Ο Μπράνκοβιτς δεν σχολίασε τους λόγους της κίνησής του, ωστόσο στα τέλη Μαρτίου εισαγγελείς ξεκίνησαν έρευνα εναντίον του για φερόμενη κατάχρηση εξουσίας και υπεξαίρεση, σχετικά με την απόκτηση πολυτελούς διαμερίσματος στο Σεράγεβο. (Fena, BHRT, Onasa, Dnevni avaz, Pincom, BHRT - 26/05/09)
Brankoviç istifa kararının nedenleri konusunda yorum yapmamakla birlikte, Mart ayı sonlarında savcılar Saraybosna'da lüks bir apartman dairesi satın alınmasıyla ilgili olarak kendisi hakkında görevi kötüye kullanma ve zimmete para geçirme soruşturması başlatmışlardı. (Fena, BHRT, Onasa, Dnevni avaz, Pincom, BHRT - 26/05/09)