Suočava se i s dvije optužbe za genocid - tokom 44-mjesečne opsade Sarajeva, te za masakr u Srebrenici 1995, koji predstavlja najteži zločin počinjen u Europi nakon 2. svjetskog rata.
Караџиќ се товари и за геноцид заради 44- месечната опсада на Сараево и масакрот во Сребреница во 1995-та година, најужасниот злочин во Европа од Втората светска војна.