NHQSa od prosinca 2004. godine podupire reformu obrane u BiH, istodobno pružajući potporu Međunarodnom tribunalu za bivšu Jugoslaviju kao i protuterorističkim aktivnostima u BiH.
Sedište NATO-a u Sarajevu od decembra 2004. pomaže u reformi odbrane u BiH, istovremeno pružajući podršku Međunarodnom tribunalu za bivšu Jugoslaviju kao i antiterorističkim aktivnostima u BiH.