Referindu-se la atrocităţile comise în perioada 1 iulie 1991 – 30 noiembrie 1995, acuzaţia modificată pretinde că Karadzic ar fi „plănuit, instigat, ordonat, comis sau altminteri a ajutat şi instigat la plănuirea, pregătirea sau înfăptuirea distrugerilor, completă sau parţiale, asupra grupurilor naţionale, etnice, rasiale sau religioase de musulmani bosniaci şi croaţi bosniaci”, dintr-o serie de oraşe.
U navodima izmenjene optužnice koji se odnose na zločine počinjene u periodu između 1. jula 1991. i 30. novembra 1995. tvrdi se da je Karadžić "planirao, podsticao, naredio, počinio ili na drugi način pomogao planiranje, pripremu ili izvršenje uništenja, u celini ili delimično, nacionalnih, etničkih, rasnih ili verskih grupa bosanskih Muslimana i bosanskih Hrvata" u brojnim opštinama.