Ο Γκοτόβινα, ο οποίος μαζί με τους Σερβοβόσνιους ηγέτες εν καιρώ πολέμου Ράντοβαν Κάραζιτς και Ράτκο Μλάντιτς αποτελούν τους σημαντικότερους καταζητούμενους του δικαστηρίου του ΟΗΕ, παραπέμφθηκε τον Ιούνιο του 2001.
Savaş zamanı Bosnalı Sırp liderleri Radovan Karadziç ve Ratko Mladiç ile birlikte BM mahkemesinin arananlar listesinin başında yer alan Gotovina hakkındaki suçlama Haziran 2001'de yayınlandı.