Како последен од поранешните соработници на Слободан Милошевиќ кој се наоfаше на највисоката функција по смената на поранешниот југословенски водач во октомври 2000 година, Милутиновиќ во моментов се наоfа во притвор во Трибуналот на ОН во Хаг за воени злосторства, во очекуваое на судскиот процес за неговата наводна вмешаност во злосторствата за време на конфликтот 1998-1999 година во Косово.
Slobodan Miloseviç'in Ekim 2000'de devrilmesinden bu yana eski Yugoslav cumhurbaşkanının yerini dolduracak yandaşlarından sonuncusu olan Milutinoviç, şu anda 1998-1999 yıllarında Kosova'da işlenen zulümlerde rolü olduğu iddialarıyla hakkında açılan davada mahkeme gününü beklemek üzere Lahey'deki BM savaş suçları mahkemesinde tutuklu bulunuyor.