Mилутиновиќ, заедно со уште четири други поранешни високи официјални лица, вклучувајќи го Слободан Милошевиќ, беше обвинет за злосторства наводно извршени за време на конфликтите 1998-1999 во Косово.
Milutinoviç, së bashku me katër ish-zyrtarë të tjerë të lartë jugosllavë, përfshirë Sllobodan Millosheviç, u padit për mizori që dyshohet se janë kryer gjatë konfliktit të viteve 1998-1999 në Kosovë.