Σύμφωνα με κοινό κατηγορητήριο, ο Μρκσιτς ήταν διοικητής της 1ης Ταξιαρχίας Μηχανοκίνητων Φρουρών του JNA, η οποία φέρει τη βασική ευθύνη για την τριετή πολιορκία της Βούκοβαρ, η οποία οδήγησε στην παρεπόμενη πτώση το Νοέμβρη του 1991.
Sipas padisë së përbashkët, Mrksiç ishte komandant i brigadës së parë të motorizuar të JNA, e cila mbajti përgjegjësinë për rrethimin tre-mujor të Vukovarit që shpuri përfundimisht në rënien e tij në nëntor 1991.