Sheshelj është i renditur në paditë kundër ish-Presidentit jugosllav Sllobodan Millosheviç dhe besohet të jetë përfshirë, së bashku me Millosheviç dhe disa të tjerë, në dëbimin e joserbëve prej dy republikave.
Šešeljevo ime se pominje u optužnici protiv bivšeg Jugoslovenskog predsednika Slobodana Miloševića i smatra se da je on bio umešan, zajedno sa Miloševićem i još nekoliko osoba, u progon nesrba iz dve republike.