Караџиќ, кој имал како формална, така и де факто власт и контрола над силите на босанските Срби и сите власти на СДС и владата, беше исто така обвинет и во врска со убиствата од јули 1995 година на околу 8.000 мажи и момчиња од босанските муслимани, фатени на неколку локации во и околу прогласената од ОН „безбедна област“ на Сребреница.
Karadžić, koji je obavljao i formalnu i de facto nadležnost i kontrolu nad snagama bosanskih Srba i svim službama SDS-a i vlade, takođe je optužen u vezi sa ubistvom oko 8.000 muškaraca i dečaka, bosanskih Muslimana, u julu 1995, zarobljenih na nekoliko različitih lokacija u "zaštićenoj zoni" UN-a, Srebrenici i njenoj okolini.