Турция е недоволна и от това, че е изключена от командването и контролните структури на операциите, водени от ЕС, които се провеждат в рамките на сътрудничеството между НАТО и ЕС, въпреки нейния значителен принос.
Tурција се лути и поради тоа што е исклучена од командните и контролните структури во операциите предводени од ЕУ, кои се реализираат во рамките на соработката НАТО-ЕУ, дури и покрај тоа што постигна значаен придонес.