Караџиќ, заедно со неговиот воен командант Ратко Младиќ, е обвинет од страна на Меѓународниот кривичен трибунал за поранешна Југославија (МКТЈ).
Karadžić je, zajedno sa svojim vojnim komandantom Ratkom Mladićem, optužen od strane Međunarodnog krivičnog suda za bivšu Jugoslaviju (MKSJ).