На првите повоени избори во земјата во 1996 година, тој беше избран да ја претставува муслиманската заедница во првото тричлено мултиетничко претседателство и стана неговиот прв претседател.
Ülkenin 1996 yılında savaş sonrası ilk seçimlerinde İzetbegoviç, ilk üç üyeli çok ırklı cumhurbaşkanlığında Müslüman toplumunu temsil etmek üzere seçilmiş ve bu makamın ilk başkanı olmuş, ancak sağlık sorunları nedeniyle 2000 yılında görevinden ayrılarak, aktif siyasete veda etmişti.