Μερικοί αισθάνονται πως το Πρωτόκολλο θα μπορούσε να θέσει τους εισαγγελείς της Β-Ε σε μειονεκτική θέση, καθιστώντας τους -- στην πραγματικότητα -- παράρτημα της εισαγγελίας της Σερβίας.
Neki smatraju kako bi protokol mogao staviti tužiteljstvo BiH u inferioran položaj, čineći ga -- u stvari -- ogrankom srpskog tužiteljstva.