Οι αρχές πιστεύουν ότι η JSO, υπό την ηγεσία του, διαδραμάτισε καίριο ρόλο στην απαγωγή και δολοφονία του πρώην σέρβου προέδρου Ιβάν Στάμπολιτς τον Αύγουστο του 2000, την οποία φέρεται να διέταξε η Μάρκοβιτς.
Властите сметаат дека ЈСО, под негова команда, била извршители на киднапираоето и убиството на поранешниот српски претседател Иван Стамболиќ во август 2000 година, за кое како нарачател е осомничена Мирјана Марковиќ.