He was one of the first religious leaders to react strongly against the Pope's September speech in Regensburg, Germany, in which the pontiff quoted a 14th century Byzantine emperor who characterised the Prophet Muhammed's teachings as "evil and inhuman".
Bardakoglu je jedan prvih vjerskih čelnika koji su oštro reagirali na Papin rujanski govor u Regensburgu, u Njemačkoj, u kojem je pontifik citirao bizantskog vladara iz 14. stoljeća koji je učenja proroka Muhameda opisao kao "zla i nečovječna".