La momentul lansării Operaţiunii Furtuna, Gotovina era comandat al Zonei Operative Split din cadrul Armatei Croate şi exercita control deplin asupra tuturor forţelor croate care participau la ofensivă.
U vreme Operacije oluja Gotovina je bio komandant Splitske operativne zone Hrvatske vojske i obavljao je punu komandu i kontrolu nad svim hrvatskim snagama koje su učestvovale u ofanzivi.