Οι υπήκοοι της πΓΔΜ υπέστησαν αντίποινα καθώς ολοκληρωνόταν ο εμφύλιος πόλεμος στην Ελλάδα, με τη νικηφόρα κυβέρνηση να τους κατηγορεί ότι είχαν πάρει το μέρος των ηττημένων κομμουνιστών, ανταρτών, με στόχο ένα δικό τους αυτόνομο κράτος.
Етничките Македонци трпеа репресалии на крајот од граѓанската војна во Грција, при што победничката власт ги обвини дека застанале на станата на поразените комунистички партизани и се залагале за сопствена автономна држава.