Той започна да се укрива през юни 2001 г., седмици след като МНТБЮ повдигна срещу него обвинения във връзка с операция на сили под негово командване към края на конфликта от периода 1991-1995 г. в Хърватия.
Gotovina je u bekstvu od juna 2001. godine, nekoliko nedelja nakon što je MKSJ podigao optužnicu protiv njega u vezi sa operacijom koju su pred kraj sukoba u Hrvatskoj koji je trajao od 1991. do 1995. izvršile snage pod njegovom komandom.