Διορισθείς από το Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς, ο Πάβκοβιτς ηγήθηκε των σερβικών δυνάμεων κατά τη διάρκεια των επιχειρήσεων την περίοδο 1998-1999 στο Κοσσυφοπέδιο και διατήρησε τη θέση του ως αρχηγός του στρατού έως τα τέλη Ιουλίου του 2002.
Slobodan Miloşeviç tarafından atanan Pavkoviç 1998 - 1999 yılları arasında Kosova'ya karşı yürütülen kampanya'da Sırbistan güçlerini yönetmiş, 2002 yılının Haziran ayına değin görevde kalmıştı.