Напредъкът на политическите и икономическите реформи бе забавен също и от войната в Косово през 1999 г., по време на която Македония прие стотици хиляди косовски албански бежанци.
Napredak političkih i ekonomskih reformi takođe je usporen ratom na Kosovu 1999. godine, tokom kojeg je Makedonija prihvatila stotine hiljada izbeglih kosovskih Albanaca.