По време на двата президентски мандата на Глигоров, между 1991 и 1999 г., Македония стана член на ООН под временното наименование "Бивша югославска република Македония", прие временното споразумение с Гърция през 1995 г. и премина през противоречив икономически преход.
За време на двата мандати на Глигоров како претседател, меѓу 1991 и 1999 година, Македонија стана членка на ОН, под привремената референца „поранешна југословенска република Македонија“, ја прифати Привремената спогодба од 1995 година со Грција и помина низ контроверзна економска транзиција.