Επιβραδύνθηκε επίσης η πρόοδος πολιτικών και οικονομικών μεταρρυθμίσεων λόγω του πολέμου του 1999 στο Κοσσυφοπέδιο, κατά τη διάρκεια του οποίου η πΓΔΜ περιμάζεψε εκατοντάδες χιλιάδες Αλβανούς πρόσφυγες του Κοσσυφοπεδίου.
Përparimi i reformave politike dhe ekonomike u ngadalësua gjithashtu nga lufta e Kosovës më 1999, gjatë të cilës Maqedonia pati qindra mijëra refugjatë shqiptarët të Kosovës.