Караджич, заедно с военния командир Ратко Младич, бяха обвинени от Международния наказателен съд за бивша Югославия (МНСБЮ).
Karadžić je, zajedno sa svojim ratnim komandantom Ratkom Mladićem, optužen od strane Međunarodnog krivičnog tribunala za bivšu Jugoslaviju (ICTY).