Κατόπιν, ο Κοστούνιτσα διετέλεσε πρόεδρος της Ομοσπονδιακής Δημοκρατίας της Γιουγκοσλαβίας και αργότερα, μεταξύ 2004 και 2008, κατέλαβε το αξίωμα του Σέρβου πρωθυπουργού.
Koštunica je tada postao predsednik Savezne Republike Jugoslavije, a kasnije, između 2004. i 2008, bio je premijer Srbije.