Κατά τη διάρκεια του πολέμου, ο Κάρατζιτς ήταν πρόεδρος της Βοσνιοσερβικής δημοκρατίας και του Εθνικού της Συμβουλίου Ασφαλείας καθώς και ανώτατος διοικητής των σερβικών ενόπλων δυνάμεων της Βοσνίας και ηγέτης του Σερβικού Δημοκρατικού Κόμματος.
Tokom rata, Karadžić je bio predsednik republike bosanskih Srba i njenog Saveta za nacionalnu bezbednost, kao i vrhovni komandant oružanih snaga bosanskih Srba i vođa Srpske demokratske stranke.