Ръководният й орган е Съветът на външните министри (Адриатическо-йонийски съвет), чийто дневен ред се изготвя на периодични срещи на националните координатори.
Tijelo koje donosi odluke je Vijeće ministara vanjskih poslova (Jadransko-jonsko vijeće), čiji se plan rada priprema na periodičnim sastancima nacionalnih koordinatora.