Neki smatraju kako bi protokol mogao staviti tužiteljstvo BiH u inferioran položaj, čineći ga -- u stvari -- ogrankom srpskog tužiteljstva.
Neki smatraju da bi protokol mogao da dovede Tužilaštvo BiH u inferioran položaj i, u stvari, napravi od njega ogranak srpskog tužilaštva.