Μετά την δεύτερη νίκη του κόμματός του στις εκλογές του διεξήχθησαν τον Οκτώβρη του 2003, το Δεκέμβρη του ιδίου έτους επανεκλέχθηκε για δεύτερη θητεία στο αξίωμα του προέδρου και κατέστησε εντονότερη την έκκλησή του για ανεξαρτησία του Κοσσυφοπεδίου από τη Σερβία.
Nakon što je njegova stranka na izborima u oktobru 2004. godine ponovo odnela pobedu, Rugova je u decembru iste godine dobio drugi predsednički mandat i udvostručio svoje pozive za nezavisnost Kosova od Srbije.