On se suočava sa pet tačaka optužnice za zločine protiv čovečnosti i tri tačke za kršenje zakona i običaja rata, zbog progona, ubistava, pljačke imovine, deportacija, obesnog uništavanja gradova, mesta ili sela i drugih nehumanih akata koje su on i snage pod njegovom komandom i kontrolom navodno počinile tokom operacije pod nazivom «Oluja».
Gotovina, kendisi ile emir ve komutası altındaki kuvvetlerin "Fırtına" harekatı sırasında işlediği iddia edilen zulüm, cinayet, yağma, sınır dışı etme, il, ilçe ve kasabaların nedensizce yıkıma uğratılması ve diğer insanlık dışı eylemler nedeniyle beş adet insanlığa karşı suç ve üç adet savaş yasaları veya adetlerinin ihlaliyle itham ediliyor.