Lajčak je diplomirao pravo na Univerzitetu Komenius u Bratislavi. Studirao je međunarodne odnose na Državnom institutu međunarodnih odnosa u Moskvi, a diplomirao je i na Evropskom centru za bezbednosne studije Džordž C. Maršal u Nemačkoj.
Bratislava’daki Commenius Üniversitesinin hukuk fakültesinden mezun olan Lajcak, daha sonra Moskova'daki Devlet Uluslararası İlişkiler Enstitüsünde uluslararası ilişkiler eğitimi aldı ve Almanya'daki George C. Marshall Avrupa Güvenlik Etütleri Merkezinden mezun oldu.