Lufta përfundoi me nënshkrimin e Marrëveshjes së Paqes të Dejtonit në dhjetor 1995 nga presidentët e tre republikave në luftë - Franjo Tuxhman i Kroacisë, Sllobodan Millosheviç i Serbisë dhe Alija Izetbegoviç i BiH-së.
Rat je okončan potpisivanjem Dejtonskog mirovnog sporazuma u decembru 1995. od strane lidera tri zaraćene republike -- hrvatskog predsednika Franje Tuđmana, srpskog Slobodana Miloševića i predsednika BiH Alije Izetbegovića.