Την περίοδο της Επιχείρησης Καταιγίδα, ο Γκοτοβίνα ήταν διοικητής της Λειτουργικής Ζώνης Σπλιτ του Κροατικού Στρατού και ασκούσε πλήρη διοίκηση και έλεγχο σε όλες τις Κροατικές δυνάμεις που συμμετείχαν στην έφοδο.
U vrijeme Operacije Oluja Gotovina je bio zapovjednik Zbornog područja Split Hrvatske vojske (HV) i imao vrhovno zapovjedništvo i nadzor nad svim hrvatskim snagama koje su sudjelovale u akciji.