Jugoistočna Europa također je bila lokacija u kojoj je al-Qaeda obavljala aktivnosti vojačenja, jer je skupina pokušavala iskoristiti vjerske podjele koje su potaknule balkanske sukobe devedesetih godina.
Југоисточна Европа, исто така, е местото каде што се одвиваат активностите на Ал каеда на регрутирање, при што групата сака да ја искористи верската поделеност што ги разгоре балканските конфликти во 1990-тите.