Gotovina a fost unul dintre cei mai căutaţi criminali de război, implicaţi în conflictele din Balcani din anii 1990, alături de fostul lider bosniaco-sârb Radovan Karadzic şi comandantul său militar, Ratko Mladic.
Gotovina je bio jedan od tri najtraženija odbegla optuženika za ratne zločine iz balkanskih sukoba devedesetih, zajedno sa bivšim liderom bosanskih Srba Radovanom Karadžićem i njegovim vojnim komandantom Ratkom Mladićem.