Η συμφωνία DANUBE FAB διευθετεί τη δομή διακυβέρνησης του προγράμματος, καθορίζοντας τους ρόλους και τις ευθύνες όλων των εμπλεκομένων, συμπεριλαμβανομένων των Αρχών υπηρεσιών εναέριας κυκλοφορίας των δυο χωρών, της Βουλγαρικής BULATSA και της Ρουμανικής ROMATSA, του στρατού και των ρυθμιστικών Αρχών.
Sporazumom DANUBE FAB uređuje se upravna struktura projekta, uz preciziranje uloga i odgovornosti svih sudionika, uključujući agencije dviju zemalja za usluge iz područja zračnog prometa, bugarsku BULATSA i rumunjsku ROMATSA, te vojsku i regulatore.