Ergenekon se presupune că avea legături şi cu alte grupări teroriste, cum ar fi gruparea marxist-leninistă PKK şi gruparea turco-islamistă Hezbollah.
Grupa Ergenekon je navodno imala kontakte sa drugim terorističkim grupama, kao što su Marksističko-lenjinistički PKK i islamistički turski Hizbulah.