Zawahiri, whose EIJ is said to have merged with al-Qaeda in 1998, is also believed to have been one of the masterminds of the suicide bombing of the USS Cole off the coast of Yemen in 2000, and the "brains" behind the September 11th attacks on the United States.
Zavahiri, EIJ e të cilit thuhet se është shkrirë me al-Kaedën më 1998, besohet gjithashtu të ketë qenë një nga organizatorët e bombës vetë-vrasëse në USS Cole pranë brigjeve të Jemenit më 2000 dhe "truri" pas sulmeve të 11 shtatorit në Shtetet e Bashkuara.