Ανεπαρκής ανεξαρτησία από τη νομοθετική και εκτελεστική εξουσία, αναποτελεσματικές δικαστικές διαδικασίες και αναβολές δικών, καθυστερημένες υποθέσεις και η ανάγκη για περισσότερο επαγγελματισμό μεταξύ των δικαστών και των εισαγγελέων είναι μερικές από τις προκλήσεις που αντιμετωπίζουν τα δικαστήρια της πΓΔΜ, που πρέπει να εναρμονιστούν στα πρότυπα της ΕΕ ως μέρος των ενταξιακών προσπαθειών της χώρας.
Pavarësia e papërshtatshme prej autoriteteve legjislative dhe ekezekutive, procedime gjyqësore jo të efektshme dhe gjyqe të zvarritur, një ngarkesë e tepërt e çështjeve dhe nevoja për më shumë profesionalizëm mes gjyqtarëve dhe prokurorëve janë disa prej sfidave me të cilat përballet gjyqësori maqedonas, të cilat duhet të harmonizohen me standartet e BE-së si pjesë e përpjekjeve të vendit drejt pranimit në të.