Le conservatoire est soumis au régime financier et comptable défini par les articles 14 à 25 du décret du 10 décembre 1953, les articles 151 à 189 du décret du 29 décembre 1962, ainsi que par l'article 60 de la loi du 23 février 1963 relatif à la responsabilité des comptables publics.
   L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la protection de la nature.