Μαζί με τον πρώην Πρόεδρο της Κροατίας Φράνιο Τούντιμαν, κατηγορήθηκαν ως ιθύνοντες νόες των εκτελέσεων και άλλων ενεργειών κατά τη διάρκεια επίθεσης του Κροατικού στρατού, με κωδικό όνομα Επιχείρηση Καταιγίδα.
Gotovina, eski Hırvat Cumhurbaşkanı Franjo Tudjman'la birlikte Fırtına Operasyonu kod adlı Hırvat askeri operasyonu sırasında gerçekleştirilen katliamları ve diğer eylemleri yönetmekle suçlanıyordu.