U optužnici se tvrdi da je Ergenekon pokušao da razvije hemijsko i biološko oružje i da se nalazi iza krijumčarenja narkotika u Turskoj.
İddianamede, Ergenekon'un kimyasal ve biyolojik savaş başlatmaya çalıştığı ve Türkiye'deki uyuşturucu kaçakçılığının arkasındaki varlık olduğu da iddia ediliyor.