Μαζί με τον Αντισυνταγματάρχη Ντράγκαν Ιόκιτς, ο Μπλαγκόιεβιτς αντιμετωπίζει κατηγορίες συνενοχής σε γενοκτονία, εγκλήματα κατά της ανθρωπότητας και παραβιάσεις των νόμων και θεσμών του πολέμου.
Së bashku me lejtnant-kolonelin Dragan Jokiç, Blagojeviç akuzohet për pjesëmarrje në genocid, krime kundër njerëzimit dhe shkelje të ligjeve e rregullave të luftës.