Παρά τις καλές γενικές σχέσεις μεταξύ Σερβίας και πΓΔΜ, οι δυο χώρες εξακολουθούν να επιβαρύνονται από τη μη αναγνώριση της Ορθόδοξης Εκκλησίας της πΓΔΜ από τη Σερβική Ορθόδοξη Εκκλησία.
И покрај добрите севкупни односи меѓу Србија и Македонија, двете земји се сé уште оптоварени со непризнавањето на Македонската православна црква од страна на Српската православна црква.