Ο Ζαουαχίρι, του οποίου η οργάνωση EIJ λέγεται ότι έχει συγχωνευτεί με την αλ-Κάιντα, θεωρείται ότι είναι ένας από τους εγκεφάλους της βομβιστικής επίθεσης αυτοκτονίας του USS Cole στα ανοικτά της Υεμένης το 2000, και ο "εγκέφαλος" πίσω από την επίθεση στις 11 Σεπτεμβρίου στις Ηνωμένες Πολιτείες.
Zavahiri, čiji se EIJ, kako se misli, spojio sa Al Kaidom 1998, takođe je, veruje se, jedan od glavnih planera samoubilačkog bombaškog napada na američki razarač US Kol kod obale Jemena 2000. godine i „mozak“ koji stoji iza napada 11. septembra u Sjedinjenim Državama.