From February to April 1992, Gotovina was deputy commander of the Special Unit of the Croatian Army Main Staff, afterwards taking on a six-month assignment with the Croatian Defence Council.
Nga shkurti në prill të vitit 1992, Gotovina ishte nënkomandant i njësisë speciale të shtabit kryesor të ushtrisë kroate, pastaj mori për gjashtë muaj një emërim në Këshillin Kroat të Mbrojtjes.