Ai qe akuzuar së bashku me ish presidentin kroat Franjo Tuxhman për organizimin e ekzekutimeve dhe veprimeve të tjera gjatë operacionit mësymës të ushtrisë kroate të koduar Operacioni Stuhia.
Gotovina, eski Hırvat Cumhurbaşkanı Franjo Tudjman'la birlikte Fırtına Operasyonu kod adlı Hırvat askeri operasyonu sırasında gerçekleştirilen katliamları ve diğer eylemleri yönetmekle suçlanıyordu.