Ο Σεσέλι κατονομάζεται στα κατηγορητήρια σε βάρος του γιουγκοσλάβου προέδρου Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς και πιστεύεται ότι είχε εμπλοκή, μαζί με το Μιλόσεβιτς και αρκετούς άλλους, στην απέλαση μη Σέρβων από τις δύο δημοκρατίες.
Šešeljevo ime se pominje u optužnici protiv bivšeg Jugoslovenskog predsednika Slobodana Miloševića i smatra se da je on bio umešan, zajedno sa Miloševićem i još nekoliko osoba, u progon nesrba iz dve republike.