Karaxhiç dhe komandanti ushtarak i tij i kohës së luftës, Ratko Mlladiç, janë akuzuar në vitin 1995 për rolet e tyre në mizoritë e mëdha gjatë luftës së viteve 1992-1995 në BiH.
Protiv Karadžića i njegovog ratnog komandanta Ratka Mladića podignuta je optužnica 1995. godine zbog njihove uloge u najvećim zločinima počinjenim tokom rata u BiH 1992-1995.