Mилутиновиќ, заедно со уште четири други поранешни високи официјални лица, вклучувајќи го Слободан Милошевиќ, беше обвинет за злосторства наводно извршени за време на конфликтите 1998-1999 во Косово.
Milutinoviç ile birlikte aralarında Slobodan Miloseviç'in de yeraldığı dört diğer önde gelen Yugoslav yetkiliye, 1998-99 Kosova çatışmalarında işlendiği iddia edilen suçlardan ötürü yargı yolu açılmıştı.