Στις πρώτες μεταπολεμικές εκλογές της χώρας το 1996, εκλέχθηκε για να εκπροσωπήσει τη Μουσουλμανική κοινότητα στην πρώτη τριμελή πολυεθνική προεδρία και έγινε ο πρώτος πρόεδρος.
Ülkenin 1996 yılında savaş sonrası ilk seçimlerinde İzetbegoviç, ilk üç üyeli çok ırklı cumhurbaşkanlığında Müslüman toplumunu temsil etmek üzere seçilmiş ve bu makamın ilk başkanı olmuş, ancak sağlık sorunları nedeniyle 2000 yılında görevinden ayrılarak, aktif siyasete veda etmişti.