Činjenica je kako su često iskrsavale kontroverze po pitanju specifičnih mjera usmjerenih ka implementaciji Plana, te mnogo toga ostaje na europskim nacionalnim vladama.
Kontroverze su se često javljale u pogledu konkretnih mera sa ciljem sprovođenja Lisabonskog plana, a dosta toga ostaje u rukama nacionalnih vlada evropskih zemalja.