Tužioci kažu da je on de fakto i de jure imao uticaj na snage koje su bile pod njegovom komandom i optužuju ga za ubistvo, okrutno ponašanje, napade na civile, uništavanje objekata koji nisu predstavljali opravdani vojni cilj, nezakonite napade na civilne objekte i uništavanje ili namerno ostećivanje verskih, kulturnih i obrazovnih objekata, kao i istorijskih spomenika i umetničkih i naučnih dela.
Savcılar, zanlının komutası altındaki güçler üzerinde hem kanuni hem de fiili iktidar icra ettiğini söyleyerek Kovaçeviç'i cinayet, kötü muamele, sivillere saldırı, askeri gereklilik arz etmeyen yıkım, sivil nesnelere yasadışı saldırı ve din, kültür ve eğitime adanmış kurumlara ve tarihi eserlerle sanat ve bilim çalışmalarına kasten zarar vermekle suçladılar.