Ο τελευταίος από τους συμμάχους του Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς, ο οποίος διατήρησε την ανώτερη θέση μετά την πτώση του πρώην Γιουγκοσλάβου ηγέτη τον Οκτώβριο του 2000, ο Μιλουτίνοβιτς βρίσκεται υπό κράτηση στο δικαστήριο του ΟΗΕ στη Χάγη για εγκλήματα πολέμου εν αναμονή δίκης, για φερόμενη συμμετοχή σε αγριότητες κατά τη διάρκεια των συγκρούσεων του 1998-1999 στο Κοσσυφοπέδιο.
Jedini saradnik Slobodana Miloševića koji je ostao na visokoj funkciji posle zbacivanja sa vlasti bivšeg jugoslovenskog lidera u oktobru 2000. godine, Milutinović se trenutno nalazi u pritvoru Haškog suda za ratne zločine, gde čeka početak suđenja zbog navodne umešanosti u zločine počinjene tokom sukoba na Kosovu 1998-1999.