Relaţiile lui Mesic cu ierarhia Bisericii Catolice au fost permanent tensionate, acesta emiţând critici cu privire la implicarea bisericii în politică, iar aceasta criticându-l şi susţinând că nu apără interesele naţionale.
Mesićevi odnosi sa velikodostojnicima Hrvatske katoličke crkve bili su konstantno napeti, pošto je kritikovao njihovo učešće u politici, a oni njemu zamerali da ne štiti nacionalne interese.