Ο Γκοτόβινα ήταν ένας από τους τρεις βασικούς καταζητούμενους φυγόδικους εγκλημάτων πολέμου από τις Βαλκανικές συγκρούσεις της δεκαετίας του 1990, μαζί με τον πρώην Σερβοβόσνιο ηγέτη Ράντοβαν Κάραζιτς και το στρατιωτικό διοικητή του Ράτκο Μλάντιτς.
Gotovina, eski Bosnalı Sırp lider Radovan Karadzic ve askeri komutanı Ratko Mladic ile birlikte 1990'larda Balkanlar'da yaşanan çatışmalar nedeniyle aranan kaçak savaş suçu zanlıları listesinin en üst sıralarındaki üç kişiden biriydi.