Ο Ζαουαχίρι, του οποίου η οργάνωση EIJ λέγεται ότι έχει συγχωνευτεί με την αλ-Κάιντα, θεωρείται ότι είναι ένας από τους εγκεφάλους της βομβιστικής επίθεσης αυτοκτονίας του USS Cole στα ανοικτά της Υεμένης το 2000, και ο "εγκέφαλος" πίσω από την επίθεση στις 11 Σεπτεμβρίου στις Ηνωμένες Πολιτείες.
Zawahiri, čiji se EIJ navodno spojio s al-Qaedom 1998. godine, također je, kako se vjeruje, jedan od glavnih planera samoubilačkog bombaškog napada na američki razarač USS Cole kod obale Jemena 2000. godine i "mozak" iza napada 11. rujna na Sjedinjene Američke Države.