Από τον Φεβρουάριο μέχρι τον Απρίλιο 1992, ο Γκοτόβινα ανήλθε στη θέση του αναπληρωτή διοικητή της Ειδικής Μονάδας του Κροατικού Επιτελείου Στρατού και μετά ανέλαβε 6μηνη αποστολή με το Κροατικό συμβούλιο αμύνης.
Od veljače do travnja 1992. godine, Gotovina je bio zamjenik zapovjednika Posebne postrojbe Glavnog stožera Hrvatske vojske, nakon čega je šest mjeseci obnašao dužnosti u Hrvatskom vijeću obrane.