Οι δυο χώρες διαφωνούν επίσης για τα χωρικά ύδατα στον Κόλπο Πιράν, καθώς επίσης αρκετά άλλα ζητήματα όπως τα μειονοτικά δικαιώματα και τα χρέη που οφείλονται σε Κροάτες πελάτες της Τράπεζας Λιουμπλιάνα.
Dvije države također se spore oko pomorske granice u Piranskom zaljevu, kao i oko mnogo drugih pitanja kao što su prava manjina i dug prema hrvatskim štedišama Ljubljanske banke.