Međunarodni kazneni tribunal za bivšu Jugoslaviju (ICTY) podignuo je u studenom 2003. godine optužnicu protiv Babića za zločine protiv čovječnosti zbog progona na političkoj, rasnoj i vjerskoj osnovi, kao i još četiri točke koje ga terete za kršenje pravila i običaja rata, uključujući ubojstva, zlostavljanja, hotimično ili vojno neopravdano razaranje sela i uništavanje ili ostećivanje obrazovnih ili vjerskih institucija.
Бабиќ беше обвинет од страна на Меfународниот кривичен трибунал за поранешна Југославија (МКТЈ) во ноември 2003 година, за злосторства против човештвото за прогоните врз политичка, расна и верска основа, како и по четири други точки на прекршуваое на законите и обичаите на водеое војна, меfу кои и убиство, суров третман, намерно или воено непотребно уништуваое на села и уништуваое или оштетуваое на образовни и верски институции.