Ένα από τα πλέον ακανθώδη θέματα στην ατζέντα της Λισαβόνας είναι το σχέδιο ανάπτυξης συστήματος πυραυλικής προστασίας για την προστασία όλων των χωρών της Συμμαχίας από πιθανές απειλές.
Lizbon’daki zirvenin en zorlu gündem maddelerinden biri de, tüm İttifak üyelerini potansiyel tehditlere karşı koruyacak bir füze savunma sistemi geliştirilmesine ilişkin plan.