Οι δυο χώρες διαφωνούν επίσης για τα χωρικά ύδατα στον Κόλπο Πιράν, καθώς επίσης αρκετά άλλα ζητήματα όπως τα μειονοτικά δικαιώματα και τα χρέη που οφείλονται σε Κροάτες πελάτες της Τράπεζας Λιουμπλιάνα.
Dve zemlje se takođe ne slažu oko pomorske granice u Piranskom zalivu, kao i oko određenog broja drugih pitanja, kao što su prava manjina i dug prema hrvatskim klijentima Ljubljanske banke.