Από τον Φεβρουάριο μέχρι τον Απρίλιο 1992, ο Γκοτόβινα ανήλθε στη θέση του αναπληρωτή διοικητή της Ειδικής Μονάδας του Κροατικού Επιτελείου Στρατού και μετά ανέλαβε 6μηνη αποστολή με το Κροατικό συμβούλιο αμύνης.
Tugay operasyon ve eğitim şefi olarak Ulusal Muhafız Kolordusu'na katıldı. 1992'nin Şubat ayından Nisan ayına kadar Gotovina, Hırvat Ordusu Genel Kurmayı Özel Birimi komutan yardımcısı olarak görev yaparak, altı ay sonra da altı ay süreyle Hırvat Savunma Konseyi'nde görevlendirildi.