Милутинович, заедно с четирима други висши ръководители от бивша Югославия, включително Слободан Милошевич, беше обвинен за варварствата, извършени по време на конфликта в Косово през 1998-1999 г.
Zajedno sa još četvoricom bivših visokih jugoslovenskih zvaničnika, uključujući i Slobodana Miloševića, Milutinović je optužen zbog zločina navodno počinjenih tokom rata na Kosovu 1998-1999.