Тој се наоѓаше во бегство од јуни 2001 година, исчезнувајќи набргу откако Меѓународниот кривичен трибунал за поранешна Југославија (МКТЈ) го обвини за неговата наводна вмешаност во злосторствата извршени врз краинските Срби кон крајот на конфликтот во Хрватска во периодот 1991-1995 година.
Haziran 2001'den beri kanundan kaçmakta olan Gotovina, Eski Yugoslavya Uluslararası Ceza Mahkemesi'nin (ICTY) kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru Krajinalı Sırplara karşı işlenen zulümlerde rol aldığı iddiasıyla suçlamasından kısa süre sonra ortadan kayboldu.