Некои сметаат дека протоколот може да ги стави обвинителите на БиХ во подредена позиција, правејќи ги -- всушност -- огранок на српското обвинителство.
Disa mendojnë se protokolli mund t'i vendosë prokurorët e BiH-së në një pozitë inferiore, duke i bërë ata -- efektivisht -- një degë të zyrës së prokurorisë serbe.