За време на косовската криза во 1999 година, Македонија прими повеќе од 300.000 албански бегалци на свој трошок. Во 2001 година, конфликтот со бунтовничките Албанци заврши со потпишување на Охридскиот рамковен договор, кој воведе големи измени во уставот и потоа територијална реорганизација.
1999 yılındaki Kosova krizi sırasında, Makedonya 300 binden fazla Arnavut mülteciyi kendi imkanlarıyla barındırdı. 2001 yılında, isyancı Arnavutlarla yaşanan bir ihtilaf, önemli anayasa değişikliklerini ve buna müteakip toprak yeniden düzenlemesini dayatan Ohrid Çerçeve Anlaşması'nın imzalanmasıyla sona erdi.