Gotovina, împreună cu liderii sârbo-bosniaci din timpul războiului Radovan Karadzic şi Ratko Mladic, se află printre principalii inculpaţi urmăriţi de tribunalul ONU şi a fost pus sub urmărire penală în iunie 2001.
Optužnica protiv Gotovine, koji se zajedno sa liderima bosanskih Srba iz ratnog perioda, Radovanom Karadžićem i Ratkom Mladićem, nalazi na vrhu liste najtraženijih optuženika tribunala, podignuta je 2001. godine.