Бабич бе обвинен от Международния наказателен трибунал за бивша Югославия (МНТБЮ) през ноември 2003 г. по един пункт на обвинението в престъпления срещу човечеството за преследване по политически, расови и религиозни причини, както и по четири пункта за нарушение на законите и обичаите за водене на война, включително убийство, малтретиране, произволно или ненужно от военна гледна точка разрушаване на села и разрушаване или нанасяне на щети на образователни или религиозни сгради.
Бабиќ беше обвинет од страна на Меfународниот кривичен трибунал за поранешна Југославија (МКТЈ) во ноември 2003 година, за злосторства против човештвото за прогоните врз политичка, расна и верска основа, како и по четири други точки на прекршуваое на законите и обичаите на водеое војна, меfу кои и убиство, суров третман, намерно или воено непотребно уништуваое на села и уништуваое или оштетуваое на образовни и верски институции.