Përparimi i reformave politike dhe ekonomike u ngadalësua gjithashtu nga lufta e Kosovës më 1999, gjatë të cilës Maqedonia pati qindra mijëra refugjatë shqiptarët të Kosovës.
Napredak političkih i ekonomskih reformi takođe je usporen ratom na Kosovu 1999. godine, tokom kojeg je Makedonija prihvatila stotine hiljada izbeglih kosovskih Albanaca.