Από το Φεβρουάριο μέχρι τον Απρίλη του 1992, ο Γκοτόβινα διατελούσε υποδιοικητής της Ειδικής Μονάδας του Βασικού Επιτελείου Στρατού της Κροατίας, ενώ στη συνέχεια ανέλαβε εξάμηνη αποστολή στο Αμυντικό Συμβούλιο της Κροατίας.
Од февруари до април 1992 година Готовина беше заменик-командант на Специјалната единица на Главниот штаб на хрватската армија, по што следеше и шестмесечната функција во Хрватскиот совет за одбрана.