Η ρήξη επιδεινώθηκε με τους βομβαρδισμούς της πρώην Γιουγκοσλαβίας από το ΝΑΤΟ σαν αποτέλεσμα των πολιτικών του Μιλόσεβιτς για το Κοσσυφοπέδιο. Ωστόσο, ήταν μετά το 2000 που ο Ντουκάνοβιτς άρχισε να υποστηρίζει ανοιχτά την ανεξαρτησία του Κοσσυφοπεδίου.
Miloseviç’in Kosova'ya ilişkin olarak izlediği siyaset nedeniyle eski Yugoslavya'nın NATO kuvvetleri tarafından bombalanması, Sırbistan ile Karadağ arasındaki ilişkileri daha da zora soktu. 2000 yılından itibaren Djukanoviç, Karadağ’ın bağımsızlığı fikrini açıkça savunmaya başladı.