Σύμφωνα με τους εισαγγελείς του δικαστηρίου, ο Γκοτόβινα -- ενεργώντας ατομικά και σε συνεργία με άλλους, περιλαμβανομένων και των Ιβάν Σέρμακ, Μλάντεν Μάρκατς και τον πρώην κροάτη πρόεδρο Φράνιο Τούντζμαν -- συμμετείχαν σε κοινή εγκληματική επιχείρησης κοινός σκοπός της οποίας ήταν η μόνιμη και δια βίας απομάκρυνση του σερβικού πληθυσμού από την περιοχή της Κράινα.
Prema UN-ovim tužiteljima, Gotovina -- koji je djelovao samostalno ili u dogovoru s drugima, uključujući Ivana Čermaka, Mladena Markača i bivšeg hrvatskog predsjednika Franju Tuđmana -- sudjelovao je u zajedničkom kriminalnom pothvatu čiji je opći cilj bio prisilno i trajno uklanjanje srpskog stanovništva iz regije Krajine.