Cu toate acestea, au rămas problemele structurale printre care se numără dimensiunea prea mare a personalului, numărul prea mare al nivelurilor de autoritate, lipsa de fonduri şi cooperarea slabă sau nulă dintre poliţiile din diferitele zone ale ţării, în special dintre cele două entităţi -- Republica Srpska (RS) şi Federaţia musulmano-croată -- care formează Bosnia şi Herţegovina postbelică .
Međutim, strukturni problemi ostaju prisutni, uključujući prevelik broj pripadnika policije, previše nivoa vlasti, nedostatak sredstava i slabu ili nikakvu saradnju između policija iz različitih delova zemlje, posebno između dva entiteta -- Republike Srpske (RS) i Muslimansko-Hrvatske Federacije -- koji čine posleratnu BiH.