Από το Φεβρουάριο μέχρι τον Απρίλη του 1992, ο Γκοτόβινα διατελούσε υποδιοικητής της Ειδικής Μονάδας του Βασικού Επιτελείου Στρατού της Κροατίας, ενώ στη συνέχεια ανέλαβε εξάμηνη αποστολή στο Αμυντικό Συμβούλιο της Κροατίας.
Gotovina, Hırvat Savunma Konseyi tarafından altı aylığına görevlendirildikten sonra Şubat-Nisan 1992 tarihlerinde Hırvat Ordusu Kurmay Ekibi Özel Birimi'nde komutan yardımcısı olarak görev yaptı.