Недостатъчна степен на независимост от законодателната и изпълнителната власти, неефективно водене на съдебните дела и дълго проточили се процеси, маса неразгледани случаи и необходимост от по-голям професионализъм сред съдии и прокурори - това са някои от предизвикателствата пред македонската съдебна система, която трябва да се хармонизира със стандартите на ЕС като част от усилията на страната за присъединяване към съюза.
Недоволна независност од законодавната и извршната власт, неефикасни судски постапки и оддолжувани судења, заостанати случаи и потреба од поголем професионализам кај судиите и обвинителите се некои од предизвиците со кои се соочува македонското судство, кое мора да биде усогласено со европските стандарди како дел од напорите на земјата за членство.