Ai u fsheh në qershor 2001, javë pasi ICTY e paditi atë në lidhje me një operacion të kryer nga forcat nën komandën e tij nga fundi i konfliktit të viteve 1991-1995 në Kroaci.
Gotovina Haziran 2001'de, ICTY'nin kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru komutası altındaki kuvvetler tarafından yürütülen bir operasyonla ilgili olarak suçlamasından birkaç hafta sonra ortadan kayboldu.