Fost aliat al lui Milosevic, Milutinovic a fost acuzat de ICTY pentru presupusul sau rol in crimele de razboi comise in timpul razboiului din 1998-1999 din Kosovo.
Milutinovića, inače bivšeg Miloševićevog saveznika, je Haški sud optužio zbog navodne uloge u ratnim zločinima počinjenim tokom sukoba na Kosovu 1998-1999.