Le conseil d'administration de l'agence est composé : 
1° De représentants de l'Etat ; 
2° De membres du Parlement ; 
3° De représentants de collectivités territoriales ; 
4° De personnalités qualifiées, de représentants d'associations de protection de l'environnement agréées au titre de l'article L. 141-1 et de représentants de groupements professionnels intéressés ; 
5° De représentants du personnel dans les conditions définies au deuxième alinéa de l'article 4 de la loi n° 83-675 du 26 juillet 1983 relative à la démocratisation du secteur public.