Milutinovic, impreuna cu alti patru fosti oficiali iugoslavi de varf, inclusiv Slobodan Milosevic, au fost acuzati pentru atrocitati presupuse a fi fost comise in perioada conflictului din 1998-1999 din Kosovo.
Zajedno sa još četvoricom bivših visokih jugoslovenskih zvaničnika, uključujući i Slobodana Miloševića, Milutinović je optužen zbog zločina navodno počinjenih tokom rata na Kosovu 1998-1999.