Prosecutors alleged that on six occasions between June and October 2004, Beqaj interfered with a witness and a potential witness, referred to as B1 and B2 respectively, in the case against former Kosovo Liberation Army (KLA) members Fatmir Limaj, Haradin Bala and Isak Musliu.
Tužitelji su tvrdili kako je šest puta u razdbolju između lipnja i listopada 2004. godine Beqaj utjecao na jednog svjedoka i potencijalnog svjedoka, pod oznakom B1 i B2, u slučaju protiv bivših pripadnika Oslobodilačke vojske Kosova (OVK), Fatmira Limaja, Haradina Bale i Isaka Musliua.