Οι επικριτές της Εργκένεκον ισχυρίζονται ότι ο στρατός δεν σχεδίαζε να κάνει πραξικόπημα και ότι η Εργκένεκον δεν είναι τίποτα άλλο από μια επινοημένη από το ΚΔΑ συνωμοσία προκειμένου να καταδυναστεύσει και "φιμώσει" την αντιπολίτευση.
Ergenekon sürecini eleştirenler ise, ordunun darbe hazırlığı içinde olmadığını ve Ergenekon'un, muhalefeti bastırıp sindirmek amacıyla AKP tarafından tasarlanan bir komplodan ibaret olduğunu öne sürüyor.