Kur filloi konfikti i armatosur me Serbinë në 1998, Rugova u mënjanua nga rebelët e Ushtrisë Çlirimtare të Kosovës, sepse shumë nga shqiptarët etnikë e quajtën qëndrimin e Rrugovës tepër pasiv.
Kada je 1998. godine izbio oružani sukob sa Srbijom, Rugova je istisnut od strane pobunjenika iz Oslobodilačke vojske Kosova, dok su ga mnogi lokalni Albanci smatrali suviše pasivnim.