Σύμφωνα με το κατηγορητήριο εναντίον του, ο Γκοτοβίνα ήταν ο γενικός διοικητής της Επιχείρησης Καταιγίδα στο νότιο τμήμα της περιοχή Κράινα.
Prema optužnici, Gotovina je bio komandant svih operacija tokom Operacije oluja u južnom delu regiona Krajine.