Μετά την δεύτερη νίκη του κόμματός του στις εκλογές του διεξήχθησαν τον Οκτώβρη του 2003, το Δεκέμβρη του ιδίου έτους επανεκλέχθηκε για δεύτερη θητεία στο αξίωμα του προέδρου και κατέστησε εντονότερη την έκκλησή του για ανεξαρτησία του Κοσσυφοπεδίου από τη Σερβία.
Nakon što je njegova stranka na izborima u listopadu 2004. godine ponovno odnijela pobjedu, Rugova je u prosincu iste godine dobio drugi predsjednički mandat i udvostručio svoje pozive na neovisnost Kosova od Srbije.