Kao i njegov vojni zapovjednik iz razdoblja rata Ratko Mladić, Karadžić je nestao nekoliko mjeseci nakon što je 1995. godine Međunarodni kazneni sud za bivšu Jugoslaviju (ICTY) podignuo prve optužnice protiv njih.
Караџиќ, заедно со неговиот воен командант Ратко Младиќ исчезнаа неколку месеци откако Меѓународниот кривичен трибунал за поранешна Југославија (МКТЈ) ги издаде првичните обвиненија против нив во 1995 година.