Ръководният й орган е Съветът на външните министри (Адриатическо-йонийски съвет), чийто дневен ред се изготвя на периодични срещи на националните координатори.
Telo koje donosi odluke je Savet ministara inostranih poslova (Jadransko-jonski savet), čiji se plan rada priprema na periodičnim sastancima nacionalnih koordinatora.