Ο Γκοτόβινα αντιμετωπίζει τέσσερις κατηγορίες για εγκλήματα κατά της ανθρωπότητας και τρεις κατηγορίες παραβιάσεων κανόνων και ηθών πολέμου σε σχέση με τις επιχειρήσεις του κροατικού στρατεύματος, που έφεραν τον κωδικό «Επιχείρηση Καταιγίδα», για την ανακατάληψη, από τους σέρβους αντάρτες, της περιοχής Κραϊίνα.
Gotovina se confruntă cu patru capete de acuzare pentru crime împotriva umanităţii şi patru capete de acuzare de încălcare a legii marţiale în legătură cu o ofensivă a armatei croate, cu numele de cod Operaţiunea Furtuna, menită să preia regiunea Krajina din mâinile rebelilor sârbi.