Όπως και άλλα ιδρύματα της Β-Ε, το MPI θα έχει τριμερή ηγεσία με εκπροσώπους και από τις τρεις εθνικές ομάδες, οι οποίοι θα κατέχουν θέσεις εκ περιτροπής.
Kao i druge isntitucije u BiH, MPI će imati tročlano rukovodstvo sa predstavnicima sve tri etničke zajednice koji će se rotirati na funkcijama.