Ο Γκοτόβινα ήταν ένας από τους τρεις πιο καταζητούμενους φυγόδικους εγκλημάτων πολέμου από την περίοδο των βαλκανικών συγκρούσεων της δεκαετίας του 1990, μαζί με τον πρώην βοσνιοσέρβο ηγέτη Ράντοβαν Κάρατζιτς και τον στρατιωτικό του διοικητή Ράτκο Μλάντιτς.
Gotovina a fost unul dintre cei mai căutaţi criminali de război, implicaţi în conflictele din Balcani din anii 1990, alături de fostul lider bosniaco-sârb Radovan Karadzic şi comandantul său militar, Ratko Mladic.