Όπως και άλλα ιδρύματα της Β-Ε, το MPI θα έχει τριμερή ηγεσία με εκπροσώπους και από τις τρεις εθνικές ομάδες, οι οποίοι θα κατέχουν θέσεις εκ περιτροπής.
Kao i druge institucije u BiH, na čelu MPI bit će rotirajuće tripartitno vodstvo, s predstavnicima svake od triju etničkih skupina.