Marrëdhëniet e Mesiç me hierarkinë e Kishës Katolike ishin nën tension të vazhdueshëm, pasi ai kritikoi përzjerjen e tyre në politikë dhe ata e kritikuan atë duke pretenduar se nuk po mbron interesat kombëtarë.
Mesićevi odnosi sa velikodostojnicima Hrvatske katoličke crkve bili su konstantno napeti, pošto je kritikovao njihovo učešće u politici, a oni njemu zamerali da ne štiti nacionalne interese.