Η Τουρκία έχει επίσης απογοητευθεί από το γεγονός ότι εξαιρέθηκε από τη διοίκηση και τις ελεγκτικές δομές των επιχειρήσεων που ηγείται η ΕΕ, οι οποίες λαμβάνουν χώρα στο πλαίσιο συνεργασίας μεταξύ ΝΑΤΟ και ΕΕ, αν και έχει πραγματοποιήσει σημαντικές συμβολές.
Turqia është gjithashtu e zhgënjyer rreth të qënit e përjashtuar nga komanda dhe kontrolli i strukturave në operacionet e kryesuara nga BE që bëhen në kuadrin e bashkëpunimit NATO-BE, edhe pse ka dhënë një kontribut të rëndësishëm.