Πέρα από κάποια ζητήματα συγκεκριμένα για κάθε χώρα, το πρόγραμμα ΙΡΑ επικεντρώνεται επίσης στη διασυνοριακή συνεργασία.
Osim konkretnih problema u svakoj zemlji, IPA program također se usmjerava na prekograničnu suradnju.