Ανεπαρκής ανεξαρτησία από τη νομοθετική και εκτελεστική εξουσία, αναποτελεσματικές δικαστικές διαδικασίες και αναβολές δικών, καθυστερημένες υποθέσεις και η ανάγκη για περισσότερο επαγγελματισμό μεταξύ των δικαστών και των εισαγγελέων είναι μερικές από τις προκλήσεις που αντιμετωπίζουν τα δικαστήρια της πΓΔΜ, που πρέπει να εναρμονιστούν στα πρότυπα της ΕΕ ως μέρος των ενταξιακών προσπαθειών της χώρας.
Nezadovoljavajući stupanj neovisnosti od zakonodavnih i izvršnih vlasti, neučinkoviti sudski procesi i otegnuta suđenja, zaostali predmeti i potreba za većim profesionalizmom sudaca i tužitelja neki su od izazova s kojima se suočava makedonsko pravosuđe, koje je nužno uskladiti sa standardima EU u sklopu nastojanja zemlje na akcesiji.