Karadžić, koji je obavljao i formalnu i de facto nadležnost i kontrolu nad snagama bosanskih Srba i svim službama SDS-a i vlade, takođe je optužen u vezi sa ubistvom oko 8.000 muškaraca i dečaka, bosanskih Muslimana, u julu 1995, zarobljenih na nekoliko različitih lokacija u "zaštićenoj zoni" UN-a, Srebrenici i njenoj okolini.
Bosnalı Sırp güçleri ve bütün SDS ve hükümet yetkilerinin hem resmi hem de fiili olarak güç ve kontrolünü elinde tutan Karaciç, Temmuz 1995'te BM "güvenli bölgesi" Srebrenitsa içinde ve civarındaki çok sayıda farklı noktada yakalanmış 8 bin kadar Bosnalı Müslüman erkek ve oğlan çocuğunun katledilmesiyle ilgili olarak da suçlanıyor. Katliam, Avrupa tarihinin 2.