Karadžić, koji je vršio i formalnu i stvarnu vlast i kontrolu nad snagama bosanskih Srba i nad svim organima SDS-a i vlade, optužen je i u vezi s ubistvom iz jula 1995. i do 8.000 muškaraca i dječaka, bosanskih Muslimana, zarobljenih na nekoliko različitih lokacija u i oko "bezbjedne zone" UN-a Srebrenice.
Karadzic, care exercita atât o putere şi un control formal, cât şi de facto asupra forţelor sârbo-bosniace şi a întregului SDS, precum şi asupra autorităţilor guvernamentale, a fost de asemenea inculpat şi cu privire la uciderea în iulie 1995 a circa 18.000 de bărbaţi şi băieţi bosniaci musulmani, capturaţi din diferite locuri din sau din jurul „zonei sigure” desemnate de ONU la Srebrenica.