În iulie 2004, procurorii ONU l-au inculpat pe Hadzic în baza a 14 acuzaţii de crime de război pentru presupusa sa implicare în persecutarea, uciderea, torturarea, actele inumane şi alte atrocităţi comise împotriva croaţilor şi altor non-sârbi în timpul războiului din 1991-1995 din Croaţia.
U julu 2004. tužioci UN-a podigli su protiv Hadžića optužnicu od 14 tačaka, koja ga tereti za ratne zločine zbog njegovog navodnog učešća u progonu, ubistvima, torturi, nehumanom postupanju i drugim zločinima počinjenim protiv Hrvata i drugih nesrba tokom rata u Hrvatskoj 1991-1995.