Babiç u padit nga Gjykata Penale Ndërkombëtare për ish Jugosllavinë (ICTY) në nëntor 2003 me një akuzë të krimeve kundër njerëzimit për ndjekje mbi baza politike, raciale e fetare dhe katër akuza të shkeljes së ligjeve apo rregullave të luftës, duke përfshirë vrasjen, trajtimin mizor, shkatërrimin e kotë apo ushtarakisht të panevojshëm të fshatrave dhe shkatërrimin ose dëmtimin e institucioneve arsimore e fetare.
Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) je u novembru 2003. godine podigao optužnicu protiv Babića koja uključuje jednu tačku za zločine protiv čovečnosti, zbog progona na političkoj, rasnoj i verskoj osnovi, i četiri tačke koje ga terete za kršenja pravila i običaja rata, uključujući ubistva, okrutno postupanje, bezobzirno ili vojno neopravdano razaranje sela i uništavanje ili ostećivanje obrazovnih ili verskih institucija.