Ως διοικητής, είχε νόμιμη και ντε φάκτο διοίκηση και έλεγχο όλων των Κροατικών δυνάμεων που είχαν αναπτυχθεί στο πλαίσιο της Επιχείρησης Καταιγίδα στο νότιο τμήμα της περιοχής Κράινα, όπως ισχυρίστηκαν εισαγγελείς του ΟΗΕ σε τροποποιημένο κατηγορητήριο εναντίον του Γκοτόβινα, το οποίο γνωστοποιήθηκε το Μάρτη του 2004.
BM savcıları Mart 2004'te kamuoyuna açıkladıkları iddianamede Gotovina'yı bu sıfatla Fırtına Operasyonu kapsamında Krajina bölgesinin güney kısmına gönderilen tüm Hırvat kuvvetlerinin meşru ve fiili kumanda ve kontrolünü elinde tuttuğunu öne sürüyorlardı.