Άρχισε να κρύβεται τον Ιούνιο του 2001, λίγες εβδομάδες μετά τη δίωξη εναντίον του από το ICTY σχετικά με επιχείρηση που διεξήχθη από δυνάμεις της διοίκησής του, στα τέλη των συγκρούσεων του 1991-1995 στην Κροατία.
Gotovina je u bekstvu od juna 2001. godine, nekoliko nedelja nakon što je MKSJ podigao optužnicu protiv njega u vezi sa operacijom koju su pred kraj sukoba u Hrvatskoj koji je trajao od 1991. do 1995. izvršile snage pod njegovom komandom.