Обвинението на МКТЈ против него го товари Рајиќ за командуваое со оперативната група на Хрватскиот одбранбен совет (ХВО), вооружени сили на самопрогласената Хрватска заедница во Херцег-Босна, како и дека на 23-ти октомври 1993 година единиците, под негова команда, го нападнале и го разрушиле Ступни Дол.
U optužnici Haškog tribunala navodi se da je Rajić komandovao operativnom grupom Hrvatskog vijeća obrane (HVO), oružanih snaga samoproklamovane hrvatske zajednice Herceg-Bosna i da je 23. oktobra 1993. godine jedinica pod njegovom komandom napala i uništila selo Stupni Dol.