Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) je u novembru 2003. godine podigao optužnicu protiv Babića koja uključuje jednu tačku za zločine protiv čovečnosti, zbog progona na političkoj, rasnoj i verskoj osnovi, i četiri tačke koje ga terete za kršenja pravila i običaja rata, uključujući ubistva, okrutno postupanje, bezobzirno ili vojno neopravdano razaranje sela i uništavanje ili ostećivanje obrazovnih ili verskih institucija.
Babiç'e, Kasım 2003'te Eski Yugoslavya Hakkındaki Uluslararası Ceza Mahkemesi (ICTY) tarafından siyasi, ırksal ve dini sebeplerle zulmetmekten insanlığa karşı suçun yanı sıra aralarında cinayet, kötü muamele, köylerin nedensiz ve askeri açıdan gereksiz imhası ve eğitim amaçlı ve dini kurumlara hasar vermenin de yer aldığı dört adet savaş yasa ve geleneklerini ihlal iddiasıyla suçlamada bulunulmuştu.