Η σύγκρουση μεταξύ των δύο αυτών βασικών θεσμών κορυφώθηκε με την τρέχουσα υπόθεση εναντίον υπερεθνικιστικής, κοσμικής οργάνωσης γνωστή ως Εργκένεκον, τα μέλη της οποίας δικάζονται για φερόμενη απόπειρα ανατροπής της κυβέρνησης.
Sukob između dviju vodećih institucija dosegnuo je svoj vrhunac tijekom sadašnjeg sudskog postupka protiv ultranacionalističke sekularne skupine poznate u javnosti kao Ergenekon, čijim se članovima sudi zbog navodnog pokušaja rušenja vlade.