Την περίοδο της Επιχείρησης Καταιγίδα, ο Γκοτοβίνα ήταν διοικητής της Λειτουργικής Ζώνης Σπλιτ του Κροατικού Στρατού και ασκούσε πλήρη διοίκηση και έλεγχο σε όλες τις Κροατικές δυνάμεις που συμμετείχαν στην έφοδο.
La momentul lansării Operaţiunii Furtuna, Gotovina era comandat al Zonei Operative Split din cadrul Armatei Croate şi exercita control deplin asupra tuturor forţelor croate care participau la ofensivă.