Prema zajedničkoj optužnici Mrkšić je bio zapovjednik 1. Gardijske motorizirane brigade JNA koja je snosila glavnu odgovornost za tromjesečnu opsadu Vukovara koja je dovela do konačnog pada grada u studenom 1991. godine.
Според заедничкото обвинение, Мркшиќ бил командант на Првата стражарска моторизирана бригада на ЈНА, која ја сносела главната одговорност за тримесечната опсада на Вуковар, која доведе до негово конечно паѓање во ноември 1991 година.