Η έρευνα στην υπόθεση Εργκένεκον ξεκίνησε το 2007 με την κατάσχεση αρκετών δεκάδων χειροβομβίδων σε ένα σπίτι-παράγκα στην Ιστανμπούλ, ωστόσο η πρώτη αναφορά στην Εργκένεκον ανάγεται στο 1996, πέντε χρόνια πριν τη σύσταση του ΚΔΑ.
Ergenekon soruşturması, 2007 yılında İstanbul'da bir gecekonduda birkaç düzine el bombasının ele geçirilmesi üzerine açıldı, fakat Ergenekon adı ilk kez 1996 yılında, yani AKP kurulmadan beş yıl önce gündeme gelmişti.