Karadzic, împreună cu comandantul său militar din timpul războiului, Ratko Mladic, a dispărut la câteva luni după ce, în 1995, Tribunalul Penal Internaţional pentru Fosta Iugoslavie (ICTY) a emis actele iniţiale de inculpare împotriva acestora.
Karadžić je, kao i njegov bivši vojni komandant, Ratko Mladić, nestao nekoliko meseci nakon što je Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) 1995. godine podigao prve optužnice protiv njih.