Ushtria e fuqishme dhe e vendosur laike e Turqisë që ka qenë dyshuese ndaj AKP me rrënjë islamike që kur ajo erdhi në pushtet më 2003, ka mohuar çdo lidhje me Ergenekon dhe ka bashkëpunuar me hetimin.
Moćna i izrazito sekularna turska vojska, koja ima rezerve prema islamistički nastrojenoj AKP od kako je preuzela vlast 2003, negira svaku vezu sa Ergenekonom i sarađuje u istrazi.