Το κατηγορητήριο ισχυρίζεται επίσης ότι η Εργκένεκον έχει προσπαθήσει να αναπτύξει χημικό και βιολογικό πόλεμο, ενώ κρύβεται πίσω από τη διακίνηση ναρκωτικών στην Τουρκία.
İddianamede, Ergenekon'un kimyasal ve biyolojik savaş başlatmaya çalıştığı ve Türkiye'deki uyuşturucu kaçakçılığının arkasındaki varlık olduğu da iddia ediliyor.