Μέχρι το 1998, η σχέση είχε αμαυρωθεί επειδή η Συρία παρείχε καταφύγιο στον αρχηγό του PKK Αμπντουλάχ Οτσαλάν.
Kürt milliyetçiliği ve bölücü şiddet tehdidi, 1980'lerin ortalarından beri Türkiye'nin Suriye ile ilişkilerini destekledi. 1998 yılına kadar, ilişkiler Suriye'nin terör örgütü PKK'nın elebaşı Abdullah Öcalan'ı beslemesiyle gölgelenmişti.