Milutinoviç, së bashku me katër ish-zyrtarë të tjerë të lartë jugosllavë, përfshirë Sllobodan Millosheviç, u padit për mizori që dyshohet se janë kryer gjatë konfliktit të viteve 1998-1999 në Kosovë.
Zajedno sa još četvoricom bivših visokih jugoslovenskih zvaničnika, uključujući i Slobodana Miloševića, Milutinović je optužen zbog zločina navodno počinjenih tokom rata na Kosovu 1998-1999.