Από τον Φεβρουάριο μέχρι τον Απρίλιο 1992, ο Γκοτόβινα ανήλθε στη θέση του αναπληρωτή διοικητή της Ειδικής Μονάδας του Κροατικού Επιτελείου Στρατού και μετά ανέλαβε 6μηνη αποστολή με το Κροατικό συμβούλιο αμύνης.
Od februara do aprila 1992, Gotovina je bio zamenik komandanta Specijalne jedinice Glavnog štaba Hrvatske vojske, nakon čega je šest meseci obavljao dužnosti u Hrvatskom vijeću obrane.