Σύμφωνα με τους εισαγγελείς του δικαστηρίου, ο Γκοτόβινα -- ενεργώντας ατομικά και σε συνεργία με άλλους, περιλαμβανομένων και των Ιβάν Σέρμακ, Μλάντεν Μάρκατς και τον πρώην κροάτη πρόεδρο Φράνιο Τούντζμαν -- συμμετείχαν σε κοινή εγκληματική επιχείρησης κοινός σκοπός της οποίας ήταν η μόνιμη και δια βίας απομάκρυνση του σερβικού πληθυσμού από την περιοχή της Κράινα.
Според обвинителите на ОН, Готовина -- дејствувајќи индивидуално или во координација со други, вклучително и Иван Чермак, Младен Маркач и поранешниот хрватски претседател Фрањо Туѓман -- учествувал во заедничко криминално дејствување чија цел била присилно и трајно отстранување на српското население од регионот Краина.