Ковачевиќ беше осомничен во 2001 година заедно со уште тројца други офицери -- генералот на југословенската армија Павле Стругар, пензионираниот вице-адмирал Миодраг Џокиќ и морнаричкиот вице-адмирал Милан Зец -- за убиваое цивили и за уништуваоето направено во историскиот град.
Protiv Kovačevića je 2001. godine podignuta optužnica zajedno sa još tri oficira -- generalom jugoslovenske armije Pavlom Strugarom, penzionisanim viceadmiralom Miodragom Jokićem i mornaričkim viceadmiralom Miodragom Zecom -- zbog ubistva civila i štete nanete istorijskom gradu.