След като партията му печели отново изборите през октомври 2004 г., той е избран за втори мандат като президент през декември същата година и отново отправя призив за независимост на Косово от Сърбия.
Nakon što je njegova stranka na izborima u oktobru 2004. godine ponovo odnela pobedu, Rugova je u decembru iste godine dobio drugi predsednički mandat i udvostručio svoje pozive za nezavisnost Kosova od Srbije.