Бабиќ беше обвинет од страна на Меfународниот кривичен трибунал за поранешна Југославија (МКТЈ) во ноември 2003 година, за злосторства против човештвото за прогоните врз политичка, расна и верска основа, како и по четири други точки на прекршуваое на законите и обичаите на водеое војна, меfу кои и убиство, суров третман, намерно или воено непотребно уништуваое на села и уништуваое или оштетуваое на образовни и верски институции.
Babiç'e, Kasım 2003'te Eski Yugoslavya Hakkındaki Uluslararası Ceza Mahkemesi (ICTY) tarafından siyasi, ırksal ve dini sebeplerle zulmetmekten insanlığa karşı suçun yanı sıra aralarında cinayet, kötü muamele, köylerin nedensiz ve askeri açıdan gereksiz imhası ve eğitim amaçlı ve dini kurumlara hasar vermenin de yer aldığı dört adet savaş yasa ve geleneklerini ihlal iddiasıyla suçlamada bulunulmuştu.