Nezadovoljavajući stupanj neovisnosti od zakonodavnih i izvršnih vlasti, neučinkoviti sudski procesi i otegnuta suđenja, zaostali predmeti i potreba za većim profesionalizmom sudaca i tužitelja neki su od izazova s kojima se suočava makedonsko pravosuđe, koje je nužno uskladiti sa standardima EU u sklopu nastojanja zemlje na akcesiji.
Nedovoljna nezavisnost od zakonodavne i izvršne vlasti, neefikasni sudski postupci i suđenja koja se otežu u nedogled, gomilanje slučajeva i potreba za većim profesionalizmom kod sudija i tužilaca neki su od izazova sa kojima se suočava makedonsko pravosuđe, koje se mora uskladiti sa standardima EU u okviru napora Makedonije da postane članica Unije.