Vođenje istrage o Ergenekonu, koje je uključilo pritvaranje osumnjičenih pred dostavljanje bilo kakvih jasnih dokaza i njihovo zatvaranje na duži rok prije suđenja, bilo je pod udarom širih kritika od strane sekularnih i nacionalističkih medija.
Modul în care s-a derulat ancheta privitoare la Ergenekon, în cadrul căreia suspecţii au fost reţinuţi înaintea prezentării unor dovezi clare şi au fost închişi în închisoare cu mult timp înainte de proces, a fost puternic criticată de presa seculară şi naţionalistă.