Ο Γκοτόβινα ήταν ένας από τους τρεις βασικούς καταζητούμενους φυγόδικους εγκλημάτων πολέμου από τις Βαλκανικές συγκρούσεις της δεκαετίας του 1990, μαζί με τον πρώην Σερβοβόσνιο ηγέτη Ράντοβαν Κάραζιτς και το στρατιωτικό διοικητή του Ράτκο Μλάντιτς.
Gotovina je bio jedan od trojice najtraženijih begunaca optuženih za ratne zločine počinjene tokom sukoba na Balkanu devedesetih godina, zajedno sa bivšim liderom bosanskih Srba Radovanom Karadžićem i njegovim vojnim komandantom Ratkom Mladićem.