Le président-directeur général est nommé pour une durée de trois ans par décret, sur proposition conjointe des ministres en charge de l'agriculture et de l'emploi. 
Il est assisté d'un directeur général délégué qu'il désigne et qui, sous réserve des dispositions de l'article D. 313-21, le supplée en cas d'absence ou d'empêchement.