Gotovina s-a ascuns din iunie 2001, la scurt timp după ce Tribunalul Penal Internaţional pentru fosta Iugoslavie (TPII) l-a inculpat pentru presupusa sa implicare în atrocităţile comise împotriva sârbilor din Krajina la finalul conflictului din 1991-1995 din Croaţia.
On je u bekstvu od juna 2001, ubrzo nakon što ga je Međunarodni krivični tribunal za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) optužio za navodnu umešanost u zločine počinjene nad krajiškim Srbima pred kraj sukoba u Hrvatskoj 1991-1995.