Një padi e amenduar me 11 akuza lëshuar në maj 2000, që zëvendësoi një tjetër të mëparshme dorëzuar në korrik 1995, e akuzon Karaxhiç me një shumicë krimesh lufte kundër jo-serbëve, duke përfshirë shfarosjen, vdekjen, vrasjen me dashje, persekutimet, deportimet, veprimet shnjerëzore, terrorizimin dhe marrjen e pengjeve.
Dopunjena optužnica u 11 tačaka, izdata u maju 2000, koja je zamenila optužnicu objavljenu u julu 1995, tereti Karadžića za razne ratne zločine protiv nesrba, uključujući istrebljenje, ubistva, progone, deportacije, nečovečno postupanje, terorisanje i uzimanje talaca.