Ο Γκοτόβινα ήταν ένας από τους τρεις πιο καταζητούμενους φυγόδικους εγκλημάτων πολέμου από την περίοδο των βαλκανικών συγκρούσεων της δεκαετίας του 1990, μαζί με τον πρώην βοσνιοσέρβο ηγέτη Ράντοβαν Κάρατζιτς και τον στρατιωτικό του διοικητή Ράτκο Μλάντιτς.
Gotovina je bio jedan od tri najtraženija odbegla optuženika za ratne zločine iz balkanskih sukoba devedesetih, zajedno sa bivšim liderom bosanskih Srba Radovanom Karadžićem i njegovim vojnim komandantom Ratkom Mladićem.