Επίσης, η νοτιοανατολική Ευρώπη έχει φιλοξενήσει δραστηριότητες στρατολόγησης της αλ-Κάιντα, με την οργάνωση να επιδιώκει εκμετάλλευση των θρησκευτικών διχασμών που προκάλεσαν τις συγκρούσεις των Βαλκανίων τη δεκαετία του 1990.
Evropa Juglindore ka qenë gjithashtu një vend për veprimtaritë rekrutuese të al-Kaedës, me grupin që kërkonte të shfrytëzonte ndarjet fetare që ndezën konfliktet ballkanike të viteve 1990.