Ona se predala Međunarodnom krivičnom sudu za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) u januaru 2001. kako bi se suočila sa optužbama za genocid, istrebljenje, ubistvo, progon, deportaciju i nehumano postupanje. Kada je postigla nagodbu sa tužiocima 2002. godine, Plavšićeva se složila da se izjasni krivom po jednoj tački optužnice za progon bosanskih Muslimana i Hrvata.
Eski lider Ocak 2001'de hakkındaki soykırım, zulüm, cinayet, sürme, sınırdışı etme ve insanlık dışı muamele suçlamalarıyla yüzleşmek üzere Eski Yugoslavya Uluslararası Ceza Mahkemesi'ne (ICTY) teslim oldu. 2002 yılında savcılarla bir anlaşma yapan Plavsiç, bir adet Bosnalı Müslüman ve Hırvatlara karşı zulüm suçunu kabul etti.