Nga shkurti në prill të 1992, Gotovina ishte nënkomandant i njësisë së posaçme të shtabit kryesor të ushtrisë kroate, duke marrë pas kësaj një detyrë gjashtë mujore në Këshillin Kroat të Mbrojtjes.
Od februara do aprila 1992, Gotovina je bio zamenik komandanta Specijalne jedinice Glavnog štaba Hrvatske vojske, nakon čega je šest meseci obavljao dužnosti u Hrvatskom vijeću obrane.