Το θέμα των μουζαχαντίν είναι πολύ ευαίσθητο στην Β&Ε εάν ληφθούν υπόψη οι αυξημένοι φόβοι μετά τις επιθέσεις της 11ης Σεπτεμβρίου 2001, στις Ηνωμένες Πολιτείες, ότι ορισμένοι από τους άνδρες που παρέμειναν στη Β&Ε μετά τον πόλεμο ενδεχομένως να συμμετέχουν σε τρομοκρατικές ομάδες.
Темата за муџахедините е многу деликатна во БиХ, со оглед на зголемените стравувања, по терористичките напади на Соединетите Американски Држави од 11-ти септември 2001-та година, дека некои од луѓето кои останаа во БиХ по војната би можеле да се инволвирани во терористички групи.