Караџиќ, заедно со неговиот воен командант Ратко Младиќ исчезнаа неколку месеци откако Меѓународниот кривичен трибунал за поранешна Југославија (МКТЈ) ги издаде првичните обвиненија против нив во 1995 година.
Karadžić je, kao i njegov bivši vojni komandant, Ratko Mladić, nestao nekoliko meseci nakon što je Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) 1995. godine podigao prve optužnice protiv njih.