Ο Μπάμπιτς κατηγορήθηκε από το Διεθνές Ποινικό Δικαστήριο για την πρώην Γιουγκοσλαβία (ICTY) το Νοέμβριο του 2003, κατηγορούμενος για εγκλήματα κατά της ανθρωπότητας, για πολιτικές, φυλετικές και θρησκευτικές διώξεις και τέσσερις κατηγορίες για παραβιάσεις νόμων ή θεσμών του πολέμου, συμπεριλαμβανομένης της δολοφονίας, βάναυσης μεταχείρισης, απρόκλητη ή στρατιωτικά περιττής καταστροφής χωριών και καταστροφή ή πρόκληση ζημιών σε εκπαιδευτικά και θρησκευτικά ιδρύματα.
Бабиќ беше обвинет од страна на Меfународниот кривичен трибунал за поранешна Југославија (МКТЈ) во ноември 2003 година, за злосторства против човештвото за прогоните врз политичка, расна и верска основа, како и по четири други точки на прекршуваое на законите и обичаите на водеое војна, меfу кои и убиство, суров третман, намерно или воено непотребно уништуваое на села и уништуваое или оштетуваое на образовни и верски институции.