Ο Μιλόσεβιτς είναι ύποπτος για συμμετοχή στη δολοφονία του σημαντικού του πολιτικού αντιπάλου, Ιβάν Στάμπολιτς, του οποίου το πτώμα ανακαλύφθηκε κατά τη διάρκεια ερευνών για τη δολοφονία του τέως Πρωθυπουργού Ζόραν Τζίντζιτς στις 12 Μαρτίου.
Milošević je osumnjičen za sudionistvo u ubojstvu svog ključnog političkog suparnika Ivana Stambolića čije je tijelo pronađeno tijekom istrage atentata na pokojnog predsjednika vlade Srbije Zorana Đinđića 12. ožujka.