Prokurorët dyshuan se në gjashtë raste midis qershorit dhe tetorit 2004, Beqaj ishte përzjerë me një dëshmitar dhe një dëshmitar potencial, që referrohen respektivisht B1 dhe B2, në rastin kundër ish anëtarëve të Ushtrisë Çlirimtare të Kosovës (UÇK), Fatmir Limaj, Haradin Bala dhe Isak Musliu.
Savcılar, Haziran ve Ekim 2004 arasında Bekaj'ın, eski Kosova Kurtuluş Ordusu (KLA) üyeleri Fatmir Limaj, Haradin Bala ve Isak Musliu aleyhindeki davalarda sırasıyla B1 ve B2 olarak anılan bir tanığa ve potansiyel tanığa altı kez müdahale ettiğini iddia ettiler.