МКТЈ го издаде своето првично обвинение против Жупљанин (56) во декември 1999 година, според кое поранешниот командант на Регионалниот центар на безбедносните сили во Бања Лука е одговорен за воени злосторства против несрпското население за време на конфликтот во БиХ во периодот 1992-1995 година.
ICTY, Banja Luka'daki Bölgesel Güvenlik Teşkilatı Merkezinin 56 yaşındaki eski komutanı Zupljanin'i BH'deki 1992-1995 ihtilafı sırasında Sırp harici insanları mağdur eden savaş suçlarından sorumlu tutan ilk iddianamesini Aralık 1999'da yayınladı.