Κατόπιν, ο Κοστούνιτσα διετέλεσε πρόεδρος της Ομοσπονδιακής Δημοκρατίας της Γιουγκοσλαβίας και αργότερα, μεταξύ 2004 και 2008, κατέλαβε το αξίωμα του Σέρβου πρωθυπουργού.
Kostunica u bë pastaj president i Republikës Federale të Jugosllavisë dhe më pas, mes 2004-trës dhe 2008-tës, mori funksionin e kryeministrit të Serbisë.