CEI sarađuje s međunarodnim organizacijama i institucijama, poput Organizacije za ekonomsku saradnju i razvoj, Vijeća Evrope, OSCE-a, Evropske banke za obnovu i razvoj i Svjetske banke, te s različitim regionalnim strukturama, poput Jadransko-jonske inicijative, Procesa dunavske saradnje i Pakta stabilnosti.
ЦЕИ соработува со меѓународни организации и институции, како што се: Организацијата за економска соработка и развој, Советот на Европа, ОБСЕ, Европската банка за реконструкција и развој и Светската банка, и различни регионални структури, како што се: Јадранско-јонската иницијатива, Дунавскиот процес на соработка и Пактот на стабилност.