Υπό το ρόλο αυτό, ασκούσε τον ουσιαστικό ή άλλως έλεγχο και διοίκηση των κροατικών δυνάμεων που μετείχαν στην επιχείρηση Καταιγίδα στο νότιο τμήμα της περιοχής της Κράινα, ισχυρίστηκαν οι εισαγγελείς του δικαστηρίου στην τροποποιημένη κατηγορία κατά του Γκοτόβινα που δημοσιεύτηκε το Μάρτιο του 2004.
BM savcıları Mart 2004'te kamuoyuna açıkladıkları Gotovina aleyhindeki değiştirilmiş iddianamede, zanlının bu görevi süresince, Fırtına Operasyonu kapsamında Krajina bölgesinin güney bölgesinde konuşlandırılan Hırvat güçlerinin tümü üzerinde fiili ve kanuni komuta ve kontrole sahip olduğunu iddia ettiler.