Еден од тројцата најбарани обвинети од страна на Трибуналот, тој почна да се крие во 2001 година, набргу откако обвинителите на ОН го обвинија за воени злосторства во врска со неговата улога во убиствата на 150 Срби од Краина и протерување на 150.000 други при крајот на конфликтот во Хрватска од 1991 до 1995 година.
Mahkemenin en azılı üç zanlısından biri olan Gotovina, BM savcılarının kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru en az 150 Krajinalı Sırp'ın öldürülmesi ve 150 bin diğerinin sürülmesi olayındaki rol oynadığı iddiasıyla savaş suçu işlemekle suçlamasından kısa bir süre sonra, 2001 ortalarında ortadan kayboldu.