Μεταξύ 2001 και 2005, υπηρετούσε στο Βελιγράδι ως πρέσβης της Σλοβακίας στην Ομοσπονδιακή Δημοκρατία της Γιουγκοσλαβίας (μετέπειτα Σερβίας και Μαυροβουνίου), την Αλβανία και την ΠΓΔΜ.
Lajcak’ın yeni görevi, kendisini Balkanlar’a getiren bir dizi görevin sonuncusu. 2001-2005 yılları arasında Slovakya’nın Federal Yugoslavya Cumhuriyeti (daha sonra Sırbistan ve Karadağ adını aldı), Arnavutluk ve Makedonya büyükelçisi olarak hizmet eden Lajcak, 1998-2001 döneminde Slovak Dışişleri Bakanı Eduard Kukan’ın özel kalem müdürü olarak çalıştı.