Το 1995, το ICTY εξέδωσε κοινό κατηγορητήριο εναντίον του Κάραζιτς και του στρατιωτικού διοικητή του, Ράτκο Μλάντιτς, κατηγορώντας τους για εγκλήματα πολέμου, για το φερόμενο ρόλο τους σε διάφορες αγριότητες κατά τη διάρκεια του πολέμου 1992-1995 στη Βοσνία και Ερζεγοβίνη (Β-Ε).
MKSJ je 1995. godine podigao zajedničku optužnicu protiv Karadžića i njegovog vojnog komandanta Ratka Mladića, optužujući ih za ratne zločine i njihovu navodnu ulogu u raznim zverstvima počinjenim tokom rata u Bosni i Hercegovini (BiH).