След като партията му печели отново изборите през октомври 2004 г., той е избран за втори мандат като президент през декември същата година и отново отправя призив за независимост на Косово от Сърбия.
Nakon što je njegova stranka na izborima u listopadu 2004. godine ponovno odnijela pobjedu, Rugova je u prosincu iste godine dobio drugi predsjednički mandat i udvostručio svoje pozive na neovisnost Kosova od Srbije.