Optužnica ga tereti po četiri točke za zločine protiv čovječnosti i po trima točkama za kršenje zakona i običaja rata zbog progona, ubojstava, pljačke imovine, bezobzirnog uništavanja gradova, mjesta i sela, deportacije i drugih nehumanih djela koja su navodno počinjena tijekom operacije. ICTY drži Gotovinu osobno odgovornim za te zločine, uključujući ubojstvo najmanje 150 krajinskih Srba. Kako se izvješćuje, raseljeno je oko 200.000 krajinskih Srba kao rezultat operacije Oluja i popratnih akcija Hrvatske vojske.
Обвинението го товари по четири точки за злосторства против човештвото и три точки за прекршување на правилата и обичаите на војувањето за прогон, убиства, пљачкосување на имот, намерно уништување на градови и села, депортација и други нехумани дејства извршени, наводно, за време на операцијата