Ο Γκοτόβινα αντιμετωπίζει τέσσερις κατηγορίες για εγκλήματα κατά της ανθρωπότητας και τρεις κατηγορίες παραβιάσεων κανόνων και ηθών πολέμου σε σχέση με τις επιχειρήσεις του κροατικού στρατεύματος, που έφεραν τον κωδικό «Επιχείρηση Καταιγίδα», για την ανακατάληψη, από τους σέρβους αντάρτες, της περιοχής Κραϊίνα.
Gotovina je optužen za četiri instance zločina protiv čovječnosti i tri povrede zakona i ratnog prava vezano uz ofenzivu hrvatske vojske pod nazivom Operacija Oluja, čiji je cilj bilo povrat regije Krajine, okupirane od strane srpskih pobunjenika.