Prema zajedničkoj optužnici, Mrkšić je bio komandant 1. Gardijske motorizirane brigade JNA, koja je snosila osnovnu odgovornost za tromjesečnu opsadu Vukovara, koja je dovela do njegovog konačnog pada u novembru 1991.
Според заедничкото обвинение, Мркшиќ бил командант на Првата стражарска моторизирана бригада на ЈНА, која ја сносела главната одговорност за тримесечната опсада на Вуковар, која доведе до негово конечно паѓање во ноември 1991 година.