On se pridružio Nacionalnom gardijskom korpusu kao šef operacija i obuke svoje 1. brigade. Od februara do aprila 1992, Gotovina je bio zamjenik komandanta Specijalne jedinice Glavnog štaba Hrvatske vojske, nakon toga preuzevši šestomjesečni zadatak u Hrvatskom vijeću odbrane.
S-a alăturat Gărzii Naţionale, în calitate de şef de operaţiuni şi ca instructor al Brigadei I. Din februarie până în aprilie 1992, Gotovina a fost comandant adjunct al Unităţii Speciale a Statului Major al Armatei Croate, după care a preluat o misiune de şase luni în cadrul Consiliului de Apărare Croat.