Καθώς η ΕΕ έχει υψηλά πρότυπα υγιεινής για τα εισαγόμενα τρόφιμα, η Β-Ε πλήττεται από ετήσιο εμπορικό έλλειμμα ενός δισεκατομμυρίου ευρώ με το μπλοκ και οι εξαγωγές προς την Ένωση είναι μόνο μερικά εκατομμύρια ευρώ, με προϊόντα κυρίως πρώτες ύλες ή ημικατεργασμένα προϊόντα τα οποία δεν απαιτούν πιστοποιητικά ασφάλειας ή ποιότητας.
S obzirom da EU ima visoke higijenske standarde za uvoz hrane, BiH ima trgovinski deficit sa Unijom u iznosu preko milijardu evra godišnje i u Uniju godišnje izvozi proizvode u vrednosti svega nekoliko miliona evra, uglavnom sirove materijale ili polugotovu hranu, što ne zahteva bezbednosne sertifikate ili sertifikate kvaliteta.