Οι επικριτές του πρωτοκόλλου υποστηρίζουν ότι επειδή αρκετοί πολίτες της Β-Ε βρίσκονται υπό έρευνα σύμφωνα με εντολές που έχουν εκδοθεί από τη σερβική υπηρεσία, οι διαδικασίες ενδέχεται να θέσουν σε κίνδυνο τη συμφιλίωση στην περιοχή.
Критичарите тврдат дека поради тоа што неколку државјани на БиХ се под истрага, по наредба на српската канцеларија, судските постапки може да го загрозат помирувањето во регионот.