Οι επικριτές του πρωτοκόλλου υποστηρίζουν ότι επειδή αρκετοί πολίτες της Β-Ε βρίσκονται υπό έρευνα σύμφωνα με εντολές που έχουν εκδοθεί από τη σερβική υπηρεσία, οι διαδικασίες ενδέχεται να θέσουν σε κίνδυνο τη συμφιλίωση στην περιοχή.
Kritičari tvrde da bi zbog toga što je nekoliko državljana BiH pod istragom po nalogu srpskog tužilaštva, ti sudski procesi mogli da ugroze pomirenje u regionu.