Na prvim posleratnim izborima 1996. godine izabran je da predstavlja muslimansku zajednicu u prvom multietničkom tročlanom predsedništvu i postao je prvi predsedavajući tog predsedništva. Navodeći kao razlog zdravstvene probleme, on je 2000. godine napustio položaj i prestao aktivno da se bavi politikom.
Ülkenin 1996 yılında savaş sonrası ilk seçimlerinde İzetbegoviç, ilk üç üyeli çok ırklı cumhurbaşkanlığında Müslüman toplumunu temsil etmek üzere seçilmiş ve bu makamın ilk başkanı olmuş, ancak sağlık sorunları nedeniyle 2000 yılında görevinden ayrılarak, aktif siyasete veda etmişti.