Άρχισε να κρύβεται τον Ιούνιο του 2001, λίγες εβδομάδες μετά τη δίωξη εναντίον του από το ICTY σχετικά με επιχείρηση που διεξήχθη από δυνάμεις της διοίκησής του, στα τέλη των συγκρούσεων του 1991-1995 στην Κροατία.
Gotovina je u bijegu od lipnja 2001. godine, nekoliko tjedana nakon što je ICTY podignuo optužnicu protiv njega u svezi s operacijom koju su izvršile snage pod njegovim zapovjedništvom pred završetak sukoba u Hrvatskoj koji je trajao od 1991. do 1995. godine.