Ο τελευταίος από τους συμμάχους του Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς, ο οποίος διατήρησε την ανώτερη θέση μετά την πτώση του πρώην Γιουγκοσλάβου ηγέτη τον Οκτώβριο του 2000, ο Μιλουτίνοβιτς βρίσκεται υπό κράτηση στο δικαστήριο του ΟΗΕ στη Χάγη για εγκλήματα πολέμου εν αναμονή δίκης, για φερόμενη συμμετοχή σε αγριότητες κατά τη διάρκεια των συγκρούσεων του 1998-1999 στο Κοσσυφοπέδιο.
Jedini preostali suradnik Slobodana Miloševića koji je zadržao svoju visoku funkciju nakon rušenja s vlasti bivšeg jugoslavenskog čelnika u listopadu 2000. godine, Milutinović se trenutačno nalazi u pritvoru tribunala UN-a za ratne zločine u Haagu gdje čeka početak suđenja zbog navodne umiješanosti u zločine počinjene tijekom sukoba na Kosovu koji je trajao od 1998. do 1999. godine.