Η Τουρκία έχει επίσης απογοητευθεί από το γεγονός ότι εξαιρέθηκε από τη διοίκηση και τις ελεγκτικές δομές των επιχειρήσεων που ηγείται η ΕΕ, οι οποίες λαμβάνουν χώρα στο πλαίσιο συνεργασίας μεταξύ ΝΑΤΟ και ΕΕ, αν και έχει πραγματοποιήσει σημαντικές συμβολές.
Turcia este de asemenea iritată de faptul că a fost exclusă din structurile de comandă şi control ale operaţiunilor conduse de UE în cadrul cooperării NATO-UE, deşi a avut contribuţii importante.