Το 2001, σύγκρουση με αντάρτες Αλβανούς έληξε με την υπογραφή της Συμφωνίας Πλαισίου της Οχρίδας, η οποία επέβαλε σημαντικές αλλαγές στο σύνταγμα και παρεπόμενη εδαφική αναδιάρθρωση.
1999 yılındaki Kosova krizi sırasında, Makedonya 300 binden fazla Arnavut mülteciyi kendi imkanlarıyla barındırdı. 2001 yılında, isyancı Arnavutlarla yaşanan bir ihtilaf, önemli anayasa değişikliklerini ve buna müteakip toprak yeniden düzenlemesini dayatan Ohrid Çerçeve Anlaşması'nın imzalanmasıyla sona erdi.