Ai u fsheh në qershor 2001, shpejt pasi Gjykata Penale Ndërkombëtare për ish Jugosllavinë (ICTY) e paditi atë rreth përfshirjes së dyshuar në mizoritë e kryera kundër serbëve të Krajinës nga fundi i konfliktit 1991-1995 në Kroaci.
Ante Gotovina, eski Yugoslavya ile ilgili Uluslararası Ceza Mahkemesi'nin (ICTY) kendisini 1991-1995 yılları arasında Hırvatistan'da yaşanan çatışmalar sırasında Krajinalı Sırplara yapılan zulümlere katılmakla suçlamasından hemen sonra 2001 yılının Temmuz ayında ortadan kaybolmuştu.