Κατόπιν, ο Κοστούνιτσα διετέλεσε πρόεδρος της Ομοσπονδιακής Δημοκρατίας της Γιουγκοσλαβίας και αργότερα, μεταξύ 2004 και 2008, κατέλαβε το αξίωμα του Σέρβου πρωθυπουργού.
Коштуница тогаш стана претседател на Федеративната Република Југославија, и подоцна, меѓу 2004 и 2008 година, дојде на функцијата премиер на Србија.