Ai u fsheh në qershor 2001, javë pasi ICTY e paditi atë në lidhje me një operacion të kryer nga forcat nën komandën e tij nga fundi i konfliktit të viteve 1991-1995 në Kroaci.
Gotovina je u bekstvu od juna 2001. godine, nekoliko nedelja nakon što je MKSJ podigao optužnicu protiv njega u vezi sa operacijom koju su pred kraj sukoba u Hrvatskoj koji je trajao od 1991. do 1995. izvršile snage pod njegovom komandom.