Како последен од поранешните соработници на Слободан Милошевиќ кој се наоfаше на највисоката функција по смената на поранешниот југословенски водач во октомври 2000 година, Милутиновиќ во моментов се наоfа во притвор во Трибуналот на ОН во Хаг за воени злосторства, во очекуваое на судскиот процес за неговата наводна вмешаност во злосторствата за време на конфликтот 1998-1999 година во Косово.
Jedini saradnik Slobodana Miloševića koji je ostao na visokoj funkciji posle zbacivanja sa vlasti bivšeg jugoslovenskog lidera u oktobru 2000. godine, Milutinović se trenutno nalazi u pritvoru Haškog suda za ratne zločine, gde čeka početak suđenja zbog navodne umešanosti u zločine počinjene tokom sukoba na Kosovu 1998-1999.