το Σύμφωνο Σταθερότητας.
CEI cooperează cu organizaţii şi instituţii internaţionale, precum Organizaţia pentru Cooperare şi Dezvoltare Economică, Consiliul Europei, OSCE, Banca Europeană pentru Reconstrucţie şi Dezvoltare şi Banca Mondială, şi cu diferite structuri regionale, precum Iniţiativa Adriatică-Ionică, Procesul de Cooperare Dunăreană şi Pactul de Stabilitate.