Η ΕΙΝ ξεκίνησε μετά τον πόλεμο του 1992-1995, όταν ομάδα νεαρών μουσουλμάνων της Βοσνίας αποφάσισε τη δημιουργία της οργάνωσης προκειμένου να προάγει ακραίες ισλαμικές διδασκαλίες, τις οποίες διδάχθηκαν ενώ αγωνίζονταν με Άραβες εθελοντές στη ομάδα της Ελ Μουζαχίντ.
AIO u krijua pas luftës së viteve 1992-1995, kur një grup të rinjsh muslimanë të Bosnjes vendosën të formojnë organizatën për të përhapur idetë fondamentaliste islamike që mësuan tek luftonin me vullnetarët arabë në një njësi të quajtur El Mujahid.