Жупљанин, според наводите на обвинителите на ОН, учествувал во заеднички криминални дејства, чија цел била „елиминирање и перманентно отстранување, со сила или други средства, на босанските муслимани и босанските Хрвати од територијатија“ на самопрогласениот Автономен регион Краина.
BM savcılarının iddiasına göre Zupljanin, amacı "Bosnalı Müslümanlar ve Bosnalı Hırvatları ortadan kaldırmak veya zorla veya başka yollardan tek taraflı ilan edilmiş Özerk Krajina Bölgesinden kalıcı olarak uzaklaştırmak" olan bir suç iştirakinde yer aldı.