Europa de Sud-est a fost de asemenea un loc pentru activităţile de recrutare ale al-Qaeda, grupul încercând să exploateze disensiunile religioase care au alimentat conflictele balcanice din anii 1990.
Jugoistočna Evropa je takođe bila lokacija u kojoj je Al Kaida obavljala aktivnosti regrutovanja, jer je ta grupa pokušavala da iskoristi verske podele koje su podstakle balkanske sukobe devedesetih godina.