Që në dhjetor 2004, NHQS ka mbështetur reformën e mbrojtjes në BiH, duke ofruar gjithashtu mbështetje për Gjykatën Ndërkombëtare Penale për ish-Jugosllavinë, si dhe veprimtaritë kundër terrorizmit në BiH.
Sedište NATO-a u Sarajevu od decembra 2004. pomaže u reformi odbrane u BiH, istovremeno pružajući podršku Međunarodnom tribunalu za bivšu Jugoslaviju kao i antiterorističkim aktivnostima u BiH.