Tužitelji UN-a podignuli su 2001. godine optužnicu protiv njega tereteći ga za navodnu ulogu u zločinima počinjenim 1995. godine tijekom ofenzive Hrvatske vojske protiv srpskih separatista u području Krajine.
Обвинението на ОН против Готовина од 2001 година се темели на обвиненијата во врска со неговата наводна улога во злосторствата извршени за време на офанзивата на хрватската армија во 1995 година против српските сепаратисти во областа Краина.