Sipas padisë së përbashkët, Mrksiç ishte komandant i brigadës së parë të motorizuar të JNA, e cila mbajti përgjegjësinë për rrethimin tre-mujor të Vukovarit që shpuri përfundimisht në rënien e tij në nëntor 1991.
Prema zajedničkoj optužnici, Mrkšić je bio komandant 1. Gardijske motorizovane brigade JNA koja je snosila glavnu odgovornost za tromesečnu opsadu Vukovara koja je dovela do konačnog pada u novembru 1991. godine.