Από τον Φεβρουάριο μέχρι τον Απρίλιο 1992, ο Γκοτόβινα ανήλθε στη θέση του αναπληρωτή διοικητή της Ειδικής Μονάδας του Κροατικού Επιτελείου Στρατού και μετά ανέλαβε 6μηνη αποστολή με το Κροατικό συμβούλιο αμύνης.
Nga shkurti në prill të 1992, Gotovina ishte nënkomandant i njësisë së posaçme të shtabit kryesor të ushtrisë kroate, duke marrë pas kësaj një detyrë gjashtë mujore në Këshillin Kroat të Mbrojtjes.