Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) optužio ga je u vezi sa sukobom u Bosni i Hercegovini (BiH) 1992-1995 u kojem je oko 200.000 ljudi izgubilo život, dok je dva miliona izbeglo.
Eski Yugoslavya Uluslararası Ceza Mahkemesi (ICTY) Karaciç'i yaklaşık 200 bin kişinin ölümü ve iki milyon kişinin iltica etmesiyle sonuçlanan Bosna-Hersek'teki (BH) 1992-1995 ihtilafıyla ilgili olarak suçladı.