Κατά τις δυο θητείες του Γκλιγκόροφ στο αξίωμα του προέδρου, μεταξύ 1991 και 1999, η πΓΔΜ αποτέλεσε μέλος του ΟΗΕ υπό την προσωρινή ονομασία "πρώην Γιουγκοσλαβική Δημοκρατία της Μακεδονίας", έκανε δεκτό το Προσωρινό Σύμφωνο του 1995 με την Ελλάδα και υποβλήθηκε σε αμφιλεγόμενη οικονομική μετάβαση.
Tijekom dva mandata Gligorova na mjestu predsjednika, između 1991. i 1999. godine, Makedonija je postala članica Ujedinjenih naroda pod privremenim nazivom "Bivša Jugoslavenska Republika Makedonija", prihvaćenim Privremenim sporazumom s Grčkom 1995. godine te je pokrenula prijepornu gospodarsku tranziciju.