Το 1995, το ICTY εξέδωσε κοινό κατηγορητήριο εναντίον του Κάραζιτς και του στρατιωτικού διοικητή του, Ράτκο Μλάντιτς, κατηγορώντας τους για εγκλήματα πολέμου, για το φερόμενο ρόλο τους σε διάφορες αγριότητες κατά τη διάρκεια του πολέμου 1992-1995 στη Βοσνία και Ερζεγοβίνη (Β-Ε).
Në 1995, ICTY lëshoi një padi të përbashkët kundër Karaxhiçit dhe komandantit të tij ushtarak, Ratko Mlladiç, duke i akuzuar ata për krime të luftës për rolin e tyre të dyshuar në mizori të ndryshme gjatë luftës në Bosnje e Herzegovinë (BiH), 1992-1995.