Documentul de acuzare emis de ICTY împotriva acestuia susţine că Rajic a comandat un grup operaţional al Consiliului Croat de Apărare (HVO) -- forţa armată a auto-proclamatei Comunităţi Croate Herceg-Bosna -- şi că în 23 octombrie 1993 unităţile aflate sub comanda sa au atacat şi distrus Stupni Dol.
U optužnici Haškog tribunala navodi se da je Rajić komandovao operativnom grupom Hrvatskog vijeća obrane (HVO), oružanih snaga samoproklamovane hrvatske zajednice Herceg-Bosna i da je 23. oktobra 1993. godine jedinica pod njegovom komandom napala i uništila selo Stupni Dol.