Karadzic, care exercita atât o putere şi un control formal, cât şi de facto asupra forţelor sârbo-bosniace şi a întregului SDS, precum şi asupra autorităţilor guvernamentale, a fost de asemenea inculpat şi cu privire la uciderea în iulie 1995 a circa 18.000 de bărbaţi şi băieţi bosniaci musulmani, capturaţi din diferite locuri din sau din jurul „zonei sigure” desemnate de ONU la Srebrenica.
Karadžić, koji je obavljao i formalnu i de facto nadležnost i kontrolu nad snagama bosanskih Srba i svim službama SDS-a i vlade, takođe je optužen u vezi sa ubistvom oko 8.000 muškaraca i dečaka, bosanskih Muslimana, u julu 1995, zarobljenih na nekoliko različitih lokacija u "zaštićenoj zoni" UN-a, Srebrenici i njenoj okolini.