Το νομοσχέδιο ορίζει επίσης ότι τα πανεπιστήμια θα είναι αυτόνομα επιστημονικά, διοικητικά και οικονομικά, και ότι το νέο συντονιστικό συμβούλιο ανώτερης εκπαίδευσης θα είναι υπεύθυνο για τις πειθαρχικές ποινές στα πανεπιστήμια.
Нацрт-законот, исто така, предвидува универзитетите да бидат автономни во научен, административен и финансиски поглед, како и дека новиот координативен одбор за високото образование ќе биде одговорен за дисциплинските казни во универзитетите.