CEI cooperează cu organizaţii şi instituţii internaţionale, precum Organizaţia pentru Cooperare şi Dezvoltare Economică, Consiliul Europei, OSCE, Banca Europeană pentru Reconstrucţie şi Dezvoltare şi Banca Mondială, şi cu diferite structuri regionale, precum Iniţiativa Adriatică-Ionică, Procesul de Cooperare Dunăreană şi Pactul de Stabilitate.
CEI sarađuje sa međunarodnim organizacijama i institucijama kao što su Organizacija za ekonomsku saradnju i razvoj, Savet Evrope, OEBS, Evropska banka za obnovu i razvoj i Svetska banka, i različite regionalne strukture, kao što su Jadransko-jonska inicijativa, Proces dunavske saradnje i Pakt za stabilnost.