Nedovoljna nezavisnost od zakonodavne i izvršne vlasti, neefikasni sudski postupci i suđenja koja se otežu u nedogled, gomilanje slučajeva i potreba za većim profesionalizmom kod sudija i tužilaca neki su od izazova sa kojima se suočava makedonsko pravosuđe, koje se mora uskladiti sa standardima EU u okviru napora Makedonije da postane članica Unije.
Yasama ve yürütmeden yeterince bağımsız hareket edilememesi, yargılama usullerinin yetersizliği, uzun süren mahkemeler, birikmiş davalar, hakim ve savcıların yeterince profesyonel bir tutum sergilememesi Makedon yargı sisteminin karşı karşıya olduğu sorunlardan bazıları ve bu sorunlar, ülkenin AB'ye katılma çabalarının bir parçası olarak AB standartları ile uyumlu hale getirilmek zorunda.