Ο Μιλουτίνοβιτς παραπέμφθηκε μαζί με το Μιλόσεβιτς και τρεις άλλους πρώην κορυφαίους αξιωματούχους της Σερβίας ως μέλος της κοινής εγκληματικής επιχείρησης για την εκδίωξη σημαντικού μέρους του αλβανικού πληθυσμού από το Κοσσυφοπέδιο, ώστε να διασφαλιστεί η συνέχιση της σερβικής κυριαρχίας στην επαρχία.
Покрај Милошевиќ и тројца други поранешни српски официјални лица од највисок ранг, беше поднесена тужба и против Милутиновиќ, под обвинение дека е дел од заедничкиот криминален потфат за протеруваое на значителен дел од албанското население од Косово, за да се обезбеди континуирана српска контрола над провинцијата.