Çështja muxhahadine është mjaft delikate në BiH, duke ditur frikën e madhe pas sulmeve të 11 shtatorit 2001 në Shtetet e Bashkuara se disa prej njerëzve që qëndruan në BiH pas luftës mund të kenë lidhje me grupe terroristë.
Mudžahedinsko pitanje u BiH veoma je osetljivo, imajući u vidu pojačan strah posle 11. septembra 2001. i napada na Sjedinjene Države, zbog toga što bi neki od mudžahedina koji su ostali u BiH posle rata mogli da imaju veze sa terorističkim grupama.