МНСБЮ издаде първоначалния обвинителен акт срещу Жуплянин, на 56 г., през декември 1999 г., като с него бившият началник на Регионалния център на службите по сигурност в Баня Лука бе обвинен в извършването на военни престъпления при преследването на лица от несръбски произход по време на конфликта от 1992-1995 г. в БиХ.
МКТЈ го издаде своето првично обвинение против Жупљанин (56) во декември 1999 година, според кое поранешниот командант на Регионалниот центар на безбедносните сили во Бања Лука е одговорен за воени злосторства против несрпското население за време на конфликтот во БиХ во периодот 1992-1995 година.