Na toj poziciji bio je do februara 1992. godine, ali je u politici ostao do 1995. godine. Babić je smatran bliskim saveznikom Slobodana Miloševića tokom kampanje proterivanja osoba nesrpske nacionalnosti sa oko jedne trećine teritorije Hrvatske početkom devedesetih godina, ali su se njih dvojica kasnije posvađali.
Başkanlık koltuğunu Şubat 1992'ye kadar elinde tutan Babiç, 1995'e kadar siyasetin içinde yer almıştı. 1990'ların başlarında yürütülen Sırp harici kökenlileri Hırvat topraklarının yaklaşık üçte birinden sürme kampanyası sırasında Slobodan Miloseviç'in yakın müttefiki kabul edilmesine karşın, ikisi arasında daha sonra tartışma çıkmıştı.