Οι χώρες της Νοτιοανατολικής Ευρώπης κληρονόμησαν πολλά διαρθρωτικά προβλήματα στον τομέα, συμπεριλαμβανομένης μιας γενικά απαρχαιωμένης υποδομής ερευνών και τεχνολογίας και το θάνατο της βιομηχανικής ζήτησης για εφαρμοσμένες έρευνες, σε συνδυασμό με τις χαμηλές δαπάνες για έρευνα και ανάπτυξη από επιχειρήσεις, τη φυγή εγκεφάλων, τον κατακερματισμό του ερευνητικού συστήματος και την έλλειψη συσχετισμού μεταξύ του κλάδου βιομηχανίας και του κλάδου ερευνών.
Güneydoğu Avrupa ülkeleri, büyük oranda modası geçmiş araştırma ve teknoloji altyapısı ve uygulamalı bilimlere yönelik sektörel talep kıtlığının yanı sıra işletmelerin araştırma ve geliştirmeye düşük kaynak ayırmaları, beyin göçü, araştırma sisteminin parçalanması ve sanayi ile araştırma sektörleri arasında bağlantı eksikliği de dahil olmak üzere bu alanda bir çok yapısal sorun devraldılar.