Μερικοί αισθάνονται πως το Πρωτόκολλο θα μπορούσε να θέσει τους εισαγγελείς της Β-Ε σε μειονεκτική θέση, καθιστώντας τους -- στην πραγματικότητα -- παράρτημα της εισαγγελίας της Σερβίας.
Некои сметаат дека протоколот може да ги стави обвинителите на БиХ во подредена позиција, правејќи ги -- всушност -- огранок на српското обвинителство.