The CEI co-operates with international organisations and institutions such as the Organisation for Economic Co-operation and Development, the Council of Europe, the OSCE, the European Bank for Reconstruction and Development and the World Bank, and different regional structures, such as the Adriatic-Ionian Initiative, the Danube Co-operation Process and the Stability Pact.
ЦЕИ соработува со меѓународни организации и институции, како што се: Организацијата за економска соработка и развој, Советот на Европа, ОБСЕ, Европската банка за реконструкција и развој и Светската банка, и различни регионални структури, како што се: Јадранско-јонската иницијатива, Дунавскиот процес на соработка и Пактот на стабилност.