Ο Μιλουτίνοβιτς παραπέμφθηκε μαζί με το Μιλόσεβιτς και τρεις άλλους πρώην κορυφαίους αξιωματούχους της Σερβίας ως μέλος της κοινής εγκληματικής επιχείρησης για την εκδίωξη σημαντικού μέρους του αλβανικού πληθυσμού από το Κοσσυφοπέδιο, ώστε να διασφαλιστεί η συνέχιση της σερβικής κυριαρχίας στην επαρχία.
Milutinović je optužen zajedno sa Miloševićem i još trojicom bivših visokih srpskih zvaničnika kao učesnik kriminalnog udruživanja u cilju proterivanja znatnog broja albanskih stanovnika sa Kosova da bi se osigurala srpska kontrola nad pokrajinom.