Jugoistočna Evropa je takođe bila lokacija u kojoj je Al Kaida obavljala aktivnosti regrutovanja, jer je ta grupa pokušavala da iskoristi verske podele koje su podstakle balkanske sukobe devedesetih godina.
Güneydoğu Avrupa, 1990'larda yaşanan Balkan ihtilaflarını körükleyen dini bölünmeleri istismar etmek isteyen el Kaide'nin adam toplama faaliyetlerine de sahne oldu.