Njihov raskol se produbio kada je NATO bombardovao tadašnju Jugoslaviju zbog Miloševićeve politike na Kosovu. Posle 2000. godine Đukanović je otvoreno počeo da zagovara nezavisnost Crne Gore.
Miloseviç’in Kosova'ya ilişkin olarak izlediği siyaset nedeniyle eski Yugoslavya'nın NATO kuvvetleri tarafından bombalanması, Sırbistan ile Karadağ arasındaki ilişkileri daha da zora soktu. 2000 yılından itibaren Djukanoviç, Karadağ’ın bağımsızlığı fikrini açıkça savunmaya başladı.