Η οργάνωση Εργκένεκον, σύμφωνα με ισχυρισμούς, είχε επαφές με άλλες τρομοκρατικές οργανώσεις, όπως το Μαρξιστικό-Λενινιστικό ΡΚΚ και η Ισλαμική-Τουρκική Χιζμπουλάχ.
Ergenekon grubunun Marksist-Leninist PKK ve İslamcı Hizbullah gibi diğer terör örgütleriyle temasları olduğu da iddia ediliyor.