Ο Κάρατζιτς, ο οποίος ασκούσε τυπική και ουσιαστική εξουσία και έλεγχο στις δυνάμεις των βοσνιοσέρβων και το ΣΔΚ και τις κυβερνητικές αρχές, προσάγεται σε δίκη σε σχέση με το θάνατο, τον Ιούλιο 1995, μέχρι 8.000 βοσνιομουσουλμάνων ανδρών και αγοριών που συνελήφθησαν σε διαφορετικές τοποθεσίες εντός και γύρω από την χαρακτηρισθείσα από τα ΗΕ «ασφαλή περιοχή» της Σρεμπρένιτσα.
Karadzic, care exercita atât o putere şi un control formal, cât şi de facto asupra forţelor sârbo-bosniace şi a întregului SDS, precum şi asupra autorităţilor guvernamentale, a fost de asemenea inculpat şi cu privire la uciderea în iulie 1995 a circa 18.000 de bărbaţi şi băieţi bosniaci musulmani, capturaţi din diferite locuri din sau din jurul „zonei sigure” desemnate de ONU la Srebrenica.