Κατά τη διάρκεια του πολέμου, ο Κάρατζιτς ήταν πρόεδρος της Βοσνιοσερβικής δημοκρατίας και του Εθνικού της Συμβουλίου Ασφαλείας καθώς και ανώτατος διοικητής των σερβικών ενόπλων δυνάμεων της Βοσνίας και ηγέτης του Σερβικού Δημοκρατικού Κόμματος.
Karadžić je tokom rata bio predsjednik bosanske Republike Srpske i njenog Vijeća nacionalne sigurnosti, kao i glavni zapovjednik oružanih snaga bosanskih Srba i lider Srpske demokratske stranke.