Εισαγγελείς αναφέρουν ότι η Εργκένεκον διαθέτει εκτεταμένο πυρήνα, ο οποίος περιλαμβάνει από προσωπικότητες των ΜΜΕ μέχρι δολοφόνους, ωστόσο δεν έχουν επαφή μεταξύ τους και λαμβάνουν οδηγίες από την ηγεσία.
Savcılar, Ergenekon'un medyadan isimler ve kiralık katiller de dahil olmak üzere geniş bir alana dağılmış hücrelere sahip olduğu, ancak bu hücrelerin birbirleriyle teması olmdığı ve talimatları tepeden aldıklarını öne sürüyor.