Готовина, който оглавява списъка на най-издирваните от Трибунала на ООН обвиняеми заедно с военновременните лидери на босненските сърби Радован Караджич и Ратко Младич, бе обвинен през юни 2001 г.
Protiv Gotovine, koji je zajedno s čelnicima bosanskih Srba iz razdoblja rata Radovanom Karadžićem i Ratkom Mladićem na vrhu popisa najtraženijih optuženika tribunala UN-а, podignuta je optužnica 2001. godine.