Ο Κάραζιτς, μαζί με τον στρατιωτικό διοικητή του εν καιρώ πολέμου, Ράτκο Μλάντιτς, εξαφανίστηκαν αρκετούς μήνες μετά την έκδοση αρχικού κατηγορητηρίου εναντίον τους το 1995 από το Διεθνές Ποινικό Δικαστήριο για την πρώην Γιουγκοσλαβία.
Kao i njegov vojni zapovjednik iz razdoblja rata Ratko Mladić, Karadžić je nestao nekoliko mjeseci nakon što je 1995. godine Međunarodni kazneni sud za bivšu Jugoslaviju (ICTY) podignuo prve optužnice protiv njih.