Ο Γκοτόβινα κρύβεται από τον Ιούνιο του 2001, λίγες εβδομάδες από τη στιγμή που του ασκήθηκαν κατηγορίες από το ICTY για το φερόμενο ρόλο του σε εγκλήματα πολέμου τα οποία διαπράχθηκαν από στρατεύματα της διοίκησή τους το 1995, συμπεριλαμβανομένης της δολοφονίας τουλάχιστον 150 Σέρβων της Κράινα.
Gotovina, ICTY'nin kendisini 1995 yılında emrindeki askerler tarafından işlenen ve aralarında en az 150 Krajinalı Sırp'ın öldürülmesinin de bulunduğu savaş suçlarında rol oynadığı iddiasıyla suçladığı Haziran 2001'den beri kayıplarda.