Το 1995, το ICTY εξέδωσε κοινό κατηγορητήριο εναντίον του Κάραζιτς και του στρατιωτικού διοικητή του, Ράτκο Μλάντιτς, κατηγορώντας τους για εγκλήματα πολέμου, για το φερόμενο ρόλο τους σε διάφορες αγριότητες κατά τη διάρκεια του πολέμου 1992-1995 στη Βοσνία και Ερζεγοβίνη (Β-Ε).
Во 1995 година МКТЈ издаде заедничко обвинение за воени злосторства против КараYиќ и неговиот главен воен командант, Ратко Младиќ, во кое тие се обвинуваат за нивните наводни улоги во злосторствата за време на војната во Босна и Херцеговина (БиХ) од 1992 до 1995 година.