Бабич бе обвинен от Международния наказателен трибунал за бивша Югославия (МНТБЮ) през ноември 2003 г. по един пункт на обвинението в престъпления срещу човечеството за преследване по политически, расови и религиозни причини, както и по четири пункта за нарушение на законите и обичаите за водене на война, включително убийство, малтретиране, произволно или ненужно от военна гледна точка разрушаване на села и разрушаване или нанасяне на щети на образователни или религиозни сгради.
Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) je u novembru 2003. godine podigao optužnicu protiv Babića koja uključuje jednu tačku za zločine protiv čovečnosti, zbog progona na političkoj, rasnoj i verskoj osnovi, i četiri tačke koje ga terete za kršenja pravila i običaja rata, uključujući ubistva, okrutno postupanje, bezobzirno ili vojno neopravdano razaranje sela i uništavanje ili ostećivanje obrazovnih ili verskih institucija.