Готовина беше еден од најбараните бегалци обвинети за воени злосторства од балканските конфликти во 1990-тите, заедно со поранешниот водач на босанските Срби Радован Караџиќ и неговиот воен командант, Ратко Младиќ.
Gotovina je bio jedan od tri najtraženija odbegla optuženika za ratne zločine iz balkanskih sukoba devedesetih, zajedno sa bivšim liderom bosanskih Srba Radovanom Karadžićem i njegovim vojnim komandantom Ratkom Mladićem.