Ένα από τα πλέον ακανθώδη θέματα στην ατζέντα της Λισαβόνας είναι το σχέδιο ανάπτυξης συστήματος πυραυλικής προστασίας για την προστασία όλων των χωρών της Συμμαχίας από πιθανές απειλές.
Едно од најтрновитите прашања на дневен ред во Лисабон е планот да се развие систем за ракетна одбрана за заштита на сите земји од Алијансата од потенцијалните закани.