Ως διοικητής, είχε νόμιμη και ντε φάκτο διοίκηση και έλεγχο όλων των Κροατικών δυνάμεων που είχαν αναπτυχθεί στο πλαίσιο της Επιχείρησης Καταιγίδα στο νότιο τμήμα της περιοχής Κράινα, όπως ισχυρίστηκαν εισαγγελείς του ΟΗΕ σε τροποποιημένο κατηγορητήριο εναντίον του Γκοτόβινα, το οποίο γνωστοποιήθηκε το Μάρτη του 2004.
În această calitate, el a comandat şi a controlat de jure şi de facto toate forţele croate desfăşurate în cadrul Operaţiunii Furtuna în partea sudică a regiunii Krajina, potrivit declaraţiei procurorilor ONU din actul de inculpare amendat împotriva lui Gotovina, făcut public în martie 2004.