Ο Γκοτόβινα ήταν ένας από τους τρεις βασικούς καταζητούμενους φυγόδικους εγκλημάτων πολέμου από τις Βαλκανικές συγκρούσεις της δεκαετίας του 1990, μαζί με τον πρώην Σερβοβόσνιο ηγέτη Ράντοβαν Κάραζιτς και το στρατιωτικό διοικητή του Ράτκο Μλάντιτς.
Gotovina je bio jedan od trojice najtraženijih bjegunaca optuženika za ratne zločine počinjene tijekom sukoba na Balkanu devedesetih godina, zajedno s bivšim čelnikom bosanskih Srba Radovanom Karadžićem i njegovim vojnim zapovjednikom Ratkom Mladićem.