Progresul reformelor politice şi economice a fost de asemenea încetinit de războiul din Kosovo din 1999, în timpul căruia Macedonia a acceptat sute de mii de refugiaţi albanezi kosovari.
Napredak političkih i ekonomskih reformi takođe je usporen ratom na Kosovu 1999. godine, tokom kojeg je Makedonija prihvatila stotine hiljada izbeglih kosovskih Albanaca.