Pas ujdisë së vetëfajësimit, Nikoliç u gjykua për përfshirjen e tij në krimet kundër civilëve boshnjakë muslimanë, duke përfshirë vrasjet, trajtimet mizore e shnjerëzore, terrorizimin, shkatërrimin e pasurisë personale dhe efektet dhe transferimin e detyruar.
Nakon priznanja krivice, Nikolić je osuđen za progon, zbog svoje umešanosti u zločine nad civilima bosanskim Muslimanima, uključujući ubistva, okrutno i nehumano postupanje, terorisanje, uništavanje lične pokretne i nepokretne imovine i prisilno izmeštanje.