On je u bekstvu od juna 2001, ubrzo nakon što ga je Međunarodni krivični tribunal za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) optužio za navodnu umešanost u zločine počinjene nad krajiškim Srbima pred kraj sukoba u Hrvatskoj 1991-1995.
Ante Gotovina, eski Yugoslavya ile ilgili Uluslararası Ceza Mahkemesi'nin (ICTY) kendisini 1991-1995 yılları arasında Hırvatistan'da yaşanan çatışmalar sırasında Krajinalı Sırplara yapılan zulümlere katılmakla suçlamasından hemen sonra 2001 yılının Temmuz ayında ortadan kaybolmuştu.