Le taux de réduction des paiements directs au titre de la conditionnalité, au sens du règlement du 19 janvier 2009 susmentionné, équivaut à la somme des pourcentages de réduction par domaine, déterminés en application des dispositions de l'article D. 615-58, dans la limite de 5 %, sauf en cas de non-conformité répétée ou intentionnelle. 
Lorsqu'un cas de non-conformité répétée au sens du a de l'article 41 du règlement du 21 avril 2004 susmentionné est constaté, le pourcentage affecté à ce cas est obtenu en triplant le pourcentage mentionné au premier alinéa du V de l'article D. 615-57. Ce taux de réduction est plafonné à 15 % sauf en cas d'anomalie intentionnelle. 
Lorsqu'un cas de non-conformité intentionnelle est constaté, le taux de réduction est fixé à 20 %. Par décision motivée, pour des raisons justifiées au vu des résultats des contrôles et de la situation particulière de l'exploitant, ce taux peut être ramené à 15 % ou porté jusqu'à 100 %. Un arrêté du ministre chargé de l'agriculture précise les cas dans lesquels une non-conformité est présumée intentionnelle. 
En cas de refus de contrôle, le taux de réduction est fixé à 100 %.