Problema mujahedinilor este una extrem de delicată în BH, având în vedere temerile crescute că unii dintre cei rămaşi în BH după război ar putea avea legături cu grupările teroriste, temeri apărute după atacurile asupra Statelor Unite, din 11 septembrie 2001.
Mudžahedinsko pitanje u BiH veoma je osetljivo, imajući u vidu pojačan strah posle 11. septembra 2001. i napada na Sjedinjene Države, zbog toga što bi neki od mudžahedina koji su ostali u BiH posle rata mogli da imaju veze sa terorističkim grupama.