Η έρευνα εναντίον της Εργκένεκον, η οποία περιελάμβανε προσωποκράτηση υπόπτων πριν την παρουσίαση σαφών στοιχείων, καθώς επίσης παρατεταμένη φυλάκιση πριν τη διενέργεια δίκης, επικρίθηκε εντονότατα από κοσμικά και εθνικιστικά ΜΜΕ.
Kryerja e hetimit të Ergenekon, që përfshiu paraburgimin e të dyshuarve para paraqitjes së ndonjë prove të qartë dhe burgosja e tyre e zgjatur përpara gjyqit, morën kritika të përhapura gjerësisht nga media sekulare e nacionaliste.