Κατόπιν, ο Κοστούνιτσα διετέλεσε πρόεδρος της Ομοσπονδιακής Δημοκρατίας της Γιουγκοσλαβίας και αργότερα, μεταξύ 2004 και 2008, κατέλαβε το αξίωμα του Σέρβου πρωθυπουργού.
Kostunica a devenit apoi preşedintele Republicii Federale Iugoslavia şi, ulterior, între 2004 şi 2008, a ocupat postul de premier al Serbiei.