Între februarie şi aprilie 1992, Gotovina a fost comandantul adjunct al Unităţii Speciale a Statului Major al Armatei Croate, fiind ulterior membru al Consiliului Croat de Apărare timp de şase luni.
Od februara do aprila 1992. godine Gotovina je bio zamenik komandanta Specijalne jedinice Glavnog štaba Hrvatske vojske, nakon čega je preuzeo šestomesečnu dužnost u Hrvatskom veću odbrane.