Ορισμένοι θεωρούν την υπόθεση Εργκένεκον ως πολιτικά υποκινούμενη υπόθεση που υποστηρίζεται από το AKP για να αποδυναμώσει τους κοσμικούς συνδέοντάς τους με τον εξτρεμισμό.
Некои сметаат дека Ергенекон е политички мотивиран случај поддржан од АКП за заслабнување на секуларистите преку нивно поврзување со екстремизмот.