Ο Μιλουτίνοβιτς, μαζί με άλλους τέσσερις πρώην κορυφαίους γιουγκοσλάβους αξιωματούχους, συμπεριλαμβανομένου του Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς, παραπέμφθηκε για φρικαλεότητες που φέρεται να διαπράχθηκαν κατά τη διάρκεια της διαμάχης του 1998-1999 στο Κοσσυφοπέδιο.
Milutinoviç, së bashku me katër ish-zyrtarë të tjerë të lartë jugosllavë, përfshirë Sllobodan Millosheviç, u padit për mizori që dyshohet se janë kryer gjatë konfliktit të viteve 1998-1999 në Kosovë.