Ο Κλαρκ διοίκησε τις δυνάμεις του ΝΑΤΟ κατά τη διάρκεια της Συμμαχικής αποστολής 78 ημερών το 1999, η οποία έδωσε τέλος στην εκστρατεία του καθεστώτος Μιλόσεβιτς για εθνική κάθαρση στο Κοσσυφοπέδιο.
Кларк командуваше со силите на НАТО за време на 78-дневната акција на Алијансата во 1999 година, која стави крај на кампаоата на етничко чистеое во Косово спроведувана од страна на режимот на Милошевиќ.