Stipe Mesić, koji je pobedio na predsedničkim izborima u Hrvatskoj u februaru 2000, razrešio ga je dužnosti u vojsci 29. septembra te godine.
Şubat 2000'de Hırvatistan cumhurbaşkanlığı seçimlerini kazanan Stipe Mesic, aynı yılın 29 Eylül günü Gotovina'yı ordudan ihraç etti.