Ai kishte qenë në arrati që nga qershori 2001, i zhdukur menjëherë pasi Gjykata Penale Ndërkombëtare për ish Jugosllavinë (ICTY) e paditi atë për përfhirjen e dyshuar në mizoritë e kryera kundër serbëve të Krajinës nga fundi i konfliktit 1991-1995 në Kroaci.
Haziran 2001'den beri kanundan kaçmakta olan Gotovina, Eski Yugoslavya Uluslararası Ceza Mahkemesi'nin (ICTY) kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru Krajinalı Sırplara karşı işlenen zulümlerde rol aldığı iddiasıyla suçlamasından kısa süre sonra ortadan kayboldu.