ЦЕИ соработува со меѓународни организации и институции, како што се: Организацијата за економска соработка и развој, Советот на Европа, ОБСЕ, Европската банка за реконструкција и развој и Светската банка, и различни регионални структури, како што се: Јадранско-јонската иницијатива, Дунавскиот процес на соработка и Пактот на стабилност.
CEI bashkëpunon me organizata dhe institucione ndërkombëtare të tilla si Organizata për Bashkëpunimin Ekonomik dhe Zhvillimin, Këshilli i Evropës, OSBE, Banka Evropiane për Rindërtimin e Zhvillimin dhe Banka Botërore si dhe me struktura të ndryshme rajonale si Nisma Adriatiko-Ioniane, Procesi i Bashkëpunimit i Danubit dhe Pakti i Stabilitetit.