În 1998, când a izbucnit conflictul armat cu Serbia, Rugova a fost marginalizat de Armata rebelă de Eliberare a Kosovo, întrucât mulţi etnici albanezi îl considerau prea paşnic.
Kada je 1998. godine izbio oružani sukob sa Srbijom, Rugova je istisnut od strane pobunjenika iz Oslobodilačke vojske Kosova, dok su ga mnogi lokalni Albanci smatrali suviše pasivnim.