Në verën e 2004-trës, ICTY e akuzoi Haxhiçin për krime kundër njerëzimit dhe shkelje të ligjeve e zakoneve të luftës për përfshirjen e dyshuar të tij në persekutime, shfarosje, vrasje, burgosje, tortura, akte shnjerëzorë, dëbime, shkatërrimin me dashje dhe grabitjen e pronës publike apo private.
U leto 2004. godine MKSJ je optužio Hadžića za zločine protiv čovečnosti i kršenje zakona i običaja ratovanja zbog svoje navodne umešanosti u progon, istrebljenje, ubistvo, zarobljavanje, mučenje, nehumane postupke, deportacije, nasumično uništavanje i pljačku javne ili privatne imovine.