Το Διεθνές Ποινικό Δικαστήριο για την πρώην Γιουγκοσλαβία (ICTY) δίωξε τον Χαραντινάι για 37 εγκλήματα κατά της ανθρωπότητας και παραβιάσεις των νόμων ή θεσμών του πολέμου, κατηγορώντας τον για ανάμιξη σε δίωξη, δολοφονία, βιασμό και άλλες αγριότητες που διεπράχθησαν στο Κοσσυφοπέδιο κατά τη διάρκεια της σύγκρουσης του 1998-1999.
Tribunalul Penal Internaţional pentru Fosta Iugoslavie (ICTY) l-a inculpat pe Haradinaj în baza a 37 de capete de acuzare privitoare la crime împotriva umanităţii şi încălcarea legilor sau cutumelor de război, acuzându-l de complicitate la persecuţie, ucidere, viol şi alte atrocităţi comise în cursul conflictului din 1998-1999 din Kosovo.