Le présent arrêté est applicable, dès sa publication au Journal officiel de la République française, aux installations nouvelles dont l'arrêté d'autorisation interviendra plus de quatre mois après sa publication ainsi qu'aux installations existantes faisant l'objet, après sa publication, d'une nouvelle autorisation conformément aux dispositions combinées des articles L. 512-15 du code de l'environnement et 20 du décret n° 77-1133 du 21 septembre 1977 susvisés.
 Le présent arrêté est applicable aux installations autorisées au plus tard quatre mois après sa publication, dans des délais de mise en conformité définis par arrêté préfectoral. Ces délais sont compatibles avec ceux qui peuvent par ailleurs être fixés dans le cadre des programmes d'action en vue de la protection des eaux par les nitrates d'origine agricole ou du programme de maîtrise des pollutions d'origine agricole. Ces délais ne pourront en aucun cas dépasser le 31 décembre 2008.
 Les prescriptions auxquelles les installations existantes sont déjà soumises demeurent applicables jusqu'à l'expiration du délai maximal de mise en conformité fixé au précédent alinéa.