По повторната победа на неговата партија на изборите во октомври 2004 година, тој во декември истата година беше по вторпат избран за претседател и уште повеќе го засили својот повик за независност на Косово од Србија.
Nakon što je njegova stranka na izborima u oktobru 2004. godine ponovo odnela pobedu, Rugova je u decembru iste godine dobio drugi predsednički mandat i udvostručio svoje pozive za nezavisnost Kosova od Srbije.