ЦЕИ си сътрудничи с международни организации и институции, като Организацията за икономическо сътрудничество и развитие, Съвета на Европа, ОССЕ, Европейската банка за възстановяване и развитие и Световната банка, както и с различни регионални структури, като Адриатическо-йонийската инициатива, Процесът на Дунавско сътрудничество и Пактът за стабилност.
ЦЕИ соработува со меѓународни организации и институции, како што се: Организацијата за економска соработка и развој, Советот на Европа, ОБСЕ, Европската банка за реконструкција и развој и Светската банка, и различни регионални структури, како што се: Јадранско-јонската иницијатива, Дунавскиот процес на соработка и Пактот на стабилност.