Спроведувањето на истрагата против Ергенекон, која вклучуваше и апсење на осомничени пред да се претстави каков било јасен доказ и нивно пролонгирано задржување во затвор пред судењето, беше критикувано од страна на секуларните и националистичките медиуми.
Kryerja e hetimit të Ergenekon, që përfshiu paraburgimin e të dyshuarve para paraqitjes së ndonjë prove të qartë dhe burgosja e tyre e zgjatur përpara gjyqit, morën kritika të përhapura gjerësisht nga media sekulare e nacionaliste.