Ishte pas vitit 2000 që Gjukanoviç filloi të mbronte haptazi pavarësinë e Malit të Zi. Kjo fushatë u kulmua me një referendum në maj 2006, në të cilin një shumicë vendimtare u prir të linte bashkimin shtetëror të Serbi-Malit të Zi.
Posle 2000. godine Đukanović je otvoreno počeo da zagovara nezavisnost Crne Gore. Ta kampanja kulminirala je referendumom u maju 2006, kada je odlučujuća većina glasala za izlazak i državne zajednice Srbije i Crne Gore.