Pas ujdisë së vetëfajësimit, Nikoliç u gjykua për përfshirjen e tij në krimet kundër civilëve boshnjakë muslimanë, duke përfshirë vrasjet, trajtimet mizore e shnjerëzore, terrorizimin, shkatërrimin e pasurisë personale dhe efektet dhe transferimin e detyruar.
İtiraf anlaşmasından sonra Nikoliç, Bosnalı Müslüman sivillere karşı işlenmiş cinayet ve insanlık dışı muamele, terör, kişisel mal ve mülklerin imhası ve kovulma suçlarındaki rolleri nedeniyle zulümden suçlu bulundu.