Ο Ζαουαχίρι, του οποίου η οργάνωση EIJ λέγεται ότι έχει συγχωνευτεί με την αλ-Κάιντα, θεωρείται ότι είναι ένας από τους εγκεφάλους της βομβιστικής επίθεσης αυτοκτονίας του USS Cole στα ανοικτά της Υεμένης το 2000, και ο "εγκέφαλος" πίσω από την επίθεση στις 11 Σεπτεμβρίου στις Ηνωμένες Πολιτείες.
Zawahiri, a cărui grupare, EIJ, se pare că a fuzionat cu al-Qaeda în 1998, este suspectat de asemenea că ar fi fost unul din organizatorii atacului sinucigaş asupra USS Cole în largul coastei Yemenului, în 2000, şi unul din "creierele" din spatele atacurilor din 11 septembrie asupra Statelor Unite.