Το λιμενικό σώμα είναι οργανωμένο σε δύο σκέλη, το πολιτικό σκέλος το οποίο ελέγχεται από τον υπουργό εσωτερικών και το στρατιωτικό σκέλος το οποίο αποτελεί τμήμα του υπουργείου άμυνας – αυτά τα δύο θα συγχωνευτούν.
Obalska straža radi u dva ogranka -- civilni deo kojim upravlja ministarstvo unutrašnjih poslova i vojni deo u okviru ministarstva odbrane -- koji će biti spojeni.