Ai përballet gjithashtu me dy akuza për genocid në lidhje me rrethimin prej 43 muajsh të Sarajevës dhe me masakrën në Srebrenicë më 1995 të 8,000 burrave dhe djemve muslimanë të Bosnjës.
Protiv Karadžića je takođe podneta optužnica po dve tačke za genocid u vezi sa 43-mesečnom opsadom Sarajeva i masakra u Srebrenici 1995. u kome je ubijeno osam hiljada muslimanskih muškaraca i dečaka.