Θα καθιερωθεί ενιαία ιεραρχία, η οποία θα περνά από την προεδρία της Β-Ε στο υπουργείο Άμυνας, στον αρχηγό ΓΕΣ, στο διοικητή της επιχειρησιακής διοίκησης και στο διοικητή της διοίκησης στήριξης, και μέσω αυτών στα κατώτερα κλιμάκια.
Bit će uspostavljen jedinstven zapovjedni lanac, koji će ići od Predsjedništva BiH, preko ministra obrane, do načelnika glavnog stožera, zatim zapovjednika operativnog zapovjedništva i zapovjednika zapovjedništva za potporu, i preko njih do podređenih struktura.