Συνελήφθη από στρατεύματα της SFOR στις 9 Ιουλίου 2002 και μεταφέρθηκε στη Χάγη την επόμενη ημέρα.
Nakon uhićenja od postrojbi SFOR-a 9. srpnja 2002., Stanković je sljedećeg dana prebačen u Haag . 2003, tužitelji UN-a podignuli su odvojenu optužnicu protiv Stankovića, koja je kasnije izmijenjena.