Οι σχέσεις του Μέσιτς με την ιεραρχία της Καθολικής Εκκλησίας ήσαν πάντα υπό συνεχή ένταση αφού ο Μέσιτς επέκρινε την συμμετοχή της εκκλησίας στα πολιτικά και η εκκλησία τον επέκρινε ισχυριζόμενη ότι δεν προστατεύει τα εθνικά συμφέροντα.
Mesićevi su odnosi s hijerarhijom katoličke crkve stalno su bili zategnuti, budući da je kritizirao njihovo uplitanje u politiku, a oni su njega kritizirali tvrdeći kako ne štiti nacionalne interese.