În vara anului 2004, TPII l-a inculpat pe Hadzic pentru crime împotriva umanităţii şi încălcarea legilor sau cutumelor de război pentru presupusa sa implicare în persecuţii, exterminare, crimă, închidere în închisoare, tortură, acte inumane, tratament crud, deportare, distrugere voită şi jefuirea proprietăţii publice sau private.
U leto 2004. godine MKSJ je optužio Hadžića za zločine protiv čovečnosti i kršenje zakona i običaja ratovanja zbog svoje navodne umešanosti u progon, istrebljenje, ubistvo, zarobljavanje, mučenje, nehumane postupke, deportacije, nasumično uništavanje i pljačku javne ili privatne imovine.