Като бивш командир от Армията за освобождение на Косово Чеку се е бил срещу хърватската армия по време на разпадането на бивша Югославия през 90-те години.
Како поранешен командант на Ослободителната војска на Косово, Чеку се бореше и со хрватската армија за време на распадот на поранешна Југославија во текот на 1990-тите.