Μερικοί αισθάνονται πως το Πρωτόκολλο θα μπορούσε να θέσει τους εισαγγελείς της Β-Ε σε μειονεκτική θέση, καθιστώντας τους -- στην πραγματικότητα -- παράρτημα της εισαγγελίας της Σερβίας.
Neki smatraju da bi protokol mogao da dovede Tužilaštvo BiH u inferioran položaj i, u stvari, napravi od njega ogranak srpskog tužilaštva.