Gjatë luftës, Karaxhiç ishte president i republikës serbe të Bosnjës dhe i Këshillit Kombëtar të Sigurisë së saj, si dhe komandant suprem i forcave të armatosura serbe të Bosnjës dhe udhëheqës i Partisë Demokratike Serbe.
Tokom rata, Karadžić je bio predsednik republike bosanskih Srba i njenog Saveta za nacionalnu bezbednost, kao i vrhovni komandant oružanih snaga bosanskih Srba i vođa Srpske demokratske stranke.