Ο Κουστουρίτσα έχει τιμηθεί με δυο βραβεία Χρυσού Φοίνικα για τις ταινίες τους "Ο Μπαμπάς Λείπει σε Ταξίδι για Δουλειές" (1985) και "Underground" (1995), καθώς και με το Βραβείο Σκηνοθεσίας για την ταινία "Ο Καιρός των Τσιγγάνων" (1989).
Кустурица е добитник на две Златни палми за неговите филмови „Татко на службено патување“ (1985) и „Подземје“ (1995), како и на наградата за најдобар режисер за филмот „Дом за бесење“ (1989).