Ο Γκοτόβινα ήταν ένας από τους τρεις βασικούς καταζητούμενους φυγόδικους εγκλημάτων πολέμου από τις Βαλκανικές συγκρούσεις της δεκαετίας του 1990, μαζί με τον πρώην Σερβοβόσνιο ηγέτη Ράντοβαν Κάραζιτς και το στρατιωτικό διοικητή του Ράτκο Μλάντιτς.
Gotovina ishte një nga tre të fshehurit më të kërkuar nga konfliktet e Ballkanit në vitet 1990, së bashku me ish kreun serb boshnjak Radovan Karaxhiç dhe komandantin e tij ushtarak Ratko Mlladiç.