Αναφερόμενες στις θηριωδίες που διαπράχθηκαν μεταξύ 1ης Ιουλίου 1991 και 30ης Νοεμβρίου 1995, οι τροποποιημένες κατηγορίες ισχυρίζονται ότι ο Κάρατζιτς «σχεδίασε, προκάλεσε, διέταξε, διέπραξε ή άλλως βοήθησε και ενθάρρυνε το σχεδιασμό, προετοιμασία ή εκτέλεση της καταστροφής, συνολικά ή έν μέρει, των εθνικών, φυλετικών ή θρησκευτικών ομάδων μουσουλμάνων και κροατών της Βοσνίας» σε πολλούς δήμους μεταξύ των οποίων οι δήμοι: Μπιγελίνα, Μπράτουνατς, Μποσάνσκι Σάματς, Μπίρκο, Ντομπόζ, Φότσα, Ιλίγιας, Κιλτσούκ, Κότορ Βάρος, Νόβι Γκράντ, Πρίγιεντορ, Ρογκατίτσα, Σάνσκι Μοστ, Σρεμπρενίτσα, Βίσεγκραντ, Βλασένιτσα, Ζαβιντόβιτσι και Ζβόρνικ.
İddianamenin değiştirilmiş halinde, 1 Temmuz 1991 ile 30 Kasım 1995 tarihleri arasında işlenen zulümlerle ilgili olarak, Karadziç'in bir çok belediyede yaşayan "Bosnalı Müslüman veya Bosnalı Hırvat uyruklu, etnik, ırksal veya dini grupların tümden veya kısmen imhasının planlanması, hazırlanması veya ifasını planladığı, kışkırttığı, emrini verdiği, işlediği veya başka bir şekilde yardım ve yataklık ettiği" iddia ediliyor. Söz konusu belediyeler arasında Bijeljina, Bratunac, Bosanski Samac, Brcko, Doboj, Foca, Ilijas, Kljuc, Kotor Varos, Novi Grad, Prijedor, Rogatica, Sanski Most, Srebrenitsa, Visegrad, Vlasenica, Zavidovici ve Zvornik yer alıyor.