Тој започна да се крие во јуни 2001 година, неколку недели откако МКТЈ го обвини во врска со операцијата спроведена од страна на силите под негова команда кон крајот на конфликтот 1991-1995 година во Хрватска.
Gotovina Haziran 2001'de, ICTY'nin kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru komutası altındaki kuvvetler tarafından yürütülen bir operasyonla ilgili olarak suçlamasından birkaç hafta sonra ortadan kayboldu.