Εισαγγελείς του ΟΗΕ κατηγόρησαν τον Γκοτοβίνα το 2001, για εγκλήματα που προκύπτουν από το φερόμενο ρόλο του σε αγριότητες που διεπράχθησαν κατά τη διάρκεια επίθεσης του Κροατικού Στρατού το 1995 εναντίον Σέρβων αυτονομιστών στην περιοχή Κράινα.
BM savcıları Gotovina'yı 2001 yılında, Hırvat Ordusunun 1995 yılında Krajina bölgesindeki ayrılıkçı Sırplara karşı düzenlediği saldırı sırasında işlenen zulümlerde rol aldığı iddiasıyla suçladılar.