Ο Μιλόσεβιτς είναι ύποπτος για συμμετοχή στη δολοφονία του σημαντικού του πολιτικού αντιπάλου, Ιβάν Στάμπολιτς, του οποίου το πτώμα ανακαλύφθηκε κατά τη διάρκεια ερευνών για τη δολοφονία του τέως Πρωθυπουργού Ζόραν Τζίντζιτς στις 12 Μαρτίου.
Milošević je osumnjičen za umešanost u ubistvo ključnog političkog protivnika, Ivana Stambolića, čije je telo pronađeno tokom istrage ubistva predsednika Vlade Srbije Zorana Đinđića 12. marta.