He went into hiding in June 2001, weeks after the ICTY indicted him in connection with an operation conducted by forces under his command towards the end of the 1991-1995 conflict in Croatia.
Gotovina je u bekstvu od juna 2001. godine, nekoliko nedelja nakon što je MKSJ podigao optužnicu protiv njega u vezi sa operacijom koju su pred kraj sukoba u Hrvatskoj koji je trajao od 1991. do 1995. izvršile snage pod njegovom komandom.