Tokom rata, Karadžić je bio predsednik republike bosanskih Srba i njenog Saveta za nacionalnu bezbednost, kao i vrhovni komandant oružanih snaga bosanskih Srba i vođa Srpske demokratske stranke.
Savaş sırasında Karadziç, Bosna Sırp cumhuriyetinin cumhurbaşkanı, Milli Güvenlik Konseyinin başkanı, Bosnalı Sırp silahlı kuvvetlerinin başkomutanı ve Sırbistan Demokrat Partisinin lideriydi.