Sous l'autorité du recteur, le secrétaire général d'académie est chargé de l'administration de l'académie. Il supplée le recteur en cas d'absence ou d'empêchement de celui-ci. 
En cas de vacance momentanée du poste de recteur, le secrétaire général d'académie assure l'intérim. Toutefois, l'intérim du recteur de l'académie de Paris est assuré par le vice-chancelier des universités de Paris pour les questions mentionnées à l'article R. * 222-17 et par le directeur de l'académie de Paris pour les questions mentionnées à l'article R. * 222-18.