Σύμφωνα με κοινό κατηγορητήριο, ο Μρκσιτς ήταν διοικητής της 1ης Ταξιαρχίας Μηχανοκίνητων Φρουρών του JNA, η οποία φέρει τη βασική ευθύνη για την τριετή πολιορκία της Βούκοβαρ, η οποία οδήγησε στην παρεπόμενη πτώση το Νοέμβρη του 1991.
Prema zajedničkoj optužnici, Mrkšić je bio komandant 1. Gardijske motorizovane brigade JNA koja je snosila glavnu odgovornost za tromesečnu opsadu Vukovara koja je dovela do konačnog pada u novembru 1991. godine.