Karadžić, koji je vršio i formalnu i stvarnu vlast i kontrolu nad snagama bosanskih Srba i nad svim organima SDS-a i vlade, optužen je i u vezi s ubistvom iz jula 1995. i do 8.000 muškaraca i dječaka, bosanskih Muslimana, zarobljenih na nekoliko različitih lokacija u i oko "bezbjedne zone" UN-a Srebrenice.
Караџиќ, кој имал како формална, така и де факто власт и контрола над силите на босанските Срби и сите власти на СДС и владата, беше исто така обвинет и во врска со убиствата од јули 1995 година на околу 8.000 мажи и момчиња од босанските муслимани, фатени на неколку локации во и околу прогласената од ОН „безбедна област“ на Сребреница.