U tom svojstvu imao je de fakto i de jure komandu i kontrolu nad svim hrvatskim snagama raspoređenim u sklopu Operacije oluja u južnom delu regiona Krajine, naveli su tužioci u izmenjenoj optužnici protiv Gotovine koja je objavljena u martu 2004. godine.
BM savcıları Mart 2004'te kamuoyuna açıkladıkları Gotovina aleyhindeki değiştirilmiş iddianamede, zanlının bu görevi süresince, Fırtına Operasyonu kapsamında Krajina bölgesinin güney bölgesinde konuşlandırılan Hırvat güçlerinin tümü üzerinde fiili ve kanuni komuta ve kontrole sahip olduğunu iddia ettiler.