Ministerul afacerilor externe a creat de asemenea un sector special pentru documentarea şi sprijinirea minorităţilor naţionale macedonene în faţa instituţiilor internaţionale, precum şi pentru încheierea unor acorduri bilaterale privind protecţia minorităţilor naţionale.
Ministarstvo inostranih poslova takođe je osnovalo posebno odeljenje za dokumentovanje i podršku makedonskim nacionalnim manjinama, u međunarodnim institucijama i kroz bilateralne sporazume o zaštiti nacionalnih manjina.