Neki smatraju Ergenekon politički motiviranim slučajem koji AKP podupire u cilju slabljenja sekularista njihovim povezivanjem s ekstremizmom.
Neki smatraju da je slučaj Ergenekon politički motivisano suđenje u režiji AKP, sa ciljem slabljenja socijalista, koje su tako povezali sa ekstremizmom.