Ο Τζίντζιτς δολοφονήθηκε από πυρά ελεύθερου σκοπευτή την ώρα που έβγαινε από το αυτοκίνητό του, έξω από τα κεντρικά γραφεία της Σερβικής κυβέρνησης στις 12 Μαρτίου του 2003.
Đinđić je ubijen snajperskom vatrom dok je izlazio iz svog automobila ispred sedišta srpske vlade 12. marta 2003. godine.