Ο Μλάντιτς αρχικά κατηγορήθηκε για εγκλήματα πολέμου που προέρχονται από τη σύγκρουση στη Β&Ε τον Ιούλιο του 1995, υπό κοινό κατηγορητήριο με τον εν καιρώ πολέμου Σερβοβόσνιο πολιτικό ηγέτη Ράντοβαν Κάρατζιτς, αλλά αργότερα χωρίστηκε σε δύο χωριστές υποθέσεις.
Mladiç başlangıçta, savaş zamanı Bosnalı Sırp siyasi lider Radovan Karaciç ile birlikte ortak bir iddianamede Temmuz 1995'te BH'de yaşanan ihtilaftan kaynaklanan savaş suçlarıyla suçlanmasına rağmen, daha sonra bu dava iki ayrı davaya bölünmüştü.