Διορισθείς από το Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς, ο Πάβκοβιτς ηγήθηκε των σερβικών δυνάμεων κατά τη διάρκεια των επιχειρήσεων την περίοδο 1998-1999 στο Κοσσυφοπέδιο και διατήρησε τη θέση του ως αρχηγός του στρατού έως τα τέλη Ιουλίου του 2002.
Наименуван од Слободан Милошевиќ, Павковиќ ги предводеше српските сили за време на кампаоата на Косово во 1998-1999 година и го задржа своето место началник на Генералштабот сé до крајот на јуни 2002 година.