Ο Γκοτόβινα, ο οποίος μαζί με τους Σερβοβόσνιους ηγέτες εν καιρώ πολέμου Ράντοβαν Κάραζιτς και Ράτκο Μλάντιτς αποτελούν τους σημαντικότερους καταζητούμενους του δικαστηρίου του ΟΗΕ, παραπέμφθηκε τον Ιούνιο του 2001.
Gotovina, împreună cu liderii sârbo-bosniaci din timpul războiului Radovan Karadzic şi Ratko Mladic, se află printre principalii inculpaţi urmăriţi de tribunalul ONU şi a fost pus sub urmărire penală în iunie 2001.