Ο Τζίντζιτς δολοφονήθηκε στις 12 Μαρτίου 2003, ακριβώς έξω από το κτίριο της Σερβικής κυβέρνησης, την ώρα που κατευθυνόταν σε συνάντηση με την τότε υπουργό Εξωτερικών της Σουηδίας Άνα Λιντ.
Đinđić je ubijen 12. ožujka 2003. godine ispred zgrade Vlade Srbije u koju je dolazio na sastanak s tadašnjom ministricom vanjskih poslova Švedske Annom Lindh.