Όμως τα δομικά προβλήματα παραμένουν, μεταξύ των οποίων, πολυάριθμο προσωπικό, πολλά επίπεδα αρχών, έλλειψη κεφαλαίων και ελάχιστη ή καμία συνεργασία μεταξύ της αστυνομίας σε διαφορετικές περιοχές της χώρας, ειδικά μεταξύ των δυο οντοτήτων -- τη Δημοκρατία Σρπσκα (RS) και την Μουσουλμανική-Κροατική Ομοσπονδία -- οι οποίες αποτελούν τη μεταπολεμική Β-Ε.
Međutim, strukturni problemi ostaju prisutni, uključujući prevelik broj pripadnika policije, previše nivoa vlasti, nedostatak sredstava i slabu ili nikakvu saradnju između policija iz različitih delova zemlje, posebno između dva entiteta -- Republike Srpske (RS) i Muslimansko-Hrvatske Federacije -- koji čine posleratnu BiH.