Επίσης, η νοτιοανατολική Ευρώπη έχει φιλοξενήσει δραστηριότητες στρατολόγησης της αλ-Κάιντα, με την οργάνωση να επιδιώκει εκμετάλλευση των θρησκευτικών διχασμών που προκάλεσαν τις συγκρούσεις των Βαλκανίων τη δεκαετία του 1990.
Güneydoğu Avrupa, 1990'larda yaşanan Balkan ihtilaflarını körükleyen dini bölünmeleri istismar etmek isteyen el Kaide'nin adam toplama faaliyetlerine de sahne oldu.