Во 1992 и во 1998 година Ругова беше избран за претседател на самопрогласената „Република Косово“, која не беше признаена од Белград.
LDK Sırp ve federal seçimlerini boykot ederek etnik Arnavut nüfus için paralel bir hastane, okul ve vergi idaresi oluşturulmasına yardım etti. 1992 ve 1998 yıllarında Rugova, Belgrad tarafından tanınmayan kendinden menkul "Kosova Cumhuriyeti"ne cumhurbaşkanı seçildi.