Μαζί με τον Αντισυνταγματάρχη Ντράγκαν Ιόκιτς, ο Μπλαγκόιεβιτς αντιμετωπίζει κατηγορίες συνενοχής σε γενοκτονία, εγκλήματα κατά της ανθρωπότητας και παραβιάσεις των νόμων και θεσμών του πολέμου.
Zajedno sa potpukovnikom Draganom Jokićem, Blagojević se suočava sa optužbama za saučesništvo u genocidu, zločine protiv čovečnosti i kršenje zakona i običaja ratovanja.