Четирдесет и деветгодишният Готовина изчезна през юни 2001 г. скоро след като МНТБЮ го обвини във връзка с предполагаемата му роля при военни престъпления, извършени от военнослужещи под негово командване към края на конфликта от 1991-1995 г. в Хърватия.
49-годишниот Готовина исчезна во јуни 2001 година, набргу откако МКТЈ го обвини за неговата наводна улога во воените злосторства што ги извршиле војниците под негова команда кон крајот на конфликтот во Хрватска во периодот 1991-1995 година.