Триесетишестгодишниот Станковиќ првично беше обвинет во 1996 година заедно со уште седум други за воени злосторства, наводно извршени против босанските Муслимани и Хрвати заробени по преземањето на Фоча од страна на српските сили во април 1992 година.
36 yaşındaki Stankoviç ilk olarak 1996 yılında, Sırp güçlerinin Nisan 1992'de Foca'yı işgal etmesinin ardından gözaltına alınan Bosnalı Müslüman ve Hırvatlara yönelik işlediği iddia edilen savaş suçlarından dolayı yedi başka şahısla birlikte suçlandı. 9 Temmuz 2002'de SFOR askerleri tarafından tutuklanarak ertesi günü Lahey'e gönderildi. 2003 yılında, BM savcıları Stankoviç aleyhinde ayrı bir iddianame yayınladılar ve bu belge daha sonra değiştirildi.