Tokom krize na Kosovu 1999. godine Makedonija je o svom trošku obezbedila utočite za preko 300.000 albanskih izbeglica. Sukob sa pobunjenim Albancima 2001. godine okončan je potpisivanjem Ohridskog okvirnog sporazuma, kojim su nametnute velike promene u ustavu, kao i prateća teritorijalna reorganizacija.
1999 yılındaki Kosova krizi sırasında, Makedonya 300 binden fazla Arnavut mülteciyi kendi imkanlarıyla barındırdı. 2001 yılında, isyancı Arnavutlarla yaşanan bir ihtilaf, önemli anayasa değişikliklerini ve buna müteakip toprak yeniden düzenlemesini dayatan Ohrid Çerçeve Anlaşması'nın imzalanmasıyla sona erdi.