Stankoviç, 36 vjeç, u padit fillimisht në 1996 së bashku me shtatë të tjerë për krime të luftës që ai dyshohet se kreu kundër muslimanëve boshnjakë dhe kroatëve të kapur pasi forcat serbe morën Focën në prill 1992. Ai u arrestua nga forcat e SFOR-it në 9 korrik 2002 dhe u transferua në Hagë një ditë më pas. Në 2003, prokurorët e OKB mbushën një padi më vete kundër Stankoviç e cila më pas u amendua.
36 yaşındaki Stankoviç ilk olarak 1996 yılında, Sırp güçlerinin Nisan 1992'de Foca'yı işgal etmesinin ardından gözaltına alınan Bosnalı Müslüman ve Hırvatlara yönelik işlediği iddia edilen savaş suçlarından dolayı yedi başka şahısla birlikte suçlandı. 9 Temmuz 2002'de SFOR askerleri tarafından tutuklanarak ertesi günü Lahey'e gönderildi. 2003 yılında, BM savcıları Stankoviç aleyhinde ayrı bir iddianame yayınladılar ve bu belge daha sonra değiştirildi.