Nga shkurti në prill të vitit 1992, Gotovina ishte nënkomandant i njësisë speciale të shtabit kryesor të ushtrisë kroate, pastaj mori për gjashtë muaj një emërim në Këshillin Kroat të Mbrojtjes.
Gotovina, Hırvat Savunma Konseyi tarafından altı aylığına görevlendirildikten sonra Şubat-Nisan 1992 tarihlerinde Hırvat Ordusu Kurmay Ekibi Özel Birimi'nde komutan yardımcısı olarak görev yaptı.