Σύμφωνα με κοινό κατηγορητήριο, ο Μρκσιτς ήταν διοικητής της 1ης Ταξιαρχίας Μηχανοκίνητων Φρουρών του JNA, η οποία φέρει τη βασική ευθύνη για την τριετή πολιορκία της Βούκοβαρ, η οποία οδήγησε στην παρεπόμενη πτώση το Νοέμβρη του 1991.
Prema zajedničkoj optužnici Mrkšić je bio zapovjednik 1. Gardijske motorizirane brigade JNA koja je snosila glavnu odgovornost za tromjesečnu opsadu Vukovara koja je dovela do konačnog pada grada u studenom 1991. godine.