Stanković, 36, prvobitno je optužen 1996. godine, zajedno sa sedam drugih osoba, za ratne zločine koje je navodno počinio nad bosanskim Muslimanima i Hrvatima zarobljenim nakon što su srpske snage zauzele Foču u aprilu 1992. godine. Njega su pripadnici SFOR-a uhapsili 9. jula 2002. godine i prebačen je u Hag narednog dana. Tužioci tribunala su 2003. podneli odvojenu optužnicu protiv Stankovića, koja je kasnije izmenjena.
36 yaşındaki Stankoviç ilk olarak 1996 yılında, Sırp güçlerinin Nisan 1992'de Foca'yı işgal etmesinin ardından gözaltına alınan Bosnalı Müslüman ve Hırvatlara yönelik işlediği iddia edilen savaş suçlarından dolayı yedi başka şahısla birlikte suçlandı. 9 Temmuz 2002'de SFOR askerleri tarafından tutuklanarak ertesi günü Lahey'e gönderildi. 2003 yılında, BM savcıları Stankoviç aleyhinde ayrı bir iddianame yayınladılar ve bu belge daha sonra değiştirildi.