Μαζί με τον Αντισυνταγματάρχη Ντράγκαν Ιόκιτς, ο Μπλαγκόιεβιτς αντιμετωπίζει κατηγορίες συνενοχής σε γενοκτονία, εγκλήματα κατά της ανθρωπότητας και παραβιάσεις των νόμων και θεσμών του πολέμου.
Zajedno s potpukovnikom Draganom Jokićem, Blagojević se suočava s optužbama za sudionistvo u genocidu, zločine protiv čovječnosti i kršenje zakona i običaja rata.