Ως διοικητής, είχε νόμιμη και ντε φάκτο διοίκηση και έλεγχο όλων των Κροατικών δυνάμεων που είχαν αναπτυχθεί στο πλαίσιο της Επιχείρησης Καταιγίδα στο νότιο τμήμα της περιοχής Κράινα, όπως ισχυρίστηκαν εισαγγελείς του ΟΗΕ σε τροποποιημένο κατηγορητήριο εναντίον του Γκοτόβινα, το οποίο γνωστοποιήθηκε το Μάρτη του 2004.
U tom svojstvu on je de jure i de fakto imao komandu i kontrolu nad svim hrvatskim snagama koje su u sklopu Operacije oluja bile razmeštene u južnom delu regiona Krajine, ustvrdili su tužioci Haškog suda u dopunjenoj optužnici protiv Gotovine koja je objavljena u martu 2004. godine.