Ο Κλαρκ διοίκησε τις δυνάμεις του ΝΑΤΟ κατά τη διάρκεια της Συμμαχικής αποστολής 78 ημερών το 1999, η οποία έδωσε τέλος στην εκστρατεία του καθεστώτος Μιλόσεβιτς για εθνική κάθαρση στο Κοσσυφοπέδιο.
Clark je zapovijedao snagama NATO-a tijekom 78-dnevne akcije Saveza 1999. godine, kojom je okončana kampanja etničkog čišćenja na Kosovu koju je provodio Miloševićev režim.