Gjatë dëshmisë në shtator në gjyqin e dy ish komandantëve të tij, Vidoje Blagojeviç dhe Dragan Jokiç, Nikoliç tha se masakra e Srebrenicës ishte urdhëruar nga krerët serbë boshnjakë të politikës dhe ushtrisë.
Tokom svedočenja u septembru u sudskom procesu protiv dvojice svojih bivših vojnih komandanata, Vidoja Blagojevića i Dragana Jokića, Nikolić je rekao da je najviši vojni i politički vrh bosanskih Srba naredio masakr u Srebrenici.