Ο Κάραζιτς, μαζί με τον στρατιωτικό διοικητή του εν καιρώ πολέμου, Ράτκο Μλάντιτς, εξαφανίστηκαν αρκετούς μήνες μετά την έκδοση αρχικού κατηγορητηρίου εναντίον τους το 1995 από το Διεθνές Ποινικό Δικαστήριο για την πρώην Γιουγκοσλαβία.
Karadziç, savaş zamanındaki ordu komutanı Ratko Mladiç ile birlikte, Eski Yugoslavya Hakkındaki Uluslararası Ceza Mahkemesinin (ICTY) haklarındaki ilk suçlamaları 1995 yılında yayınlamasından birkaç ay sonra ortadan kayboldu.