Σύμφωνα με τους εισαγγελείς του δικαστηρίου, ο Γκοτόβινα -- ενεργώντας ατομικά και σε συνεργία με άλλους, περιλαμβανομένων και των Ιβάν Σέρμακ, Μλάντεν Μάρκατς και τον πρώην κροάτη πρόεδρο Φράνιο Τούντζμαν -- συμμετείχαν σε κοινή εγκληματική επιχείρησης κοινός σκοπός της οποίας ήταν η μόνιμη και δια βίας απομάκρυνση του σερβικού πληθυσμού από την περιοχή της Κράινα.
Prema haškim tužiocima, Gotovina -- koji je delovao samostalno ili u dogovoru sa drugima, uključujući Ivana Čermaka, Mladena Markača i bivšeg hrvatskog predsednika Franju Tuđmana -- učestvovao je u zajedničkom kriminalnom poduhvatu čiji je opšti cilj bio prisilno i trajno uklanjanje srpskog stanovništva iz regiona Krajine.