Ο Μιλουτίνοβιτς παραπέμφθηκε μαζί με το Μιλόσεβιτς και τρεις άλλους πρώην κορυφαίους αξιωματούχους της Σερβίας ως μέλος της κοινής εγκληματικής επιχείρησης για την εκδίωξη σημαντικού μέρους του αλβανικού πληθυσμού από το Κοσσυφοπέδιο, ώστε να διασφαλιστεί η συνέχιση της σερβικής κυριαρχίας στην επαρχία.
Milutinoviç, Miloşeviç ve üç eski üst düzey Sırp yetkili ile birlikte Kosova'daki Arnavut nüfusunun büyük bölümünü bu bölgeden uzaklaştırarak buradaki Sırbistan denetimini süreğen kılmaya çalışmak amacıyla bir suç örgütü oluşturmakla yargılanacak.