Gotovina, 49, je nestao u junu 2001. godine, ubrzo nakon što je MKSJ podigao optužnicu protiv njega zbog navodne uloge u ratnim zločinima koje su krajem sukoba u Hrvatskoj (1991-1995) počinile snage pod njegovom komandom.
49 yaşındaki Gotovina, ICTY'nin kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru komutası altındaki askerlerin işlemiş olduğu savaş suçlarında rol oynadığı iddiasıyla suçlamasından kısa bir süre sonra, Haziran 2001'de ortadan kayboldu.