Od veljače do travnja 1992. godine, Gotovina je bio zamjenik zapovjednika Posebne postrojbe Glavnog stožera Hrvatske vojske, nakon čega je preuzeo šestomjesečnu dužnost u Hrvatskom vijeću obrane.
Od februara do aprila 1992. godine Gotovina je bio zamenik komandanta Specijalne jedinice Glavnog štaba Hrvatske vojske, nakon čega je preuzeo šestomesečnu dužnost u Hrvatskom veću odbrane.