Vođenje istrage o Ergenekonu, koje je uključilo pritvaranje osumnjičenih pred dostavljanje bilo kakvih jasnih dokaza i njihovo zatvaranje na duži rok prije suđenja, bilo je pod udarom širih kritika od strane sekularnih i nacionalističkih medija.
Спроведувањето на истрагата против Ергенекон, која вклучуваше и апсење на осомничени пред да се претстави каков било јасен доказ и нивно пролонгирано задржување во затвор пред судењето, беше критикувано од страна на секуларните и националистичките медиуми.