Υπό το ρόλο αυτό, ασκούσε τον ουσιαστικό ή άλλως έλεγχο και διοίκηση των κροατικών δυνάμεων που μετείχαν στην επιχείρηση Καταιγίδα στο νότιο τμήμα της περιοχής της Κράινα, ισχυρίστηκαν οι εισαγγελείς του δικαστηρίου στην τροποποιημένη κατηγορία κατά του Γκοτόβινα που δημοσιεύτηκε το Μάρτιο του 2004.
U tom svojstvu imao je de facto i de jure zapovjedništvo i nadzor nad svim hrvatskim snagama raspoređenim u sklopu Operacije Oluja u južnom dijelu regije Krajine, naveli su tužitelji u izmijenjenoj optužnici protiv Gotovine koja je objavljena u ožujku 2004. godine.