Ο Κάραζιτς, μαζί με τον στρατιωτικό διοικητή του εν καιρώ πολέμου, Ράτκο Μλάντιτς, εξαφανίστηκαν αρκετούς μήνες μετά την έκδοση αρχικού κατηγορητηρίου εναντίον τους το 1995 από το Διεθνές Ποινικό Δικαστήριο για την πρώην Γιουγκοσλαβία.
Караџиќ, заедно со неговиот воен командант Ратко Младиќ исчезнаа неколку месеци откако Меѓународниот кривичен трибунал за поранешна Југославија (МКТЈ) ги издаде првичните обвиненија против нив во 1995 година.