Η Τουρκία έχει επίσης απογοητευθεί από το γεγονός ότι εξαιρέθηκε από τη διοίκηση και τις ελεγκτικές δομές των επιχειρήσεων που ηγείται η ΕΕ, οι οποίες λαμβάνουν χώρα στο πλαίσιο συνεργασίας μεταξύ ΝΑΤΟ και ΕΕ, αν και έχει πραγματοποιήσει σημαντικές συμβολές.
Turska je također frustrirana jer je izostavljena iz zapovjednih i nadzornih struktura u operacijama koje vodi EU, a koje se provode u okviru suradnje NATO-a i EU, unatoč tome što je u njima dala značajan doprinos.