Ωστόσο, κάποιοι ΜΚΟ, καθώς και οικογένειες των αγνοουμένων, θεωρούν τη δημιουργία του ενιαίου ιδρύματος αγνοουμένων προέκταση της εθνικιστικής πολιτικής της Β-Ε.
Ipak, neke nevladine udruge, uključujući obitelji nestalih osoba, utemeljenje jedinstvene institucije za nestale osobe smatraju nastavkom etničke politike BiH.