Protiv Gotovine, koji je zajedno s čelnicima bosanskih Srba iz razdoblja rata Radovanom Karadžićem i Ratkom Mladićem na vrhu popisa najtraženijih optuženika tribunala UN-а, podignuta je optužnica 2001. godine.
Готовина, кој заедно со воените водачи на босанските Срби, Радован Караџиќ и Ратко Младиќ, се наоѓа на врвот од листата на најбарани обвинети од страна на Трибуналот на ОН, беше обвинет во јуни 2001 година.