Ndërsa muslimanët boshnjakë dhe kroatët luftuan së bashku kundër serbëve boshnjakë gjatë shumicës së konfliktit, ata luftuan njëri-tjetrin më 1993 dhe 1994.
Bosnalı Müslümanlar ve Hırvatlar ihtilafın büyük kısmında Bosnalı Sırplara karşı birlikte savaşmış olsalar da, 1993 ve 1994 yıllarında birbirlerine karşı da savaştılar.