Scopul misiunii conduse de UE este de a se ingriji de procesul de pace in Macedonia, dar si de a ajuta tara sa isi indeplineasca obligatiile in cadrul Acordului de pace de la Ohrid si sa implementeze reformele economice aflate pe agenda Procesului de Stabilizare si Aderare negociat cu UE.
Svrha misije predvođene EU je da se olakša mirovni proces u Makedoniji, kao i da se pomogne toj zemlji da ispuni svoje obaveze iz Ohridskog okvira sporazuma potpisanog 2001. godine i sprovede ekonomske reforme u skladu sa procesom stabilizacije i asocijacije sa EU.