Ωστόσο, οι Ισλαμικές ρίζες του ΑΚΡ έχουν πυροδοτήσει υποψίες στον ισχυρό στρατό της χώρας, ο οποίος θεωρεί πως ρόλος του είναι η εξασφάλιση της κοσμικής τάξης στην Τουρκία, αν και ο Ερντογάν, καθώς και άλλα κομματικά στελέχη, έχουν επανειλημμένως δηλώσει ότι δεν διαθέτουν μυστική θρησκευτική ατζέντα.
Ancak Erdoğan ve diğer parti yöneticilerinin gizli bir gündeme sahip olmadıklarını sürekli olarak belirtmelerine karşın, AKP'nin İslamcı kökleri kendisini Türkiye'de laik düzenin bekçisi olarak gören güçlü ordu içinde şüphelere yol açtı.