Gotovina je bio jedan od trojice najtraženijih odbjeglih optuženika za ratne zločine iz balkanskih sukoba devedesetih godine, zajedno s bivšim čelnikom bosanskih Srba Radovanom Karadžićem i njegovim vojnim zapovjednikom Ratkom Mladićem.
Готовина беше еден од најбараните бегалци обвинети за воени злосторства од балканските конфликти во 1990-тите, заедно со поранешниот водач на босанските Срби Радован Караџиќ и неговиот воен командант, Ратко Младиќ.