Milutinoviç, së bashku me katër ish-zyrtarë të tjerë të lartë jugosllavë, përfshirë Sllobodan Millosheviç, u padit për mizori që dyshohet se janë kryer gjatë konfliktit të viteve 1998-1999 në Kosovë.
Milutinoviç ile birlikte aralarında Slobodan Miloseviç'in de yeraldığı dört diğer önde gelen Yugoslav yetkiliye, 1998-99 Kosova çatışmalarında işlendiği iddia edilen suçlardan ötürü yargı yolu açılmıştı.