Karaxhiç, së bashku me komandantin e tij ushtarak të luftës, Ratko Mlladiç u zhdukën disa muaj pasi Gjykata Penale Ndërkombëtare për ish Jugosllavinë (ICTY) lëshoi paditë fillestare kundër tyre në 1995.
Karadžić je, kao i njegov bivši vojni komandant, Ratko Mladić, nestao nekoliko meseci nakon što je Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) 1995. godine podigao prve optužnice protiv njih.