U toj ulozi, on je vršio komandu i kontrolu i de fakto i de jure nad svim hrvatskim snagama raspoređenim u sklopu operacije Oluja na južnom dijelu regiona Krajina, naveli su tužioci UN-a u izmijenjenoj optužnici protiv Gotovine objavljenoj u martu 2004.
Din această poziţie, Gotovina a exercitat un control de facto şi de jure asupra tuturor forţelor desfăşurate în cadrul Operaţiunii Furtuna în zona sudică a regiunii Krajina, stipulau procurorii ONU într-o acuzaţie amendată adusă lui Gotovina şi făcută publică în martie 2004.