Protiv Kovačevića je 2001. godine podignuta optužnica zajedno sa još tri oficira -- generalom jugoslovenske armije Pavlom Strugarom, penzionisanim viceadmiralom Miodragom Jokićem i mornaričkim viceadmiralom Miodragom Zecom -- zbog ubistva civila i štete nanete istorijskom gradu.
Kovaçeviç, diğer üç subay -- Yugoslav Ordu Generali Pavle Strugar, Emekli Koramiral Miodrag Jokiç ve Donanma Koramirali Milan Zec -- ile birlikte sivillerin öldürülmesi ve tarihi kentte meydana gelen yıkımla ilgili olarak 2001 yılında suçlanmıştı.