În această calitate, el a comandat şi a controlat de jure şi de facto toate forţele croate desfăşurate în cadrul Operaţiunii Furtuna în partea sudică a regiunii Krajina, potrivit declaraţiei procurorilor ONU din actul de inculpare amendat împotriva lui Gotovina, făcut public în martie 2004.
U tom svojstvu on je de jure i de fakto imao komandu i kontrolu nad svim hrvatskim snagama koje su u sklopu Operacije oluja bile razmeštene u južnom delu regiona Krajine, ustvrdili su tužioci Haškog suda u dopunjenoj optužnici protiv Gotovine koja je objavljena u martu 2004. godine.