Επιβραδύνθηκε επίσης η πρόοδος πολιτικών και οικονομικών μεταρρυθμίσεων λόγω του πολέμου του 1999 στο Κοσσυφοπέδιο, κατά τη διάρκεια του οποίου η πΓΔΜ περιμάζεψε εκατοντάδες χιλιάδες Αλβανούς πρόσφυγες του Κοσσυφοπεδίου.
Napredak političkih i ekonomskih reformi takođe je usporen ratom na Kosovu 1999. godine, tokom kojeg je Makedonija prihvatila stotine hiljada izbeglih kosovskih Albanaca.