Bio je u bekstvu od juna 2001, nestavši ubrzo nakon što je Međunarodni sud za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) podigao optužnicu protiv njega zbog navodne umešanosti u zločine počinjene nad krajiškim Srbima pred kraj sukoba u Hrvatskoj 1991-1995.
Haziran 2001'den beri kanundan kaçmakta olan Gotovina, Eski Yugoslavya Uluslararası Ceza Mahkemesi'nin (ICTY) kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru Krajinalı Sırplara karşı işlenen zulümlerde rol aldığı iddiasıyla suçlamasından kısa süre sonra ortadan kayboldu.