Moćna i izrazito sekularna turska vojska, koja ima rezerve prema islamistički nastrojenoj AKP od kako je preuzela vlast 2003, negira svaku vezu sa Ergenekonom i sarađuje u istrazi.
Türkiye'nin, İslamcı kökenli AKP'ye 2003 yılında iktidara gelmesinden bu yana şüpheyle yaklaşan güçlü ve laikliğe sadık ordusu Ergenekon ile herhangi bir şekilde bağlantısı olduğunu reddetti ve soruşturmada işbirliği gösterdi.