Обвинението срещу Ковачевич бе повдигнато през 2001 г., заедно с обвиненията срещу други трима офицери -- генералът от югославската армия Павле Стругар, вицеадмиралът в оставка Миодраг Йокич и вицеадмиралът от военноморските сили Милан Зеч --за убийство на цивилни лица и за разрушения, нанесени на историческия град.
Ковачевиќ беше осомничен во 2001 година заедно со уште тројца други офицери -- генералот на југословенската армија Павле Стругар, пензионираниот вице-адмирал Миодраг Џокиќ и морнаричкиот вице-адмирал Милан Зец -- за убиваое цивили и за уништуваоето направено во историскиот град.