Тој започна да се крие во јуни 2001 година, неколку недели откако МКТЈ го обвини во врска со операцијата спроведена од страна на силите под негова команда кон крајот на конфликтот 1991-1995 година во Хрватска.
Gotovina je u bekstvu od juna 2001. godine, nekoliko nedelja nakon što je MKSJ podigao optužnicu protiv njega u vezi sa operacijom koju su pred kraj sukoba u Hrvatskoj koji je trajao od 1991. do 1995. izvršile snage pod njegovom komandom.