Αντιμετωπίζει πέντε κατηγορίες για εγκλήματα κατά της ανθρωπότητας και τρεις κατηγορίες για παραβιάσεις των νόμων και θεσμών του πολέμου για τις εκδιώξεις, δολοφονίες, λεηλατήσεις ιδιοκτησίας, εκτοπίσεις, απρόκλητες καταστροφές πόλεων ή χωριών και άλλων απάνθρωπων ενεργειών που διέπραξε ο ίδιος και οι δυνάμεις υπό τη διοίκηση και τον έλεγχο του κατά τη διάρκεια της επιχείρησης με το κωδικό όνομα «Καταιγίδα».
Gotovina se suočava s pet točaka optužnice za zločine protiv čovječnosti i tri točke za kršenje pravila i običaja rata, uključujući i progon, ubojstva, pljačku imovine, deportaciju, namjerno uništavanje gradova, mjesta ili sela i druga djela protiv čovječnosti koja su on i postrojbe pod njegovim zapovjedništvom i nadzorom navodno počinile tijekom operacije pod nazivom "Oluja".