Marrëdhëniet e Mesiç me hierarkinë e Kishës Katolike ishin nën tension të vazhdueshëm, pasi ai kritikoi përzjerjen e tyre në politikë dhe ata e kritikuan atë duke pretenduar se nuk po mbron interesat kombëtarë.
Mesiç’in Katolik Kilisesi ile olan ilişkileri sürekli gerilimliydi, çünkü Mesiç Kiliseyi siyasete karışmakla, Kilise ise Mesiç’i ulusal çıkarları korumamakla eleştiriyordu.