Procurorii ONU l-au inculpat pe Gotovina în 2001 în legătură cu presupusul rol jucat în atrocităţile comise în timpul ofensivei Armatei Croate din anul 1995 împotriva separatiştilor sârbi din zona Krajina.
Tužioci tribunala podigli su optužnicu protiv Gotovine 2001. godine, tereteći ga za njegovu navodnu ulogu u zločinima počinjenim tokom ofanzive Hrvatske vojske 1995. protiv srpskih separatista u oblasti Krajine.