Το λιμενικό σώμα είναι οργανωμένο σε δύο σκέλη, το πολιτικό σκέλος το οποίο ελέγχεται από τον υπουργό εσωτερικών και το στρατιωτικό σκέλος το οποίο αποτελεί τμήμα του υπουργείου άμυνας – αυτά τα δύο θα συγχωνευτούν.
Obalna straža djeluje u dvama ograncima: civilni dio kojim upravlja ministarstvo unutarnjih poslova i vojni dio u okviru ministarstva obrane -- koji će biti spojeni.