Η έρευνα εναντίον της Εργκένεκον, η οποία περιελάμβανε προσωποκράτηση υπόπτων πριν την παρουσίαση σαφών στοιχείων, καθώς επίσης παρατεταμένη φυλάκιση πριν τη διενέργεια δίκης, επικρίθηκε εντονότατα από κοσμικά και εθνικιστικά ΜΜΕ.
Modul în care s-a derulat ancheta privitoare la Ergenekon, în cadrul căreia suspecţii au fost reţinuţi înaintea prezentării unor dovezi clare şi au fost închişi în închisoare cu mult timp înainte de proces, a fost puternic criticată de presa seculară şi naţionalistă.