Gotovina a fost unul dintre principalii trei fugari urmăriţi pentru crime de război după conflictele din Balcani din anii 1990, alături de fostul lider sârb bosniac Radovan Karadzic şi comandantul său militar, Ratko Mladic.
Gotovina je bio jedan od trojice najtraženijih begunaca optuženih za ratne zločine počinjene tokom sukoba na Balkanu devedesetih godina, zajedno sa bivšim liderom bosanskih Srba Radovanom Karadžićem i njegovim vojnim komandantom Ratkom Mladićem.