Kada je 1998. godine izbio oružani sukob sa Srbijom, Rugova je istisnut od strane pobunjenika iz Oslobodilačke vojske Kosova, dok su ga mnogi lokalni Albanci smatrali suviše pasivnim.
1998 yılında Sırbistan ile silahlı çatışmalar patlak verdiğinde, isyancı Kosova Kurtuluş Ordusu Rugova'nın yanında yer alırken pek çok etnik Arnavut da onu fazla pasif buluyordu.