Një nga tre më të kërkuarit e gjykatës, ai u fsheh në mes të vititi 2001, menjëherë pasi prokurorët e OKB e akuzuan për krime lufte rreth rolit të tij të dyshuar në vrasjet e 150 serbëve të Krajinës dhe përzënien e 150,000 të tjerëve nga fundi i konfliktit të viteve 1991-1995, në Kroaci.
Mahkemenin en azılı üç zanlısından biri olan Gotovina, BM savcılarının kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru en az 150 Krajinalı Sırp'ın öldürülmesi ve 150 bin diğerinin sürülmesi olayındaki rol oynadığı iddiasıyla savaş suçu işlemekle suçlamasından kısa bir süre sonra, 2001 ortalarında ortadan kayboldu.