Shkupi, si njësi vetëqeverisëse më vete, do të ketë një strukturë të ndryshme organizimi pasi mënyra aktuale shpie në mosfunksionim dhe mbivendosje të përgjegjësive midis qytetit dhe komunave.
Skoplje će kao odvojena jedinica lokalne samouprave imati različitu organizacionu strukturu, zato što trenutni način vodi ka nefunkcionalnosti i preklapanju odgovornosti grada i opština.