Kishte një konflikt të madh lidhur me dorëzimin e Millosheviçit në gjykatën e Hagës, me të cilin Koshtunica qe kundër, së bashku me bashkëpunimin me gjykatën.
Lahey mahkemesiyle işbirliği yapılmakla birlikte, Kostunica'nın karşı çıktığı şekilde Miloseviç'in mahkemeye teslim edilmesi konusunda büyük bir anlaşmazlık vardı.