În timpul războiului Karadzic era Preşedintele Republicii Sârbo-Bosniace şi al Consiliului Naţional de Securitate al acesteia, precum şi comandant suprem al forţelor armate sârbo-bosniace şi liderul Partidului Sârb Democrat.
Tokom rata, Karadžić je bio predsednik republike bosanskih Srba i njenog Saveta za nacionalnu bezbednost, kao i vrhovni komandant oružanih snaga bosanskih Srba i vođa Srpske demokratske stranke.