Puternica armată a Turciei, care are o poziţie ferm secularistă şi a avut suspiciuni legate de AKP, despre care se ştie că are rădăcini islamice, încă de la urcarea la putere a AKP în 2003, a negat orice legătură cu cazul Ergenekon şi a cooperat cu investigaţia.
Moćna i izrazito sekularna turska vojska, koja ima rezerve prema islamistički nastrojenoj AKP od kako je preuzela vlast 2003, negira svaku vezu sa Ergenekonom i sarađuje u istrazi.