Σκοπός της JDS ήταν να συμβάλλει σε αρκετούς αντικειμενικούς στόχους της ICPDR, όπως: η αναγνώριση και επιβεβαίωση συγκεκριμένων εστιών μόλυνσης, η παρακολούθηση των φορέων μόλυνσης όπως ορίζεται στην προτεινόμενη Κατευθυντήρια Οδηγία της ΕΕ για ένα Πλαίσιο για τα Ύδατα, η παροχή ενός φόρουμ για τη συμμετοχή χωρών στις όχθες ή στην κοιλάδα του ποταμού για ασκήσεις λήψης δειγμάτων και μεταξύ τους συγκρίσεων, η διευκόλυνση συγκεκριμένων αναγκών επιμόρφωσης και βελτίωσης των συνθηκών στις χώρες, και προώθηση της αφύπνισης του κόσμου.
Qëllimi i JDS-së ishte të kontriubonte për disa objektiva të ICPDR-së, përfshirë: të identifikojë dhe të konfirmojë burimet e veçanta të ndotjes; të kontrollojë ndotësit siç përcaktohet në Kornizën e Direktivës së Ujit të BE-së; të sigurojë një forum për pjesëmarrjen e vendeve të pellgut të lumit apo anash lumit për mostrat dhe zbatimet ndër-krahasuese; të lehtësojë nevojat e posaçme për treinime dhe të përmirësojë përvojën brenda vendeve e të nxisë ndërgjegjësimin publik.