Numit de Slobodan Milosevic, Pavkovic a condus fortele sarbe in campania din 1998-1999 din Kosovo si a detinut postul de sef al armatei pana la sfarsitul lui iunie 2002.
Pavković, koga je na taj položaj imenovao Slobodan Milošević, bio je na čelu srpskih snaga za vreme kampanje na Kosovu 1998-1999. godine i ostao načelnik do kraja juna 2002. godine.