Η εδώ και δεκαετίες διχοτόμηση της Κύπρου αποτελεί το μεγαλύτερο πρόβλημα στην ενίσχυση της συνεργασίας, ενώ έχει επίσης πλήξει την προσπάθεια ένταξης της Τουρκίας στην ΕΕ.
Неколкудецениската поделба на Кипар претставува најголема пречка за зајакнување на соработката, и исто така влијае на кандидатурата на Турција за влез во ЕУ.