Mилутиновиќ, заедно со уште четири други поранешни високи официјални лица, вклучувајќи го Слободан Милошевиќ, беше обвинет за злосторства наводно извршени за време на конфликтите 1998-1999 во Косово.
Zajedno sa još četvoricom bivših visokih jugoslovenskih zvaničnika, uključujući i Slobodana Miloševića, Milutinović je optužen zbog zločina navodno počinjenih tokom rata na Kosovu 1998-1999.