Në Ballkan, Ahtisaari ndihmoi ndërmjetësimin e dhënies fund të konfliktit në Kosovë në 1998-1999, një rol për të cilin ai fitoi propozimin e tij të parë për çmimin Nobel, në 2000.
Na Balkanu, Ahtisari je pomogao u posredovanju sa ciljem da se okonča sukob na Kosovu 1998-1999, zbog čega je prvi put 2000. godine nominovan za Nobelovu nagradu za mir.