Από το Φεβρουάριο μέχρι τον Απρίλη του 1992, ο Γκοτόβινα διατελούσε υποδιοικητής της Ειδικής Μονάδας του Βασικού Επιτελείου Στρατού της Κροατίας, ενώ στη συνέχεια ανέλαβε εξάμηνη αποστολή στο Αμυντικό Συμβούλιο της Κροατίας.
Nga shkurti në prill të vitit 1992, Gotovina ishte nënkomandant i njësisë speciale të shtabit kryesor të ushtrisë kroate, pastaj mori për gjashtë muaj një emërim në Këshillin Kroat të Mbrojtjes.