Ήταν από τους πρώτους θρησκευτικούς ιεράρχες που αντέδρασαν έντονα εναντίον ομιλίας του Πάπα το Σεπτέμβρη στο Ρέγκενσμπουργκ της Γερμανίας, στην οποία ο πάπας επικαλέστηκε Βυζαντινό αυτοκράτορα του 14ου αιώνα ο οποίος είχε χαρακτηρίσει τα διδάγματα του Προφήτη Μουχάμεντ "σατανικά και απάνθρωπα".
Bardakoğlu, Papa'nın Eylül ayında Almanya'nın Rosenburg kentinde yaptığı ve bir 14. yüzyıl Bizans imparatorunun Hz. Muhammed'in öğretilerini "kötü ve insanlık dışı" olarak nitelendiren sözlerini aktardığı konuşmasına şiddetli tepki veren ilk dini liderlerden biriydi.