Među spornim pitanjima su naziv "Makedonija", zvezda Vergine -- otkrivena u Grčkoj, ali se još uvek koristi u izmenjenom obliku na zvaničnoj zastavi Makedonije -- i sporno prisustvo "makedonske manjine" u severnoj Grčkoj.
Anlaşmazlık noktaları arasında "Makedonya" ismi, Yunanistan'da ortaya çıkarılmasına karşın değiştirilmiş biçimiyle Makedonya'nın resmi bayrağında hâlâ kullanılmakta olan Vergina yıldızı ve kuzey Yunanistan'da bir "Makedon azınlığın" tartışmalı varlığı yer alıyor.