Gotovina je optužen za zločine protiv čovečnosti, komandnu odgovornost zbog propusta da se spreče ubistva civila i prekomerno korišćenje oružja protiv civilnih meta. On je jedini Hrvat, optužen pred Haškim tribunalom, koji je odlučio da se ne preda.
Gotovina,İnsanlığa karşı suçlar, sivillerin öldürülmesine engel olamayan bir emir komuta zincirinden sorumlu olmak ve sivil hedeflere karşı aşırı silah kullanımıyla suçlaniyor.Gotovina, savaş suçları mahkemesince aranip teslim olmamaya karar veren tek Hırvat oldu.