Ένα από τα πλέον ακανθώδη θέματα στην ατζέντα της Λισαβόνας είναι το σχέδιο ανάπτυξης συστήματος πυραυλικής προστασίας για την προστασία όλων των χωρών της Συμμαχίας από πιθανές απειλές.
Jedno od najtrnovitijih pitanja na dnevnom redu u Lisabonu je plan o sistemu protivraketne odbrane koji bi štitio zemlje alijanse od potencijalnih pretnji.