Από το Φεβρουάριο μέχρι τον Απρίλη του 1992, ο Γκοτόβινα διατελούσε υποδιοικητής της Ειδικής Μονάδας του Βασικού Επιτελείου Στρατού της Κροατίας, ενώ στη συνέχεια ανέλαβε εξάμηνη αποστολή στο Αμυντικό Συμβούλιο της Κροατίας.
Od februara do aprila 1992. godine Gotovina je bio zamenik komandanta Specijalne jedinice Glavnog štaba Hrvatske vojske, nakon čega je preuzeo šestomesečnu dužnost u Hrvatskom veću odbrane.