Neki smatraju da je Ergenekon politički motiviran slučaj koji AKP podržava u cilju slabljenja sekularista, njihovim povezivanjem za ekstremizam.
Unele voci consideră Ergenekon ca fiind un caz cu substrat politic, conceput de AKP pentru a slăbi seculariștii, asociindu-i cu mișcările extremiste.