Зауахири, чиято организация ЕИД според съобщенията се е сляла с "Ал Кайда" през 1998 г., се смята също за един от главните организатори на самоубийствения бомбен атентат срещу американския боен кораб "Коул" край бреговете на Йемен през 2000 г., а също за "мозъка", стоящ зад атентатите от 11 септември в Съединените щати.
Zavahiri, čiji se EIJ, kako se misli, spojio sa Al Kaidom 1998, takođe je, veruje se, jedan od glavnih planera samoubilačkog bombaškog napada na američki razarač US Kol kod obale Jemena 2000. godine i „mozak“ koji stoji iza napada 11. septembra u Sjedinjenim Državama.