Το ICTY διώκει ήδη τον πρώτο διοικητή του 3ου Σώματος ARBiH, Στρατηγό Ενβέρ Χαντζηχασάνοβιτς, και τον διοικητή της 7ης Μουσουλμανικής Ταξιαρχίας, Αμρί Κουμπούρα, για εγκλήματα που διεπράχθησαν από τους Ελ-Μουτζαχίντ.
ICTY îl judecă deja pe primul comandant al Corpului 3 al ARBH, generalul Enver Hadzihasanovic, şi pe comandantul celei de-a şaptea Brigade Musulmane, Amir Kubura, pentru crime comise de El-Mujahid.