Друга област, в която вече възникват трудности по време на процеса на скрининг е хармонизирането на режима на митниците в Хърватия с acquis communitaire.
Друга сфера каде веќе се појавија проблеми за време на процесот на тестирање е усогласувањето на царинскиот режим на Хрватска со acquis communitaire.