Ο Γκοτόβινα ήταν ένας από τους τρεις βασικούς καταζητούμενους φυγόδικους εγκλημάτων πολέμου από τις Βαλκανικές συγκρούσεις της δεκαετίας του 1990, μαζί με τον πρώην Σερβοβόσνιο ηγέτη Ράντοβαν Κάραζιτς και το στρατιωτικό διοικητή του Ράτκο Μλάντιτς.
Gotovina a fost unul dintre principalii trei fugari urmăriţi pentru crime de război după conflictele din Balcani din anii 1990, alături de fostul lider sârb bosniac Radovan Karadzic şi comandantul său militar, Ratko Mladic.