Бабиќ беше обвинет од страна на Меfународниот кривичен трибунал за поранешна Југославија (МКТЈ) во ноември 2003 година, за злосторства против човештвото за прогоните врз политичка, расна и верска основа, како и по четири други точки на прекршуваое на законите и обичаите на водеое војна, меfу кои и убиство, суров третман, намерно или воено непотребно уништуваое на села и уништуваое или оштетуваое на образовни и верски институции.
Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) je u novembru 2003. godine podigao optužnicu protiv Babića koja uključuje jednu tačku za zločine protiv čovečnosti, zbog progona na političkoj, rasnoj i verskoj osnovi, i četiri tačke koje ga terete za kršenja pravila i običaja rata, uključujući ubistva, okrutno postupanje, bezobzirno ili vojno neopravdano razaranje sela i uništavanje ili ostećivanje obrazovnih ili verskih institucija.