Ο πόλεμος τελείωσε με την υπογραφή των Ειρηνευτικών Συμφώνων του Ντέιτον το Δεκέμβριο του 1995 από τους προέδρους των τριών εμπόλεμων δημοκρατιών -- τον Φράνκο Τούντσμαν της Κροατίας, το Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς της Σερβίας, και τον Αλία Ιζετμπέκοβιτς της Β-Ε.
Lufta përfundoi me nënshkrimin e Marrëveshjes së Paqes të Dejtonit në dhjetor 1995 nga presidentët e tre republikave në luftë - Franjo Tuxhman i Kroacisë, Sllobodan Millosheviç i Serbisë dhe Alija Izetbegoviç i BiH-së.