Милутинович бе обвинен заедно с Милошевич и трима други бивши сръбски висши длъжностни лица като участник в общото престъпно начинание за изгонването на значителна част от албанското население от Косово, за да бъде постигнат постоянен сръбски контрол над провинцията.
Покрај Милошевиќ и тројца други поранешни српски официјални лица од највисок ранг, беше поднесена тужба и против Милутиновиќ, под обвинение дека е дел од заедничкиот криминален потфат за протеруваое на значителен дел од албанското население од Косово, за да се обезбеди континуирана српска контрола над провинцијата.