Κατόπιν, ο Κοστούνιτσα διετέλεσε πρόεδρος της Ομοσπονδιακής Δημοκρατίας της Γιουγκοσλαβίας και αργότερα, μεταξύ 2004 και 2008, κατέλαβε το αξίωμα του Σέρβου πρωθυπουργού.
Kostunica ardından Yugoslavya Federal Cumhuriyeti'nin cumhurbaşkanı olmuş, daha sonra da 2004-2008 yılları arasında Sırbistan başbakanı olarak görev yapmıştı.