Заедно со својот поранешен воен командант, Ратко Младиќ, и пензионираниот хрватски генерал, Анте Готовина, Караџиќ се наоѓа на врвот на листата на МКТЈ за најбарани обвинети.
Së bashku me ish-komandantin ushtarak të tij, Ratko Mlladiç dhe Gjeneralin kroat në pension Ante Gotovina, Karaxhiç është në krye të listës së të paditurve më të kërkuar të ICTY-t.