Όπως και άλλα ιδρύματα της Β-Ε, το MPI θα έχει τριμερή ηγεσία με εκπροσώπους και από τις τρεις εθνικές ομάδες, οι οποίοι θα κατέχουν θέσεις εκ περιτροπής.
Si të tjera institucione të BiH, MPI do të ketë një udhëheqje trepalëshe me përfaqësues nga cilido grup etnik që do të kryesojë me rradhë.