Ανεπαρκής ανεξαρτησία από τη νομοθετική και εκτελεστική εξουσία, αναποτελεσματικές δικαστικές διαδικασίες και αναβολές δικών, καθυστερημένες υποθέσεις και η ανάγκη για περισσότερο επαγγελματισμό μεταξύ των δικαστών και των εισαγγελέων είναι μερικές από τις προκλήσεις που αντιμετωπίζουν τα δικαστήρια της πΓΔΜ, που πρέπει να εναρμονιστούν στα πρότυπα της ΕΕ ως μέρος των ενταξιακών προσπαθειών της χώρας.
Недоволна независност од законодавната и извршната власт, неефикасни судски постапки и оддолжувани судења, заостанати случаи и потреба од поголем професионализам кај судиите и обвинителите се некои од предизвиците со кои се соочува македонското судство, кое мора да биде усогласено со европските стандарди како дел од напорите на земјата за членство.