Ο Γκοτόβινα κρύβεται από τον Ιούνιο του 2001, λίγες εβδομάδες από τη στιγμή που του ασκήθηκαν κατηγορίες από το ICTY για το φερόμενο ρόλο του σε εγκλήματα πολέμου τα οποία διαπράχθηκαν από στρατεύματα της διοίκησή τους το 1995, συμπεριλαμβανομένης της δολοφονίας τουλάχιστον 150 Σέρβων της Κράινα.
Gotovina je u bijegu od lipnja 2001. godine, nekoliko tjedana nakon što je ICTY podignuo optužnicu zbog uloge koju je navodno imao u ratnim zločinima koje su 1995. godine počinile postrojbe pod njegovim zapovjedništvom, uključujući ubojstvo najmanje 150 krajinskih Srba.