Ο Κάρατζιτς, ο οποίος ασκούσε τυπική και ουσιαστική εξουσία και έλεγχο στις δυνάμεις των βοσνιοσέρβων και το ΣΔΚ και τις κυβερνητικές αρχές, προσάγεται σε δίκη σε σχέση με το θάνατο, τον Ιούλιο 1995, μέχρι 8.000 βοσνιομουσουλμάνων ανδρών και αγοριών που συνελήφθησαν σε διαφορετικές τοποθεσίες εντός και γύρω από την χαρακτηρισθείσα από τα ΗΕ «ασφαλή περιοχή» της Σρεμπρένιτσα.
Bosnalı Sırp güçleri ve bütün SDS ve hükümet yetkilerinin hem resmi hem de fiili olarak güç ve kontrolünü elinde tutan Karaciç, Temmuz 1995'te BM "güvenli bölgesi" Srebrenitsa içinde ve civarındaki çok sayıda farklı noktada yakalanmış 8 bin kadar Bosnalı Müslüman erkek ve oğlan çocuğunun katledilmesiyle ilgili olarak da suçlanıyor.