Ο Μιλουτίνοβιτς, μαζί με άλλους τέσσερις πρώην κορυφαίους γιουγκοσλάβους αξιωματούχους, συμπεριλαμβανομένου του Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς, παραπέμφθηκε για φρικαλεότητες που φέρεται να διαπράχθηκαν κατά τη διάρκεια της διαμάχης του 1998-1999 στο Κοσσυφοπέδιο.
Mилутиновиќ, заедно со уште четири други поранешни високи официјални лица, вклучувајќи го Слободан Милошевиќ, беше обвинет за злосторства наводно извршени за време на конфликтите 1998-1999 во Косово.