Përpara se të fillonin bisedimet e hyrjes, në tetor të vitit 2006, autoritetet turke nënshkruan një protokoll duke shtrirë marrëveshjen e bashkimit të doganave të vitit 1963 me BE tek të gjithë anëtarët e rinj, duke përfshirë Qipron.
Ekim 2006’da katılım görüşmeleri başlamadan önce Türk yetkililer, ülkenin 1963 tarihli gümrük birliği anlaşmasını, Kıbrıs da dahil olmak üzere Birliğin tüm yeni üyelerini de kapsayacak şekilde genişleten bir protokol imzaladılar.