Pas fitores tjetër të partisë së tij në tetor të vitit 2004, ai u zgjodh për herë të dytë si president në dhjetor të atij viti dhe ritheksoi thirrjet e tij për pavarësinë e Kosovës nga Serbia.
Nakon što je njegova stranka na izborima u oktobru 2004. godine ponovo odnela pobedu, Rugova je u decembru iste godine dobio drugi predsednički mandat i udvostručio svoje pozive za nezavisnost Kosova od Srbije.