I fundit prej ish-aleatëve të Sllobodan Millosheviçit që mbajti funksionin e tij më të lartë pas rrëzimit të ish-udhëheqësit jugosllav në tetor 2000, Milutinoviç tani është nën arrest në gjykatën e OKB-së për krimet e luftës në Hagë në pritje të gjyqit, në lidhje me përfshirjen e tij të dyshuar në mizoritë gjatë konfliktit të viteve 1998-1999 në Kosovë.
Jedini saradnik Slobodana Miloševića koji je ostao na visokoj funkciji posle zbacivanja sa vlasti bivšeg jugoslovenskog lidera u oktobru 2000. godine, Milutinović se trenutno nalazi u pritvoru Haškog suda za ratne zločine, gde čeka početak suđenja zbog navodne umešanosti u zločine počinjene tokom sukoba na Kosovu 1998-1999.