Напредокот на политичките и економските реформи беше забавен и со косовската војна во 1999 година, за време на која Македонија прими стотици илјадници бегалци од косовските Албанци.
Siyasi ve ekonomik reformlardaki ilerleme, Makedonya'nın yüz binlerce Kosovalı Arnavut mülteciyi kabul ettiği 1999 Kosova savaşı yüzünden de yavaşladı.