Некои сметаат дека протоколот може да ги стави обвинителите на БиХ во подредена позиција, правејќи ги -- всушност -- огранок на српското обвинителство.
Neki smatraju da bi protokol mogao da dovede Tužilaštvo BiH u inferioran položaj i, u stvari, napravi od njega ogranak srpskog tužilaštva.