Од февруари до април 1992 година Готовина беше заменик-командант на Специјалната единица на Главниот штаб на хрватската армија, по што следеше и шестмесечната функција во Хрватскиот совет за одбрана.
Gotovina, Hırvat Savunma Konseyi tarafından altı aylığına görevlendirildikten sonra Şubat-Nisan 1992 tarihlerinde Hırvat Ordusu Kurmay Ekibi Özel Birimi'nde komutan yardımcısı olarak görev yaptı.