Като един от тримата най-издирвани от Трибунала обвиняеми той премина в нелегалност в средата на 2001 г. скоро след като прокурорите на ООН повдигнаха срещу него обвинения във военни престъпления във връзка с предполагаемата му роля при убийството на 150 сърби от Краина и експулсирането на други 150 000 души към края на конфликта от 1991-1995 г. в Хърватия.
Gotovina, jedan od najtraženijih optuženika tribunala, u bekstvu je od sredine 2001. godine, neposredno nakon što su tužioci Haškog tribunala podigli optužnicu protiv njega zbog navodne uloge u ubistvu 150 krajiških Srba i proterivanju još 150.000 krajem sukoba u Hrvatskoj (1991-1995).