Επιβραδύνθηκε επίσης η πρόοδος πολιτικών και οικονομικών μεταρρυθμίσεων λόγω του πολέμου του 1999 στο Κοσσυφοπέδιο, κατά τη διάρκεια του οποίου η πΓΔΜ περιμάζεψε εκατοντάδες χιλιάδες Αλβανούς πρόσφυγες του Κοσσυφοπεδίου.
Siyasi ve ekonomik reformlardaki ilerleme, Makedonya'nın yüz binlerce Kosovalı Arnavut mülteciyi kabul ettiği 1999 Kosova savaşı yüzünden de yavaşladı.