Η Τουρκία έχει επίσης απογοητευθεί από το γεγονός ότι εξαιρέθηκε από τη διοίκηση και τις ελεγκτικές δομές των επιχειρήσεων που ηγείται η ΕΕ, οι οποίες λαμβάνουν χώρα στο πλαίσιο συνεργασίας μεταξύ ΝΑΤΟ και ΕΕ, αν και έχει πραγματοποιήσει σημαντικές συμβολές.
Turska je takođe frustrirana što je izostavljena iz komandnih i kontrolnih struktura u operacijama koje vodi EU, a koje se sprovode u okviru saradnje NATO-a i EU, i pored toga što je dala značajan doprinos.