Në korrik 2004, prokurorët e OKB akuzuan Haxhiç me 14 akuza për krime të luftës për përfshirjen e dyshuar të tij në persekutim, vrasje, tortura, veprime shnjerëzore dhe mizori të tjera të kryera ndaj kroatëve dhe jo-serbëve të tjerë gjatë luftës të 1991-1995 në Kroaci.
U julu 2004. tužioci UN-a podigli su protiv Hadžića optužnicu od 14 tačaka, koja ga tereti za ratne zločine zbog njegovog navodnog učešća u progonu, ubistvima, torturi, nehumanom postupanju i drugim zločinima počinjenim protiv Hrvata i drugih nesrba tokom rata u Hrvatskoj 1991-1995.