Lajčakova nova funkcija je poslednja u nizu poslova koji su ga doveli na Balkan. Od 2001. do 2005. u Beogradu je bio ambasador Slovačke u Saveznoj Republici Jugoslaviji (kasnije Srbiji i Crnoj Gori), Albaniji i Makedoniji. Od 1998. do 2001. godine, bio je i šef kabineta ministra spoljnih poslova Slovačke Eduarda Kukana.
Lajcak’ın yeni görevi, kendisini Balkanlar’a getiren bir dizi görevin sonuncusu. 2001-2005 yılları arasında Slovakya’nın Federal Yugoslavya Cumhuriyeti (daha sonra Sırbistan ve Karadağ adını aldı), Arnavutluk ve Makedonya büyükelçisi olarak hizmet eden Lajcak, 1998-2001 döneminde Slovak Dışişleri Bakanı Eduard Kukan’ın özel kalem müdürü olarak çalıştı.