Milutinovic a fost pus sub acuzare pentru crime impotriva umanitatii si violarea legilor si cutumei de razboi, fapte indicate a fi fost savarsite in virtutea rolului pe care l-a jucat in conflictul din 1998-1999 din Kosovo.
Milutinović se tereti za zločine protiv čovečnosti i kršenje zakona i običaja rata u vezi sa svojom ulogom u sukobu na Kosovu 1998-1999.