Готовина беше еден од тројцата најбарани бегалци обвинети за воени злосторства од балканските конфликти во 1990-тите, заедно со поранешниот водач на босанските Срби Радован Караџиќ и неговиот воен командант, Ратко Младиќ.
Gotovina, eski Bosnalı Sırp lider Radovan Karadzic ve askeri komutanı Ratko Mladic ile birlikte 1990'larda Balkanlar'da yaşanan çatışmalar nedeniyle aranan kaçak savaş suçu zanlıları listesinin en üst sıralarındaki üç kişiden biriydi.