Από τον Φεβρουάριο μέχρι τον Απρίλιο 1992, ο Γκοτόβινα ανήλθε στη θέση του αναπληρωτή διοικητή της Ειδικής Μονάδας του Κροατικού Επιτελείου Στρατού και μετά ανέλαβε 6μηνη αποστολή με το Κροατικό συμβούλιο αμύνης.
S-a alăturat Gărzii Naţionale, în calitate de şef de operaţiuni şi ca instructor al Brigadei I. Din februarie până în aprilie 1992, Gotovina a fost comandant adjunct al Unităţii Speciale a Statului Major al Armatei Croate, după care a preluat o misiune de şase luni în cadrul Consiliului de Apărare Croat.