Pored preuzimanja slučajeva koje im preda ICTY, tužitelji odjela za ratne zločine pri Sudu BiH također će podizati optužnice vezane za vlastite istrage.
Pored preuzimanja slučajeva koje ustupi MKSJ, tužioci Odeljenja za ratne zločine pri Sudu BiH takođe će podizati optužnice vezane za sopstvene istrage.