Ο Μιλουτίνοβιτς, μαζί με άλλους τέσσερις πρώην κορυφαίους γιουγκοσλάβους αξιωματούχους, συμπεριλαμβανομένου του Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς, παραπέμφθηκε για φρικαλεότητες που φέρεται να διαπράχθηκαν κατά τη διάρκεια της διαμάχης του 1998-1999 στο Κοσσυφοπέδιο.
Milutinovic, impreuna cu alti patru fosti oficiali iugoslavi de varf, inclusiv Slobodan Milosevic, au fost acuzati pentru atrocitati presupuse a fi fost comise in perioada conflictului din 1998-1999 din Kosovo.