Ο Γκοτόβινα, ο οποίος μαζί με τους Σερβοβόσνιους ηγέτες εν καιρώ πολέμου Ράντοβαν Κάραζιτς και Ράτκο Μλάντιτς αποτελούν τους σημαντικότερους καταζητούμενους του δικαστηρίου του ΟΗΕ, παραπέμφθηκε τον Ιούνιο του 2001.
Готовина, кој заедно со воените водачи на босанските Срби, Радован Караџиќ и Ратко Младиќ, се наоѓа на врвот од листата на најбарани обвинети од страна на Трибуналот на ОН, беше обвинет во јуни 2001 година.