Napredak političkih i ekonomskih reformi takođe je usporen ratom na Kosovu 1999. godine, tokom kojeg je Makedonija prihvatila stotine hiljada izbeglih kosovskih Albanaca.
Siyasi ve ekonomik reformlardaki ilerleme, Makedonya'nın yüz binlerce Kosovalı Arnavut mülteciyi kabul ettiği 1999 Kosova savaşı yüzünden de yavaşladı.