Împreună cu colonel locotenentul Dragan Jokic, Blagojevic este acuzat de complicitate la genocid, crime împotriva umanităţii şi încălcarea legilor şi principiilor de război.
Zajedno sa potpukovnikom Draganom Jokićem, Blagojević se suočava sa optužbama za saučesništvo u genocidu, zločine protiv čovečnosti i kršenje zakona i običaja ratovanja.