Обвинението срещу Ковачевич бе повдигнато през 2001 г., заедно с обвиненията срещу други трима офицери -- генералът от югославската армия Павле Стругар, вицеадмиралът в оставка Миодраг Йокич и вицеадмиралът от военноморските сили Милан Зеч --за убийство на цивилни лица и за разрушения, нанесени на историческия град.
Protiv Kovačevića je 2001. godine podignuta optužnica zajedno sa još tri oficira -- generalom jugoslovenske armije Pavlom Strugarom, penzionisanim viceadmiralom Miodragom Jokićem i mornaričkim viceadmiralom Miodragom Zecom -- zbog ubistva civila i štete nanete istorijskom gradu.