Κατηγορείτο για 66 εγκλήματα πολέμου, εγκλήματα κατά της ανθρωπότητας και παραβίαση των νόμων ή θεσμών του πολέμου, σε τρία ξεχωριστά κατηγορητήρια, αναφερόμενα στο ρόλο του στις συγκρούσεις στη Βοσνία και Ερζεγοβίνη (Β-Ε), στην Κροατία και στο Κοσσυφοπέδιο.
Тој беше обвинет по 66 точки за воени злосторства, злосторства против човештвото, кршење на законите или обичаите на војувањето, содржани во три одделни обвиненија, а во врска со неговата улога во конфликтите во Босна и Херцеговина (БиХ), Хрватска и Косово.