Завахири, чија ЕИЏ се вели дека се спои со Ал каеда во 1998 година, исто така се верува дека е еден од главните организатори на самоубиствениот бомбашки напад на УСС Кол покрај брегот на Јемен во 2000 година, и „мозокот“ на нападите во Соединетите Држави на 11-ти септември.
Zavahiri, čiji se EIJ, kako se misli, spojio sa Al Kaidom 1998, takođe je, veruje se, jedan od glavnih planera samoubilačkog bombaškog napada na američki razarač US Kol kod obale Jemena 2000. godine i „mozak“ koji stoji iza napada 11. septembra u Sjedinjenim Državama.