Αντιμετωπίζει κατηγορίες οι οποίες προκύπτουν από φερόμενο ρόλο του σε εγκλήματα πολέμου που διεπράχθησαν κατά τη διάρκεια της σύγκρουσης του 1991-1995 στην Κροατία, συμπεριλαμβανομένων των δολοφονιών τουλάχιστον 150 Σέρβων της Κράινα.
Gotovina, en az 150 Krajinalı Sırp'ın katledilmesi de dahil olmak üzere Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafı sırasında işlenen savaş suçlarında rol aldığı iddiasıyla aranıyor.