Караџиќ, заедно со неговиот воен командант Ратко Младиќ исчезнаа неколку месеци откако Меѓународниот кривичен трибунал за поранешна Југославија (МКТЈ) ги издаде првичните обвиненија против нив во 1995 година.
Karaxhiç, së bashku me komandantin e tij ushtarak të luftës, Ratko Mlladiç u zhdukën disa muaj pasi Gjykata Penale Ndërkombëtare për ish Jugosllavinë (ICTY) lëshoi paditë fillestare kundër tyre në 1995.