Istovremeno, od 1999. do 2001. služio je kao specijalni Kukanov pomoćnik u svojstvu specijalnog izaslanika generalnog sekretara UN za Balkan. Lajčak tečno govori engleski, nemački, ruski i bugarski, kao i bosanski, hrvatski i srpski jezik.
Aynı zamanda 1999-2001 yılları arasında BM genel sekreterinin Balkan ülkeleri özel temsilciliği görevini yürüten Kukan’ın özel asistanlığını yapan Lajcak, Boşnakça, Hırvatça ve Sırpçanın yanı sıra iyi derecede İngilizce, Almanca, Rusça ve Bulgarca biliyor.