Готовина беше еден од најбараните бегалци обвинети за воени злосторства од балканските конфликти во 1990-тите, заедно со поранешниот водач на босанските Срби Радован Караџиќ и неговиот воен командант, Ратко Младиќ.
Gotovina ishte një nga tre më të kërkuarit të arratisur për krime lufte nga konfliktet e Ballkanit në vitet 1990, së bashku me ish kreun serb boshnjak Radovan Karaxhiç dhe komandantin e tij ushtarak Ratko Mlladiç.