În octombrie 2004, partidul său a câştigat din nou alegerile şi în luna decembrie a acelui an el a fost desemnat pentru a doua oară preşedinte, reluându-şi apelurile privitoare la independenţa provinciei faţă de Serbia.
Nakon što je njegova stranka na izborima u oktobru 2004. godine ponovo odnela pobedu, Rugova je u decembru iste godine dobio drugi predsednički mandat i udvostručio svoje pozive za nezavisnost Kosova od Srbije.