Ο Περίσιτς διετέλεσε αρχηγός γενικού επιτελείου στρατού του Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς έως την απόλυσή του στα τέλη του 1998, λόγω της κριτικής κατά της πολιτικής στο Κοσσυφοπέδιο.
Perišić je bio načelnik generalštaba Vojske Jugoslavije u vreme Miloševićevog režima, dok nije smenjen 1998. godine zato što je kritikovao politiku u pogledu Kosova.