Tokom svedočenja u septembru u sudskom procesu protiv dvojice svojih bivših vojnih komandanata, Vidoja Blagojevića i Dragana Jokića, Nikolić je rekao da je najviši vojni i politički vrh bosanskih Srba naredio masakr u Srebrenici. On je zločine doveo u vezu sa najtraženijim optuženicima MKSJ-a, Radovanom Karadžićem i Ratkom Mladićem.
Eylül ayında iki eski komutanı Vidoje Blagojeviç ve Dragan Jokiç'in duruşmasında verdiği ifadede Nikoliç, Srebrenica katliamı emrinin üst düzey Bosnalı Sırp siyasi ve askeri yönetimi tarafından verildiğini söylemiş, katliamların ICTY'nin aranan zanlılar listesinin başında yer alan Radovan Karadziç ve Ratko Mladiç'le bağlantılı olduğunu açıklamıştı.