Όταν ξέσπασε η ένοπλη σύγκρουση με τη Σερβία το 1998, ο Ρουγκόβα εκτοπίστηκε από τον επαναστατικό Απελευθερωτικό Στρατό του Κοσσυφοπεδίου, καθώς αρκετοί Αλβανοί τον θεώρησαν πολύ παθητικό.
În 1998, când a izbucnit conflictul armat cu Serbia, Rugova a fost marginalizat de Armata rebelă de Eliberare a Kosovo, întrucât mulţi etnici albanezi îl considerau prea paşnic.