Ήταν από τους πρώτους θρησκευτικούς ιεράρχες που αντέδρασαν έντονα εναντίον ομιλίας του Πάπα το Σεπτέμβρη στο Ρέγκενσμπουργκ της Γερμανίας, στην οποία ο πάπας επικαλέστηκε Βυζαντινό αυτοκράτορα του 14ου αιώνα ο οποίος είχε χαρακτηρίσει τα διδάγματα του Προφήτη Μουχάμεντ "σατανικά και απάνθρωπα".
Bardakoglu je jedan prvih vjerskih čelnika koji su oštro reagirali na Papin rujanski govor u Regensburgu, u Njemačkoj, u kojem je pontifik citirao bizantskog vladara iz 14. stoljeća koji je učenja proroka Muhameda opisao kao "zla i nečovječna".