Ο Μπάμπιτς κατηγορήθηκε από το Διεθνές Ποινικό Δικαστήριο για την πρώην Γιουγκοσλαβία (ICTY) το Νοέμβριο του 2003, κατηγορούμενος για εγκλήματα κατά της ανθρωπότητας, για πολιτικές, φυλετικές και θρησκευτικές διώξεις και τέσσερις κατηγορίες για παραβιάσεις νόμων ή θεσμών του πολέμου, συμπεριλαμβανομένης της δολοφονίας, βάναυσης μεταχείρισης, απρόκλητη ή στρατιωτικά περιττής καταστροφής χωριών και καταστροφή ή πρόκληση ζημιών σε εκπαιδευτικά και θρησκευτικά ιδρύματα.
Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) je u novembru 2003. godine podigao optužnicu protiv Babića koja uključuje jednu tačku za zločine protiv čovečnosti, zbog progona na političkoj, rasnoj i verskoj osnovi, i četiri tačke koje ga terete za kršenja pravila i običaja rata, uključujući ubistva, okrutno postupanje, bezobzirno ili vojno neopravdano razaranje sela i uništavanje ili ostećivanje obrazovnih ili verskih institucija.