Някои смятат, че протоколът би понижил позицията на босненската прокуратура, като я направи всъщност клон на сръбската прокуратура.
Neki smatraju da bi taj protokol mogao tužioce BiH staviti u inferiornu poziciju, tako da oni faktički postanu ogranak srbijanskog tužilaštva.