MKSJ je ozvaničio optužbe protiv Gotovine 2001. godine, kada je protiv njega podignuta optužnica za navodnu umešanost u zločine počinjene nad krajiškim Srbima pred kraj sukoba u Hrvatskoj (1991-1995) godine.
ICTY, Hırvatistan'da 1991-1995 yılları arasında yaşanan çatışmaların sonlarına doğru Krajina'lı Sırplara karşı gerçekleştirilen zulümlere karıştığı iddiasıyla suçlanan Gotovina aleyhindeki ithamları 2001 yılında resmileştirdi.