Ο Γκοτόβινα κρύβεται από τον Ιούνιο του 2001, λίγες εβδομάδες από τη στιγμή που του ασκήθηκαν κατηγορίες από το ICTY για το φερόμενο ρόλο του σε εγκλήματα πολέμου τα οποία διαπράχθηκαν από στρατεύματα της διοίκησή τους το 1995, συμπεριλαμβανομένης της δολοφονίας τουλάχιστον 150 Σέρβων της Κράινα.
Готовина се наоѓа во бегство од јуни 2001 година, неколку недели откако МКТЈ го обвини за наводната улога во воените злосторства извршени од страна на војниците под негова команда во 1995 година, меѓу кои и убиства на најмалку 150 Срби од Краина.