Din decembrie 2004, NHQSa a sprijinit reforma apărării din BiH, oferind în acelaşi timp sprijin Tribunalului Penal Internaţional pentru fosta Iugoslavie, precum şi activităţilor de combatere a terorismului din BiH.
Sedište NATO-a u Sarajevu od decembra 2004. pomaže u reformi odbrane u BiH, istovremeno pružajući podršku Međunarodnom tribunalu za bivšu Jugoslaviju kao i antiterorističkim aktivnostima u BiH.