Οι σχέσεις του Μέσιτς με την ιεραρχία της Καθολικής Εκκλησίας ήσαν πάντα υπό συνεχή ένταση αφού ο Μέσιτς επέκρινε την συμμετοχή της εκκλησίας στα πολιτικά και η εκκλησία τον επέκρινε ισχυριζόμενη ότι δεν προστατεύει τα εθνικά συμφέροντα.
Mesićevi odnosi sa velikodostojnicima Hrvatske katoličke crkve bili su konstantno napeti, pošto je kritikovao njihovo učešće u politici, a oni njemu zamerali da ne štiti nacionalne interese.