Тој беше во бегство од јуни 2001 година, набргу откако Меѓународниот кривичен трибунал за поранешна Југославија (МКТЈ) го обвини за наводна вмешаност во злосторствата против краинските Срби кон крајот на конфликтот во Хрватска во периодот 1991-1995 година.
Ante Gotovina, eski Yugoslavya ile ilgili Uluslararası Ceza Mahkemesi'nin (ICTY) kendisini 1991-1995 yılları arasında Hırvatistan'da yaşanan çatışmalar sırasında Krajinalı Sırplara yapılan zulümlere katılmakla suçlamasından hemen sonra 2001 yılının Temmuz ayında ortadan kaybolmuştu.