Όταν ξέσπασε η ένοπλη σύγκρουση με τη Σερβία το 1998, ο Ρουγκόβα εκτοπίστηκε από τον επαναστατικό Απελευθερωτικό Στρατό του Κοσσυφοπεδίου, καθώς αρκετοί Αλβανοί τον θεώρησαν πολύ παθητικό.
Kada je 1998. godine izbio oružani sukob sa Srbijom, Rugova je istisnut od strane pobunjenika iz Oslobodilačke vojske Kosova, dok su ga mnogi lokalni Albanci smatrali suviše pasivnim.