Babic was indicted by the International Criminal Tribunal for the former Yugoslavia (ICTY) in November 2003 on one count of crimes against humanity for persecutions on political, racial, and religious grounds, and four counts of violations of the laws or customs of war, including murder, cruel treatment, wanton or militarily unnecessary destruction of villages, and destruction or damage to educational or religious institutions.
Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) je u novembru 2003. godine podigao optužnicu protiv Babića koja uključuje jednu tačku za zločine protiv čovečnosti, zbog progona na političkoj, rasnoj i verskoj osnovi, i četiri tačke koje ga terete za kršenja pravila i običaja rata, uključujući ubistva, okrutno postupanje, bezobzirno ili vojno neopravdano razaranje sela i uništavanje ili ostećivanje obrazovnih ili verskih institucija.