Σύμφωνα με το κατηγορητήριο εναντίον του, ο Γκοτοβίνα ήταν ο γενικός διοικητής της Επιχείρησης Καταιγίδα στο νότιο τμήμα της περιοχή Κράινα.
Prema optužnici, Gotovina je bio glavni operativni zapovjednik tijekom operacije Oluja u južnom dijelu regije Krajina.