Εξαφανίστηκε τον Ιούνιο του 2001, λίγο μετά τη δίωξή του από το Διεθνές Ποινικό Δικαστήριο για την πρώην Γιουγκοσλαβία (ICTY), σχετικά με τη φερόμενη συμμετοχή του σε αγριότητες που διεπράχθησαν εναντίον Σέρβων της Κράινα προς το τέλος της σύγκρουσης του 1991-1995 στην Κροατία.
Ante Gotovina, eski Yugoslavya ile ilgili Uluslararası Ceza Mahkemesi'nin (ICTY) kendisini 1991-1995 yılları arasında Hırvatistan'da yaşanan çatışmalar sırasında Krajinalı Sırplara yapılan zulümlere katılmakla suçlamasından hemen sonra 2001 yılının Temmuz ayında ortadan kaybolmuştu.