Отношенията му с йерархията на Католическата църква са постоянно напрегнати, тъй като той критикува намесата им в политиката, а те го критикуват, че не защитава националните интереси.
Односите на Месиќ со хиерархијата на Католичката Црква беа под постојани тензии, бидејќи тој ја критикуваше нивната инволвираност во политиката, а тие го критикуваа него тврдејќи дека не ги штити националните интереси.