Като един от тримата най-издирвани от Трибунала обвиняеми той премина в нелегалност в средата на 2001 г. скоро след като прокурорите на ООН повдигнаха срещу него обвинения във военни престъпления във връзка с предполагаемата му роля при убийството на 150 сърби от Краина и експулсирането на други 150 000 души към края на конфликта от 1991-1995 г. в Хърватия.
Jedan od najtraženijih optuženika tribunala, Gotovina se nalazi u bijegu od sredine 2001. godine, neposredno nakon što su tužitelji suda UN-a podignuli optužnicu protiv njega zbog navodne uloge u ubojstvu 150 krajinskih Srba i progonstvu još 150.000 koncem sukoba u Hrvatskoj koji je trajao od 1991. do 1995. godine.