Ръководният й орган е Съветът на външните министри (Адриатическо-йонийски съвет), чийто дневен ред се изготвя на периодични срещи на националните координатори.
Нејзиното тело за донесување одлуки е Советот на министри за надворешни работи (Јадранско-јонскиот совет), чија агенда е подготвена со периодични состаноци на националните координатори.