Οι χώρες της Νοτιοανατολικής Ευρώπης κληρονόμησαν πολλά διαρθρωτικά προβλήματα στον τομέα, συμπεριλαμβανομένης μιας γενικά απαρχαιωμένης υποδομής ερευνών και τεχνολογίας και το θάνατο της βιομηχανικής ζήτησης για εφαρμοσμένες έρευνες, σε συνδυασμό με τις χαμηλές δαπάνες για έρευνα και ανάπτυξη από επιχειρήσεις, τη φυγή εγκεφάλων, τον κατακερματισμό του ερευνητικού συστήματος και την έλλειψη συσχετισμού μεταξύ του κλάδου βιομηχανίας και του κλάδου ερευνών.
Земјите од Југоисточна Европа наследија многу структурни проблеми во оваа област, вклучително и во голема мера застарената истражувачка и технолошка инфраструктура и недостатокот на индустриска побарувачка за применето истражување, во комбинација со ниските истражувачки и развојни инвестирања од страна на бизнисмените, одливот на мозоци, поделеноста на истражувачкиот систем и недостатокот на поврзаност помеѓу индустрискиот и истражувачкиот сектор.