Ένας άλλος τομέας όπου ήδη ενέκυψαν δυσκολίες κατά τη διαδικασία ελέγχου αφορά στην εναρμόνιση του τελωνειακού καθεστώτος της Κροατίας με το κοινοτικό κεκτημένο.
Друга сфера каде веќе се појавија проблеми за време на процесот на тестирање е усогласувањето на царинскиот режим на Хрватска со acquis communitaire.