Тој се соочува со обвиненија што произлегуваат од неговата наводна улога во воените злосторства извршени за време на конфликтот 1991-1995 година во Хрватска, вклучувајќи ги и убиствата на најмалку 150 Срби од Краина.
Gotovina, en az 150 Krajinalı Sırp'ın katledilmesi de dahil olmak üzere Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafı sırasında işlenen savaş suçlarında rol aldığı iddiasıyla aranıyor.