Милутинович, заедно с четирима други висши ръководители от бивша Югославия, включително Слободан Милошевич, беше обвинен за варварствата, извършени по време на конфликта в Косово през 1998-1999 г.
Mилутиновиќ, заедно со уште четири други поранешни високи официјални лица, вклучувајќи го Слободан Милошевиќ, беше обвинет за злосторства наводно извршени за време на конфликтите 1998-1999 во Косово.