Како поранешен командант на Ослободителната војска на Косово, Чеку се бореше и со хрватската армија за време на распадот на поранешна Југославија во текот на 1990-тите.
Një ish komandant i Ushtrisë Çlirimtare të Kosovës, Çeku luftoi gjithashtu me ushtrinë kroate gjatë shpërbërjes së ish Jugosllavisë gjatë viteve 1990.