Όπως και άλλα ιδρύματα της Β-Ε, το MPI θα έχει τριμερή ηγεσία με εκπροσώπους και από τις τρεις εθνικές ομάδες, οι οποίοι θα κατέχουν θέσεις εκ περιτροπής.
BH'deki diğer kurumlar gibi MPI de, üç etnik grubun her birinden bir temsilcinin dönüşümlü olarak başkanlık yapacağı üçlü bir yönetime sahip olacak.