Напредокот на политичките и економските реформи беше забавен и со косовската војна во 1999 година, за време на која Македонија прими стотици илјадници бегалци од косовските Албанци.
Përparimi i reformave politike dhe ekonomike u ngadalësua gjithashtu nga lufta e Kosovës më 1999, gjatë të cilës Maqedonia pati qindra mijëra refugjatë shqiptarët të Kosovës.