Στο πλαίσιο της αμυντικής μεταρρύθμισης του 2003, η Β-Ε διαθέτει ένα υπουργείο Άμυνας κρατικού επιπέδου και ένα για κάθε μια από τις δυο οντότητες της Β-Ε -- RS και Ομοσπονδία της Β-Ε (FBiH).
Со одбранбените реформи од 2003 година БиХ има едно министерство за одбрана на државно ниво и по едно за двата ентитета во БиХ - РС и Федерацијата на БиХ (ФБиХ).