Konflikti midis dy institucioneve kryesorë arriti një kulm me rastin në proces kundër një grupi ultra-nacionalist, laik të njohur publikisht si Ergenekon, anëtarët e të cilit janë në gjyq për dyshimin e përpjekjes për përmbysjen e qeverisë.
Bu iki baş kurum arasındaki ihtilaf, üyelerinin hükümeti devirmeye çalıştıkları iddiasıyla yargılanmakta olduğu sözde Ergenekon adlı aşırı milliyetçi ve laik bir gruba karşı devam eden davada zirveye ulaştı.