Unele voci consideră Ergenekon ca fiind un caz cu substrat politic, conceput de AKP pentru a slăbi seculariștii, asociindu-i cu mișcările extremiste.
Neki smatraju da je slučaj Ergenekon politički motivisano suđenje u režiji AKP, sa ciljem slabljenja socijalista, koje su tako povezali sa ekstremizmom.