Όταν ξέσπασε η ένοπλη σύγκρουση με τη Σερβία το 1998, ο Ρουγκόβα εκτοπίστηκε από τον επαναστατικό Απελευθερωτικό Στρατό του Κοσσυφοπεδίου, καθώς αρκετοί Αλβανοί τον θεώρησαν πολύ παθητικό.
Кога изби вооружениот конфликт со Србија во 1998 година Ругова застана на страната на бунтовничката Ослободителна војска на Косово, бидејќи многумина етнички Албанци го сметаа за премногу пасивен.