Evropa Juglindore ka qenë gjithashtu një vend për veprimtaritë rekrutuese të al-Kaedës, me grupin që kërkonte të shfrytëzonte ndarjet fetare që ndezën konfliktet ballkanike të viteve 1990.
Jugoistočna Evropa je takođe bila lokacija u kojoj je Al Kaida obavljala aktivnosti regrutovanja, jer je ta grupa pokušavala da iskoristi verske podele koje su podstakle balkanske sukobe devedesetih godina.