Το λιμενικό σώμα είναι οργανωμένο σε δύο σκέλη, το πολιτικό σκέλος το οποίο ελέγχεται από τον υπουργό εσωτερικών και το στρατιωτικό σκέλος το οποίο αποτελεί τμήμα του υπουργείου άμυνας – αυτά τα δύο θα συγχωνευτούν.
Sahil Güvenlik birisi İçişleri Bakanlığına sivil bir ayak, diğeriyse Savunma Bakanlığı'na bağlı askeri bir ayak olmak üzerine iki dal halinde faaliyet gösteriyor ve bunların ikisi birleştirilecek.