Ο Τζίντζιτς δολοφονήθηκε στις 12 Μαρτίου 2003, ακριβώς έξω από το κτίριο της Σερβικής κυβέρνησης, την ώρα που κατευθυνόταν σε συνάντηση με την τότε υπουργό Εξωτερικών της Σουηδίας Άνα Λιντ.
Đinđić je ubijen 12. marta 2003. godine ispred zgrade Vlade Srbije u koju je dolazio na sastanak sa tadašnjim ministrom inostranih poslova Švedske Anom Lind.