Μαζί με τον Αντισυνταγματάρχη Ντράγκαν Ιόκιτς, ο Μπλαγκόιεβιτς αντιμετωπίζει κατηγορίες συνενοχής σε γενοκτονία, εγκλήματα κατά της ανθρωπότητας και παραβιάσεις των νόμων και θεσμών του πολέμου.
Заедно со потполковник Драган Џокиќ, Благојевиќ е обвинет за соучество во вршеое геноцид, злосторства против човештвото и прекршуваое на законите и обичаите при водеое војна.