Η σύγκρουση μεταξύ των δύο αυτών βασικών θεσμών κορυφώθηκε με την τρέχουσα υπόθεση εναντίον υπερεθνικιστικής, κοσμικής οργάνωσης γνωστή ως Εργκένεκον, τα μέλη της οποίας δικάζονται για φερόμενη απόπειρα ανατροπής της κυβέρνησης.
Sukob između te dve glavne institucije dostigao je svoj vrhunac tokom postupka koji se trenutno vodi protiv ultranacionalističke sekularne grupe poznate u javnosti kao Ergenekon, čijim se članovima sudi zbog navodnog pokušaja da sruše vladu.