Макар че организацията има подразделение, което функционира като търговско дружество, в голямата си част работата на БМРР се извършва от нестопанското й звено, спонсорирано от десетина филантропични организации, между които Фонд "Братя Рокфелер" и Балканският тръст за демокрация, и европейски правителства, Холандия и Норвегия.
Иако организацијата има огранок кој работи како комерцијално претпријатие, голем дел од работата на БИРН ја врши нејзиниот непрофитен сектор, кој е финансиски потпомогнат од десетици филантропски институции -- вклучително и Фондот Браќа Рокфелер и Балканскиот труст за демократија -- и европските влади, Холандија и Норвешка.