Η οργάνωση Εργκένεκον, σύμφωνα με ισχυρισμούς, είχε επαφές με άλλες τρομοκρατικές οργανώσεις, όπως το Μαρξιστικό-Λενινιστικό ΡΚΚ και η Ισλαμική-Τουρκική Χιζμπουλάχ.
Ergenekon se presupune că avea legături şi cu alte grupări teroriste, cum ar fi gruparea marxist-leninistă PKK şi gruparea turco-islamistă Hezbollah.