Un comité régional d'orientation, placé sous la présidence du préfet de région, comprend les préfets de département, le directeur régional de l'agence, les autres membres de la commission régionale des aides, ainsi que le président du conseil régional et les présidents des conseils départementaux ou leur représentant. 
Le comité régional d'orientation est réuni au moins une fois par an. Il examine l'articulation entre les actions régionales des services de l'Etat et celles de l'agence ainsi que l'état d'avancement des actions contractualisées entre l'agence et les collectivités territoriales. 
Le comité régional d'orientation entend le rapport d'activité du directeur régional, fait le bilan des actions entreprises et émet des recommandations, notamment sur les axes prioritaires des actions futures de l'agence dans la région.