Αναφερόμενες στις θηριωδίες που διαπράχθηκαν μεταξύ 1ης Ιουλίου 1991 και 30ης Νοεμβρίου 1995, οι τροποποιημένες κατηγορίες ισχυρίζονται ότι ο Κάρατζιτς «σχεδίασε, προκάλεσε, διέταξε, διέπραξε ή άλλως βοήθησε και ενθάρρυνε το σχεδιασμό, προετοιμασία ή εκτέλεση της καταστροφής, συνολικά ή έν μέρει, των εθνικών, φυλετικών ή θρησκευτικών ομάδων μουσουλμάνων και κροατών της Βοσνίας» σε πολλούς δήμους μεταξύ των οποίων οι δήμοι: Μπιγελίνα, Μπράτουνατς, Μποσάνσκι Σάματς, Μπίρκο, Ντομπόζ, Φότσα, Ιλίγιας, Κιλτσούκ, Κότορ Βάρος, Νόβι Γκράντ, Πρίγιεντορ, Ρογκατίτσα, Σάνσκι Μοστ, Σρεμπρενίτσα, Βίσεγκραντ, Βλασένιτσα, Ζαβιντόβιτσι και Ζβόρνικ.
Referindu-se la atrocităţile comise în perioada 1 iulie 1991 – 30 noiembrie 1995, acuzaţia modificată pretinde că Karadzic ar fi „plănuit, instigat, ordonat, comis sau altminteri a ajutat şi instigat la plănuirea, pregătirea sau înfăptuirea distrugerilor, completă sau parţiale, asupra grupurilor naţionale, etnice, rasiale sau religioase de musulmani bosniaci şi croaţi bosniaci”, dintr-o serie de oraşe. Printre acestea s-au numărat Bijeljina, Bratunac, Bosanski Samac, Brcko, Doboj, Foca, Ilijas, Kljuc, Kotor Varos, Novi Grad, Prijedor, Rogatica, Sanski Most, Srebrenica, Visegrad, Vlasenica, Zavidovici şi Zvornik.