Gotovina je bio jedan od trojice najtraženijih begunaca optuženih za ratne zločine počinjene tokom sukoba na Balkanu devedesetih godina, zajedno sa bivšim liderom bosanskih Srba Radovanom Karadžićem i njegovim vojnim komandantom Ratkom Mladićem.
Gotovina, eski Bosnalı Sırp lider Radovan Karadzic ve askeri komutanı Ratko Mladic ile birlikte 1990'larda Balkanlar'da yaşanan çatışmalar nedeniyle aranan kaçak savaş suçu zanlıları listesinin en üst sıralarındaki üç kişiden biriydi.