Готовина е освободен на 29 септември 2000 г. от Стипе Месич, който спечели изборите за президент на Хърватия през февруари същата година.
U martu 1996, Tuđman, koji je u to vrijeme bio predsjednik Hrvatske, imenovao je Gotovinu za šefa inspektorata Hrvatske vojske Gotovinu je 29. septembra 2000. smijenio Mesić, koji je pobijedio na predsjedničkim izborima u Hrvatskoj u februaru te godine.