Ανεπαρκής ανεξαρτησία από τη νομοθετική και εκτελεστική εξουσία, αναποτελεσματικές δικαστικές διαδικασίες και αναβολές δικών, καθυστερημένες υποθέσεις και η ανάγκη για περισσότερο επαγγελματισμό μεταξύ των δικαστών και των εισαγγελέων είναι μερικές από τις προκλήσεις που αντιμετωπίζουν τα δικαστήρια της πΓΔΜ, που πρέπει να εναρμονιστούν στα πρότυπα της ΕΕ ως μέρος των ενταξιακών προσπαθειών της χώρας.
Nedovoljna nezavisnost od zakonodavne i izvršne vlasti, neefikasni sudski postupci i suđenja koja se otežu u nedogled, gomilanje slučajeva i potreba za većim profesionalizmom kod sudija i tužilaca neki su od izazova sa kojima se suočava makedonsko pravosuđe, koje se mora uskladiti sa standardima EU u okviru napora Makedonije da postane članica Unije.