Η έρευνα εναντίον της Εργκένεκον, η οποία περιελάμβανε προσωποκράτηση υπόπτων πριν την παρουσίαση σαφών στοιχείων, καθώς επίσης παρατεταμένη φυλάκιση πριν τη διενέργεια δίκης, επικρίθηκε εντονότατα από κοσμικά και εθνικιστικά ΜΜΕ.
Şüphelilerin hiçbir net kanıt sunulmadan gözaltına alınıp mahkemeden önce uzun süreyle hapis tutulduğu Ergenekon soruşturmasının yürütülüş şekli laik ve milliyetçi medyanın yaygın eleştirilerine hedef oldu.