Когато през 1998 г. избухва въоръженият конфликт със Сърбия, Ругова е държан настрана от бунтовническата Армия за освобождение на Косово, тъй като много етнически албанци смятат, че той е прекалено пасивен.
Кога изби вооружениот конфликт со Србија во 1998 година Ругова застана на страната на бунтовничката Ослободителна војска на Косово, бидејќи многумина етнички Албанци го сметаа за премногу пасивен.