Κατά τη διάρκεια των αεροπορικών επιδρομών του ΝΑΤΟ εναντίον της Γιουγκοσλαβίας, ο Ντζουκάνοβιτς ανέφερε ότι το Μαυροβούνιο δεν συμμετείχε στη σύγκρουση -- στάση η οποία είχε ως αποτέλεσμα την οικονομική στήριξη της δημοκρατίας από ΕΕ και Ηνωμένες Πολιτείες.
Tokom NATO bombardovanja Jugoslavije, Đukanović je izjavljivao da Crna Gora nije strana u sukobu, što je stav koji je njegovoj republici doneo finansijsku podršku EU i Sjedinjenih Država.