Националната програма предвижда и прехвърляне на отговорностите за граничния контрол от македонската армия към вътрешното министерство - процес, започнал през май с прехвърлянето на отговорностите по южната граница, който се очаква да приключи до края на 2005 г.
Националната програма, исто така, вклучува и пренесување на надлежностите за граничната безбедност од АРМ на Министерството за внатрешни работи - процес кој започна во мај, со предавањето на контролата врз јужната граница, и се очекува да биде комплетиран до крајот на 2005 година.