Koštunica je zatim postao predsjednik Savezne Republike Jugoslavije, a kasnije, u periodu 2004-2008, zauzimao je mjesto srbijanskog premijera.
Коштуница тогаш стана претседател на Федеративната Република Југославија, и подоцна, меѓу 2004 и 2008 година, дојде на функцијата премиер на Србија.