Jedini preostali suradnik Slobodana Miloševića koji je zadržao svoju visoku funkciju nakon rušenja s vlasti bivšeg jugoslavenskog čelnika u listopadu 2000. godine, Milutinović se trenutačno nalazi u pritvoru tribunala UN-a za ratne zločine u Haagu gdje čeka početak suđenja zbog navodne umiješanosti u zločine počinjene tijekom sukoba na Kosovu koji je trajao od 1998. do 1999. godine.
Како последен од поранешните соработници на Слободан Милошевиќ кој се наоfаше на највисоката функција по смената на поранешниот југословенски водач во октомври 2000 година, Милутиновиќ во моментов се наоfа во притвор во Трибуналот на ОН во Хаг за воени злосторства, во очекуваое на судскиот процес за неговата наводна вмешаност во злосторствата за време на конфликтот 1998-1999 година во Косово.