Ο Θάτσι θα αντιμετωπίσει επίσης άλλα δυο εμπόδια: συνεχείς καταγγελίες ότι οι εκλογές της 12ης Δεκεμβρίου και οι μερικές επαναληπτικές εκλογές που διοργανώθηκαν τον Ιανουάριο αμαυρώθηκαν από νοθεία, και ισχυρισμοί του εισηγητή του Συμβουλίου της Ευρώπης Ντικ Μάρτι ότι ο πρωθυπουργός εμπλέκεται σε φερόμενη διακίνηση οργάνων από το KLA μετά τη σύγκρουση του 1998-1999.
Thaçi do të ndeshë gjithashtu dy pengesa të tjera: ankesat në vazhdim se zgjedhjet e 12 dhjetorit dhe një rivotim i pjesshëm i zhvilluar në janar u prishën nga mashtrimet dhe akuzat nga raportuesi i Këshillit të Europës Dik Marti se kryeministri ishte përfshirë në trafikimin e dyshuar të organeve nga UÇK pas konfliktit të 1998-1999.