Спроведувањето на истрагата против Ергенекон, која вклучуваше и апсење на осомничени пред да се претстави каков било јасен доказ и нивно пролонгирано задржување во затвор пред судењето, беше критикувано од страна на секуларните и националистичките медиуми.
Sprovođenje istrage Ergenekona, koja je uključivala i pritvaranje osumnjičenih pre predstavljanja bilo kakvih jasnih dokaza i dugo držanje u zatvoru pre suđenja, naišla je na velike kritike sekularnih i nacionalističkih medija.