Някои гледат на "Ергенекон" като на политически мотивирано дело, подкрепяно от ПСР с цел отслабване на секуларистите чрез свързването им с екстремизъм.
Некои сметаат дека Ергенекон е политички мотивиран случај поддржан од АКП за заслабнување на секуларистите преку нивно поврзување со екстремизмот.