Η CEI συνεργάζεται με διεθνείς οργανισμούς και ιδρύματα όπως ο Οργανισμός Οικονομικής Συνεργασίας και Ανάπτυξης, του Συμβουλίου της Ευρώπης, ο ΟΑΣΕ, η Ευρωπαϊκή Τράπεζα Ανασυγκρότησης και Ανάπτυξης και η Παγκόσμια Τράπεζα, καθώς επίσης διάφορες περιφερειακές δομές, όπως η Πρωτοβουλία Αδριατικής-Ιονίου, η Διαδικασία Συνεργασίας Δούναβη και το Σύμφωνο Σταθερότητας.
CEI Ekonomik İşbirliği ve Kalkınma Örgütü, Avrupa Konseyi, AGİT, Avrupa Yeniden Yapılanma ve Kalkınma Bankası ve Dünya Bankası gibi uluslararası örgüt ve kurumlar ve Adriyatik-İyon İnisiyatifi, Tuna İşbirliği Süreci ve İstikrar Paktı gibi farklı bölgesel yapılarla işbirliği yapıyor.