Ωστόσο, οι Ισλαμικές ρίζες του ΑΚΡ έχουν πυροδοτήσει υποψίες στον ισχυρό στρατό της χώρας, ο οποίος θεωρεί πως ρόλος του είναι η εξασφάλιση της κοσμικής τάξης στην Τουρκία, αν και ο Ερντογάν, καθώς και άλλα κομματικά στελέχη, έχουν επανειλημμένως δηλώσει ότι δεν διαθέτουν μυστική θρησκευτική ατζέντα.
Međutim, islamski koreni AKP-a izazvali su sumnju među moćnom vojskom zemlje, koja sebe smatra garantom sekularnog uređenja Turske, mada su Erdogan i drugi lideri stranke više puta isticali da nemaju prikrivene verske ciljeve.