Sipas Marrëveshjes së Dejtonit, e cila i dha fund konfliktit, vendi u nda në dy njësi gjysmë-autonome: Federatën e BiH-së (FBiH), e mbizotëruar nga boshnjakët e kroatët dhe Republika Sërbska (RS), e kontrolluar nga serbët.
İhtilafa son veren Dayton Anlaşması uyarınca, ülke iki adet yarı özerk tarafa -Boşnak ve Hırvatların yoğunlukta olduğu BH Federasyonu (BHF) ve Sırp kontrolü altındaki Sırp Cumhuriyeti (SC)- bölündü.