Επίσης, η νοτιοανατολική Ευρώπη έχει φιλοξενήσει δραστηριότητες στρατολόγησης της αλ-Κάιντα, με την οργάνωση να επιδιώκει εκμετάλλευση των θρησκευτικών διχασμών που προκάλεσαν τις συγκρούσεις των Βαλκανίων τη δεκαετία του 1990.
Jugoistočna Europa također je bila lokacija u kojoj je al-Qaeda obavljala aktivnosti vojačenja, jer je skupina pokušavala iskoristiti vjerske podjele koje su potaknule balkanske sukobe devedesetih godina.