Θεωρείτο ότι είχε λάβει μεγάλο μέρος των χρηματοδοτήσεών του από διακίνηση ναρκωτικών, και επίσης ότι είχε σχέσεις με το τρομοκρατικό δίκτυο του Οσάμα μπιν Λάντεν, αλ-Κάιντα.
Achitându-l pe Milutinovic, preşedintele completului de judecată, scoţianul Iain Bonomy, a declarat că, în practică, "Milosevic a fost cel... care a exercitat realmente comanda".