Во босанскиот конфликт во периодот 1992-1995 година Мостар беше разрушен и останаа босанските муслимани и Хрвати како локално мнозинство.
Çok sayıda savaş öncesi Ortodoks vatandaş Paskalya kutlamalarında Mostar'daki geri kalan Ortodoks azınlığa yardım etmek üzere geri döndü. 1992-1995 Bosna ihtilafında Mostar harap olmuş ve Bosnalı Müslüman ve Hırvatlar yerel çoğunluk haline gelmişti.