Ο Μιλουτίνοβιτς, μαζί με άλλους τέσσερις πρώην κορυφαίους γιουγκοσλάβους αξιωματούχους, συμπεριλαμβανομένου του Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς, παραπέμφθηκε για φρικαλεότητες που φέρεται να διαπράχθηκαν κατά τη διάρκεια της διαμάχης του 1998-1999 στο Κοσσυφοπέδιο.
Zajedno sa još četvoricom bivših visokih jugoslovenskih zvaničnika, uključujući i Slobodana Miloševića, Milutinović je optužen zbog zločina navodno počinjenih tokom rata na Kosovu 1998-1999.