Napredovanje političkih i ekonomskih reformi također je usporeno ratom na Kosovu 1999. godine, tokom kog je Makedonija primila na stotine hiljada izbjeglica-kosovskih Albanaca.
Напредокот на политичките и економските реформи беше забавен и со косовската војна во 1999 година, за време на која Македонија прими стотици илјадници бегалци од косовските Албанци.