Покрај Милошевиќ и тројца други поранешни српски официјални лица од највисок ранг, беше поднесена тужба и против Милутиновиќ, под обвинение дека е дел од заедничкиот криминален потфат за протеруваое на значителен дел од албанското население од Косово, за да се обезбеди континуирана српска контрола над провинцијата.
Milutinović je optužen zajedno sa Miloševićem i još trojicom bivših visokih srpskih zvaničnika kao učesnik kriminalnog udruživanja u cilju proterivanja znatnog broja albanskih stanovnika sa Kosova da bi se osigurala srpska kontrola nad pokrajinom.