Готовина започна да се укрива през юни 2001 г. , няколко седмици след като МНТБЮ го обвини във връзка с предполагаемата му роля в извършването на военни престъпления от части под негово командване през 1995 г., вкл. убийството на най-малко 150 сърби от Крайна.
Gotovina je u bekstvu od juna 2001, nekoliko nedelja nakon što je MKSJ podigao optužnicu protiv njega zbog uloge koju je navodno imao u ratnim zločinima koje su 1995. godine počinile trupe pod njegovom komandom, uključujući ubistvo najmanje 150 krajiških Srba.