Padia e ICTY-t kundër tij pretendon se Rajiç komandoi një grup operativ të Këshillit Kroat të Mbrojtjes (HVO), forcat e armatosura të Bashkësisë së vetë-shpallur Kroate të Herceg-Bosnas dhe se më 23 tetor 1993, njësitë nën komandën e tij sulmuan dhe shkatërruan Stupni Dol.
U optužnici Haškog tribunala navodi se da je Rajić komandovao operativnom grupom Hrvatskog vijeća obrane (HVO), oružanih snaga samoproklamovane hrvatske zajednice Herceg-Bosna i da je 23. oktobra 1993. godine jedinica pod njegovom komandom napala i uništila selo Stupni Dol.