Zawahiri, čiji se EIJ navodno spojio s al-Qaedom 1998. godine, također je, kako se vjeruje, jedan od glavnih planera samoubilačkog bombaškog napada na američki razarač USS Cole kod obale Jemena 2000. godine i "mozak" iza napada 11. rujna na Sjedinjene Američke Države.
Zavahiri, čiji se EIJ, kako se misli, spojio sa Al Kaidom 1998, takođe je, veruje se, jedan od glavnih planera samoubilačkog bombaškog napada na američki razarač US Kol kod obale Jemena 2000. godine i „mozak“ koji stoji iza napada 11. septembra u Sjedinjenim Državama.