Ai ndeshet me akuza që rrjedhin nga roli i tij i dyshuar në krimet e luftës së kryera gjatë konfliktit 1991-1995 në Kroaci, duke përfshirë vrasjen e të paktën 150 serbëve të Krajinës.
Gotovina, en az 150 Krajinalı Sırp'ın katledilmesi de dahil olmak üzere Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafı sırasında işlenen savaş suçlarında rol aldığı iddiasıyla aranıyor.