Pavkoviç, i emëruar nga Sllobodan Millosheviç, udhëhoqi forcat serbe gjatë fushatës së viteve 1998-1999 në Kosovë dhe mbajti funksionin e tij si shefi i ushtrisë deri në fund të qershorit 2002.
Slobodan Miloşeviç tarafından atanan Pavkoviç 1998 - 1999 yılları arasında Kosova'ya karşı yürütülen kampanya'da Sırbistan güçlerini yönetmiş, 2002 yılının Haziran ayına değin görevde kalmıştı.