Zawahiri, čiji se EIJ navodno spojio s al-Qaedom 1998. godine, također je, kako se vjeruje, jedan od glavnih planera samoubilačkog bombaškog napada na američki razarač USS Cole kod obale Jemena 2000. godine i "mozak" iza napada 11. rujna na Sjedinjene Američke Države.
Завахири, чија ЕИЏ се вели дека се спои со Ал каеда во 1998 година, исто така се верува дека е еден од главните организатори на самоубиствениот бомбашки напад на УСС Кол покрај брегот на Јемен во 2000 година, и „мозокот“ на нападите во Соединетите Држави на 11-ти септември.