Όταν ξέσπασε η ένοπλη σύγκρουση με τη Σερβία το 1998, ο Ρουγκόβα εκτοπίστηκε από τον επαναστατικό Απελευθερωτικό Στρατό του Κοσσυφοπεδίου, καθώς αρκετοί Αλβανοί τον θεώρησαν πολύ παθητικό.
Kur filloi konfikti i armatosur me Serbinë në 1998, Rugova u mënjanua nga rebelët e Ushtrisë Çlirimtare të Kosovës, sepse shumë nga shqiptarët etnikë e quajtën qëndrimin e Rrugovës tepër pasiv.