Ωστόσο, κάποιοι ΜΚΟ, καθώς και οικογένειες των αγνοουμένων, θεωρούν τη δημιουργία του ενιαίου ιδρύματος αγνοουμένων προέκταση της εθνικιστικής πολιτικής της Β-Ε.
Сепак, некои невладини организации, вклучувајќи ги и семејствата на исчезнатите, гледаат на формирањето на единствениот институт за исчезнати лица како на проширување на етничката политика на БиХ.