Завахири, чија ЕИЏ се вели дека се спои со Ал каеда во 1998 година, исто така се верува дека е еден од главните организатори на самоубиствениот бомбашки напад на УСС Кол покрај брегот на Јемен во 2000 година, и „мозокот“ на нападите во Соединетите Држави на 11-ти септември.
Lideri olduğu MİC'nin 1998 yılında El Kaide ile birleştiği söylenen Zevahiri'nin, 2000 yılında Yemen kıyısı açıklarındaki USS Cole'a düzenlenen bombalı intihar saldırısının planlayıcısı ve ABD'de meydana gelen 11 Eylül saldırılarının ardındaki "beyin" olduğuna da inanılıyor.