Zupljanin, pretendojnë prokurorët e OKB, mori pjesë në një ndërmarrje të përbashkët kriminale objektivi i së cilës ishte "të eleminoheshin dhe të hiqeshin përgjithmonë, me forcë apo mjete të tjera, muslimanët boshnjakë dhe kroatët boshnjakë nga territori" i së vetëshpallurës Rajoni Autonom i Krajinës.
BM savcılarının iddiasına göre Zupljanin, amacı "Bosnalı Müslümanlar ve Bosnalı Hırvatları ortadan kaldırmak veya zorla veya başka yollardan tek taraflı ilan edilmiş Özerk Krajina Bölgesinden kalıcı olarak uzaklaştırmak" olan bir suç iştirakinde yer aldı.