Ο Γκοτόβινα ήταν ένας από τους τρεις πιο καταζητούμενους φυγόδικους εγκλημάτων πολέμου από την περίοδο των βαλκανικών συγκρούσεων της δεκαετίας του 1990, μαζί με τον πρώην βοσνιοσέρβο ηγέτη Ράντοβαν Κάρατζιτς και τον στρατιωτικό του διοικητή Ράτκο Μλάντιτς.
Gotovina ishte një nga tre më të kërkuarit të arratisur për krime lufte nga konfliktet e Ballkanit në vitet 1990, së bashku me ish kreun serb boshnjak Radovan Karaxhiç dhe komandantin e tij ushtarak Ratko Mlladiç.