Ο Γκοτόβινα αντιμετωπίζει τέσσερις κατηγορίες για εγκλήματα κατά της ανθρωπότητας και τρεις κατηγορίες παραβιάσεων κανόνων και ηθών πολέμου σε σχέση με τις επιχειρήσεις του κροατικού στρατεύματος, που έφεραν τον κωδικό «Επιχείρηση Καταιγίδα», για την ανακατάληψη, από τους σέρβους αντάρτες, της περιοχής Κραϊίνα.
Gotovina je optužen po četiri tačke zločina protiv čovečnosti i tri tačke kršenja zakona i običaja rata u vezi sa hrvatskom akcijom Oluja koja je imala za cilj preotimanje Krajine od srpskih pobunjenika.