Односите беа дополнително влошени кога НАТО ја бомбардираше бивша Југославија како последица на политиката на Милошевиќ на Косово. После 2000-та година, Ѓукановиќ почна отворено да се залага за независност на Црна Гора.
Miloseviç’in Kosova'ya ilişkin olarak izlediği siyaset nedeniyle eski Yugoslavya'nın NATO kuvvetleri tarafından bombalanması, Sırbistan ile Karadağ arasındaki ilişkileri daha da zora soktu. 2000 yılından itibaren Djukanoviç, Karadağ’ın bağımsızlığı fikrini açıkça savunmaya başladı.