Ο κρατικός έλεγχος εξασφαλίζεται μέσω μιας ενιαίας διοίκησης η οποία απορρέει από την Προεδρία της Β-Ε, μεταβιβάζεται στο Υπουργείο Άμυνας, κατόπιν στο Γενικό Επιτελείο και τους Διοικητές των Διοικήσεων Επιχειρήσεων και Υποστήριξης. Την 1η Ιανουαρίου του 2006, τέθηκε σε ισχύ ένας ενιαίος κρατικός αμυντικός προϋπολογισμός.
BH Cumhurbaşkanlığı makamından Savunma Bakanlığına, oradan da Ortak Genel Kurmay Başkanlıkları ile Harekat ve Destek Komutanlıklarına uzanan tek bir komuta zinciri oluşturulmuş ve bu zincirde devlet kontrolü esas alınmıştır. 1 ocak 2006’da tek bir devlet savunma bütçesi yürürlüğe koyulmuştur. 1 Temmuz 2007’ye kadar yeni Tugay Karargahı kurulmuş, 31 Aralık 2007’ye kadar ise yeniden yapılanma tamamlanmış olacaktır.