Αργότερα, ο Στάμπολιτς επέκρινε την πολιτική του Μιλόσεβιτς κατά τη διάρκεια των Βαλκανικών πολέμων κατά τη δεκαετία του 1990.
Подоцна, Стамболиќ ја критикуваше политиката на Милошевиќ за време на балканските војни во 1990-тите години.