Недостатъчна степен на независимост от законодателната и изпълнителната власти, неефективно водене на съдебните дела и дълго проточили се процеси, маса неразгледани случаи и необходимост от по-голям професионализъм сред съдии и прокурори - това са някои от предизвикателствата пред македонската съдебна система, която трябва да се хармонизира със стандартите на ЕС като част от усилията на страната за присъединяване към съюза.
Nedovoljna nezavisnost od zakonodavne i izvršne vlasti, neefikasni sudski postupci i suđenja koja se otežu u nedogled, gomilanje slučajeva i potreba za većim profesionalizmom kod sudija i tužilaca neki su od izazova sa kojima se suočava makedonsko pravosuđe, koje se mora uskladiti sa standardima EU u okviru napora Makedonije da postane članica Unije.