Në atë kohë, Jovanoviç ishte Zëvendëskomandanti i JSO-së, me rrënjë në njësitë famëkeqe paraushtarake të Millosheviçit që luftuan gjatë luftrave në Ballkan më 1990.
U tom trenutku, Jovanović je bio zamenik komandanta JSO, koja vuče korene iz ozloglašenih Miloševićevih paravojnih jedinica koje su se borile u balkanskim ratovima devedesetih godina.