Napredovanje političkih i ekonomskih reformi također je usporeno ratom na Kosovu 1999. godine, tokom kog je Makedonija primila na stotine hiljada izbjeglica-kosovskih Albanaca.
Progresul reformelor politice şi economice a fost de asemenea încetinit de războiul din Kosovo din 1999, în timpul căruia Macedonia a acceptat sute de mii de refugiaţi albanezi kosovari.