CEI bashkëpunon me organizata dhe institucione ndërkombëtare të tilla si Organizata për Bashkëpunimin Ekonomik dhe Zhvillimin, Këshilli i Evropës, OSBE, Banka Evropiane për Rindërtimin e Zhvillimin dhe Banka Botërore si dhe me struktura të ndryshme rajonale si Nisma Adriatiko-Ioniane, Procesi i Bashkëpunimit i Danubit dhe Pakti i Stabilitetit.
CEI sarađuje sa međunarodnim organizacijama i institucijama kao što su Organizacija za ekonomsku saradnju i razvoj, Savet Evrope, OEBS, Evropska banka za obnovu i razvoj i Svetska banka, i različite regionalne strukture, kao što su Jadransko-jonska inicijativa, Proces dunavske saradnje i Pakt za stabilnost.