Το 1999, παρά τις δημόσιες αντιδράσεις, η κεντροδεξιά κυβέρνηση του Ιβάν Κοστόφ υποστήριξε τις επιχειρήσεις του ΝΑΤΟ κατά της γειτονικής Γιουγκοσλαβίας, η οποία τελούσε τότε υπό την εξουσία του Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς.
Gözlemciler ve diplomatlar Bulgaristan'ın Kosova'daki çatışmalar sırasında gösterdiği NATO yanlısı tutumun üyelik yolunda büyük önem taşıdığı konusunda hemfikirler. 1999 yılında, kamuoyunun muhalefetine karşın ortanın sağında yer alan İvan Kostov yönetimindeki Hükümet NATO'nun - o zamanlar Slobodan Miloşeviç tarafından yönetilen - komşu Yugoslavya'ya karşı gerçekleştirdiği harekatı desteklemişti.