Тој беше обвинет, заедно со проанешниот претседател Фрањо Туѓман, за организирање на убиствата и за други активности за време на офанзивата на хрватската војска наречена операција „Бура“.
Gotovina, eski Hırvat Cumhurbaşkanı Franjo Tudjman'la birlikte Fırtına Operasyonu kod adlı Hırvat askeri operasyonu sırasında gerçekleştirilen katliamları ve diğer eylemleri yönetmekle suçlanıyordu.