На висши представители на Федерацията и на Комисия към парламента на автономната област бе възложено да упражняват надзор върху агенцията, но неотдавнашен скандал с подслушване показа колко недостатъчен е контролът на правителството върху ФССИ.
Највисоките власти во Федерацијата и одборот на Парламентот на ентитетот беа обвинети дека ја контролираат агенцијата, но неодамнешниот скандал со нелегално прислушуваое покажа колку малку ентитетот на Владата го контролира ФОСС.