Ήταν φυγόδικος από τον Ιούνιο 2001 και εξαφανίστηκε λίγο μετά τη διατύπωση κατηγοριών εις βάρος του από το διεθνές ποινικό δικαστήριο για την πρώην Γιουγκοσλαβία, για τη φερόμενη συμμετοχή του σε θηριωδίες που διαπράχθηκαν κατά των σέρβων της Κράινα κατά τα τέλη του πολέμου 1991-1995 στην Κροατία.
Haziran 2001'den beri kanundan kaçmakta olan Gotovina, Eski Yugoslavya Uluslararası Ceza Mahkemesi'nin (ICTY) kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru Krajinalı Sırplara karşı işlenen zulümlerde rol aldığı iddiasıyla suçlamasından kısa süre sonra ortadan kayboldu.