Ως διοικητής, είχε νόμιμη και ντε φάκτο διοίκηση και έλεγχο όλων των Κροατικών δυνάμεων που είχαν αναπτυχθεί στο πλαίσιο της Επιχείρησης Καταιγίδα στο νότιο τμήμα της περιοχής Κράινα, όπως ισχυρίστηκαν εισαγγελείς του ΟΗΕ σε τροποποιημένο κατηγορητήριο εναντίον του Γκοτόβινα, το οποίο γνωστοποιήθηκε το Μάρτη του 2004.
Si i tillë, ai ushtroi de jure dhe de facto komandën dhe kontrollin mbi forcat kroate të dislokuara si pjesë e Operacionit Stuhia në pjesën jugore të rajonit të Krajinës, akuzonin prokurorët e OKB-së në një padi të amenduar kundër Gotovinës bërë publike në mars 2004.