Akcije EULEKS-a su u prvom trenutku izazvale napetost sa kosovskom vladom, koja je saopštila da je ona ta koja je ovlašćena za borbu protiv korupcije i da bi EULEKS trebalo da se drži svog savetodavnog mandata.
Baskınlar başlangıçta, yolsuzlukla mücadele görevinin kendisinin olduğunu ve EULEX'in akıl hocalığı ve danışmanlık görevinden sapmaması gerektiğini ileri süren Kosova hükümeti içinde sürtüşmeye yol açtı.