Zajedno sa još četvoricom bivših visokih jugoslovenskih zvaničnika, uključujući i Slobodana Miloševića, Milutinović je optužen zbog zločina navodno počinjenih tokom rata na Kosovu 1998-1999.
Milutinoviç ile birlikte aralarında Slobodan Miloseviç'in de yeraldığı dört diğer önde gelen Yugoslav yetkiliye, 1998-99 Kosova çatışmalarında işlendiği iddia edilen suçlardan ötürü yargı yolu açılmıştı.