Άρχισε να κρύβεται τον Ιούνιο του 2001, λίγες εβδομάδες μετά τη δίωξη εναντίον του από το ICTY σχετικά με επιχείρηση που διεξήχθη από δυνάμεις της διοίκησής του, στα τέλη των συγκρούσεων του 1991-1995 στην Κροατία.
Gotovina Haziran 2001'de, ICTY'nin kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru komutası altındaki kuvvetler tarafından yürütülen bir operasyonla ilgili olarak suçlamasından birkaç hafta sonra ortadan kayboldu.