Караджич, заедно с военния командир Ратко Младич, бяха обвинени от Международния наказателен съд за бивша Югославия (МНСБЮ).
Караџиќ, заедно со неговиот воен командант Ратко Младиќ, е обвинет од страна на Меѓународниот кривичен трибунал за поранешна Југославија (МКТЈ).