Ο Γκοτόβινα ήταν ένας από τους τρεις πιο καταζητούμενους φυγόδικους εγκλημάτων πολέμου από την περίοδο των βαλκανικών συγκρούσεων της δεκαετίας του 1990, μαζί με τον πρώην βοσνιοσέρβο ηγέτη Ράντοβαν Κάρατζιτς και τον στρατιωτικό του διοικητή Ράτκο Μλάντιτς.
Gotovina, eski Bosnalı Sırp lider Radovan Karadziç ve ordu komutanı Ratko Mladiç ile birlikte 1990'lardaki Balkan ihtilaflarından kaynaklanan en azılı üç savaş suçu zanlısından biriydi.