La comptabilité est tenue séparément pour chacune des catégories de matières nucléaires suivantes, un compte séparé, par catégorie, étant tenu pour les matières irradiées :
 - thorium ;
 - uranium appauvri ;
 - uranium naturel ;
 - uranium enrichi à moins de 10 % en uranium 235 ;
 - uranium enrichi à 10 % ou plus, mais à moins de 20 % en uranium 235 ;
 - uranium enrichi à 20 % ou plus en uranium 235 ;
 - uranium 233 ;
 - plutonium ;
 - deutérium ;
 - tritium ;
 - lithium enrichi en lithium 6.
 Toutefois, des modalités particulières d'enregistrement comptable peuvent être mises en oeuvre par le titulaire de l'autorisation après accord préalable du ministre chargé de l'industrie, en fonction des activités exercées.