Еден од тројцата најбарани обвинети од страна на Трибуналот, тој почна да се крие во 2001 година, набргу откако обвинителите на ОН го обвинија за воени злосторства во врска со неговата улога во убиствата на 150 Срби од Краина и протерување на 150.000 други при крајот на конфликтот во Хрватска од 1991 до 1995 година.
Gotovina, jedan od najtraženijih optuženika tribunala, u bekstvu je od sredine 2001. godine, neposredno nakon što su tužioci Haškog tribunala podigli optužnicu protiv njega zbog navodne uloge u ubistvu 150 krajiških Srba i proterivanju još 150.000 krajem sukoba u Hrvatskoj (1991-1995).