Sipas Marrëveshjes së Dejtonit, e cila i dha fund konfliktit, vendi u nda në dy njësi gjysmë-autonome: Federatën e BiH-së (FBiH), e mbizotëruar nga boshnjakët e kroatët dhe Republika Sërbska (RS), e kontrolluar nga serbët.
Po Dejtonskom sporazumu, kojim je okončan rat, zemlja je podeljena na dva poluautonomna entiteta, Federaciju BiH (FBiH) u kojoj većinu stanovništva čine Bošnjaci i Hrvati, i Republiku Srpsku (RS) kojom upravljaju Srbi.