Αναφερόμενες στις θηριωδίες που διαπράχθηκαν μεταξύ 1ης Ιουλίου 1991 και 30ης Νοεμβρίου 1995, οι τροποποιημένες κατηγορίες ισχυρίζονται ότι ο Κάρατζιτς «σχεδίασε, προκάλεσε, διέταξε, διέπραξε ή άλλως βοήθησε και ενθάρρυνε το σχεδιασμό, προετοιμασία ή εκτέλεση της καταστροφής, συνολικά ή έν μέρει, των εθνικών, φυλετικών ή θρησκευτικών ομάδων μουσουλμάνων και κροατών της Βοσνίας» σε πολλούς δήμους μεταξύ των οποίων οι δήμοι: Μπιγελίνα, Μπράτουνατς, Μποσάνσκι Σάματς, Μπίρκο, Ντομπόζ, Φότσα, Ιλίγιας, Κιλτσούκ, Κότορ Βάρος, Νόβι Γκράντ, Πρίγιεντορ, Ρογκατίτσα, Σάνσκι Μοστ, Σρεμπρενίτσα, Βίσεγκραντ, Βλασένιτσα, Ζαβιντόβιτσι και Ζβόρνικ.
U navodima izmenjene optužnice koji se odnose na zločine počinjene u periodu između 1. jula 1991. i 30. novembra 1995. tvrdi se da je Karadžić "planirao, podsticao, naredio, počinio ili na drugi način pomogao planiranje, pripremu ili izvršenje uništenja, u celini ili delimično, nacionalnih, etničkih, rasnih ili verskih grupa bosanskih Muslimana i bosanskih Hrvata" u brojnim opštinama. Među tim opštinama su Bijeljina, Bratunac, Bosanski Šamac, Brčko, Doboj, Foča, Ilijaš, Ključ, Kotor Varoš, Novi Grad, Prijedor, Rogatica, Sanski Most, Srebrenica, Višegrad, Vlasenica, Zavidovići i Zvornik.