Κατά τις δυο θητείες του Γκλιγκόροφ στο αξίωμα του προέδρου, μεταξύ 1991 και 1999, η πΓΔΜ αποτέλεσε μέλος του ΟΗΕ υπό την προσωρινή ονομασία "πρώην Γιουγκοσλαβική Δημοκρατία της Μακεδονίας", έκανε δεκτό το Προσωρινό Σύμφωνο του 1995 με την Ελλάδα και υποβλήθηκε σε αμφιλεγόμενη οικονομική μετάβαση.
Gligorov'un 1991-1999 yılları arasında iki dönem yaptığı cumhurbaşkanlığı sırasında Makedonya, geçici "eski Yugoslav Makedonya Cumhuriyeti" referansı altında BM üyesi oldu, Yunanistan ile 1995 Geçici Anlaşmasını kabul etti ve tartışmalı bir ekonomik geçiş yaşadı.