Gotovina, i cili së bashku me krerët serbë boshnjakë të luftës, Radovan Karaxhiç dhe Ratko Mlladiç, kryeson listën e më të kërkuarve të gjykatës së OKB-së, u padit në qershor 2001.
Optužnica protiv Gotovine, koji se zajedno sa liderima bosanskih Srba iz ratnog perioda, Radovanom Karadžićem i Ratkom Mladićem, nalazi na vrhu liste najtraženijih optuženika tribunala, podignuta je 2001. godine.