Prema zajedničkoj optužnici, Mrkšić je bio komandant 1. Gardijske motorizirane brigade JNA, koja je snosila osnovnu odgovornost za tromjesečnu opsadu Vukovara, koja je dovela do njegovog konačnog pada u novembru 1991.
Potrivit inculpării comune, Mrksic a fost comandantul Brigăzii a I-a Motorizate de Gardă a JNA, care poartă responsabilitatea principală pentru asediul de trei luni al oraşului Vukovar, asediu ce s-a soldat în cele din urmă cu căderea oraşului în noiembrie 1991.