Той започна да се укрива през юни 2001 г., седмици след като МНТБЮ повдигна срещу него обвинения във връзка с операция на сили под негово командване към края на конфликта от периода 1991-1995 г. в Хърватия.
Gotovina je u bijegu od lipnja 2001. godine, nekoliko tjedana nakon što je ICTY podignuo optužnicu protiv njega u svezi s operacijom koju su izvršile snage pod njegovim zapovjedništvom pred završetak sukoba u Hrvatskoj koji je trajao od 1991. do 1995. godine.