Qëllimi i JDS-së ishte të kontriubonte për disa objektiva të ICPDR-së, përfshirë: të identifikojë dhe të konfirmojë burimet e veçanta të ndotjes; të kontrollojë ndotësit siç përcaktohet në Kornizën e Direktivës së Ujit të BE-së; të sigurojë një forum për pjesëmarrjen e vendeve të pellgut të lumit apo anash lumit për mostrat dhe zbatimet ndër-krahasuese; të lehtësojë nevojat e posaçme për treinime dhe të përmirësojë përvojën brenda vendeve e të nxisë ndërgjegjësimin publik.
Svrha JDS bila je da se doprinese nekim ciljevima ICPDR, uključujući: pronalaženje i potvrdu određenih izvora zagađenja; analizu polutanata u skladu sa predloženim Smernicama EU za vodene tokove; organizovanje foruma za učešće obalskо/rečnih zemalja u obuci uzimanja uzoraka i međusobnog upoređivanja; omogućavanje posebnih obuka i pojedinačno poboljšavanje ekspertize zemalja; i upoznavanje javnosti sa situacijom.