Însă Gligorov a stârnit şi furie în ţara sa în 1994, când a declarat presei greceşti că macedonenii sunt un popor slav, ce a venit în Balcani în secolul al VI-lea şi nu a avut nicio legătură cu Alexandru cel Mare şi cu civilizaţia acestuia.
Međutim, Gligorov je takođe izazvao gnev u svojoj zemlji 1994. godine kada je rekao grčkim medijima da su Makedonci slovenski narod, koji je došao na Balkan u 6. veku, te da nemaju veze sa Aleksandrom Velikim i njegovom civilizacijom.