Državna je kontrola zajamčena kroz jedinstveni zapovjedni lanac koji polazi od Predsjedništva BiH, ka ministru obrane, združenom stožeru, te najzad do zapovjednika Operativnih i Logističkih zapovjedništava.
Kontrola država obezbeđuje se putem jedinstvenog lanca komanda koji vodi od Predsedništva BiH do Ministarstva odbrane, zatim do Generalštaba, pa sve do komandanata operativnih i komandi podrške.