Suočava se i s dvije optužbe za genocid - tokom 44-mjesečne opsade Sarajeva, te za masakr u Srebrenici 1995, koji predstavlja najteži zločin počinjen u Europi nakon 2. svjetskog rata.
Karadžić se tereti i za genocid zbog 44-mesečne opsade Sarajeva i masakra u Srebrenici 1995, najgoreg zločina u Evropi od Drugog svetskog rata.