Ένας άλλος τομέας όπου ήδη ενέκυψαν δυσκολίες κατά τη διαδικασία ελέγχου αφορά στην εναρμόνιση του τελωνειακού καθεστώτος της Κροατίας με το κοινοτικό κεκτημένο.
Një tjetër fushë ku kanë dalë tashmë vështirësitë gjatë procesit të shqyrtimit është ajo e harmonizimit të regjimit doganor të Kroacisë me acquis communitaire.