Напредокот на политичките и економските реформи беше забавен и со косовската војна во 1999 година, за време на која Македонија прими стотици илјадници бегалци од косовските Албанци.
Napredak političkih i ekonomskih reformi takođe je usporen ratom na Kosovu 1999. godine, tokom kojeg je Makedonija prihvatila stotine hiljada izbeglih kosovskih Albanaca.