ICTY lëshoi padinë e parë kundër Zupljanin, 56 vjeç, në dhjetor 1999, duke e bërë ish komandantin e Qendrës Rajonale të Shërbimeve të Sigurisë në Banja Luka, përgjegjës për krime të luftës që viktimizuan jo-serbët gjatë konfliktit 1992-1995 në BiH.
ICTY, Banja Luka'daki Bölgesel Güvenlik Teşkilatı Merkezinin 56 yaşındaki eski komutanı Zupljanin'i BH'deki 1992-1995 ihtilafı sırasında Sırp harici insanları mağdur eden savaş suçlarından sorumlu tutan ilk iddianamesini Aralık 1999'da yayınladı.