Karadžić, koji je obnašao i službenu i faktičku nadležnost i nadzor nad snagama bosanskih Srba i svim službama SDS-a i vlade, također je optužen u svezi s ubojstvom oko 8.000 muškaraca i dječaka bosanskih Muslimana u srpnju 1995. godine, zarobljenih na nekoliko različitih lokacija u "zaštićenoj zoni" UN Srebrenici i njezinoj okolici.
Караџиќ, кој имал како формална, така и де факто власт и контрола над силите на босанските Срби и сите власти на СДС и владата, беше исто така обвинет и во врска со убиствата од јули 1995 година на околу 8.000 мажи и момчиња од босанските муслимани, фатени на неколку локации во и околу прогласената од ОН „безбедна област“ на Сребреница.