Од февруари до април 1992 година Готовина беше заменик-командант на Специјалната единица на Главниот штаб на хрватската армија, по што следеше и шестмесечната функција во Хрватскиот совет за одбрана.
Nga shkurti në prill të vitit 1992, Gotovina ishte nënkomandant i njësisë speciale të shtabit kryesor të ushtrisë kroate, pastaj mori për gjashtë muaj një emërim në Këshillin Kroat të Mbrojtjes.