Από το Δεκέμβρη του 2004, το NHQSa στηρίζει την αμυντική μεταρρύθμιση της Β-Ε, παρέχοντας ταυτόχρονα στήριξη στο Διεθνές Ποινικό Δικαστήριο για την πρώην Γιουγκοσλαβία, καθώς επίσης σε αντιτρομοκρατικές δραστηριότητες στην Β-Ε.
Sedište NATO-a u Sarajevu od decembra 2004. pomaže u reformi odbrane u BiH, istovremeno pružajući podršku Međunarodnom tribunalu za bivšu Jugoslaviju kao i antiterorističkim aktivnostima u BiH.