Ο Κουστουρίτσα έχει τιμηθεί με δυο βραβεία Χρυσού Φοίνικα για τις ταινίες τους "Ο Μπαμπάς Λείπει σε Ταξίδι για Δουλειές" (1985) και "Underground" (1995), καθώς και με το Βραβείο Σκηνοθεσίας για την ταινία "Ο Καιρός των Τσιγγάνων" (1989).
Kusturica është fitues i dy Palmave të Arta për filmat e tij "Kur babai ishte larg me punë" (1985) dhe "Nëntokë" (1995) si edhe i çmimit të regjizorit për "Koha e arixhijve" (1989).