Επίσης, η νοτιοανατολική Ευρώπη έχει φιλοξενήσει δραστηριότητες στρατολόγησης της αλ-Κάιντα, με την οργάνωση να επιδιώκει εκμετάλλευση των θρησκευτικών διχασμών που προκάλεσαν τις συγκρούσεις των Βαλκανίων τη δεκαετία του 1990.
Jugoistočna Evropa je takođe bila lokacija u kojoj je Al Kaida obavljala aktivnosti regrutovanja, jer je ta grupa pokušavala da iskoristi verske podele koje su podstakle balkanske sukobe devedesetih godina.