Ένας άλλος τομέας όπου ήδη ενέκυψαν δυσκολίες κατά τη διαδικασία ελέγχου αφορά στην εναρμόνιση του τελωνειακού καθεστώτος της Κροατίας με το κοινοτικό κεκτημένο.
Drugo područje na kojemu su već iskrsle poteškoće tijekom postupka screeninga harmonizacija je hrvatskog carinskog režima s acquis communitaireom.