Εξαφανίστηκε τον Ιούνιο του 2001, λίγο μετά τη δίωξή του από το Διεθνές Ποινικό Δικαστήριο για την πρώην Γιουγκοσλαβία (ICTY), σχετικά με τη φερόμενη συμμετοχή του σε αγριότητες που διεπράχθησαν εναντίον Σέρβων της Κράινα προς το τέλος της σύγκρουσης του 1991-1995 στην Κροατία.
Gotovina s-a ascuns din iunie 2001, la scurt timp după ce Tribunalul Penal Internaţional pentru fosta Iugoslavie (TPII) l-a inculpat pentru presupusa sa implicare în atrocităţile comise împotriva sârbilor din Krajina la finalul conflictului din 1991-1995 din Croaţia.