Karaxhiç, së bashku me komandatin e tij ushtarak Ratko Mlladiç janë paditur nga Gjykata Penale Ndërkombëtare për ish Jugosllavinë (ICTY).
Karadžić je, zajedno sa svojim vojnim komandantom Ratkom Mladićem, optužen od strane Međunarodnog krivičnog suda za bivšu Jugoslaviju (MKSJ).