Κατά τις δυο θητείες του Γκλιγκόροφ στο αξίωμα του προέδρου, μεταξύ 1991 και 1999, η πΓΔΜ αποτέλεσε μέλος του ΟΗΕ υπό την προσωρινή ονομασία "πρώην Γιουγκοσλαβική Δημοκρατία της Μακεδονίας", έκανε δεκτό το Προσωρινό Σύμφωνο του 1995 με την Ελλάδα και υποβλήθηκε σε αμφιλεγόμενη οικονομική μετάβαση.
Tokom dva mandata Gligorova na mestu predsednika, između 1991. i 1999. godine, Makedonija je postala članica Ujedinjenih nacija pod privremenim nazivom „Bivša Jugoslovenska Republika Makedonija“, prihvatila Privremeni sporazum sa Grčkom 1995. godine i prošla kontroverznu ekonomsku tranziciju.