Napredak političkih i gospodarskih reformi također je usporen ratom na Kosovu 1999. godine, tijekom kojeg je Makedonija prihvatila stotine tisuća izbjeglih kosovskih Albanaca.
Напредокот на политичките и економските реформи беше забавен и со косовската војна во 1999 година, за време на која Македонија прими стотици илјадници бегалци од косовските Албанци.