Protiv Kovačevića i još trojice časnika -- generala Jugoslavenske armije Pavla Strugara, umirovljenog viceadmirala Miodraga Jokića i mornaričkog viceadmirala Miodraga Zeca -- je podignuta optužnica 2001. godine zbog ubojstva civila i štete nanesene povijesnom gradu.
Ковачевиќ беше осомничен во 2001 година заедно со уште тројца други офицери -- генералот на југословенската армија Павле Стругар, пензионираниот вице-адмирал Миодраг Џокиќ и морнаричкиот вице-адмирал Милан Зец -- за убиваое цивили и за уништуваоето направено во историскиот град.