Спроведувањето на истрагата против Ергенекон, која вклучуваше и апсење на осомничени пред да се претстави каков било јасен доказ и нивно пролонгирано задржување во затвор пред судењето, беше критикувано од страна на секуларните и националистичките медиуми.
Şüphelilerin hiçbir net kanıt sunulmadan gözaltına alınıp mahkemeden önce uzun süreyle hapis tutulduğu Ergenekon soruşturmasının yürütülüş şekli laik ve milliyetçi medyanın yaygın eleştirilerine hedef oldu.