The ICTY's indictment against him alleges that Rajic commanded an operational group of the Croatian Defence Council (HVO), the armed forces of the self-proclaimed Croatian Community of Herceg-Bosna, and that on 23 October 1993, units under his command attacked and razed Stupni Dol.
U optužnici ICTY-a navodi se da je Rajić zapovijedao operativnom skupinom Hrvatskog vijeća obrane (HVO), oružanih snaga samoproglašene Hrvatske zajednice Herceg-Bosne te da je 23. listopada 1993. godine postrojba pod njegovim zapovjedništvom napala i uništila selo Stupni Dol.