Οι υπήκοοι της πΓΔΜ υπέστησαν αντίποινα καθώς ολοκληρωνόταν ο εμφύλιος πόλεμος στην Ελλάδα, με τη νικηφόρα κυβέρνηση να τους κατηγορεί ότι είχαν πάρει το μέρος των ηττημένων κομμουνιστών, ανταρτών, με στόχο ένα δικό τους αυτόνομο κράτος.
Etnički Makedonci pretrpjeli su osvetu pred kraj grčkog građanskog rata, jer ih je pobjednička vlada optužila za stavljanje na stranu poraženih komunista partizana, te za zalaganje za vlastitu autonomnu državu.