Αντιμετωπίζει πέντε κατηγορίες για εγκλήματα κατά της ανθρωπότητας και τρεις κατηγορίες για παραβιάσεις των νόμων και θεσμών του πολέμου για τις εκδιώξεις, δολοφονίες, λεηλατήσεις ιδιοκτησίας, εκτοπίσεις, απρόκλητες καταστροφές πόλεων ή χωριών και άλλων απάνθρωπων ενεργειών που διέπραξε ο ίδιος και οι δυνάμεις υπό τη διοίκηση και τον έλεγχο του κατά τη διάρκεια της επιχείρησης με το κωδικό όνομα «Καταιγίδα».
Gotovina, kendisi ile emir ve komutası altındaki kuvvetlerin "Fırtına" harekatı sırasında işlediği iddia edilen zulüm, cinayet, yağma, sınır dışı etme, il, ilçe ve kasabaların nedensizce yıkıma uğratılması ve diğer insanlık dışı eylemler nedeniyle beş adet insanlığa karşı suç ve üç adet savaş yasaları veya adetlerinin ihlaliyle itham ediliyor.