ISAF vrši ophodnje diljem različitih policijskih okruga i grupiran je u trima zapovjedništvima: sjeverni stožer u Mazar-e-Sharifu, zapadni stožer u Heratu i južni stožer u Kandaharu.
ISAF obavlja patrole širom različitih policijskih okruga i grupisan je u tri komande: severni štab u Mazar-e-Šarifu, zapadni štab u Heratu i južni štab u Kandaharu.