The ICTY's indictment against him alleges that Rajic commanded an operational group of the Croatian Defence Council (HVO), the armed forces of the self-proclaimed Croatian Community of Herceg-Bosna, and that on 23 October 1993, units under his command attacked and razed Stupni Dol.
U optužnici Haškog tribunala navodi se da je Rajić komandovao operativnom grupom Hrvatskog vijeća obrane (HVO), oružanih snaga samoproklamovane hrvatske zajednice Herceg-Bosna i da je 23. oktobra 1993. godine jedinica pod njegovom komandom napala i uništila selo Stupni Dol.