Το 1995, το ICTY εξέδωσε κοινό κατηγορητήριο εναντίον του Κάραζιτς και του στρατιωτικού διοικητή του, Ράτκο Μλάντιτς, κατηγορώντας τους για εγκλήματα πολέμου, για το φερόμενο ρόλο τους σε διάφορες αγριότητες κατά τη διάρκεια του πολέμου 1992-1995 στη Βοσνία και Ερζεγοβίνη (Β-Ε).
ICTY je 1995. godine podignuo zajedničku optužnicu protiv Karadžića i njegovog vojnog zapovjednika Ratka Mladića, optužujući ih za ratne zločine i navodnu ulogu u različitim zlodjelima tijekom rata u Bosni i Hercegovini (BiH).