Në zgjedhjet e para të pasluftës të vendit, në 1986, ai u zgjodh të përfaqësojë komunitetin musliman në presidencën e parë treshe multietnike dhe u bë kryetari i parë i saj. Duke përmendur arsyet shëndetësore, ai dha dorëheqjen nga posti i tij dhe u largua nga politika aktive në vitin 2000.
Ülkenin 1996 yılında savaş sonrası ilk seçimlerinde İzetbegoviç, ilk üç üyeli çok ırklı cumhurbaşkanlığında Müslüman toplumunu temsil etmek üzere seçilmiş ve bu makamın ilk başkanı olmuş, ancak sağlık sorunları nedeniyle 2000 yılında görevinden ayrılarak, aktif siyasete veda etmişti.