Напредъкът на политическите и икономическите реформи бе забавен също и от войната в Косово през 1999 г., по време на която Македония прие стотици хиляди косовски албански бежанци.
Напредокот на политичките и економските реформи беше забавен и со косовската војна во 1999 година, за време на која Македонија прими стотици илјадници бегалци од косовските Албанци.