Prosecutors alleged that on six occasions between June and October 2004, Beqaj interfered with a witness and a potential witness, referred to as B1 and B2 respectively, in the case against former Kosovo Liberation Army (KLA) members Fatmir Limaj, Haradin Bala and Isak Musliu.
Prokurorët dyshuan se në gjashtë raste midis qershorit dhe tetorit 2004, Beqaj ishte përzjerë me një dëshmitar dhe një dëshmitar potencial, që referrohen respektivisht B1 dhe B2, në rastin kundër ish anëtarëve të Ushtrisë Çlirimtare të Kosovës (UÇK), Fatmir Limaj, Haradin Bala dhe Isak Musliu.