Ένας από τους τρεις μεγαλύτερους κατηγορούμενους του δικαστηρίου, άρχισε να κρύβεται από τα μέσα του 2001, λίγο μετά την άσκηση κατηγορητηρίου εναντίον του από εισαγγελείς του ΟΗΕ για το φερόμενο ρόλο του στη δολοφονία 150 Σέρβων της Κράινα και την εκδίωξη 150.000 άλλων προς τα τέλη της σύγκρουσης του 1991-1995 στην Κροατία.
Mahkemenin en azılı üç zanlısından biri olan Gotovina, BM savcılarının kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru en az 150 Krajinalı Sırp'ın öldürülmesi ve 150 bin diğerinin sürülmesi olayındaki rol oynadığı iddiasıyla savaş suçu işlemekle suçlamasından kısa bir süre sonra, 2001 ortalarında ortadan kayboldu.