Od februara do aprila 1992. godine Gotovina je bio zamenik komandanta Specijalne jedinice Glavnog štaba Hrvatske vojske, nakon čega je preuzeo šestomesečnu dužnost u Hrvatskom veću odbrane.
Gotovina, Hırvat Savunma Konseyi tarafından altı aylığına görevlendirildikten sonra Şubat-Nisan 1992 tarihlerinde Hırvat Ordusu Kurmay Ekibi Özel Birimi'nde komutan yardımcısı olarak görev yaptı.