Gjatë krizës në Kosovë më 1999, Maqedonia strehoi mbi 300 000 refugjatë shqiptarë me shpenzimet e saj. Më 2001, një konflikt me shqiptarët rebelë përfundoi duke nënshkruar Marrëveshjen Kuadër të Ohrit, e cila vendosi ndryshime të mëdha në kushtetutë dhe një riorganizim territorial të mëvonshëm.
1999 yılındaki Kosova krizi sırasında, Makedonya 300 binden fazla Arnavut mülteciyi kendi imkanlarıyla barındırdı. 2001 yılında, isyancı Arnavutlarla yaşanan bir ihtilaf, önemli anayasa değişikliklerini ve buna müteakip toprak yeniden düzenlemesini dayatan Ohrid Çerçeve Anlaşması'nın imzalanmasıyla sona erdi.