Shkupi, si njësi vetëqeverisëse më vete, do të ketë një strukturë të ndryshme organizimi pasi mënyra aktuale shpie në mosfunksionim dhe mbivendosje të përgjegjësive midis qytetit dhe komunave.
Ayrı bir yerel özerk idare birimi olan Üsküp ise, mevcut yöntem işlevsizliğe ve şehir ve belediyeler arasındaki sorumlulukların örtüşmesine yol açtığı için farklı bir örgütsel yapıya sahip olacak.