По време на войната Караджич бе президент на босненско-сръбската република и председател на нейния съвет за национална сигурност, а така също главнокомандващ босненско-сръбските въоръжени сили и лидер на Сръбската демократическа партия.
За време на војната, Караџиќ беше претседател на републиката на Босанските Срби и на Националниот совет за безбедност, како и врховен командант на вооружените сили на Босанските Срби и лидер на Српската демократска партија.