Tužioci kažu da Ergenekon ima rasprostranjene ćelije, uključujući medijske ličnosti i plaćene ubice, ali da te ćelije nemaju kontakt jedne sa drugima i dobijaju instrukcije sa vrha.
Savcılar, Ergenekon'un medyadan isimler ve kiralık katiller de dahil olmak üzere geniş bir alana dağılmış hücrelere sahip olduğu, ancak bu hücrelerin birbirleriyle teması olmdığı ve talimatları tepeden aldıklarını öne sürüyor.