Le fonctionnement de la pisciculture est conforme à l'article L. 214-18 du code de l'environnement notamment pour ce qui concerne :
 ― la mise en place des ouvrages de prélèvement d'eau, qui ne doivent pas gêner le libre écoulement des eaux ;
 ― les prélèvements d'eau associés.
 La déclaration précise les niveaux de prélèvements ainsi que les dispositions nécessaires à l'exploitation et à l'entretien des ouvrages de prélèvement et de comptage.
 L'exploitant doit disposer d'un système ou d'une méthode, telle qu'une échelle limnimétrique, d'évaluation du débit dérivé par l'ouvrage de prise d'eau sur le cours d'eau et, le cas échéant, du débit réservé.
 Dans les cours d'eau identifiés par les schémas d'aménagement et de gestion des eaux comme jouant le rôle de réservoir biologique nécessaire au maintien ou à l'atteinte du bon état écologique des cours d'eau d'un bassin versant ou dans lesquels une protection complète des poissons migrateurs vivant alternativement en eau douce et en eau salée est nécessaire, toutes dispositions sont prises pour assurer la libre circulation des poissons migrateurs du cours d'eau (avalaison et dévalaison) au moyen de passes à poissons ou autres dispositifs appropriés. A cette fin, le barrage de dérivation peut être équipé d'un dispositif de franchissement alimenté par un débit d'attrait obtenu soit en utilisant une partie de l'eau prise en amont de la prise d'eau, soit en ramenant en permanence en amont de la prise d'eau une partie de l'eau sortant de la pisciculture.
 La pisciculture comporte à l'amont et à l'aval une grille fixe et permanente la délimitant empêchant la libre circulation des poissons entre l'exploitation et le cours d'eau d'implantation. La taille des mailles ou des ouvertures de la grille n'excède pas 10 millimètres. Le dossier de déclaration précise les conditions d'implantation de ces grilles.
 L'exploitant est tenu d'assurer le fonctionnement et l'entretien des ouvrages de prélèvement, des dispositifs garantissant dans le lit du cours d'eau le débit minimal, des dispositifs de franchissement, des dispositifs de suivi des débits ainsi que des grilles d'amont et d'aval.