Караџиќ, кој имал како формална, така и де факто власт и контрола над силите на босанските Срби и сите власти на СДС и владата, беше исто така обвинет и во врска со убиствата од јули 1995 година на околу 8.000 мажи и момчиња од босанските муслимани, фатени на неколку локации во и околу прогласената од ОН „безбедна област“ на Сребреница.
Bosnalı Sırp güçleri ve bütün SDS ve hükümet yetkilerinin hem resmi hem de fiili olarak güç ve kontrolünü elinde tutan Karaciç, Temmuz 1995'te BM "güvenli bölgesi" Srebrenitsa içinde ve civarındaki çok sayıda farklı noktada yakalanmış 8 bin kadar Bosnalı Müslüman erkek ve oğlan çocuğunun katledilmesiyle ilgili olarak da suçlanıyor.