În cursul mărturiei depuse în luna septembrie în procesul celor doi foşti comandaţi de armată ai săi, Vidoje Blagojevic şi Dragan Jokic, Nikolic a declarat că masacrul de la Srebrenica a fost ordonat de conducerea politică şi militară sârbo-bosniacă.
Tokom svedočenja u septembru u sudskom procesu protiv dvojice svojih bivših vojnih komandanata, Vidoja Blagojevića i Dragana Jokića, Nikolić je rekao da je najviši vojni i politički vrh bosanskih Srba naredio masakr u Srebrenici.