Επιβραδύνθηκε επίσης η πρόοδος πολιτικών και οικονομικών μεταρρυθμίσεων λόγω του πολέμου του 1999 στο Κοσσυφοπέδιο, κατά τη διάρκεια του οποίου η πΓΔΜ περιμάζεψε εκατοντάδες χιλιάδες Αλβανούς πρόσφυγες του Κοσσυφοπεδίου.
Напредокот на политичките и економските реформи беше забавен и со косовската војна во 1999 година, за време на која Македонија прими стотици илјадници бегалци од косовските Албанци.