Μολονότι οι σχέσεις του με την εκκλησία στο εσωτερικό της χώρας ήσαν τεταμένες, οι σχέσεις του Μέσιτς με το Βατικανό ήταν θαυμάσιες.
Iako su njegove veze sa crkvom na domaćem planu bile napete, Mesić je imao odlične odnose sa Vatikanom.