Ai u bashkua me trupat e Gardës Kombëtare si shefi i operacioneve dhe trainimit të brigadës së parë të saj. Nga shkurti në prill të 1992, Gotovina ishte nënkomandant i njësisë së posaçme të shtabit kryesor të ushtrisë kroate, duke marrë pas kësaj një detyrë gjashtë mujore në Këshillin Kroat të Mbrojtjes.
Tugay operasyon ve eğitim şefi olarak Ulusal Muhafız Kolordusu'na katıldı. 1992'nin Şubat ayından Nisan ayına kadar Gotovina, Hırvat Ordusu Genel Kurmayı Özel Birimi komutan yardımcısı olarak görev yaparak, altı ay sonra da altı ay süreyle Hırvat Savunma Konseyi'nde görevlendirildi.