Турция е недоволна и от това, че е изключена от командването и контролните структури на операциите, водени от ЕС, които се провеждат в рамките на сътрудничеството между НАТО и ЕС, въпреки нейния значителен принос.
Turska je takođe frustrirana što je izostavljena iz komandnih i kontrolnih struktura u operacijama koje vodi EU, a koje se sprovode u okviru saradnje NATO-a i EU, i pored toga što je dala značajan doprinos.