Gotovina ishte një nga tre të fshehurit më të kërkuar nga konfliktet e Ballkanit në vitet 1990, së bashku me ish kreun serb boshnjak Radovan Karaxhiç dhe komandantin e tij ushtarak Ratko Mlladiç.
Gotovina je bio jedan od trojice najtraženijih begunaca optuženih za ratne zločine počinjene tokom sukoba na Balkanu devedesetih godina, zajedno sa bivšim liderom bosanskih Srba Radovanom Karadžićem i njegovim vojnim komandantom Ratkom Mladićem.