L'instance de gestion gère les fonds suivants :
1° Un fonds de l'assurance maladie ;
2° Un fonds de gestion administrative ;
3° Un fonds de réserve.
Les recettes du fonds de l'assurance maladie sont constituées par le produit des cotisations prévues à l'article L. 761-5, par les majorations de retard, par les produits des recours exercés contre tiers et par les revenus des placements effectués sur les disponibilités du fonds de réserve.
Les dépenses du fonds sont constituées par les prestations mentionnées à l'article L. 761-3. La liquidation des prestations est assurée par les caisses de mutualité sociale agricole auxquelles sont affiliés les bénéficiaires du régime local.
Le fonds de gestion administrative comporte, en dépenses, les frais de fonctionnement de l'instance de gestion spécifique. Il rémunère les services rendus au régime local par les organismes de mutualité sociale agricole.
Il est alimenté, en recettes, par un prélèvement, déterminé par le conseil d'administration, sur les cotisations à la charge des personnes mentionnées à l'article L. 761-5.
Ce prélèvement s'effectue dans la limite des dépenses inscrites au budget de fonctionnement de l'instance de gestion spécifique. Il ne peut dépasser 1,5 % du montant total des cotisations mises en recouvrement et des prestations versées au titre de l'exercice précédent.