În timpul atacurilor aeriene ale NATO îndreptate împotriva Iugoslaviei, Djukanovic a declarat că Muntenegrul nu este implicat în conflict -- o poziţie care a adus republicii sprijinul financiar al Uniunii Europene şi Statelor Unite.
Tokom NATO bombardovanja Jugoslavije, Đukanović je izjavljivao da Crna Gora nije strana u sukobu, što je stav koji je njegovoj republici doneo finansijsku podršku EU i Sjedinjenih Država.