I fundit prej ish-aleatëve të Sllobodan Millosheviçit që mbajti funksionin e tij më të lartë pas rrëzimit të ish-udhëheqësit jugosllav në tetor 2000, Milutinoviç tani është nën arrest në gjykatën e OKB-së për krimet e luftës në Hagë në pritje të gjyqit, në lidhje me përfshirjen e tij të dyshuar në mizoritë gjatë konfliktit të viteve 1998-1999 në Kosovë.
Slobodan Miloseviç'in Ekim 2000'de devrilmesinden bu yana eski Yugoslav cumhurbaşkanının yerini dolduracak yandaşlarından sonuncusu olan Milutinoviç, şu anda 1998-1999 yıllarında Kosova'da işlenen zulümlerde rolü olduğu iddialarıyla hakkında açılan davada mahkeme gününü beklemek üzere Lahey'deki BM savaş suçları mahkemesinde tutuklu bulunuyor.