Si të tjera institucione të BiH, MPI do të ketë një udhëheqje trepalëshe me përfaqësues nga cilido grup etnik që do të kryesojë me rradhë.
Kao i druge isntitucije u BiH, MPI će imati tročlano rukovodstvo sa predstavnicima sve tri etničke zajednice koji će se rotirati na funkcijama.