SPC ne priznaje Makedonsku pravoslavnu crkvu (MPC) koja je 1967. proglasila autokefalnost (nezavisnost). SPC je 2003. godine odlučila da obnovi svoju autonomnu Ohridsku arhiepiskopiju i pozvala makedonske sveštenike da se vrate pod okrilje SPC.
Bu arada SPC de, 1967 yılında bağımsızlığını ilan eden Makedon Ortodoks Kilisesini (MPC) tanımıyor. 2003 yılında SPC, kendi özerk Ohri Başpiskoposluğunu yeniden kurmaya karar verdi ve Makedon papazlığını kanonik SPC kanadına dönmeye davet etti.