Од февруари до април 1992 година Готовина е заменик-командант на Специјалната единица на Генералштабот на хрватската армија, по што добил шестмесечен ангажман во хрватскиот Совет за одбрана.
Tugay operasyon ve eğitim şefi olarak Ulusal Muhafız Kolordusu'na katıldı. 1992'nin Şubat ayından Nisan ayına kadar Gotovina, Hırvat Ordusu Genel Kurmayı Özel Birimi komutan yardımcısı olarak görev yaparak, altı ay sonra da altı ay süreyle Hırvat Savunma Konseyi'nde görevlendirildi.