Në 1995, ICTY lëshoi një padi të përbashkët kundër Karaxhiçit dhe komandantit të tij ushtarak, Ratko Mlladiç, duke i akuzuar ata për krime të luftës për rolin e tyre të dyshuar në mizori të ndryshme gjatë luftës në Bosnje e Herzegovinë (BiH), 1992-1995.
MKSJ je 1995. godine podigao zajedničku optužnicu protiv Karadžića i njegovog vojnog komandanta Ratka Mladića, optužujući ih za ratne zločine i njihovu navodnu ulogu u raznim zverstvima počinjenim tokom rata u Bosni i Hercegovini (BiH).