Καθώς η ΕΕ έχει υψηλά πρότυπα υγιεινής για τα εισαγόμενα τρόφιμα, η Β-Ε πλήττεται από ετήσιο εμπορικό έλλειμμα ενός δισεκατομμυρίου ευρώ με το μπλοκ και οι εξαγωγές προς την Ένωση είναι μόνο μερικά εκατομμύρια ευρώ, με προϊόντα κυρίως πρώτες ύλες ή ημικατεργασμένα προϊόντα τα οποία δεν απαιτούν πιστοποιητικά ασφάλειας ή ποιότητας.
Budući da EU ima visoke higijenske standarde za uvoz hrane, BiH ima trgovinski manjak s Unijom u iznosu od preko milijardu eura godišnje i u Uniju godišnje izvozi proizvode u vrijednosti od svega nekoliko milijuna eura, uglavnom sirove materijale ili polugotovu hranu što ne zahtijeva sigurnosne potvrde ili potvrde kvalitete.