Milutinovića, inače bivšeg Miloševićevog saveznika, je Haški sud optužio zbog navodne uloge u ratnim zločinima počinjenim tokom sukoba na Kosovu 1998-1999.
Miloşeviç'in eski destekçilerinden olan Milutinoviç, Kosova'da 1998 - 1999 yıllarında meydana gelen çatışmalarda sorumluluğu olduğu gerekçesi ile, YUSSM tarafından suçlanıyor.