Μερικοί αισθάνονται πως το Πρωτόκολλο θα μπορούσε να θέσει τους εισαγγελείς της Β-Ε σε μειονεκτική θέση, καθιστώντας τους -- στην πραγματικότητα -- παράρτημα της εισαγγελίας της Σερβίας.
Disa mendojnë se protokolli mund t'i vendosë prokurorët e BiH-së në një pozitë inferiore, duke i bërë ata -- efektivisht -- një degë të zyrës së prokurorisë serbe.