Gotovina ka qënë akuzuar për krime kundër njerëzimit, përgjegjësi të përbashkët për mosndalimin e vrasjes së civilëve dhe përdorimin e tepruar të armëve kundër objektivave civile. Ai është i vetmi kroat i kërkuar nga gjykata e krimeve të luftës që vendosi të mos dorëzohet.
Gotovina,İnsanlığa karşı suçlar, sivillerin öldürülmesine engel olamayan bir emir komuta zincirinden sorumlu olmak ve sivil hedeflere karşı aşırı silah kullanımıyla suçlaniyor.Gotovina, savaş suçları mahkemesince aranip teslim olmamaya karar veren tek Hırvat oldu.