Në Bosnje dhe Herzegovinë, luftëtarët muxhahidinë me lidhje me al-Kaedën u bashkuan me ushtrinë boshnjake në luftën kundër forcave serbe boshnjake.
U Bosni i Hercegovini, mudžahedinski borci povezani sa Al Kaidom pridružili su se bosanskoj armiji u borbi protiv snaga bosanskih Srba.