Jedini saradnik Slobodana Miloševića koji je ostao na visokoj funkciji posle zbacivanja sa vlasti bivšeg jugoslovenskog lidera u oktobru 2000. godine, Milutinović se trenutno nalazi u pritvoru Haškog suda za ratne zločine, gde čeka početak suđenja zbog navodne umešanosti u zločine počinjene tokom sukoba na Kosovu 1998-1999.
Slobodan Miloseviç'in Ekim 2000'de devrilmesinden bu yana eski Yugoslav cumhurbaşkanının yerini dolduracak yandaşlarından sonuncusu olan Milutinoviç, şu anda 1998-1999 yıllarında Kosova'da işlenen zulümlerde rolü olduğu iddialarıyla hakkında açılan davada mahkeme gününü beklemek üzere Lahey'deki BM savaş suçları mahkemesinde tutuklu bulunuyor.