Τα υπουργεία Άμυνας της οντότητας θα διατηρήσουν μόνο μια διοικητική ιεραρχία για λόγους στρατολόγησης και διοικητικής μέριμνας, ενώ η λειτουργική ιεραρχία θα ιδρυθεί μέσω του κοινού προσωπικού και την υπαγόμενη λειτουργική διοίκηση.
Министерствата за одбрана на ентитетот ќе останат единствениот административен ланец на командата за регрутираое и логистички цели, додека оперативниот ланец на командата ќе биде воспоставен преку заедничкиот генералштаб и подредените оперативни команди.