Ο Γκοτόβινα, ο οποίος μαζί με τους Σερβοβόσνιους ηγέτες εν καιρώ πολέμου Ράντοβαν Κάραζιτς και Ράτκο Μλάντιτς αποτελούν τους σημαντικότερους καταζητούμενους του δικαστηρίου του ΟΗΕ, παραπέμφθηκε τον Ιούνιο του 2001.
Optužnica protiv Gotovine, koji se zajedno sa liderima bosanskih Srba iz ratnog perioda, Radovanom Karadžićem i Ratkom Mladićem, nalazi na vrhu liste najtraženijih optuženika tribunala, podignuta je 2001. godine.