Le magistrat rapporteur instruit à charge et à décharge les comptes dont il est saisi. 
A tout moment de la procédure, les comptables, les ordonnateurs et les autres personnes mis en cause sont tenus de déférer aux demandes d'explication ou de production de pièces formulées par le magistrat chargé de l'instruction, dans un délai fixé par ce magistrat et qui ne peut être inférieur à quinze jours suivant la réception de cette demande. 
Les rapports d'examen des comptes à fin de jugement sont communiqués au ministère public dans les conditions prévues au IV de l'article R. 212-19. 
Lorsque le ministère public ne retient aucune charge à l'égard du comptable, il transmet ses conclusions au président de la formation de jugement compétente ou à un magistrat délégué à cet effet. 
Le président de la formation de jugement compétente, ou le magistrat délégué à cet effet, peut prendre une ordonnance de décharge dans les conditions prévues au II de l'article L. 242-1. 
Toutefois, le président de la formation de jugement, ou le magistrat délégué à cet effet, peut demander que soit établi le rapport complémentaire prévu au II de l'article L. 242-1 dans un délai d'un mois à compter de la réception des conclusions. 
A défaut d'une demande d'un rapport complémentaire dans le délai susmentionné, le président de la formation de jugement ou le magistrat délégué à cet effet décharge, par ordonnance motivée, le comptable de sa gestion. Si aucune charge ne subsiste à son encontre au titre de ses gestions successives et s'il est sorti de fonctions, il est, en outre, déclaré quitte par ordonnance. 
L'ordonnance de décharge, et, s'il y a lieu, de quitus, est notifiée aux comptables et à l'ordonnateur en fonctions.