Kontrola država obezbeđuje se putem jedinstvenog lanca komanda koji vodi od Predsedništva BiH do Ministarstva odbrane, zatim do Generalštaba, pa sve do komandanata operativnih i komandi podrške. Jedinstveni državni budžet odbrane stupio je na snagu 1. januara 2006. Do prvog jula 2007, novi brigadni glavni štab trebalo bi da bude uspostavljen do 31. decembra 2007. i tako bi reorganizacija trebalo da se zaokruži.
BH Cumhurbaşkanlığı makamından Savunma Bakanlığına, oradan da Ortak Genel Kurmay Başkanlıkları ile Harekat ve Destek Komutanlıklarına uzanan tek bir komuta zinciri oluşturulmuş ve bu zincirde devlet kontrolü esas alınmıştır. 1 ocak 2006’da tek bir devlet savunma bütçesi yürürlüğe koyulmuştur. 1 Temmuz 2007’ye kadar yeni Tugay Karargahı kurulmuş, 31 Aralık 2007’ye kadar ise yeniden yapılanma tamamlanmış olacaktır.