Kryerja e hetimit të Ergenekon, që përfshiu paraburgimin e të dyshuarve para paraqitjes së ndonjë prove të qartë dhe burgosja e tyre e zgjatur përpara gjyqit, morën kritika të përhapura gjerësisht nga media sekulare e nacionaliste.
Şüphelilerin hiçbir net kanıt sunulmadan gözaltına alınıp mahkemeden önce uzun süreyle hapis tutulduğu Ergenekon soruşturmasının yürütülüş şekli laik ve milliyetçi medyanın yaygın eleştirilerine hedef oldu.