Η Τουρκία έχει επίσης απογοητευθεί από το γεγονός ότι εξαιρέθηκε από τη διοίκηση και τις ελεγκτικές δομές των επιχειρήσεων που ηγείται η ΕΕ, οι οποίες λαμβάνουν χώρα στο πλαίσιο συνεργασίας μεταξύ ΝΑΤΟ και ΕΕ, αν και έχει πραγματοποιήσει σημαντικές συμβολές.
Tурција се лути и поради тоа што е исклучена од командните и контролните структури во операциите предводени од ЕУ, кои се реализираат во рамките на соработката НАТО-ЕУ, дури и покрај тоа што постигна значаен придонес.