Η CEI συνεργάζεται με διεθνείς οργανισμούς και ιδρύματα όπως ο Οργανισμός Οικονομικής Συνεργασίας και Ανάπτυξης, του Συμβουλίου της Ευρώπης, ο ΟΑΣΕ, η Ευρωπαϊκή Τράπεζα Ανασυγκρότησης και Ανάπτυξης και η Παγκόσμια Τράπεζα, καθώς επίσης διάφορες περιφερειακές δομές, όπως η Πρωτοβουλία Αδριατικής-Ιονίου, η Διαδικασία Συνεργασίας Δούναβη και το Σύμφωνο Σταθερότητας.
ЦЕИ соработува со меѓународни организации и институции, како што се: Организацијата за економска соработка и развој, Советот на Европа, ОБСЕ, Европската банка за реконструкција и развој и Светската банка, и различни регионални структури, како што се: Јадранско-јонската иницијатива, Дунавскиот процес на соработка и Пактот на стабилност.