Ndërsa ai argumentoi se për pjesën më të madhe njerëzit e duhur janë arrestuar, duke mbështetur teorinë e tij me mungesën e vrasjeve politike që nga fillimi i gjyqit, Çengiz nuk beson se gjithë veprimi i dyshuar i juntës së fshehtë që ndodhi gjatë qeverisjes së AKP-së ishte i lidhur me Ergenekonin.
Tutuklananların çoğunluğunun haklı gerekçelerle cezaevinde olduğunu düşünen ve bu teorisini, davanın başlamasından bu yana herhangi bir siyasi cinayet işlenmemiş olmasıyla destekleyen Cengiz, yine de AKP iktidarında gerçekleşen gizli cunta faaliyetlerinin tümünün iddia edildiği gibi Ergenekon ile bağlantılı olduğuna inanmıyor.