Ο Μιλουτίνοβιτς παραπέμφθηκε μαζί με το Μιλόσεβιτς και τρεις άλλους πρώην κορυφαίους αξιωματούχους της Σερβίας ως μέλος της κοινής εγκληματικής επιχείρησης για την εκδίωξη σημαντικού μέρους του αλβανικού πληθυσμού από το Κοσσυφοπέδιο, ώστε να διασφαλιστεί η συνέχιση της σερβικής κυριαρχίας στην επαρχία.
Milutinoviç është paditur së bashku me Millosheviç dhe tre ish-zyrtarë të tjerë të lartë serbë si një anëtar i një sipërmarrje kriminale të përbashkët për dëbimin e një pjese të konsiderushme të popullsisë shqiptare nga Kosova, për të siguruar kontrollin e vazhdueshëm serb mbi provincën.