По силата на военната реформа, въведена през 2003 г., БиХ има едно МО на общодържавно ниво и по едно за всяка от автономните области - РС и федерацията БиХ (ФБиХ).
Со одбранбените реформи од 2003 година БиХ има едно министерство за одбрана на државно ниво и по едно за двата ентитета во БиХ - РС и Федерацијата на БиХ (ФБиХ).