Од февруари до април 1992 година Готовина е заменик-командант на Специјалната единица на Генералштабот на хрватската армија, по што добил шестмесечен ангажман во хрватскиот Совет за одбрана.
Nga shkurti në prill të 1992, Gotovina ishte nënkomandant i njësisë së posaçme të shtabit kryesor të ushtrisë kroate, duke marrë pas kësaj një detyrë gjashtë mujore në Këshillin Kroat të Mbrojtjes.