On je bio optužen, zajedno sa bivšim hrvatskim predsednikom Franjom Tuđmanom, za planiranje pogubljenja i drugih akcija tokom hrvatske vojne ofanzive pod nazivom Operacija oluja.
Gotovina, eski Hırvat Cumhurbaşkanı Franjo Tudjman'la birlikte Fırtına Operasyonu kod adlı Hırvat askeri operasyonu sırasında gerçekleştirilen katliamları ve diğer eylemleri yönetmekle suçlanıyordu.