Η σύγκρουση μεταξύ των δύο αυτών βασικών θεσμών κορυφώθηκε με την τρέχουσα υπόθεση εναντίον υπερεθνικιστικής, κοσμικής οργάνωσης γνωστή ως Εργκένεκον, τα μέλη της οποίας δικάζονται για φερόμενη απόπειρα ανατροπής της κυβέρνησης.
Konflikti midis dy institucioneve kryesorë arriti një kulm me rastin në proces kundër një grupi ultra-nacionalist, laik të njohur publikisht si Ergenekon, anëtarët e të cilit janë në gjyq për dyshimin e përpjekjes për përmbysjen e qeverisë.