Gotovina je bio jedan od trojice najtraženijih bjegunaca optuženika za ratne zločine počinjene tijekom sukoba na Balkanu devedesetih godina, zajedno s bivšim čelnikom bosanskih Srba Radovanom Karadžićem i njegovim vojnim zapovjednikom Ratkom Mladićem.
Готовина беше еден од тројцата најбарани бегалци обвинети за воени злосторства од балканските конфликти во 1990-тите, заедно со поранешниот водач на босанските Срби Радован Караџиќ и неговиот воен командант, Ратко Младиќ.