Някои смятат, че протоколът би понижил позицията на босненската прокуратура, като я направи всъщност клон на сръбската прокуратура.
Некои сметаат дека протоколот може да ги стави обвинителите на БиХ во подредена позиција, правејќи ги -- всушност -- огранок на српското обвинителство.