Nga shkurti në prill të vitit 1992, Gotovina ishte nënkomandant i njësisë speciale të shtabit kryesor të ushtrisë kroate, pastaj mori për gjashtë muaj një emërim në Këshillin Kroat të Mbrojtjes.
Od februara do aprila 1992. godine Gotovina je bio zamenik komandanta Specijalne jedinice Glavnog štaba Hrvatske vojske, nakon čega je preuzeo šestomesečnu dužnost u Hrvatskom veću odbrane.