Въпросът с муджахадините е много деликатен в БиХ поради нарасналите опасения след нападенията срещу САЩ на 11 септември 2001 г., че някои от бойците, останали в БиХ след войната, могат да са свързани с терористични групи.
Темата за муџахедините е многу деликатна во БиХ, со оглед на зголемените стравувања, по терористичките напади на Соединетите Американски Држави од 11-ти септември 2001-та година, дека некои од луѓето кои останаа во БиХ по војната би можеле да се инволвирани во терористички групи.