МНТБЮ отправи официално обвинения срещу Готовина през 2001 г. за участие в жестокости, извършени срещу сърбите от Крайна в края на конфликта от 1991-1995 г. в Хърватия.
МКТЈ ги формализираше обвиненијата против Готовина во 2001 година, кога тој беше обвинет поради неговата наводна вмешаност во злосторствата против краинските Срби кон крајот на конфликтот во Хрватска во периодот 1991-1995 година.