Međunarodni kazneni tribunal za bivšu Jugoslaviju (ICTY) podignuo je u studenom 2003. godine optužnicu protiv Babića za zločine protiv čovječnosti zbog progona na političkoj, rasnoj i vjerskoj osnovi, kao i još četiri točke koje ga terete za kršenje pravila i običaja rata, uključujući ubojstva, zlostavljanja, hotimično ili vojno neopravdano razaranje sela i uništavanje ili ostećivanje obrazovnih ili vjerskih institucija.
Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) je u novembru 2003. godine podigao optužnicu protiv Babića koja uključuje jednu tačku za zločine protiv čovečnosti, zbog progona na političkoj, rasnoj i verskoj osnovi, i četiri tačke koje ga terete za kršenja pravila i običaja rata, uključujući ubistva, okrutno postupanje, bezobzirno ili vojno neopravdano razaranje sela i uništavanje ili ostećivanje obrazovnih ili verskih institucija.