Караџиќ, заедно со неговиот воен командант Ратко Младиќ исчезнаа неколку месеци откако Меѓународниот кривичен трибунал за поранешна Југославија (МКТЈ) ги издаде првичните обвиненија против нив во 1995 година.
Karadziç, savaş zamanındaki ordu komutanı Ratko Mladiç ile birlikte, Eski Yugoslavya Hakkındaki Uluslararası Ceza Mahkemesinin (ICTY) haklarındaki ilk suçlamaları 1995 yılında yayınlamasından birkaç ay sonra ortadan kayboldu.