CEI-a surađuje s međunarodnim organizacijama i institucijama kao što su Organizacija za gospodarsku suradnju i razvitak, Vijeće Europe, OESS, Europska banka za obnovu i razvitak i Svjetska banka, i različite regionalne strukture, kao što su Jadransko-jonska inicijativa, Proces dunavske suradnje i Pakt o stabilnosti.
ЦЕИ соработува со меѓународни организации и институции, како што се: Организацијата за економска соработка и развој, Советот на Европа, ОБСЕ, Европската банка за реконструкција и развој и Светската банка, и различни регионални структури, како што се: Јадранско-јонската иницијатива, Дунавскиот процес на соработка и Пактот на стабилност.