Në këtë rol, ai ushtroi de facto dhe de jure komandën dhe kontrollin mbi të gjitha forcat kroate të vendosura si pjesë e Operacionit Storm në pjesën jugore të rajonit të Krajinës, pretenduan prokurorët e OKB në një padi të amenduar kundër Gotovinës bërë publike në mars 2004.
BM savcıları Mart 2004'te kamuoyuna açıkladıkları Gotovina aleyhindeki değiştirilmiş iddianamede, zanlının bu görevi süresince, Fırtına Operasyonu kapsamında Krajina bölgesinin güney bölgesinde konuşlandırılan Hırvat güçlerinin tümü üzerinde fiili ve kanuni komuta ve kontrole sahip olduğunu iddia ettiler.