Ο Κλαρκ διοίκησε τις δυνάμεις του ΝΑΤΟ κατά τη διάρκεια της Συμμαχικής αποστολής 78 ημερών το 1999, η οποία έδωσε τέλος στην εκστρατεία του καθεστώτος Μιλόσεβιτς για εθνική κάθαρση στο Κοσσυφοπέδιο.
Clark, Miloseviç rejiminin Kosova'daki etnik temizlik harekâtına son veren NATO'nun 1999 yılındaki 78 günlük operasyonu sırasında, İttifak kuvvetlerine komuta etmişti.