Готовина започна да се укрива през юни 2001 г. , няколко седмици след като МНТБЮ го обвини във връзка с предполагаемата му роля в извършването на военни престъпления от части под негово командване през 1995 г., вкл. убийството на най-малко 150 сърби от Крайна.
Готовина се наоѓа во бегство од јуни 2001 година, неколку недели откако МКТЈ го обвини за наводната улога во воените злосторства извршени од страна на војниците под негова команда во 1995 година, меѓу кои и убиства на најмалку 150 Срби од Краина.