Milutinovic a fost acuzat impreuna cu Milosevic si alti trei fosti inalti oficiali sarbi ca fiind asociat la o actiune criminala menita a elimina o parte insemnata a populatiei albaneze din Kosovo, pentru a asigura controlul Serbiei asupra provinciei.
Milutinović je optužen zajedno sa Miloševićem i još trojicom bivših visokih srpskih zvaničnika kao učesnik kriminalnog udruživanja u cilju proterivanja znatnog broja albanskih stanovnika sa Kosova da bi se osigurala srpska kontrola nad pokrajinom.