Ο Στίπε Μέσιτς, ο οποίος είχε κερδίσει τις προεδρικές εκλογές της Κροατίας το Φεβρουάριο του 2000, απέλυσε τον Γκοτόβινα από το στρατό στις 29 Σεπτεμβρίου του ιδίου έτους.
Şubat 2000'de Hırvatistan cumhurbaşkanlığı seçimlerini kazanan Stipe Mesic, aynı yılın 29 Eylül günü Gotovina'yı ordudan ihraç etti.