Babic a fost incriminat de Tribunalul Internaţional Penal pentru fosta Iugoslavie (ICTY) în noiembrie 2003, în baza unei acuzaţii de crime împotriva umanităţii pentru persecuţii pe motive politice, rasiale şi religioase şi a patru acuzaţii de încălcare a legilor sau principiilor de război, inclusiv pentru crimă, tratament crud, distrugerea deliberată sau inutilă din punct de vedere militar a satelor şi distrugerea sau prejudicierea instituţiilor educaţionale sau religioase.
Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) je u novembru 2003. godine podigao optužnicu protiv Babića koja uključuje jednu tačku za zločine protiv čovečnosti, zbog progona na političkoj, rasnoj i verskoj osnovi, i četiri tačke koje ga terete za kršenja pravila i običaja rata, uključujući ubistva, okrutno postupanje, bezobzirno ili vojno neopravdano razaranje sela i uništavanje ili ostećivanje obrazovnih ili verskih institucija.