La sous-direction des applications conduit les projets de réalisation et de déploiement des applications dans le respect de la stratégie ministérielle des systèmes d'information et de communication, de l'état de l'art et des engagements de coûts, délais et qualité.
 La sous-direction des applications comprend :
 ― le bureau de la gestion et du suivi ;
 ― le bureau de la relation client ;
 ― le bureau des applications métiers ;
 ― le bureau des applications transverses ;
 ― le bureau des tests et de l'intégration.