Υπό το ρόλο αυτό, ασκούσε τον ουσιαστικό ή άλλως έλεγχο και διοίκηση των κροατικών δυνάμεων που μετείχαν στην επιχείρηση Καταιγίδα στο νότιο τμήμα της περιοχής της Κράινα, ισχυρίστηκαν οι εισαγγελείς του δικαστηρίου στην τροποποιημένη κατηγορία κατά του Γκοτόβινα που δημοσιεύτηκε το Μάρτιο του 2004.
U tom svojstvu imao je de fakto i de jure komandu i kontrolu nad svim hrvatskim snagama raspoređenim u sklopu Operacije oluja u južnom delu regiona Krajine, naveli su tužioci u izmenjenoj optužnici protiv Gotovine koja je objavljena u martu 2004. godine.