Κατόπιν, ο Κοστούνιτσα διετέλεσε πρόεδρος της Ομοσπονδιακής Δημοκρατίας της Γιουγκοσλαβίας και αργότερα, μεταξύ 2004 και 2008, κατέλαβε το αξίωμα του Σέρβου πρωθυπουργού.
Koštunica je zatim postao predsjednik Savezne Republike Jugoslavije, dok je kasnije, između 2004. i 2008. godine, obnašao dužnost srpskog premijera.