Напредъкът на политическите и икономическите реформи бе забавен също и от войната в Косово през 1999 г., по време на която Македония прие стотици хиляди косовски албански бежанци.
Napredovanje političkih i ekonomskih reformi također je usporeno ratom na Kosovu 1999. godine, tokom kog je Makedonija primila na stotine hiljada izbjeglica-kosovskih Albanaca.