Дългогодишното разделение на Кипър е най-голямата пречка пред укрепването на сътрудничеството, а също така оказва негативно влияние и върху кандидатурата на Турция за членство в ЕС.
Неколкудецениската поделба на Кипар претставува најголема пречка за зајакнување на соработката, и исто така влијае на кандидатурата на Турција за влез во ЕУ.