Турската влиятелна и силно светски настроена армия, която е подозрителна към свързаната с ислямизма ПСР още от идването й на власт през 2003 г., отрича всякаква връзка с „Ергенекон” и сътрудничи на разследването.
Турската моќна и целосно секуларна војска, која се сомнева во АКП, партија со исламски корени, откако дојде на власт во 2003 година, негира каква било поврзаност со Ергенекон и соработува во истрагата.