Οι επικριτές του πρωτοκόλλου υποστηρίζουν ότι επειδή αρκετοί πολίτες της Β-Ε βρίσκονται υπό έρευνα σύμφωνα με εντολές που έχουν εκδοθεί από τη σερβική υπηρεσία, οι διαδικασίες ενδέχεται να θέσουν σε κίνδυνο τη συμφιλίωση στην περιοχή.
Criticii argumentează că deoarece câţiva cetăţeni BiH sunt investigaţi la ordinele procuraturii sârbe, procedurile ar putea periclita reconcilierea în regiune.