Së bashku me lejtnant-kolonelin Dragan Jokiç, Blagojeviç akuzohet për pjesëmarrje në genocid, krime kundër njerëzimit dhe shkelje të ligjeve e rregullave të luftës.
Zajedno sa potpukovnikom Draganom Jokićem, Blagojević se suočava sa optužbama za saučesništvo u genocidu, zločine protiv čovečnosti i kršenje zakona i običaja ratovanja.