Бабич бе обвинен от Международния наказателен трибунал за бивша Югославия (МНТБЮ) през ноември 2003 г. по един пункт на обвинението в престъпления срещу човечеството за преследване по политически, расови и религиозни причини, както и по четири пункта за нарушение на законите и обичаите за водене на война, включително убийство, малтретиране, произволно или ненужно от военна гледна точка разрушаване на села и разрушаване или нанасяне на щети на образователни или религиозни сгради.
Međunarodni kazneni tribunal za bivšu Jugoslaviju (ICTY) podignuo je u studenom 2003. godine optužnicu protiv Babića za zločine protiv čovječnosti zbog progona na političkoj, rasnoj i vjerskoj osnovi, kao i još četiri točke koje ga terete za kršenje pravila i običaja rata, uključujući ubojstva, zlostavljanja, hotimično ili vojno neopravdano razaranje sela i uništavanje ili ostećivanje obrazovnih ili vjerskih institucija.