Ως διοικητής, είχε νόμιμη και ντε φάκτο διοίκηση και έλεγχο όλων των Κροατικών δυνάμεων που είχαν αναπτυχθεί στο πλαίσιο της Επιχείρησης Καταιγίδα στο νότιο τμήμα της περιοχής Κράινα, όπως ισχυρίστηκαν εισαγγελείς του ΟΗΕ σε τροποποιημένο κατηγορητήριο εναντίον του Γκοτόβινα, το οποίο γνωστοποιήθηκε το Μάρτη του 2004.
U tom svojstvu imao je de jure i de facto zapovjedništvo i nadzor nad svim hrvatskim snagama raspoređenim u sklopu operacije Oluja u južnom dijelu područja Krajine, ustvrdili su tužitelji UN u dopunjenoj optužnici protiv Gotovine, koja je objavljena u ožujku 2004. godine.