Отношенията му с йерархията на Католическата църква са постоянно напрегнати, тъй като той критикува намесата им в политиката, а те го критикуват, че не защитава националните интереси.
Mesićevi odnosi sa velikodostojnicima Hrvatske katoličke crkve bili su konstantno napeti, pošto je kritikovao njihovo učešće u politici, a oni njemu zamerali da ne štiti nacionalne interese.