Υπό το ρόλο αυτό, ασκούσε τον ουσιαστικό ή άλλως έλεγχο και διοίκηση των κροατικών δυνάμεων που μετείχαν στην επιχείρηση Καταιγίδα στο νότιο τμήμα της περιοχής της Κράινα, ισχυρίστηκαν οι εισαγγελείς του δικαστηρίου στην τροποποιημένη κατηγορία κατά του Γκοτόβινα που δημοσιεύτηκε το Μάρτιο του 2004.
Din această poziţie, Gotovina a exercitat un control de facto şi de jure asupra tuturor forţelor desfăşurate în cadrul Operaţiunii Furtuna în zona sudică a regiunii Krajina, stipulau procurorii ONU într-o acuzaţie amendată adusă lui Gotovina şi făcută publică în martie 2004.