Havel je potom izabran za prvog predsednika novonastale Češke Republike u januaru 1999, a na tom mestu je ostao do 2003. godine.
Ardından da Ocak 1993'te yeni doğan Çek Cumhuriyeti'nin ilk cumhurbaşkanı seçildi ve bu görevi 2003 yılına kadar sürdürdü.