Pavarësia e papërshtatshme prej autoriteteve legjislative dhe ekezekutive, procedime gjyqësore jo të efektshme dhe gjyqe të zvarritur, një ngarkesë e tepërt e çështjeve dhe nevoja për më shumë profesionalizëm mes gjyqtarëve dhe prokurorëve janë disa prej sfidave me të cilat përballet gjyqësori maqedonas, të cilat duhet të harmonizohen me standartet e BE-së si pjesë e përpjekjeve të vendit drejt pranimit në të.
Yasama ve yürütmeden yeterince bağımsız hareket edilememesi, yargılama usullerinin yetersizliği, uzun süren mahkemeler, birikmiş davalar, hakim ve savcıların yeterince profesyonel bir tutum sergilememesi Makedon yargı sisteminin karşı karşıya olduğu sorunlardan bazıları ve bu sorunlar, ülkenin AB'ye katılma çabalarının bir parçası olarak AB standartları ile uyumlu hale getirilmek zorunda.