Η έρευνα εναντίον της Εργκένεκον, η οποία περιελάμβανε προσωποκράτηση υπόπτων πριν την παρουσίαση σαφών στοιχείων, καθώς επίσης παρατεταμένη φυλάκιση πριν τη διενέργεια δίκης, επικρίθηκε εντονότατα από κοσμικά και εθνικιστικά ΜΜΕ.
Sprovođenje istrage Ergenekona, koja je uključivala i pritvaranje osumnjičenih pre predstavljanja bilo kakvih jasnih dokaza i dugo držanje u zatvoru pre suđenja, naišla je na velike kritike sekularnih i nacionalističkih medija.