Së bashku me krerët serbë boshnjakë të kohës së luftës, Radovan Karaxhiç dhe Ratko Mlladiç, ai është në treshen e të paditurve më të kërkuar nga gjykata.
Zajedno sa liderima bosanskih Srba iz vremena rata Radovanom Karadžićem i Ratkom Mladićem, Gotovina je jedan od tri najtraženija haška optuženika.