Готовина беше еден од тројцата најбарани бегалци обвинети за воени злосторства од балканските конфликти во 1990-тите, заедно со поранешниот водач на босанските Срби Радован Караџиќ и неговиот воен командант, Ратко Младиќ.
Gotovina je bio jedan od trojice najtraženijih begunaca optuženih za ratne zločine počinjene tokom sukoba na Balkanu devedesetih godina, zajedno sa bivšim liderom bosanskih Srba Radovanom Karadžićem i njegovim vojnim komandantom Ratkom Mladićem.