Тој беше заменик-министер за надворешни работи во време на преговорите за Дејтонскиот мировен договор од 1995 година, со кој беше ставен крај на тригодишниот конфликт во Босна и Херцеговина (БиХ).
Bosna-Hersek'te (BH) üç yıldan fazla süren ihtilafa son veren 1995 Dayton Anlaşması'nın imzalandığı dönemde dışişleri bakan yardımcısı olarak görev yapıyordu. Ischinger'in bu müzakerelerde oynadığı rol, kendisine Balkanlar konusunda uzman olarak itibar kazandırdı.