Ο Κάραζιτς, μαζί με τον στρατιωτικό διοικητή του εν καιρώ πολέμου, Ράτκο Μλάντιτς, εξαφανίστηκαν αρκετούς μήνες μετά την έκδοση αρχικού κατηγορητηρίου εναντίον τους το 1995 από το Διεθνές Ποινικό Δικαστήριο για την πρώην Γιουγκοσλαβία.
Karadžić je, kao i njegov bivši vojni komandant, Ratko Mladić, nestao nekoliko meseci nakon što je Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) 1995. godine podigao prve optužnice protiv njih.