Disa mendojnë se protokolli mund t'i vendosë prokurorët e BiH-së në një pozitë inferiore, duke i bërë ata -- efektivisht -- një degë të zyrës së prokurorisë serbe.
Neki smatraju da bi protokol mogao da dovede Tužilaštvo BiH u inferioran položaj i, u stvari, napravi od njega ogranak srpskog tužilaštva.