Pavarësia e papërshtatshme prej autoriteteve legjislative dhe ekezekutive, procedime gjyqësore jo të efektshme dhe gjyqe të zvarritur, një ngarkesë e tepërt e çështjeve dhe nevoja për më shumë profesionalizëm mes gjyqtarëve dhe prokurorëve janë disa prej sfidave me të cilat përballet gjyqësori maqedonas, të cilat duhet të harmonizohen me standartet e BE-së si pjesë e përpjekjeve të vendit drejt pranimit në të.
Nedovoljna nezavisnost od zakonodavne i izvršne vlasti, neefikasni sudski postupci i suđenja koja se otežu u nedogled, gomilanje slučajeva i potreba za većim profesionalizmom kod sudija i tužilaca neki su od izazova sa kojima se suočava makedonsko pravosuđe, koje se mora uskladiti sa standardima EU u okviru napora Makedonije da postane članica Unije.