Την περίοδο της Επιχείρησης Καταιγίδα, ο Γκοτοβίνα ήταν διοικητής της Λειτουργικής Ζώνης Σπλιτ του Κροατικού Στρατού και ασκούσε πλήρη διοίκηση και έλεγχο σε όλες τις Κροατικές δυνάμεις που συμμετείχαν στην έφοδο.
U vreme Operacije oluja Gotovina je bio komandant Splitske operativne zone Hrvatske vojske i obavljao je punu komandu i kontrolu nad svim hrvatskim snagama koje su učestvovale u ofanzivi.