Gotovina ishte një nga tre më të kërkuarit të arratisur për krime lufte nga konfliktet e Ballkanit në vitet 1990, së bashku me ish kreun serb boshnjak Radovan Karaxhiç dhe komandantin e tij ushtarak Ratko Mlladiç.
Gotovina je bio jedan od tri najtraženija odbegla optuženika za ratne zločine iz balkanskih sukoba devedesetih, zajedno sa bivšim liderom bosanskih Srba Radovanom Karadžićem i njegovim vojnim komandantom Ratkom Mladićem.