Ωστόσο, κάποιοι ΜΚΟ, καθώς και οικογένειες των αγνοουμένων, θεωρούν τη δημιουργία του ενιαίου ιδρύματος αγνοουμένων προέκταση της εθνικιστικής πολιτικής της Β-Ε.
Totuşi, anumite ONG-uri, inclusiv familiile celor dispăruţi, văd în crearea unei instituţii pentru persoanele dispărute unice o extensie a politicii etnice a BiH.