Την περίοδο της Επιχείρησης Καταιγίδα, ο Γκοτοβίνα ήταν διοικητής της Λειτουργικής Ζώνης Σπλιτ του Κροατικού Στρατού και ασκούσε πλήρη διοίκηση και έλεγχο σε όλες τις Κροατικές δυνάμεις που συμμετείχαν στην έφοδο.
Fırtına Operasyonu sırasında Gotovina Hırvat Ordusu'nun Split Operasyon Bölgesinin komutanıydı ve saldırıda yer alan bütün Hırvat güçleri üzerinde tam bir komuta ve kontrol sahibiydi.