Провеждането на разследването срещу "Ергенекон", при което някои заподозрени бяха задържани без наличие на достатъчно доказателства, както и продължителния им престой в затвора преди процеса, бяха широко критикувани от светските и националистическите медии.
Vođenje istrage o Ergenekonu, koje je uključilo pritvaranje osumnjičenih pred dostavljanje bilo kakvih jasnih dokaza i njihovo zatvaranje na duži rok prije suđenja, bilo je pod udarom širih kritika od strane sekularnih i nacionalističkih medija.