Kada je 2004. godine ovaj štab prvobitno uspostavljen, to je značilo supredsjedavanje Komisijom za reformu odbrane u cilju ukidanja entitetskih vojski, stvaranje jedinstvenih oružanih snaga na nivou države pod demokratskim civilnim nadzorom, te projektiranje vojne strukture koja je ispunjavala realne potrebe i kapacitete BiH.
În 2004, când a fost înfiinţat Cartierul General, acest lucru a însemnat co-prezidarea Comisiei pentru Reforma Apărării pentru eliminarea armatelor entităţilor, creându-se forţele armate ale unui singur stat, aflate sub control civil democratic, precum şi crearea unei structuri militare care a întrunit cerinţele şi capacităţile realiste ale BiH.