Έχει επίσης λάβει επαίνους για το ρόλο του στις ειρηνευτικές συνομιλίες του 2005 μεταξύ του αυτονομιστικού Κινήματος Free Aceh και της κυβέρνησης της Ινδονησίας, η οποία τερμάτισε σχεδόν 30 χρόνια συγκρούσεων.
Ahtisaari, ayrılıkçı Özgür Aceh Hareketi ile Endonezya hükümeti arasındaki yaklaşık 30 yıllık savaşı sona erdiren 2005 barış anlaşmasındaki arabuluculuk rolünden ötürü de övgü aldı.